Superfamily : 55060 [ GHMP Kinase, C-terminal domain ]
Class : Alpha and beta proteins (a+b)
Fold : Ferredoxin-like
# of Members : 12
Superposed Structure
solvent inaccessible: UPPER CASE X
solvent accesible: lower case x
alpha helix: red x
beta strand: blue x
3 - 10 helix: maroon x
hydrogen bond to main chain amide: bold x
hydrogen bond to mainchain carbonyl: underline x
disulphide bond: cedilla
positive phi: italic x
 
                             10        20        30        40        50  
d1h72c2  ( 168 )                     fkldiLiAiPnisin-----tkeAreilpkavg
d1kkha2  ( 181 )    kg-------e--feeflknCkfLiVyAekr-kkk---taeLvnevakie-
d1mg7a2  ( 188 )    eevhIiaesnGtTehfnkkHDlVfVkTdlHpe------------------
d1piea2  ( 214 )                      dydiViMnTnkpralteskynerfaetreAlk
d1ueka2  ( 149 )                    lppvpAVvFfPglrvp-----tplVyravrpedf
d2cz9a2  ( 179 )                      dvsiLvFyTGvr----sseyaerkhiaeeSlk
d2hkea2  ( 182 )                      eiqvMCAvLkgaqkdvs--stkGmqqSlktS-
d2pg9a2  ( 195 )                  kptleCdfLvGwTke--vAv---sshmvqqikqni-
d2r42a2  ( 226 )                   rlPalqILlTnTkv--prs---tkalvagvrsrli
d2ww4a2  ( 164 )                   dppekwyLvAhPgvsIp-----tpvIfkd--pelp
d6xr5a2  ( 192 )                      emHaLiCvVsdakg--t--stsgmqktvetS-
d6zgxa2  ( 218 )                       lavLiTnSnvrhs-asseypvrr-qceva--
                                        bbbbbb           aaaaaa       

                             60        70        80        90        100 
d1h72c2  ( 196 )    ----------------------------------lkdlv-nnvgkacgmv
d1kkha2  ( 217 )    --------------------------------nkdeIfk-eidkVideal
d1mg7a2  ( 226 )    ---------------------------------dftpqmfpsqakAkllr
d1piea2  ( 246 )    rMqtrldiqslgeLsneeFdantdlIgdetlikRArhaV-yennrtkiaq
d1ueka2  ( 178 )    --gp--------------------------------------dlpveail
d2cz9a2  ( 211 )    iL----gkgsskeVr----egelskL-pplhrkfFgyiv-renarvlevr
d2hkea2  ( 211 )    ---p----------------------------lmkkrisetvpermkias
d2pg9a2  ( 225 )    ---------------------------------nqnflt-sskeTvvslv
d2r42a2  ( 256 )    kfpe----------------------------iMapllt-sidaislece
d2ww4a2  ( 192 )    rntp--------------------------------------krsietll
d6xr5a2  ( 221 )    ---t----------------------------llqerlr-vvpkrmdais
d6zgxa2  ( 249 )    al----gaasLrevl-----aars--------egfahvv-geirrtaqaa
                                                         aa aaaaaaaaaa

                             110       120       130       140       150 
d1h72c2  ( 211 )    yAlynk-------dkslfGrymmsdkviepvrGk-------l-IpnYfkI
d1kkha2  ( 234 )    kIk----------nkedfGklmtknHellkkLn--------iStpkLdrI
d1mg7a2  ( 243 )    dAfnnEed-edtfpdilVPaymTahSknRvrqe------dytclevEfdS
d1piea2  ( 295 )    kafvag-------nltkfGellnasHaslkddye-------VTgleLdtL
d1ueka2  ( 188 )    eALarge----------ePpywnslegPAfrlf-----------peLkeV
d2cz9a2  ( 251 )    dalkeg-------nveeVGkilttAHwdlaknye-------VSckeLdfF
d2hkea2  ( 230 )    rAikar-------dfatfAeiamleSddlqeIcatTepkItyAtedSyAM
d2pg9a2  ( 241 )    eAleqg-------ksekIieqVevasklleglst------dIYtplLrqL
d2r42a2  ( 277 )    rVlgeMaaapvpeqYlvLEelmdmnQhhlnalg--------vghasLdqL
d2ww4a2  ( 204 )    kc-----------------efsndcevIArkrf-----------reVdav
d6xr5a2  ( 239 )    qaikar-------dfaefAkltmadsnsfhavcldTappifylndvSraI
d6zgxa2  ( 293 )    aA-rrg-------dy-afG-lmvesHrslrd-ye-------VScpeLdqL
                    aaaa             aaaaaaaaaaaaaa             aaaaaa

                             160       170       180       190       200 
d1h72c2  ( 246 )    keeVkd-------kVyGItIsgsGp--sIiAfPk------eefideVeni
d1kkha2  ( 266 )    VdiGnrf-------GfGAkLtgaGgGgcViILVn------eekekeLlke
d1mg7a2  ( 286 )    QvALekLmnehe-qVeGFeVq----qgGIlVALkkdsFfddeLIekIAia
d1piea2  ( 331 )    AetAqkqa-----gVlGArMtgaGfGgcAiAlVa------hdnvsaFrka
d1ueka2  ( 217 )    rgrMra------lgLrgVlMsg--sGSaFfGLAe-----gpdhArrAAea
d2cz9a2  ( 287 )    VerAlkl------gAyGArLtgaGfGgsAiAlVd------kedAetIGee
d2hkea2  ( 273 )    irLVkaYnakkgrtALAYtFd---agAnCfLfVl------kedLpeAVaM
d2pg9a2  ( 278 )    keaSqdl-------qAVAkSsgaGgGdcGiAlSFd-----aqStktLknr
d2r42a2  ( 319 )    cqvTaah-------glhSkLtgaGgGgcGiTLLkpg--lerakVeaAkqa
d2ww4a2  ( 226 )    LswLle------y--apSrLtg--tGAcVfAeFd-----teseArqVleq
d6xr5a2  ( 282 )    iaVVeELnrAageiIAAYtFd---agpnAvIyTl------eknMpfVLGA
d6zgxa2  ( 329 )    V-aAlaVp-----gVyGSrMtggGfGgcTvTlLa-------saAphAm-h
                    aaaaa           bbbb        bbbbb          aaaaaaa

                             210       220       230       240       250 
d1h72c2  ( 281 )    Lrdyye------------------------------------------nT
d1kkha2  ( 303 )    Lnke-----------------------------------------dVrif
d1mg7a2  ( 331 )    Iatesrq------------------------------------sVssVsF
d1piea2  ( 370 )    VgqvYeevVg-----------------------------------ypAsf
d1ueka2  ( 254 )    Lra------wgrAwagtlggg                             
d2cz9a2  ( 325 )    IlreYlkrFp-----------------------------------wkArh
d2hkea2  ( 314 )    LmehFpTpfek--FfFgdreLlekVkvvsLpdeYkkLid--hpkkpFemL
d2pg9a2  ( 316 )    Wadl-----------------------------------------gIell
d2r42a2  ( 360 )    Ltgc-----------------------------------------gFdCw
d2ww4a2  ( 261 )    Ape-------LnGfVakgvnlsplhraml                     
d6xr5a2  ( 323 )    IkrFFpts--e--feSpf----qtg-vrdlpgFntgvVreggwkgaVkgL
d6zgxa2  ( 368 )    I-qhYg---------------------------------------gtAtf
                    aa                                              bb

                             260       270       280      
d1h72c2  ( 289 )    irtevgkg------------------------v--evv
d1kkha2  ( 312 )    ncrm-mn                               
d1mg7a2  ( 345 )    dLlklgpgaslvtlansrfep---ecrvvlqievkpvs
d1piea2  ( 385 )    yvaqigsg------------------------stk   
d1ueka2                                                   
d2cz9a2  ( 340 )    fivepsdg------------------------vgi   
d2hkea2  ( 360 )    lQspvgcgvkylgpseslipp                 
d2pg9a2  ( 325 )    yqeri                                 
d2r42a2  ( 369 )    etsigapgvsmhsatsie--dpvrqalgl         
d2ww4a2                                                   
d6xr5a2  ( 367 )    iHtrvgdgprvle-edsllgengvpkvla         
d6zgxa2  ( 379 )    yls-aadg------------------------akvlcl
                    bb
 

 

Domain IDNameFamilySourceDomainSTRING-DB
Homoserine kinaseHomoserine kinaseMethanococcus jannaschii [TaxId: 2190]view
Mevalonate kinaseMevalonate kinaseMethanococcus jannaschii [TaxId: 2190]view
Early switch protein XOL-1Early switch protein XOL-1Nematode (Caenorhabditis elegans) [TaxId: 6239]view
GalactokinaseGalactokinaseLactococcus lactis [TaxId: 1358]view
4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase IspE4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase IspEThermus thermophilus [TaxId: 274]view
automated matchesautomated matchesPyrococcus horikoshii [TaxId: 53953]view
automated matchesautomated matchesTrypanosome (Trypanosoma brucei) [TaxId: 5691]view
Phosphomevalonate kinase (PMK)Phosphomevalonate kinase (PMK)Streptococcus pneumoniae r6 [TaxId: 171101]view
Mevalonate kinaseMevalonate kinaseNorway rat (Rattus norvegicus) [TaxId: 10116]view
4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase IspE4-(cytidine 5'-diphospho)-2C-methyl-D-erythritol kinase IspEEscherichia coli [TaxId: 562]view
automated matchesautomated matchesCryptococcus neoformans [TaxId: 235443]view
automated matchesGalactokinaseHuman (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view

 

No outliers

Created with Raphaëld2ww4a2d1ueka2d1h72c2d6zgxa2d2cz9a2d1piea2d1mg7a2d2r42a2d1kkha2d2pg9a2d6xr5a2d2hkea2
FeatureDownload
Superfamily
Distance Matrix
Conserved Interactions
Cusp Results
Alistat - Alignment Statistics
SMotif - Conserved Structural Motifs
MeanRMS
PCSSE Details
Absolutely Conserved Residues
Highly Conserved Residues

 

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280
- - - - - - - - - - - - - - - - - F K L D I L I A I P N I S I N - - - - - T K E A R E I L P K A V G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L K D L V - N N V G K A C G M V Y A L Y N K - - - - - - - D K S L F G R Y M M S D K V I E P V R G K - - - - - - - L - I P N Y F K I K E E V K D - - - - - - - K V Y G I T I S G S G P - - S I I A F P K - - - - - - E E F I D E V E N I L R D Y Y E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N T I R T E V G K G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V - - E V V
K G - - - - - - - E - - F E E F L K N C K F L I V Y A E K R - K K K - - - T A E L V N E V A K I E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N K D E I F K - E I D K V I D E A L K I K - - - - - - - - - - N K E D F G K L M T K N H E L L K K L N - - - - - - - - I S T P K L D R I V D I G N R F - - - - - - - G F G A K L T G A G G G G C V I I L V N - - - - - - E E K E K E L L K E L N K E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D V R I F N C R M - M N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
E E V H I I A E S N G T T E H F N K K H D L V F V K T D L H P E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D F T P Q M F P S Q A K A K L L R D A F N N E E D - E D T F P D I L V P A Y M T A H S K N R V R Q E - - - - - - D Y T C L E V E F D S Q V A L E K L M N E H E - Q V E G F E V Q - - - - Q G G I L V A L K K D S F F D D E L I E K I A I A I A T E S R Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S V S S V S F D L L K L G P G A S L V T L A N S R F E P - - - E C R V V L Q I E V K P V S
- - - - - - - - - - - - - - - - - - D Y D I V I M N T N K P R A L T E S K Y N E R F A E T R E A L K R M Q T R L D I Q S L G E L S N E E F D A N T D L I G D E T L I K R A R H A V - Y E N N R T K I A Q K A F V A G - - - - - - - N L T K F G E L L N A S H A S L K D D Y E - - - - - - - V T G L E L D T L A E T A Q K Q A - - - - - G V L G A R M T G A G F G G C A I A L V A - - - - - - H D N V S A F R K A V G Q V Y E E V V G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Y P A S F Y V A Q I G S G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S T K - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - L P P V P A V V F F P G L R V P - - - - - T P L V Y R A V R P E D F - - G P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D L P V E A I L E A L A R G E - - - - - - - - - - E P P Y W N S L E G P A F R L F - - - - - - - - - - - P E L K E V R G R M R A - - - - - - L G L R G V L M S G - - S G S A F F G L A E - - - - - G P D H A R R A A E A L R A - - - - - - W G R A W A G T L G G G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - D V S I L V F Y T G V R - - - - S S E Y A E R K H I A E E S L K I L - - - - G K G S S K E V R - - - - E G E L S K L - P P L H R K F F G Y I V - R E N A R V L E V R D A L K E G - - - - - - - N V E E V G K I L T T A H W D L A K N Y E - - - - - - - V S C K E L D F F V E R A L K L - - - - - - G A Y G A R L T G A G F G G S A I A L V D - - - - - - K E D A E T I G E E I L R E Y L K R F P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - W K A R H F I V E P S D G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V G I - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - E I Q V M C A V L K G A Q K D V S - - S T K G M Q Q S L K T S - - - - P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L M K K R I S E T V P E R M K I A S R A I K A R - - - - - - - D F A T F A E I A M L E S D D L Q E I C A T T E P K I T Y A T E D S Y A M I R L V K A Y N A K K G R T A L A Y T F D - - - A G A N C F L F V L - - - - - - K E D L P E A V A M L M E H F P T P F E K - - F F F G D R E L L E K V K V V S L P D E Y K K L I D - - H P K K P F E M L L Q S P V G C G V K Y L G P S E S L I P P - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - K P T L E C D F L V G W T K E - - V A V - - - S S H M V Q Q I K Q N I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N Q N F L T - S S K E T V V S L V E A L E Q G - - - - - - - K S E K I I E Q V E V A S K L L E G L S T - - - - - - D I Y T P L L R Q L K E A S Q D L - - - - - - - Q A V A K S S G A G G G D C G I A L S F D - - - - - A Q S T K T L K N R W A D L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G I E L L Y Q E R I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - R L P A L Q I L L T N T K V - - P R S - - - T K A L V A G V R S R L I K F P E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - I M A P L L T - S I D A I S L E C E R V L G E M A A A P V P E Q Y L V L E E L M D M N Q H H L N A L G - - - - - - - - V G H A S L D Q L C Q V T A A H - - - - - - - G L H S K L T G A G G G G C G I T L L K P G - - L E R A K V E A A K Q A L T G C - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G F D C W E T S I G A P G V S M H S A T S I E - - D P V R Q A L G L - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - D P P E K W Y L V A H P G V S I P - - - - - T P V I F K D - - P E L P R N T P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - K R S I E T L L K C - - - - - - - - - - - - - - - - - E F S N D C E V I A R K R F - - - - - - - - - - - R E V D A V L S W L L E - - - - - - Y - - A P S R L T G - - T G A C V F A E F D - - - - - T E S E A R Q V L E Q A P E - - - - - - - L N G F V A K G V N L S P L H R A M L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - E M H A L I C V V S D A K G - - T - - S T S G M Q K T V E T S - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L L Q E R L R - V V P K R M D A I S Q A I K A R - - - - - - - D F A E F A K L T M A D S N S F H A V C L D T A P P I F Y L N D V S R A I I A V V E E L N R A A G E I I A A Y T F D - - - A G P N A V I Y T L - - - - - - E K N M P F V L G A I K R F F P T S - - E - - F E S P F - - - - Q T G - V R D L P G F N T G V V R E G G W K G A V K G L I H T R V G D G P R V L E - E D S L L G E N G V P K V L A - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - L A V L I T N S N V R H S - A S S E Y P V R R - Q C E V A - - A L - - - - G A A S L R E V L - - - - - A A R S - - - - - - - - E G F A H V V - G E I R R T A Q A A A A - R R G - - - - - - - D Y - A F G - L M V E S H R S L R D - Y E - - - - - - - V S C P E L D Q L V - A A L A V P - - - - - G V Y G S R M T G G G F G G C T V T L L A - - - - - - - S A A P H A M - H I - Q H Y G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G T A T F Y L S - A A D G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A K V L C L

 

 

 

 

 

 
Contact: Prof. R. Sowdhamini - mini@ncbs.res.in