Superfamily : 55608 [ Homing endonucleases ]
Class : Alpha and beta proteins (a+b)
Fold : Homing endonuclease-like
# of Members : 12
solvent inaccessible: UPPER CASE X
solvent accesible: lower case x
alpha helix: red x
beta strand: blue x
3 - 10 helix: maroon x
hydrogen bond to main chain amide: bold x
hydrogen bond to mainchain carbonyl: underline x
disulphide bond: cedilla
positive phi: italic x
 
                             10        20        30        40        50  
d1b24a1  (   7 )                                      vsgisayllglIigdg
d1b24a2  ( 100 )                                    lfnreqiafIkglYvaeG
d1dq3a3  ( 129 )                    pdged------------ykfifdywLagfIagdG
d1dq3a4  ( 227 )                      Ippqilk-------egknaVlsfIaglFdaeG
d1jvaa2  ( 464 )               pilyendhffdymqkskfhltieGpkVLayLLglWigdG
d1jvaa3  ( 582 )                  gvknipsflst-------dnigtrEtfLAglIdsdG
d1m5xa-  (   6 )                        t------------lqpteAayIAgfLdgdG
d1r7ma1  (   3 )    nikknqVmnlgpnskllkeYksqli-------eLnieQfeaGiglIlgdA
d1r7ma2  ( 121 )                   kktipnnlVe-------n--yltpmsLAywFmddG
d3eh8a1  (   3 )                                       dltyayLVglYegdG
d3eh8a2  ( 126 )                  nsiesii------------ntsyFsawLVgfIeaeG
                                                         aaaaaaaaaaaa 

                             60        70        80        90        100 
d1b24a1  (  23 )    glyklkykg------nr-seyrVVItqk--senlIkqhIaplqfLIdeln
d1b24a2  ( 119 )    d--k-----t----l----k-rLrIwnk--nkalLe-iVsr--wLnn-lg
d1dq3a3  ( 151 )    cfdkyhshvkg---hey-iydrLrIydy--rietFe-iInd--yLektfg
d1dq3a4  ( 252 )    hVsn---------------kPGIeLgmv--nkrlIe-dVTh--yLna-lg
d1jvaa2  ( 503 )    ls------------------drATFsVdsrdtslme-rVte--YAek-Ln
d1jvaa3  ( 611 )    yVtd-----e----h----gikATIkti--htsvrd-gLvs--LArs-Lg
d1m5xa-  (  24 )    sIyAkLiprpdykdIkyqVslAIsFiqrkdkfpyLq-dIyd--qL----g
d1r7ma1  (  46 )    yIrSrde----------gktYcMqFewk--nkayMdhVcllYdqWVls--
d1r7ma2  ( 147 )    gkwd-----ynknst----nkSIVLnTqsftfeeVe-yLvk--GLrnkfq
d3eh8a1  (  18 )    yFsItkkg-------ky-LtYELGIelsikdvqlIy-kIkk--iL----g
d3eh8a2  ( 150 )    cFsVykln----kdddy-liASFdIaqr-dgdilIs-AIrk--yL----s
                    bbb                  bbbbbb    aaaaa aaaa  aa     

                             110       120       130       140       150 
d1b24a1  (  65 )    vkskiqivkgd-----tryeLrVsskkLyy-yFanl-erir         
d1b24a2  ( 147 )    VrNtihldd---hrhg-vyVLnIs-lrDri-kFvhtil            
d1dq3a3  ( 192 )    --rkysiqkdr-----niyyIdIkarnITs-hYlkllegidn--------
d1dq3a4  ( 281 )    IkArirekl---rkdgidyvLhVeeysSLl-rFyelIGk---nLqn--ee
d1jvaa2  ( 531 )    LcAeykd----rkepqvaktVnLyskv--enpLwdAIvgLgflkd     
d1jvaa3  ( 642 )    LvVsvnaep------kisyAIyMsg----g-dvLlnVLs---kCag--sk
d1m5xa-  (  67 )    krgnlrkdrg-----dgiAdYtIigsthLs-iILpdLvp---yLr-ikkk
d1r7ma1  (  82 )    -pphkkervnhlgnlvitwgAqTfkhqAFnkLAnlfivnn          
d1r7ma2  ( 185 )    LnCyvkink-------nkPIIyId-smSyl-iFynlIkp---yL-i--pq
d3eh8a1  (  53 )    -igivsfrkrne---iemVALrIrdknhLkskILpiFek--ypMfsnkqy
d3eh8a2  ( 187 )    Fttkvyldk------tncSkLkVtsvrsVe-nIIkfLqnApvkLlgnkkl
                       b bbb         bbbbbb     aa aaaaaa             

                             160       170       180       190       200 
d1b24a1                                                               
d1b24a2                                                               
d1dq3a3  ( 226 )    --------------------------------------------------
d1dq3a4  ( 322 )    krekLekvLsnhkg                                    
d1jvaa2                                                               
d1jvaa3  ( 686 )    kfrpaPaa-afare                                    
d1m5xa-  ( 107 )    qAnrIlhIinlypqAqknpskFLdLVkiVddVqnlnkradelkstnydrL
d1r7ma1                                                               
d1r7ma2  ( 220 )    mmykLp                                            
d3eh8a1  (  97 )    dYlrFrnALlsg-------iiyledlpdytrsdepl              
d3eh8a2  ( 230 )    qYklWLkqLrki-------srYsekIk---Ips-nY              
                                                                      

                             210 
d1b24a1                       
d1b24a2                       
d1dq3a3  ( 226 )    ---------g
d1dq3a4                       
d1jvaa2                       
d1jvaa3                       
d1m5xa-  ( 157 )    leeFlkagki
d1r7ma1                       
d1r7ma2                       
d3eh8a1                       
d3eh8a2                       
                              

 

 

Domain IDNameFamilySourceDomainSTRING-DB
DNA endonuclease I-dmoIGroup I mobile intron endonucleaseDesulfurococcus mobilis [TaxId: 2274]view
DNA endonuclease I-dmoIGroup I mobile intron endonucleaseDesulfurococcus mobilis [TaxId: 2274]view
PI-Pfui inteinIntein endonucleasePyrococcus furiosus [TaxId: 2261]view
PI-Pfui inteinIntein endonucleasePyrococcus furiosus [TaxId: 2261]view
VMA1-derived endonuclease (VDE) PI-SceIIntein endonucleaseBaker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]view
VMA1-derived endonuclease (VDE) PI-SceIIntein endonucleaseBaker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]view
DNA endonuclease I-MsoIGroup I mobile intron endonucleaseMonomastix sp. cl-1997 [TaxId: 141716]view
DNA endonuclease I-SceIGroup I mobile intron endonucleaseBaker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]view
DNA endonuclease I-SceIGroup I mobile intron endonucleaseBaker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]view
automated matchesGroup I mobile intron endonucleaseEmericella nidulans [TaxId: 162425]view
automated matchesGroup I mobile intron endonucleaseEmericella nidulans [TaxId: 162425]view
Domain ID Name
d2vboa-2vbo A:
FeatureDownload
Superfamily
Distance Matrix
Conserved Interactions
Cusp Results
Alistat - Alignment Statistics
SMotif - Conserved Structural Motifs
MeanRMS
PCSSE Details
Absolutely Conserved Residues
Highly Conserved Residues

 

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V S G I S A Y L L G L I I G D G G L Y K L K Y K G - - - - - - N R - S E Y R V V I T Q K - - S E N L I K Q H I A P L Q F L I D E L N V K S K I Q I V K G D - - - - - T R Y E L R V S S K K L Y Y - Y F A N L - E R I R - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L F N R E Q I A F I K G L Y V A E G D - - K - - - - - T - - - - L - - - - K - R L R I W N K - - N K A L L E - I V S R - - W L N N - L G V R N T I H L D D - - - H R H G - V Y V L N I S - L R D R I - K F V H T I L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - P D G E D - - - - - - - - - - - - Y K F I F D Y W L A G F I A G D G C F D K Y H S H V K G - - - H E Y - I Y D R L R I Y D Y - - R I E T F E - I I N D - - Y L E K T F G - - R K Y S I Q K D R - - - - - N I Y Y I D I K A R N I T S - H Y L K L L E G I D N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G
- - - - - - - - - - - - - - - - - - I P P Q I L K - - - - - - - E G K N A V L S F I A G L F D A E G H V S N - - - - - - - - - - - - - - - K P G I E L G M V - - N K R L I E - D V T H - - Y L N A - L G I K A R I R E K L - - - R K D G I D Y V L H V E E Y S S L L - R F Y E L I G K - - - N L Q N - - E E K R E K L E K V L S N H K G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - P I L Y E N D H F F D Y M Q K S K F H L T I E G P K V L A Y L L G L W I G D G L S - - - - - - - - - - - - - - - - - - D R A T F S V D S R D T S L M E - R V T E - - Y A E K - L N L C A E Y K D - - - - R K E P Q V A K T V N L Y S K V - - E N P L W D A I V G L G F L K D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - G V K N I P S F L S T - - - - - - - D N I G T R E T F L A G L I D S D G Y V T D - - - - - E - - - - H - - - - G I K A T I K T I - - H T S V R D - G L V S - - L A R S - L G L V V S V N A E P - - - - - - K I S Y A I Y M S G - - - - G - D V L L N V L S - - - K C A G - - S K K F R P A P A A - A F A R E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - - - - - - L Q P T E A A Y I A G F L D G D G S I Y A K L I P R P D Y K D I K Y Q V S L A I S F I Q R K D K F P Y L Q - D I Y D - - Q L - - - - G K R G N L R K D R G - - - - - D G I A D Y T I I G S T H L S - I I L P D L V P - - - Y L R - I K K K Q A N R I L H I I N L Y P Q A Q K N P S K F L D L V K I V D D V Q N L N K R A D E L K S T N Y D R L L E E F L K A G K I
N I K K N Q V M N L G P N S K L L K E Y K S Q L I - - - - - - - E L N I E Q F E A G I G L I L G D A Y I R S R D E - - - - - - - - - - G K T Y C M Q F E W K - - N K A Y M D H V C L L Y D Q W V L S - - - P P H K K E R V N H L G N L V I T W G A Q T F K H Q A F N K L A N L F I V N N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - K K T I P N N L V E - - - - - - - N - - Y L T P M S L A Y W F M D D G G K W D - - - - - Y N K N S T - - - - N K S I V L N T Q S F T F E E V E - Y L V K - - G L R N K F Q L N C Y V K I N K - - - - - - - N K P I I Y I D - S M S Y L - I F Y N L I K P - - - Y L - I - - P Q M M Y K L P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D L T Y A Y L V G L Y E G D G Y F S I T K K G - - - - - - - K Y - L T Y E L G I E L S I K D V Q L I Y - K I K K - - I L - - - - G - I G I V S F R K R N E - - - I E M V A L R I R D K N H L K S K I L P I F E K - - Y P M F S N K Q Y D Y L R F R N A L L S G - - - - - - - I I Y L E D L P D Y T R S D E P L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - N S I E S I I - - - - - - - - - - - - N T S Y F S A W L V G F I E A E G C F S V Y K L N - - - - K D D D Y - L I A S F D I A Q R - D G D I L I S - A I R K - - Y L - - - - S F T T K V Y L D K - - - - - - T N C S K L K V T S V R S V E - N I I K F L Q N A P V K L L G N K K L Q Y K L W L K Q L R K I - - - - - - - S R Y S E K I K - - - I P S - N Y - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

 

 

 

 

 

Member Chain UniProtKB GO term
d1b24a1 A P21505 GO:0004519
d1b24a1 A P21505 GO:0006314
d1b24a1 A P21505 GO:0016539
d1b24a1 A P21505 GO:0004519
d1b24a1 A P21505 GO:0006314
d1b24a1 A P21505 GO:0016539
d1b24a1 A P21505 GO:0004519
d1b24a1 A P21505 GO:0006314
d1b24a1 A P21505 GO:0016539
d1b24a1 A P21505 GO:0004519
d1b24a1 A P21505 GO:0006314
d1b24a1 A P21505 GO:0016539
d1b24a2 A P21505 GO:0004519
d1b24a2 A P21505 GO:0006314
d1b24a2 A P21505 GO:0016539
d1b24a2 A P21505 GO:0004519
d1b24a2 A P21505 GO:0006314
d1b24a2 A P21505 GO:0016539
d1b24a2 A P21505 GO:0004519
d1b24a2 A P21505 GO:0006314
d1b24a2 A P21505 GO:0016539
d1b24a2 A P21505 GO:0004519
d1b24a2 A P21505 GO:0006314
d1b24a2 A P21505 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a3 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0004519
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016539
d1dq3a4 A E7FHX6 GO:0016788
d1jvaa2 A P17255 GO:0003677
d1jvaa2 A P17255 GO:0004519
d1jvaa2 A P17255 GO:0016539
d1jvaa2 A P17255 GO:0030908
d1jvaa2 A P17255 GO:0003677
d1jvaa2 A P17255 GO:0004519
d1jvaa2 A P17255 GO:0016539
d1jvaa2 A P17255 GO:0030908
d1jvaa2 A P17255 GO:0003677
d1jvaa2 A P17255 GO:0004519
d1jvaa2 A P17255 GO:0016539
d1jvaa2 A P17255 GO:0030908
d1jvaa2 A P17255 GO:0003677
d1jvaa2 A P17255 GO:0004519
d1jvaa2 A P17255 GO:0016539
d1jvaa2 A P17255 GO:0030908
d1jvaa3 A P17255 GO:0003677
d1jvaa3 A P17255 GO:0004519
d1jvaa3 A P17255 GO:0016539
d1jvaa3 A P17255 GO:0030908
d1jvaa3 A P17255 GO:0003677
d1jvaa3 A P17255 GO:0004519
d1jvaa3 A P17255 GO:0016539
d1jvaa3 A P17255 GO:0030908
d1jvaa3 A P17255 GO:0003677
d1jvaa3 A P17255 GO:0004519
d1jvaa3 A P17255 GO:0016539
d1jvaa3 A P17255 GO:0030908
d1jvaa3 A P17255 GO:0003677
d1jvaa3 A P17255 GO:0004519
d1jvaa3 A P17255 GO:0016539
d1jvaa3 A P17255 GO:0030908
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0004519
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0009507
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0046872
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0004519
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0009507
d1m5xa_ A C0JWR6 GO:0046872
d1r7ma1 A P03882 GO:0004519
d1r7ma1 A P03882 GO:0005739
d1r7ma1 A P03882 GO:0006314
d1r7ma1 A P03882 GO:0006397
d1r7ma1 A P03882 GO:0008380
d1r7ma1 A P03882 GO:0004519
d1r7ma1 A P03882 GO:0005739
d1r7ma1 A P03882 GO:0006314
d1r7ma1 A P03882 GO:0006397
d1r7ma1 A P03882 GO:0008380
d1r7ma1 A P03882 GO:0004519
d1r7ma1 A P03882 GO:0005739
d1r7ma1 A P03882 GO:0006314
d1r7ma1 A P03882 GO:0006397
d1r7ma1 A P03882 GO:0008380
d1r7ma1 A P03882 GO:0004519
d1r7ma1 A P03882 GO:0005739
d1r7ma1 A P03882 GO:0006314
d1r7ma1 A P03882 GO:0006397
d1r7ma1 A P03882 GO:0008380
d1r7ma2 A P03882 GO:0004519
d1r7ma2 A P03882 GO:0005739
d1r7ma2 A P03882 GO:0006314
d1r7ma2 A P03882 GO:0006397
d1r7ma2 A P03882 GO:0008380
d1r7ma2 A P03882 GO:0004519
d1r7ma2 A P03882 GO:0005739
d1r7ma2 A P03882 GO:0006314
d1r7ma2 A P03882 GO:0006397
d1r7ma2 A P03882 GO:0008380
d1r7ma2 A P03882 GO:0004519
d1r7ma2 A P03882 GO:0005739
d1r7ma2 A P03882 GO:0006314
d1r7ma2 A P03882 GO:0006397
d1r7ma2 A P03882 GO:0008380
d1r7ma2 A P03882 GO:0004519
d1r7ma2 A P03882 GO:0005739
d1r7ma2 A P03882 GO:0006314
d1r7ma2 A P03882 GO:0006397
d1r7ma2 A P03882 GO:0008380