Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1di2a- --------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHCCC--CCEEEEEEEE-CC-----HHH----CEEEEEEEEC------CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HH--------C-------------------------------------- >P1;d1ekza- -------------------------------------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC---CCCCCEEEEEE-CC-----CCC----CEEEEECCCCC------CCCCC--CCC----------CCCHHHHHHHHHHHH-----HHCCC------------------------------------------- >P1;d1fjge2 --------------------------------------------------------------CCEEEEEEEE-CCCCEEC---CEECCCEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEC-------------CHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCC-------------------------------------------- >P1;d1kn0a- CCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEEEECCCCCEEEEECHHHHHHHHHHHHC----CCCEEEEEEEEEEEEEEEEC---CEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-HHHCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCC >P1;d1o0wa2 --------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHH--CCCCEEEEEEEE-CC-----CCC----CEEEEEEEEC-C----EEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHH-----HHC--------------------------------------------- >P1;d1t4oa- --------------------------------------CCCCCCCHHHHHHHHHCCH---HHCCEEEEEECC-C------CCC----CCEEEEEECCCC----CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHC---HHHHHHHCC---------------------------------------- >P1;d1uila1 -------------------------CCCCCCCHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCCEEEEECC-C------CC----CEEEEEEEEEECCCCEEEEEEE--CCC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHCCCC---CCC----------------------------------- >P1;d1whna1 -------------------------CCCEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEECC-----------CC----CCEEECEEEC------CEEEEECCCCC----------CHHHHHHHHH--HHHH---HHHCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC---------------- >P1;d1whqa1 ---------------------------------------------CHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEEEEEC-C------CC----EEEEEEEECC----CCCCCEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HHHCCCCCCCCCCCCC------------CCCCC---------------- >P1;d1x47a1 --------------------------------CCCCCCCCC---CHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEECCC--C-----CCC----C-EEEEEEEC-C----EEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHH-----HHCCCCCC--------------------CCCC---------------- >P1;d1x48a1 ---------------------------------------------CHHHHHHHHHHCCC---CEEEEECCCCCCC-----C------CCEEEEEEEC------CCEEEE-EEEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HHHCCCCCC----------------------CC---------------- >P1;d2dixa1 -------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEEEEEC-C-----CCC----CEEEEEEEEC------CEEEEE--CCC----------CCCHHHHHHHHHHHHH---HHHHC-------------------------------------------- >P1;d2dmya1 ------------------------------------CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCC---CCCCEEEEEE-CC-----CCC----CEEEEEEEEC------CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HC--------C-CCCCCCCC----------------------------- >P1;d2ez6a2 --------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHCCC--CCEEEEEEEE-CC-----CCC----CEEEEEEEEC------CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HH--------CC------------------------------------- >P1;d2ljha- ------------------------CCCCCCCCCCCCCCC--------CCHHHHHHHHCC---CCEEEEEEEE-CC-----CCC----CEEEEEEEEC------CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HC--------CCCCC-----CCCCCCCCC-------------------- >P1;d5npaa- ----------------------------------------------CHHHHHHHHHCCCC--CCEEEECCCC-CC-----CCC----CCEEEEEEEC------CEEEEE--EEC----------CHHHHHHHHHHHHHHH---HH--------C-------------------------------------- >P1;d6sdya1 --------------------------------------------CCCHHHHHHHHHCCCC--CCEEECCCC-CCC-----CCC----CCCCEEEECC------CCEEEE--CCC----------CCCCHHHHHHHHCCCC---CCCC--------------------------------------------- PSA >P1;d1di2a- --------------------------------------------8134606810783a18--6051734736-65-----898----3612010604------713250--439----------5595035300450285---38--------a-------------------------------------- >P1;d1ekza- -------------------------------------ab9b79652465047208691---07151543834-49-----99a----3722000045a------40531--708----------2a9605550034009-----40778------------------------------------------- >P1;d1fjge2 --------------------------------------------------------------a253745436-543564b---a956342002030227814405030407-------------7376027400650467077496ab-------------------------------------------- >P1;d1kn0a- 933759179946681464168506253032674cc6a5513042620581038107----98005384671623526569---75130001040302022446443404040694855860365047502430014002404-3000500649713571875874876a8877a4577b757a568868778 >P1;d1o0wa2 --------------------------------------------85384068305744--745041422522-76-----9a6----6120020206-8----831130--526----------769301630034036-----615--------------------------------------------- >P1;d1t4oa- --------------------------------------a49066603850574004a---927042322372-6------aa4----750302020187----530140--427----------5491001200350176---7a1198147---------------------------------------- >P1;d1uila1 -------------------------d9b5b57a952981705482027409610a749---2b3907254576-8------8a----3331020406066164615054--737----------8585001200120063---04627008---149----------------------------------- >P1;d1whna1 -------------------------c94533515065a3027944026204810884927807170661a-----------87----6340010304------a2403053117----------5583011000--1000---6119282875878984ba8798865a866a89a---------------- >P1;d1whqa1 ---------------------------------------------06b1077107859---280724376559-9------c7----732304050a----a2d42050--827----------a595023500430062---0373b308797146a8------------ba68a---------------- >P1;d1x47a1 --------------------------------aab997da5---63235026107643--85706263592a--9-----864----4-50000107-8----762035--209----------569502440063004-----51289269--------------------87a8---------------- >P1;d1x48a1 ---------------------------------------------526507820a7193---729178269c788-----6------9352030406------b67014-0409----------73a4046400450174---04883295a----------------------bc---------------- >P1;d2dixa1 -------------------------------------------871264036205759---750717157458-9-----694----1321040405------a23140--651----------1685024400430184---07967-------------------------------------------- >P1;d2dmya1 ------------------------------------a6848875793320162058347---c1a0725838-54-----c86----1522000704------d56040--316----------6562020200050065---28--------5-80c3899c----------------------------- >P1;d2ez6a2 --------------------------------------------7525504640395285--6071633535-65-----988----3412000203------934152--518----------5683013500450154---08--------87------------------------------------- >P1;d2ljha- ------------------------b9876949878a268--------a22165067359---9071413509-44-----c83----2110000306------884030--115----------4234022400240154---25--------7787c-----7a988847b-------------------- >P1;d5npaa- ----------------------------------------------28606500793925--8071653a36-08-----695----6321000304------944252--417----------4585036500350374---08--------b-------------------------------------- >P1;d6sdya1 --------------------------------------------9435403930774959--409275228-486-----8a6----a22003060a------b53061--528----------8982046600860172---1717--------------------------------------------- Translating the sequences --------------------------------------------**HHHHHHHHHH*C**--CCEEEEEE**-*C-----***----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH--------*-------------------------------------- -------------------------------------*********HHHHHHHHHH*C---*CC**EEEE**-*C-----*CC----C*EEEE***C*------*****--**C----------C**HHHHHHHHHHHH-----H****------------------------------------------- --------------------------------------------------------------CCEEEEEE**-*C*****---****C*EEEEEEE********EEEEE**-------------CHHHHHHHHHHHHH**********-------------------------------------------- **********************************************HHHHHHHHH*----**C*EEEEEE**********---******EEEEEEE********EEEEE****C***********HHHHHHHHHHHHHH***-HH*********************************************** --------------------------------------------**HHHHHHHHHH**--**CCEEEEEE**-*C-----*CC----C*EEEEEEEC-*----*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH-----H**--------------------------------------------- --------------------------------------********HHHHHHHH***---**CCEEEEEE**-*------*CC----C*EEEEEE*C**----*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH*******---------------------------------------- -------------------------*********************HHHHHHHHHH*C---*CC**EEEE***-C------CC----C*EEEEEEE********EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH******---***----------------------------------- -------------------------*********************HHHHHHHHHH*C****CC*EEE**-----------CC----C*EEE*EEEC------*EEEEE****C----------CHHHHHHHHH--HHH*---HH*******************************---------------- ---------------------------------------------*HHHHHHHHHH*C---*CCEEEEEE***-C------CC----**EEEEEE*C----*****EEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH**************------------*****---------------- --------------------------------*********---**HHHHHHHHHH*C--**C*EEEEE***--C-----*CC----C-EEEEEEEC-*----*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH-----H*******--------------------****---------------- ---------------------------------------------*HHHHHHHHHH*C*---C*EEEE******C-----*------C*EEEEEEEC------**EEEE-***C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH*******----------------------**---------------- -------------------------------------------***HHHHHHHHHH*C---*CCEEEEEE***-C-----*CC----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------C**HHHHHHHHHHHH*---HH***-------------------------------------------- ------------------------------------************HHHHHHHH*C*---CC**EEEE**-*C-----*CC----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---H*--------*-********----------------------------- --------------------------------------------**HHHHHHHHHH*C**--CCEEEEEE**-*C-----*CC----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH--------**------------------------------------- ------------------------***************--------**HHHHHHH*C*---CCEEEEEE**-*C-----*CC----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---H*--------*****-----*********-------------------- ----------------------------------------------*HHHHHHHHH*C**--CCEEEE****-*C-----*CC----C*EEEEEEEC------*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH--------*-------------------------------------- --------------------------------------------***HHHHHHHHH*C**--CCEEE****-**C-----*CC----C***EEEE*C------**EEEE--**C----------C***HHHHHHHH****---****--------------------------------------------- 54768.tem _________________________________ ------------------------------------**********HHHHHHHHHH*C*--*CCEEEEEE****C-----*CC----C*EEEEEEEC-*----*EEEEE--**C----------CHHHHHHHHHHHHHH*---HH*******-****----------------------------------- Structural block scores 0 35 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 5.3 75.0 75.0 54.6 53.6 75.0 67.8 75.0 75.0 75.0 75.0 52.7 75.0 75.0 36 45 * 3.4 M 60.9 14.7 75.0 3.9 61.3 19.1 4.4 4.5 67.5 27.9 68.0 54.1 7.2 61.2 54.1 75.0 61.3 46 55 H 4.7 H 4.3 4.2 75.0 3.3 4.4 3.6 4.7 3.9 4.8 3.2 4.8 3.5 3.0 3.8 11.4 4.3 4.1 59 60 - 4.2 M 41.5 75.0 75.0 42.0 41.0 42.0 75.0 7.5 75.0 41.5 75.0 75.0 75.0 40.0 75.0 40.0 42.0 62 63 C 4.8 H 3.0 4.0 6.2 0.0 2.5 3.5 7.2 4.0 4.0 3.5 4.5 2.5 6.8 3.0 4.5 4.0 2.0 64 69 E 4.5 M 4.5 4.3 4.7 5.5 3.0 2.7 4.5 5.1 4.8 5.2 5.5 4.7 5.4 4.2 3.5 5.4 4.5 70 73 * 2.3 P 22.5 21.5 22.2 3.0 21.5 22.5 23.2 75.0 23.5 40.6 9.1 23.0 22.8 22.2 22.0 21.0 23.8 75 79 - 4.7 H 75.0 75.0 5.9 5.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 81 82 C 4.5 M 8.5 9.8 75.0 75.0 8.2 7.2 9.2 7.5 9.8 5.0 75.0 6.5 7.0 8.0 5.5 7.0 8.2 83 86 - 4.7 H 75.0 75.0 7.6 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 89 95 E 4.8 H 1.4 1.1 1.0 1.1 0.9 1.0 1.4 1.1 2.0 0.9 2.0 1.6 1.6 0.7 0.6 0.9 1.6 99 102 - 4.4 M 75.0 75.0 4.2 4.0 75.0 75.0 4.2 75.0 40.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 104 108 E 4.7 H 2.2 2.6 2.4 3.0 1.6 1.6 3.0 1.8 2.2 3.2 3.6 2.0 3.0 3.0 3.0 3.4 3.0 109 110 - 4.4 M 75.0 75.0 3.5 2.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 37.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 111 112 * 1.3 P 3.5 3.5 75.0 3.0 3.5 3.0 5.0 1.0 5.0 1.0 2.0 5.5 2.0 3.0 1.0 2.5 3.5 114 123 - 4.9 H 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 125 138 H 4.9 H 3.5 4.0 3.6 2.3 3.1 2.4 2.1 12.1 3.0 3.1 3.5 3.2 2.0 2.9 2.1 3.6 4.1 140 142 - 4.8 H 75.0 75.0 4.7 26.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 143 144 H 4.3 M 5.5 39.5 6.5 1.5 40.5 8.8 2.0 3.5 1.5 40.0 2.0 3.5 5.0 4.0 3.5 4.0 4.0 145 151 * 3.3 M 75.0 35.3 46.9 2.1 54.4 4.4 14.0 5.3 5.6 5.3 6.5 46.0 75.0 75.0 75.0 75.0 54.7 153 156 * 3.8 M 58.9 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 22.2 8.0 4.5 75.0 75.0 75.0 22.0 41.2 7.2 59.1 75.0 157 191 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 38.7 61.9 67.4 71.4 75.0 63.7 75.0 56.0 75.0 75.0 >>>>>>