Superfamily : 56091 [ DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain ]
Class : Alpha and beta proteins (a+b)
Fold : ATP-grasp
# of Members : 10
Superposed Structure
solvent inaccessible: UPPER CASE X
solvent accesible: lower case x
alpha helix: red x
beta strand: blue x
3 - 10 helix: maroon x
hydrogen bond to main chain amide: bold x
hydrogen bond to mainchain carbonyl: underline x
disulphide bond: cedilla
positive phi: italic x
 
                             10        20        30        40        50  
d1a0ia2  (   2 )                                                      
d1ckma2  (  11 )                                                    ni
d1fvia2  (   2 )                                                      
d1p16a2  (   2 )                                                    vq
d1s68a-  (   1 )                                                      
d1x9na3  ( 534 )                                                      
d1xdna-  (  52 )                                                      
d1xk5a-  (  97 )                                                      
d3jsla-  (   2 )    adlssrVneLhdlLnqysyeyyvednpsvpdseydkLlheLikieeehpe
d7k72a-  (  10 )    apevlrqwqalAeVreHqfryyvrDapiisdaefdellrrLealEq-hpe
                                                                      

                             60        70        80        90        100 
d1a0ia2  (   2 )                                           vnikTnPFkAv
d1ckma2  (  13 )    tteravltlnglqikLhkVvgeSrddIvakMkdlAmddhkfprLPGpnpv
d1fvia2  (   2 )                                             aItkPLlAa
d1p16a2  (   4 )    leereiP-----vipgnkldeeetkelrl-VAelLgrr--ntgfPGsqpv
d1s68a-  (   1 )                                            mfkkysslen
d1x9na3  ( 534 )                                        lspgiplkplahpT
d1xdna-  (  52 )                                          qsdfSpyieidl
d1xk5a-  (  97 )                                            hyanqLMlse
d3jsla-  (  52 )    yktv----------------dSPtvrvgg-eaqAsfnkvnHdtpMlslgn
d7k72a-  (  61 )    lrtp----------------dSPTqlVggagfatdfepvdHlerMlsldn
                                                                    bb

                             110       120       130       140       150 
d1a0ia2  (  13 )    sfvesaIkkaldnAg-------yLIAEIkydgvrGNICVdn----tAnSy
d1ckma2  (  63 )    sierkdfeklkq---------nkYvVSEkTdGirFMMFFtrVfg-fkvCT
d1fvia2  (  11 )    tLe--niedVq---f-------pClAtpkIaGirSVkq-------t---q
d1p16a2  (  47 )    sferrHleetlq---------kdYfVcekTdGlrCLLFLindpdkgegVf
d1s68a-  (  11 )    hynskfiekLyslgltg----geWVAREkIhGtNFSLIIer-----dkvt
d1x9na3  ( 549 )    rgIseVlkrfee---------aaFTCeYkYdGqrAQIHal--egg--evk
d1xdna-  (  64 )    p-sesriqsLhksgLAa----qeWVAcEkVhGtNFGIYLInqgdh-evvr
d1xk5a-  ( 107 )    wli-dvpsdlgq----------eWiVVVCPvgkrALIvAsr-----gsTs
d3jsla-  (  85 )    AfneddLrkFDqrIreqIg-nVeYMCeLkIdGLaVSLkYvd----GyFvq
d7k72a-  (  95 )    AftadeLaawagrIhaeVgdaAhYLCELkIdGvaLSLvYre----grLtr
                    b  aaaaaaaaa           bbbbbb   bbbbbbbb       bbb

                             160       170       180       190       200 
d1a0ia2  (  52 )    Wlsr----vsktIpALehlngfdvrWkrLLnddrCf------ykd--GFM
d1ckma2  ( 103 )    IIdraMtVylLpFknIpr-----------------v------Lfq--GSI
d1fvia2  (  39 )    Mlsr----tfkpIrn--------svMnrLLt-elLp------------eg
d1p16a2  (  89 )    LVTrendYyfIpnIhFPlsv--------netrekpt------yHh--gTL
d1s68a-  (  52 )    CAkrtgpIlpaedffgyeiI--lknyadsIkaVqdiMets----avvSyQ
d1x9na3  ( 586 )    IFsrnqedntg---kYpdIi------sr-ipkIklp------sVt--SFI
d1xdna-  ( 108 )    fAkrsgi-dpnenffGyHil--ideFtaQIriLndlLkqkyglsrVGRLV
d1xk5a-  ( 141 )    AYtksGycvnrfsSlLPGGN------rrnsta-----------kd--yTi
d3jsla-  ( 130 )    GLtr--gdGttGedIteNLk-TIhAIplkMke-----------pl--nVE
d7k72a-  ( 141 )    ASTr--gdGrtGedVtlNAr-tIadVperLtpgdyp------vPe--vLE
                    bb                                              bb

                             210       220       230       240       250 
d1a0ia2  (  90 )    LDGeLmVk-gvdfntgSglLr-tk----wTdtkNqefhrkkdkvpFkLht
d1ckma2  ( 128 )    FDGeLCVD-iv--------------------------------------e
d1fvia2  (  64 )    SDGeIsie-gatfqdTtsaVm-tg----ha--------------------
d1p16a2  ( 123 )    LDGeLVle-nrn-----------------------------------vse
d1s68a-  (  96 )    VFGeFAGp-------------------------------gIqk--nVdYc
d1x9na3  ( 618 )    LDTeAVAw-dkk--------------------qiqpfqvLttrkdaseiq
d1xdna-  ( 156 )    LNGeLFGAkYkhplVpkSekwCtLpngkkfpIag----vqIqrepfPqYS
d1xk5a-  ( 172 )    LDCiyN---evn--------------------------------------
d3jsla-  ( 164 )    VrGeAyMp-rrsflrlneeke-kndeqlfanprnAAagSLrqldSklTak
d7k72a-  ( 181 )    VrGeVfFr-lddfqalnaslv-e-gkapfanpRNSAAgSLRqkdpavTar
                    bbbbbb                                            

                             260       270       280       290       300 
d1a0ia2  ( 142 )    ghLhIkLyAILp--lhiVesgedCdvmtllMqehVknMlpLLqeyfp---
d1ckma2  ( 139 )    kkfAFVLfdAVVVsg-----vtVsqmdlasRffaMkrsLkeFk-------
d1fvia2  (  92 )    -kFSYyWfDyVt--d-------dplkkYidRVedMknyitvhphileha-
d1p16a2  ( 137 )    pvlrYvIfdALAIhg-----kcIidrpLpkRlgyItenVkPFdnfkkhnp
d1s68a-  ( 113 )    -dkdFYVfDIIvtte--sgdvty--vdDymMesfCntf------------
d1x9na3  ( 653 )    vqVCLYAfDLIylng-----eslvrepLsrRrqlLrenFvet--------
d1xdna-  ( 202 )    peLhFFAfDIkYSvsgaeedfvl--LgydeFveFSskVp-----------
d1xk5a-  ( 181 )    --qTYYVLDVMCWrG-----hpfydcqTdfRFywMhskLpeeegLge---
d3jsla-  ( 212 )    rkLsVfIysVndft--------------dFnArsQseALdeLdklg----
d7k72a-  ( 229 )    rrLrMiChglGhve--------------gfrpatLhqAylALraWg----
                       bbbbbbbbbb              aaaaaaaaaaa            

                             310       320       330       340       350 
d1a0ia2  ( 187 )    --------eIeWqaAesyeVy----------dmveLqqlyeqKrae----
d1ckma2  ( 177 )    ---nvpeDpAiLryKewip--------------lehptiikdhlk-kan-
d1fvia2  ( 131 )    --------qVkIipliPveIn----------niteLlqyerdVlsk----
d1p16a2  ( 183 )    diVnspeFPFkvgfkt-lt--------------syha---ddvls-kdk-
d1s68a-  ( 146 )    ---------kFkMAPLLgrgkFeeliklpndLdSvVqdYnftvdhaglvd
d1x9na3  ( 690 )    --------egeFvfAtsld--------------tkdieqIaflqS-vkd-
d1xdna-  ( 239 )    ---------nLlyaralvrgtLdeClafdvenfTpLpallglg-------
d1xk5a-  ( 221 )    ---ktkLNpfkFvgLknfp--------------Ct-pesLcdVLs-md--
d3jsla-  ( 244 )    ----------FtTnknrarvn----------nIdgVleyiekWtsqres-
d7k72a-  ( 261 )    ----------LpVsehttlat----------dlagVrerIdyWgehrhe-
                               bb    bb                 aaaaaaaa      

                             360       370       380       390       400 
d1a0ia2  ( 215 )    ---------------gheGLiVKdP------mciYkRgkk----sgWWkm
d1ckma2  ( 208 )    ------------aiyhTdgliImsv------depViyg----rnfnLFkl
d1fvia2  ( 159 )    ---------------gfeGVmIRkp------dGkYkfgrStlkegIlLkM
d1p16a2  ( 215 )    ------------lfhasdGLiytCA------etpYvfg----tdqtlLkw
d1s68a-  ( 187 )    ANkcvwnAeakgevftAeGYvLKpCypswLr----------ngnRVAIkC
d1x9na3  ( 718 )    ---------------sCeGLVktld------vdAtYeiak--rshnwLkL
d1xdna-  ( 274 )    ----nyple----gnlAEGVvIrHvrrgdpave-------khnvsTIIkl
d1xk5a-  ( 250 )    ------------FpfevdGLLFYhk------qthYspg----stplVGwL
d3jsla-  ( 273 )    ------------lpydIdGIvIKVNdldqQdeMgft----qksPrwAiAy
d7k72a-  ( 290 )    ------------VdheIdGVvVkVDevalqrrLgst----srAprwAIAy
                                      bbbbbb                      bbbb

                             410       420 
d1a0ia2  ( 240 )    k                      
d1ckma2  ( 236 )    kpg                    
d1fvia2  ( 188 )    kq                     
d1p16a2  ( 243 )    kpa                    
d1s68a-  ( 227 )    knskfse                
d1x9na3  ( 746 )    kkdyldgv               
d1xdna-  ( 309 )    rCssfel                
d1xk5a-  ( 278 )    rpymVsdvLgvavpagplttkpd
d3jsla-  ( 307 )    kFp                    
d7k72a-  ( 324 )    kyp
 

 

Domain IDNameFamilySourceDomainSTRING-DB
ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domainATP-dependent DNA ligase catalytic domainBacteriophage T7 [TaxId: 10760]view
RNA guanylyltransferase (mRNA capping enzyme), N-terminal domainmRNA capping enzymeChlorella virus PBCV-1 [TaxId: 10506]view
ATP-dependent DNA ligase, N-terminal domainATP-dependent DNA ligase catalytic domainChlorella virus PBCV-1 [TaxId: 10506]view
mRNA capping enzyme alpha subunitmRNA capping enzymeYeast (Candida albicans) [TaxId: 5476]view
RNA ligase 2, N-terminal domainRNA ligaseBacteriophage T4 [TaxId: 10665]view
DNA ligase I (LIG1)ATP-dependent DNA ligase catalytic domainHuman (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
RNA editing ligase MP52RNA ligaseTrypanosome (Trypanosoma brucei) [TaxId: 5691]view
m3G-cap binding domain of snurportin-1m3G-cap binding domain of snurportin-1Human (Homo sapiens) [TaxId: 9606]view
Adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligaseAdenylation domain of NAD+-dependent DNA ligaseStaphylococcus aureus [TaxId: 1280]view
automated matchesautomated matchesMycobacterium tuberculosis [TaxId: 83332]view

 

No outliers

FeatureDownload
Superfamily
Distance Matrix
Conserved Interactions
Cusp Results
Alistat - Alignment Statistics
SMotif - Conserved Structural Motifs
MeanRMS
PCSSE Details
Absolutely Conserved Residues
Highly Conserved Residues

 

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V N I K T N P F K A V S F V E S A I K K A L D N A G - - - - - - - Y L I A E I K Y D G V R G N I C V D N - - - - T A N S Y W L S R - - - - V S K T I P A L E H L N G F D V R W K R L L N D D R C F - - - - - - Y K D - - G F M L D G E L M V K - G V D F N T G S G L L R - T K - - - - W T D T K N Q E F H R K K D K V P F K L H T G H L H I K L Y A I L P - - L H I V E S G E D C D V M T L L M Q E H V K N M L P L L Q E Y F P - - - - - - - - - - - E I E W Q A A E S Y E V Y - - - - - - - - - - D M V E L Q Q L Y E Q K R A E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G H E G L I V K D P - - - - - - M C I Y K R G K K - - - - S G W W K M K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N I T T E R A V L T L N G L Q I K L H K V V G E S R D D I V A K M K D L A M D D H K F P R L P G P N P V S I E R K D F E K L K Q - - - - - - - - - N K Y V V S E K T D G I R F M M F F T R V F G - F K V C T I I D R A M T V Y L L P F K N I P R - - - - - - - - - - - - - - - - - V - - - - - - L F Q - - G S I F D G E L C V D - I V - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E K K F A F V L F D A V V V S G - - - - - V T V S Q M D L A S R F F A M K R S L K E F K - - - - - - - - - - N V P E D P A I L R Y K E W I P - - - - - - - - - - - - - - L E H P T I I K D H L K - K A N - - - - - - - - - - - - - A I Y H T D G L I I M S V - - - - - - D E P V I Y G - - - - R N F N L F K L K P G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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A D L S S R V N E L H D L L N Q Y S Y E Y Y V E D N P S V P D S E Y D K L L H E L I K I E E E H P E Y K T V - - - - - - - - - - - - - - - - D S P T V R V G G - E A Q A S F N K V N H D T P M L S L G N A F N E D D L R K F D Q R I R E Q I G - N V E Y M C E L K I D G L A V S L K Y V D - - - - G Y F V Q G L T R - - G D G T T G E D I T E N L K - T I H A I P L K M K E - - - - - - - - - - - P L - - N V E V R G E A Y M P - R R S F L R L N E E K E - K N D E Q L F A N P R N A A A G S L R Q L D S K L T A K R K L S V F I Y S V N D F T - - - - - - - - - - - - - - D F N A R S Q S E A L D E L D K L G - - - - - - - - - - - - - - F T T N K N R A R V N - - - - - - - - - - N I D G V L E Y I E K W T S Q R E S - - - - - - - - - - - - - L P Y D I D G I V I K V N D L D Q Q D E M G F T - - - - Q K S P R W A I A Y K F P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
A P E V L R Q W Q A L A E V R E H Q F R Y Y V R D A P I I S D A E F D E L L R R L E A L E Q - H P E L R T P - - - - - - - - - - - - - - - - D S P T Q L V G G A G F A T D F E P V D H L E R M L S L D N A F T A D E L A A W A G R I H A E V G D A A H Y L C E L K I D G V A L S L V Y R E - - - - G R L T R A S T R - - G D G R T G E D V T L N A R - T I A D V P E R L T P G D Y P - - - - - - V P E - - V L E V R G E V F F R - L D D F Q A L N A S L V - E - G K A P F A N P R N S A A G S L R Q K D P A V T A R R R L R M I C H G L G H V E - - - - - - - - - - - - - - G F R P A T L H Q A Y L A L R A W G - - - - - - - - - - - - - - L P V S E H T T L A T - - - - - - - - - - D L A G V R E R I D Y W G E H R H E - - - - - - - - - - - - - V D H E I D G V V V K V D E V A L Q R R L G S T - - - - S R A P R W A I A Y K Y P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

 

 

 

 

 

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Contact: Prof. R. Sowdhamini - mini@ncbs.res.in