Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1h72c2 -----------------CCCCEEEECCCCCCC-----HHHHHHCCCCCCC----------------------------------HHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCC-------CHHHHHHHHCCCCCCHHHHHC-------C-CCCHHHHHHHHHH-------HEEEEEECCCCC--CEEEEEC------HHHHHHHHHHHHHHCC------------------------------------------CEEEECCCCC------------------------C--CCC >P1;d1kkha2 CH-------H--HHHHHHCCCEEEEEEECC-CCC---HHHHHHHHHCCC---------------------------------CHHHHHH-HHHHHHHHHHHCC----------CHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCHHHHHHHHHHHHH-------CCEEEECCCCCCEEEEEECC------HHHHHHHHHHHHCC-----------------------------------------CCEEEEECC-CC------------------------------- >P1;d1mg7a2 CEECCCCCCCEECHHHHHHEEEEEEEECCCCC---------------------------------------------------CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHCC------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CEEEEEEC----CCCEEEEEECCHHHCHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------------------CCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCC---CCEEEEECCCCCCC >P1;d1piea2 ------------------CEEEEEEECCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------CCCHHHHHHHHHHHHCC-----CEEEEEECCCCCCCEEEEEEE------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-----------------------------------CCCEEEECCCCCC------------------------CCC--- >P1;d1ueka2 ----------------CCCEEEEEEECCCCCC-----HHHHHHCCCHHHC--CC--------------------------------------CCCHHHHHHHHHHCC----------CCCCCCCCHHHHHHHC-----------CHHHHHHHHHHH------CCCEEEEECC--CCCCEEEECC-----CHHHHHHHHHHHCC------CCEEEEEEECCC------------------------------------------------------------------- >P1;d2cz9a2 ------------------CEEEEEEECCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCHHHCC----HHHHHHC-CHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHCC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-------CCCHHHHHHHHHHHHC------CCCEEEECCCCCCCEEEEEEE------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----------------------------------CCCEEEEECCCCC------------------------CCC--- >P1;d2hkea2 ------------------CEEEEEEECCCCCCCCC--HHHHHHHHHHHC----C----------------------------CHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECC---CCCCEEEEEE------HHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH--EEECCHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCC--CCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHCCCCC----------------- >P1;d2pg9a2 --------------CCCCCEEEEEEECCC--CCC---HHHHHHHHHHHC----------------------------------CHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------CCCCHHHHHHHHCCCCC-------CEEEEECCCCCCCEEEEEECC-----HHHHHHHHHHHHHC-----------------------------------------CCEEEEEEEE--------------------------------- >P1;d2r42a2 ---------------CCCCEEEEEEECCC--CCC---HHHHHHHHHHHHHHCHH----------------------------HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CCCHHHHHHHHHHHHC-------CCEEEECCCCCCCEEEEEECCC--CCCHHHHHHHHHHHHC-----------------------------------------CCEEECCEECCCCCCCCCCCCCC--HHHHHHHCC--------- >P1;d2ww4a2 ---------------CCCCCEEEEECCCCCCC-----HHHHHCC--CCCCCCCC--------------------------------------CCCHHHHHCC-----------------CCCCCCHHHHHHHC-----------HHHHHHHHHHHC------C--CCEEECC--CCCCEEEEEC-----CHHHHHHHHHHCCC-------CCEEEEECCCCCHHHHHCC----------------------------------------------------------- >P1;d6xr5a2 ------------------CEEEEEEEECCCCC--C--CHHHHHHHHHHC----H----------------------------HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEC---CCCCEEEEEE------HHHHHHHHHHHHHHCCCC--C--CCCCC----CCC-CCCCCCCCHHHCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCC--------- >P1;d6zgxa2 -------------------CEEEEEEEEEECC-CCCHHHHHC-CCCCC--CC----CCCCHHHCC-----CCCC--------CCCCCHH-HHHHHHHHHHHC-CCC-------CC-CCC-CHHHHHHHHHC-CC-------CCCHHHHHHC-CHHHCC-----CCCEEEECCCCCEEEEEEEEC-------CCHHHHC-CC-CCCC---------------------------------------CCCEEEEC-CCCC------------------------CCCCCC PSA >P1;d1h72c2 -----------------361210104095917-----6970674149949----------------------------------9a368-3479377327704856-------417110621332814133008-------4-0540460275068-------20200104c100--2020003------5831850171048118------------------------------------------6054476a9a------------------------b--8bc >P1;d1kkha2 8b-------a--226114802103050273-838---69407742691b---------------------------------5377046-4176057626707----------62651071025206113709--------1028103500810361-------0200104b202023020001------59229504720861-----------------------------------------a08266453-9b------------------------------- >P1;d1mg7a2 a5280596220306104640020302042038---------------------------------------------------a385572655930664140154066-a9187840002200730460071a------81a14510510030036029719-30200103----020020004371054a7005400620072056------------------------------------50720103043476cb7954a9649568---a453328283698b >P1;d1piea2 ------------------a2230303042738866665740662175028302773a0960550649604732a209595114002030-3242176617706768-------637420611340062137215-------00861011004102829-----40100203b402062020102------6a519804850274057408-----------------------------------35030631a8a9c------------------------b7a--- >P1;d1ueka2 ----------------5351200505063736-----5530672267a17--27--------------------------------------b54795136006656----------7041314116001543-----------660570273058------380110105a--2003020006-----47620670065047------655051a5322c------------------------------------------------------------------- >P1;d2cz9a2 ------------------930302020039----b94776068125602840----93b428607----5931870-476144000020-3247177626616689-------637400611270031007415-------0037103100620262------90300204b603072010005------59507700650283047607-----------------------------------5a062435897bb------------------------b9d--- >P1;d2hkea2 ------------------730300020881aa257--598077304820----6----------------------------31a726751456179526906968-------5153205111530434260144078604102810400140053018519510000208---2704040202------481012001001300405495--060939902770372a049603700b--174450340505579ba989479a65a97a----------------- >P1;d2pg9a2 --------------826180320103054--805---887176715953----------------------------------87b256-4387076425502550-------53650251044307223a11a------70029104501410571-------6000103b3010520201006-----a7016203730792-----------------------------------------b042455582--------------------------------- >P1;d2r42a2 ---------------740a1600303053--936---79628692774367559----------------------------7065148-4177176537701550058458910640070135207213504--------0149106402920752-------9130204a1010230100036b--575a505502830582-----------------------------------------a04052544668ab4a6758718--875297685--------- >P1;d2ww4a2 ---------------96643220205082a06-----4640581--78045b47--------------------------------------a476954694-----------------a5725125002552-----------650270072048------3--160105c--1003020108-----74a6047028505b-------0706054533457866879----------------------------------------------------------- >P1;d6xr5a2 ------------------8201030305297a--b--5aa476405730----9----------------------------6156256-3367279525706759-------514410511053052306006307742621370051024005000601a72000020a---3415030303------471012000004500415--7--18043----91a-46b12c0749206bb51622051060457878a7a68-a57965b96645a6f--------- >P1;d6zgxa2 -------------------324030305365b-078475517-42711--82----c1a607637-----c77a--------8261121-524618861540-866-------54-530-10260063137-26-------0018303500-104808-----90400203b701082020106-------b206604-30-870a---------------------------------------78041645-b97b------------------------b7989a Translating the sequences -----------------*C**EEEE**CCC*C-----HHHHHH*******----------------------------------***HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHH******HHH***-------C-C**HHHHHHHHHH-------***EEEECC**C--*EEEEE*------HHHHHHHHHHHH****------------------------------------------*EEE***CC*------------------------*--*** **-------*--******C**EEEEE**CC-C**---HHHHHH******---------------------------------*****HH-HHHHHHHHHHH**----------*HH*HHHHHHHHHHHHH**C--------CCCHHHHHHHHHHHH*-------**EEEECC**CC**EEEE**------HHHHHHHHHHHH**-----------------------------------------C**EEEE**-CC------------------------------- ********************EEEEEE*CCC*C---------------------------------------------------*********HHHHHHHHHHHH*C**-*****HH*HHHHHHHHHHHHHH*C------**CCCHHHHHHHHHHHH******-***EEEEC----CC*EEEEE*******HHHHHHHHHHHH*****------------------------------------**C**EEEE***CC**************---************** ------------------C*EEEEEE*CCC*C*****HHHHHH********************************************HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH*C*-------CCCHHHHHHHHHHHH**-----***EEEECC**CCC*EEEEE*------HHHHHHHHHHHH********-----------------------------------C**EEEE***CC*------------------------***--- ----------------**C*EEEEEE*CCC*C-----HHHHHH*******--**--------------------------------------***HHHHHHHHH*C*----------********HHHHHH*C-----------*HHHHHHHHHHH------****EEEECC--CCC*EEEE**-----*HHHHHHHHHHH**------************------------------------------------------------------------------- ------------------C*EEEEEE*CCC----***HHHHHH*********----*********----*******-**********HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH*C*-------CCCHHHHHHHHHHHH*------***EEEECC**CCC*EEEEE*------HHHHHHHHHHHH********-----------------------------------C**EEEE***CC*------------------------***--- ------------------C*EEEEEE*CCC*C***--HHHHHH******----*----------------------------*****HH*HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH**********CCCHHHHHHHHHHHH**********EEE*C---CCC*EEEEE*------HHHHHHHHHHHH*********--**************************--****C**EEEE***CC**************----------------- --------------****C*EEEEEE*CC--C**---HHHHHH******----------------------------------****HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH*C*------*CCCHHHHHHHH*****-------**EEEECC**CCC*EEEEE**-----HHHHHHHHHHHH**-----------------------------------------C**EEEE***--------------------------------- ---------------***C*EEEEEE*CC--C**---HHHHHH***********----------------------------*****HH-HHHHHHHHHHHHHH**********HH*HHHHHHHHHHHHHH*C--------CCCHHHHHHHHHHHH*-------**EEEECC**CCC*EEEEE***--***HHHHHHHHHHH**-----------------------------------------C**EE*****CC***********--*********--------- ---------------***C*EEEEE**CCC*C-----HHHHH**--********--------------------------------------***HHHHH**-----------------******HHHHHH*C-----------HHHHHHHHHHH*------*--**EEECC--CCC*EEEEE*-----*HHHHHHHHHH***-------*******************----------------------------------------------------------- ------------------C*EEEEEE*CCC*C--*--*HHHHH******----*----------------------------*****HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH**********CCCHHHHHHHHHHHH**********EEEEC---CCC*EEEEE*------HHHHHHHHHHHH******--*--*****----***-*******************C**EEEE***CC******-***************--------- -------------------*EEEEEE*****C-****HHHH*-*****--**----*********-----****--------*****HH-HHHHHHHHHHH*-**C-------**-***-*HHHHHHHHH*-C*-------CCCHHHHHH*-*HHH**-----***EEEECC**C***EEEEE*-------**HHHH*-**-****---------------------------------------C**EEEE*-*CC*------------------------****** 55060.tem _________________________________ ---------------***C*EEEEEE*CCC*C***--HHHHHH***********----------------------------*****HH-HHHHHHHHHHHHHH*C-------*HH*HHHHHHHHHHHHHH*C*------*CCCHHHHHHHHHHHH**----****EEEECC**CCC*EEEEE*-----*HHHHHHHHHHHH******-**--*****---------------------------C**EEEE***CC******-****--*-----------***--- Structural block scores 0 14 - 4.7 H 75.0 47.7 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 70.5 75.0 75.0 75.0 75.0 15 17 * 3.4 M 51.0 2.0 3.3 75.0 27.7 75.0 75.0 3.0 3.7 7.0 75.0 75.0 20 25 E 4.9 H 1.3 1.8 1.2 1.8 2.0 1.2 0.8 1.5 2.0 1.8 1.2 2.0 27 29 C 4.6 H 7.7 4.0 2.0 4.3 5.3 4.0 5.7 28.0 27.7 6.8 5.3 4.7 32 34 * 3.6 M 75.0 28.7 75.0 6.7 75.0 53.8 4.7 26.7 28.0 75.0 53.8 27.3 35 36 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 37 42 H 4.7 H 5.8 5.5 75.0 4.7 4.3 5.7 6.0 6.2 6.3 4.5 7.2 16.7 43 53 * 2.6 P 30.9 37.1 75.0 3.4 17.7 16.2 29.4 36.8 5.8 18.0 29.8 29.5 54 81 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 4.6 75.0 22.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 43.4 82 86 * 2.2 P 34.5 4.4 20.3 1.2 75.0 0.8 4.7 20.7 3.8 75.0 4.0 3.6 87 88 H 4.4 M 7.0 5.0 6.0 1.5 75.0 1.0 6.5 5.5 6.0 75.0 5.5 1.5 90 103 H 4.7 H 5.1 9.5 3.9 4.2 14.8 4.6 5.0 4.1 4.4 26.0 4.9 9.5 106 112 - 4.6 H 75.0 75.0 16.5 75.0 65.1 75.0 75.0 75.0 5.6 75.0 75.0 75.0 114 115 H 4.5 M 4.0 4.0 6.0 5.0 75.0 5.0 3.0 4.5 3.0 75.0 2.5 39.5 117 130 H 4.6 H 2.7 2.6 2.2 2.6 2.4 2.0 2.6 3.1 2.6 13.9 2.3 7.6 134 139 - 4.5 M 75.0 75.0 63.8 75.0 75.0 75.0 4.2 75.0 75.0 75.0 3.8 75.0 141 143 C 4.6 H 26.3 1.0 5.2 2.7 75.0 1.0 1.0 0.7 1.7 75.0 2.0 0.3 144 155 H 4.8 H 3.9 2.9 2.0 2.0 4.1 2.3 2.2 3.1 3.8 3.4 2.0 8.9 156 157 * 3.0 P 75.0 38.0 1.0 5.5 75.0 38.5 0.5 38.0 38.5 75.0 0.0 4.0 158 161 - 4.3 M 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 4.4 75.0 162 165 * 2.3 P 19.8 38.0 20.0 20.0 3.0 21.8 1.5 39.0 40.0 38.5 2.2 22.0 166 169 E 4.9 H 0.2 0.2 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.2 1.2 1.8 0.5 0.5 170 171 C 4.8 H 8.2 7.8 39.0 7.2 7.8 7.8 41.5 7.2 7.2 8.8 42.8 7.2 172 173 * 3.1 M 0.5 1.0 75.0 2.0 75.0 3.0 75.0 1.5 0.5 75.0 75.0 3.5 174 176 C 4.6 H 50.0 1.3 25.7 2.7 0.7 3.3 3.0 2.0 1.0 0.3 2.7 3.0 178 182 E 4.9 H 0.4 0.4 0.4 0.6 0.4 0.2 1.2 0.6 0.2 0.6 1.2 0.6 184 188 - 4.6 H 75.0 75.0 3.2 75.0 75.0 75.0 75.0 61.2 34.5 75.0 75.0 75.0 190 201 H 4.8 H 3.6 4.4 2.9 4.9 3.6 3.8 1.5 3.9 4.0 4.3 1.6 21.5 202 207 * 2.8 P 28.0 51.2 15.8 4.5 63.7 4.7 2.0 51.8 51.7 64.4 2.5 29.2 209 210 * 4.0 M 75.0 75.0 75.0 41.5 5.5 41.0 7.0 75.0 75.0 37.5 41.0 75.0 211 212 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 213 217 * 4.0 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.9 75.0 3.6 75.0 75.0 4.0 3.2 75.0 218 244 - 4.5 M 75.0 75.0 69.6 75.0 67.3 75.0 9.7 75.0 75.0 46.9 18.4 75.0 246 247 * 2.3 P 75.0 4.0 1.0 2.5 75.0 5.2 1.5 2.0 2.0 75.0 2.5 4.0 248 251 E 4.5 M 3.8 4.5 1.0 3.0 75.0 3.8 2.2 4.0 3.0 75.0 1.8 3.8 252 254 * 2.2 P 5.7 27.7 3.7 6.5 75.0 7.3 5.7 5.0 4.7 75.0 5.3 30.5 255 256 C 4.5 M 9.8 10.2 6.5 9.8 75.0 9.2 10.2 75.0 7.0 75.0 7.5 8.0 257 262 * 3.8 M 64.2 75.0 8.2 64.6 75.0 64.4 7.9 75.0 8.2 75.0 8.3 64.4 264 267 * 4.0 M 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 8.0 75.0 6.0 75.0 7.9 75.0 268 269 - 4.3 M 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 8.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 271 281 - 4.5 M 75.0 75.0 23.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 24.9 75.0 26.7 75.0 282 284 * 3.9 M 53.8 75.0 5.7 9.7 75.0 11.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.2 285 287 - 4.3 M 10.7 75.0 9.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.2 >>>>>>