Superfamily : 54768 [ dsRNA-binding domain-like ]
Class : Alpha and beta proteins (a+b)
Fold : dsRBD-like
# of Members : 18
Superposed Structure
solvent inaccessible: UPPER CASE X
solvent accesible: lower case x
alpha helix: red x
beta strand: blue x
3 - 10 helix: maroon x
hydrogen bond to main chain amide: bold x
hydrogen bond to mainchain carbonyl: underline x
disulphide bond: cedilla
positive phi: italic x
 
                             10        20        30        40        50  
d1di2a-  ( 112 )                                                mpvgsL
d1ekza-  (   1 )                                         mdegdkkspisqv
d1fjge2  (   5 )                                                      
d1kn0a-  (  25 )    cfgqcqytaeeyqaiqkalrqrLgpeyissrmagggqkvcyIeghrVinl
d1o0wa2  ( 168 )                                                dyktaL
d1t4oa-  ( 363 )                                          tdkLdmnAkrqL
d1uila1  (   8 )                             leseevdlnaglhgnwtlenAkarl
d1whna1  ( 350 )                             sgiikmairFdrrayppqitPkmcl
d1whqa1  (   4 )                                                 iknfl
d1x47a1  (   8 )                                    efvinpngk---sevcil
d1x48a1  (   8 )                                                 yiglv
d2dixa1  (   8 )                                               ktpiqvl
d2dmya1  (   8 )                                        rkildskaidlmnA
d2ez6a2  ( 151 )                                                dyktiL
d2ljha-  (  48 )                            sdpkkkmckeripqp--------knt
d5npaa-  (   8 )                                                  igwl
d6sdya1  ( 205 )                                                npisrl
                                                                  aaaa

                             60        70        80        90        100 
d1di2a-  ( 118 )    qelAvqkgwr--lPeytvaqes-gp-----phk----reftItCrVe---
d1ekza-  (  14 )    heiGikrn---mtvhfkvlree-gp-----ahm----knfitACivgs--
d1fjge2  (   5 )                dfeekmilir-rtarmqa---ggrrfrfGAlVvVgdrq
d1kn0a-  (  75 )    AnemFg----ynGwahsitqqnvdfvdlnn---gkfyVGVcAfVrVqlkd
d1o0wa2  ( 174 )    qeiVqseh--kvpPeyilvrte-kn-----dgd----rifVVeVrVn-g-
d1t4oa-  ( 375 )    yslIGya---slrLhyvtvkkp-t------avd----pnSiVeCrVgdg-
d1uila1  (  33 )    nqyFqkek---iqgeYkytqvgp-d------hn----rsfiAeMtiyikq
d1whna1  ( 375 )    lewCrreklpqPvyetvqrt-----------id----rmfCSvvtva---
d1whqa1  (   9 )    yawCgkrk---mtPayeiravgn-k------nr----qkfmCevrve---
d1x47a1  (  23 )    heyMqrvl--kvrPvynffece--n-----pse----p-fGASvtid-g-
d1x48a1  (  13 )    nsfAqkkkl---svnyeqcepnsel-----p------qrfiCkCkig---
d2dixa1  (  15 )    heyGmktk---niPvyecersdv-q-----ihv----ptftfrvtvg---
d2dmya1  (  22 )    lmrlnqirp---glqykllsqs-gp-----vha----pvftMsvdvd---
d2ez6a2  ( 157 )    qeiTqkrwke--rPeyrlisve-gp-----hhk----kkfiVeAkIk---
d2ljha-  (  66 )    vamlnelrh---gliyklesqt-gp-----vha----plftiSvevd---
d5npaa-  (  12 )    qemCmqrrwp--pPsyetetev-gl-----phe----rlftiACsil---
d6sdya1  ( 211 )    aqiqqakkek--ePeytllte-rgl-----prr----refvMqvkvg---
                    aaaaaa        bbbbbb                   bbbbbbb    

                             110       120       130       140       150 
d1di2a-  ( 153 )    ---tfvetG--sgt----------skqvAkrvAAekLltk---fk-----
d1ekza-  (  49 )    ----ivteg--eGn----------gkkvSkkrAAekMlv-----elqkl 
d1fjge2  (  39 )    grvGlgfGkAp-------------evplAvqkAGyyArrnmvevplqn  
d1kn0a-  ( 118 )    gsyhedvGyGvSeglkskalSlekArkeAvtdGlkrALrsfg-naLGnCI
d1o0wa2  ( 210 )    ---ktiatG--kgr----------tkkeAekeAAriAye-----kll   
d1t4oa-  ( 410 )    ---tvLgtG--vgr----------nikiAGirAAenAlrd---kkmldfy
d1uila1  (  69 )    lgrrifAre--hgs----------nkklAAqsCAlslvrq---lyhlgvi
d1whna1  ( 407 )    ---eqkYqStlwdk----------skklAeqtAA--ivCl---rsqglpe
d1whqa1  (  42 )    -gfnyaGmG--nst----------nkkdAqsnAArdFvny---lvrinev
d1x47a1  (  57 )    ---vtyGsg--tas----------skklAknkAAratle-----ilipdf
d1x48a1  (  46 )    ---qtmYgt-Gsgv----------tkqeAkqlAAkeAyqk---llksppk
d2dixa1  (  49 )    ---ditctG--egt----------skklAkhrAAeaAini---lkana  
d2dmya1  (  56 )    ---gttyeA--sgp----------skktAklhvAvkvlqa---mg-----
d2ez6a2  ( 192 )    ---eyrtlg--egk----------skkeAeqrAAeeLikl---Le-----
d2ljha-  ( 100 )    ---gqkylg--qgr----------skkvArieAAatAlrs---fi-----
d5npaa-  (  47 )    ---nyremg--kgk----------skkiAkrlAAhrMwmr---lq-----
d6sdya1  ( 246 )    ---nhtAeg--tgt----------nkkvAkrnAAenMlei---lgfk   
                        bbbbb                aaaaaaaaaaaaaa     a     

                             160       170       180       190 
d1di2a-  ( 180 )    ---t                                      
d1ekza-                                                       
d1fjge2                                                       
d1kn0a-  ( 167 )    ldkdylrslnklprqlplevdltkakrqdlepsveearynsc
d1o0wa2                                                       
d1t4oa-  ( 442 )    ak                                        
d1uila1  ( 104 )    e---ays                                   
d1whna1  ( 439 )    grlgeespslnkrkreapdqdpggpr                
d1whqa1  (  76 )    kseevpavg------------ivppp                
d1x47a1  (  87 )    vk--------------------qtse                
d1x48a1  (  79 )    ta----------------------gt                
d2dixa1                                                       
d2dmya1  (  83 )    ---y-ptgfdadi                             
d2ez6a2  ( 219 )    ---es                                     
d2ljha-  ( 127 )    ---qfkdg-----avlsplkpa                    
d5npaa-  (  74 )    ---e                                      
d6sdya1
 

 

Domain IDNameFamilySourceDomainSTRING-DB
Double-stranded RNA-binding protein A, second dsRBDDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)African clawed frog (Xenopus laevis) [TaxId: 8355]view
Staufen, domain IIIDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Fruit fly (Drosophila melanogaster) [TaxId: 7227]view
Ribosomal S5 protein, N-terminal domainRibosomal S5 protein, N-terminal domainThermus thermophilus [TaxId: 274]view
The homologous-pairing domain of Rad52 recombinaseThe homologous-pairing domain of Rad52 recombinaseHuman (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
RNase III, C-terminal domainDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Thermotoga maritima [TaxId: 2336]view
RNase III, C-terminal domainDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]view
ATP-dependent RNA helicase A, Dhx9Double-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Mouse (Mus musculus) [TaxId: 10090]view
tRNA-dihydrouridine synthase 2-like, Dus2l (2310016k04Rik)Double-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Mouse (Mus musculus) [TaxId: 10090]view
ATP-dependent RNA helicase A, Dhx9Double-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Mouse (Mus musculus) [TaxId: 10090]view
Dgcr8 proteinDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
dsRNA-dependent protein kinase pkrDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Mouse (Mus musculus) [TaxId: 10090]view
Interferon-inducible double stranded RNA-dependent protein kinase activator ADouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
Spermatid perinuclear RNA-binding proteinDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
RNase III, C-terminal domainDouble-stranded RNA-binding domain (dsRBD)Aquifex aeolicus [TaxId: 63363]view
automated matchesautomated matchesFruit fly (Drosophila melanogaster) [TaxId: 7227]view
automated matchesautomated matchesFruit fly (Drosophila melanogaster) [TaxId: 7227]view
automated matchesautomated matchesHuman (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
Domain ID Name
d1x49a11x49 A:8-91
Created with Raphaëld1kn0a-d1fjge2d2dixa1d1whqa1d1uila1d2ljha-d2dmya1d5npaa-d2ez6a2d1di2a-d6sdya1d1x48a1d1whna1d1ekza-d1t4oa-d1x47a1d1o0wa2
FeatureDownload
Superfamily
Distance Matrix
Conserved Interactions
Cusp Results
Alistat - Alignment Statistics
SMotif - Conserved Structural Motifs
MeanRMS
PCSSE Details
Absolutely Conserved Residues
Highly Conserved Residues

 

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - M P V G S L Q E L A V Q K G W R - - L P E Y T V A Q E S - G P - - - - - P H K - - - - R E F T I T C R V E - - - - - - T F V E T G - - S G T - - - - - - - - - - S K Q V A K R V A A E K L L T K - - - F K - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D F E E K M I L I R - R T A R M Q A - - - G G R R F R F G A L V V V G D R Q G R V G L G F G K A P - - - - - - - - - - - - - E V P L A V Q K A G Y Y A R R N M V E V P L Q N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
C F G Q C Q Y T A E E Y Q A I Q K A L R Q R L G P E Y I S S R M A G G G Q K V C Y I E G H R V I N L A N E M F G - - - - Y N G W A H S I T Q Q N V D F V D L N N - - - G K F Y V G V C A F V R V Q L K D G S Y H E D V G Y G V S E G L K S K A L S L E K A R K E A V T D G L K R A L R S F G - N A L G N C I L D K D Y L R S L N K L P R Q L P L E V D L T K A K R Q D L E P S V E E A R Y N S C
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D Y K T A L Q E I V Q S E H - - K V P P E Y I L V R T E - K N - - - - - D G D - - - - R I F V V E V R V N - G - - - - K T I A T G - - K G R - - - - - - - - - - T K K E A E K E A A R I A Y E - - - - - K L L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T D K L D M N A K R Q L Y S L I G Y A - - - S L R L H Y V T V K K P - T - - - - - - A V D - - - - P N S I V E C R V G D G - - - - T V L G T G - - V G R - - - - - - - - - - N I K I A G I R A A E N A L R D - - - K K M L D F Y A K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L E S E E V D L N A G L H G N W T L E N A K A R L N Q Y F Q K E K - - - I Q G E Y K Y T Q V G P - D - - - - - - H N - - - - R S F I A E M T I Y I K Q L G R R I F A R E - - H G S - - - - - - - - - - N K K L A A Q S C A L S L V R Q - - - L Y H L G V I E - - - A Y S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S G I I K M A I R F D R R A Y P P Q I T P K M C L L E W C R R E K L P Q P V Y E T V Q R T - - - - - - - - - - - I D - - - - R M F C S V V T V A - - - - - - E Q K Y Q S T L W D K - - - - - - - - - - S K K L A E Q T A A - - I V C L - - - R S Q G L P E G R L G E E S P S L N K R K R E A P D Q D P G G P R - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - I K N F L Y A W C G K R K - - - M T P A Y E I R A V G N - K - - - - - - N R - - - - Q K F M C E V R V E - - - - G F N Y A G M G - - N S T - - - - - - - - - - N K K D A Q S N A A R D F V N Y - - - L V R I N E V K S E E V P A V G - - - - - - - - - - - - I V P P P - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E F V I N P N G K - - - S E V C I L H E Y M Q R V L - - K V R P V Y N F F E C E - - N - - - - - P S E - - - - P - F G A S V T I D - G - - - - V T Y G S G - - T A S - - - - - - - - - - S K K L A K N K A A R A T L E - - - - - I L I P D F V K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q T S E - - - - - - - - - - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - K T P I Q V L H E Y G M K T K - - - N I P V Y E C E R S D V - Q - - - - - I H V - - - - P T F T F R V T V G - - - - - - D I T C T G - - E G T - - - - - - - - - - S K K L A K H R A A E A A I N I - - - L K A N A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D Y K T I L Q E I T Q K R W K E - - R P E Y R L I S V E - G P - - - - - H H K - - - - K K F I V E A K I K - - - - - - E Y R T L G - - E G K - - - - - - - - - - S K K E A E Q R A A E E L I K L - - - L E - - - - - - - - E S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S D P K K K M C K E R I P Q P - - - - - - - - K N T V A M L N E L R H - - - G L I Y K L E S Q T - G P - - - - - V H A - - - - P L F T I S V E V D - - - - - - G Q K Y L G - - Q G R - - - - - - - - - - S K K V A R I E A A A T A L R S - - - F I - - - - - - - - Q F K D G - - - - - A V L S P L K P A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - I G W L Q E M C M Q R R W P - - P P S Y E T E T E V - G L - - - - - P H E - - - - R L F T I A C S I L - - - - - - N Y R E M G - - K G K - - - - - - - - - - S K K I A K R L A A H R M W M R - - - L Q - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N P I S R L A Q I Q Q A K K E K - - E P E Y T L L T E - R G L - - - - - P R R - - - - R E F V M Q V K V G - - - - - - N H T A E G - - T G T - - - - - - - - - - N K K V A K R N A A E N M L E I - - - L G F K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

 

 

 

 

 

 
Contact: Prof. R. Sowdhamini - mini@ncbs.res.in