Superfamily : 55031 [ Bacterial exopeptidase dimerisation domain ]
Class : Alpha and beta proteins (a+b)
Fold : Ferredoxin-like
# of Members : 8
Superposed Structure
solvent inaccessible: UPPER CASE X
solvent accesible: lower case x
alpha helix: red x
beta strand: blue x
3 - 10 helix: maroon x
hydrogen bond to main chain amide: bold x
hydrogen bond to mainchain carbonyl: underline x
disulphide bond: cedilla
positive phi: italic x
 
                             10        20        30        40        50  
d1cg2a2  ( 214 )                                                      
d1fnoa3  ( 208 )                                                      
d1lfwa2  ( 187 )    qGiFtLeFsFknddtkgdyvLdkFkaGiatnvTPqvTrAtIsGpdLeaVk
d1r3na2  ( 248 )                                                      
d1vgya2  ( 181 )                                                      
d1ysja2  ( 178 )                                                      
d1z2la2  ( 213 )                                                      
d2q43a2  ( 195 )                                                      
                                                                      

                             60        70        80        90        100 
d1cg2a2  ( 214 )                      sGiAyVqVnItGkashagaape-lGvnAlvEA
d1fnoa3  ( 208 )                      fnAAsvnikIvGnnvhpgtak--gvvnAlsla
d1lfwa2  ( 237 )    laYesfLadkeLdGsFeindesAdIvLi-GqgahAsa--PqvGknSATFL
d1r3na2  ( 248 )                       AynwqkVtVhGvgahagttpwrlrkdAllMS
d1vgya2  ( 181 )                       gsLsGnLtV-gkqghiay--phlAinPvhtF
d1ysja2  ( 178 )                       svDrFeivIkgkn----------sidPiaAa
d1z2la2  ( 213 )                      vGqrrYtVtLnGesnhagttpmgyrrdTvyAf
d2q43a2  ( 195 )                       aGagvFeAv-Itgkt---------idPvvAA
                                        bbbbbbbb                 aaaaa

                             110       120       130       140       150 
d1cg2a2  ( 245 )    s-------------dLvlrTmnidd------k-----------anlFnwt
d1fnoa3  ( 239 )    a-------------rIhaevpadea------pettegy-----eGfyhla
d1lfwa2  ( 284 )    AlFLdqyaFagrDknFLhFLAevEhedfyGkkLgIfhhddlmgdLaSSPS
d1r3na2  ( 279 )    s-------------kMivaAseIAq------rhn----------GlFtcg
d1vgya2  ( 210 )    a-------------pAlleLtq-evWdeGne---------yfppTsFqis
d1ysja2  ( 207 )    g-------------qIisglq----------------------nAvvsit
d1z2la2  ( 245 )    s-------------rIchqSvekak------rmg---d-----pLvLtFg
d2q43a2  ( 225 )    s-------------sIvlsLqq-lvs--ret--------dpldskvVtVs
                    a             aaaaaa                         bbbb 

                             160       170       180       190       200 
d1cg2a2  ( 267 )    iaagv---sniipasAtLnAdVrYan--dfdaamtL--erAqqkkl----
d1fnoa3  ( 265 )    skgt--------vdrAe-hyiIrDfdrkqFearkrk--eiakkVgkglp-
d1lfwa2  ( 334 )    mFdYehag------kAsLlNNVrYPqgTdpdtMikqVldkfsg-------
d1r3na2  ( 300 )    iidakpysvniIpgeVsFtLdFrhpsddvlatMlkeAaaeFdrlIkindg
d1vgya2  ( 237 )    ninggtgatnvIpgeLnVkFnFrFStesteagLkqrVhaILdkh--gV--
d1ysja2  ( 233 )    rvqag-tswnvipd-qAeeGtVrTfqkearqavpehr-rvAegiAagy--
d1z2la2  ( 268 )    kveprpntvnvVpGkTtFtIdCrhtdaavLrdFTqqLendMraiCdem--
d2q43a2  ( 251 )    kvnp---------dsitIgGtLrAf--tgftqLqqrVkevItkqAavh--
                     bb            bbbbbbbb      aaaaaa   aaaaa       

                             210       220 
d1cg2a2  ( 312 )    ---pAdVvivtgrpA       
d1fnoa3  ( 308 )    -dcyIelviedsyy        
d1lfwa2  ( 371 )    ---iLdVtyn-------gfeep
d1r3na2  ( 350 )    gaLsyesetlqvsp        
d1vgya2  ( 283 )    ---qydLqwscsgq        
d1ysja2  ( 280 )    -gAqAefkwfpylp        
d1z2la2  ( 316 )    -dIgidIdlwmdeep       
d2q43a2  ( 296 )    ---rCnAsVn-ltpngrepmpp
                        bbbbbbb
 

 

Domain IDNameFamilySourceDomainSTRING-DB
Carboxypeptidase G2Bacterial exopeptidase dimerisation domainPseudomonas sp., strain rs-16 [TaxId: 306]view
Peptidase T (tripeptidase)Bacterial exopeptidase dimerisation domainSalmonella typhimurium [TaxId: 90371]view
Aminopeptidase PepVBacterial exopeptidase dimerisation domainLactobacillus delbrueckii [TaxId: 1584]view
Peptidase-like beta-alanine synthaseBacterial exopeptidase dimerisation domainYeast (Saccharomyces kluyveri) [TaxId: 4934]view
Succinyl-diaminopimelate desuccinylaseBacterial exopeptidase dimerisation domainNeisseria meningitidis [TaxId: 487]view
Protein YxePBacterial exopeptidase dimerisation domainBacillus subtilis [TaxId: 1423]view
Allantoate amidohydrolase AllCBacterial exopeptidase dimerisation domainEscherichia coli [TaxId: 562]view
IAA-amino acid hydrolaseBacterial exopeptidase dimerisation domainThale cress (Arabidopsis thaliana) [TaxId: 3702]view

 

No outliers

FeatureDownload
Superfamily
Distance Matrix
Conserved Interactions
Cusp Results
Alistat - Alignment Statistics
SMotif - Conserved Structural Motifs
MeanRMS
PCSSE Details
Absolutely Conserved Residues
Highly Conserved Residues

 

10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S G I A Y V Q V N I T G K A S H A G A A P E - L G V N A L V E A S - - - - - - - - - - - - - D L V L R T M N I D D - - - - - - K - - - - - - - - - - - A N L F N W T I A A G V - - - S N I I P A S A T L N A D V R Y A N - - D F D A A M T L - - E R A Q Q K K L - - - - - - - P A D V V I V T G R P A - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - F N A A S V N I K I V G N N V H P G T A K - - G V V N A L S L A A - - - - - - - - - - - - - R I H A E V P A D E A - - - - - - P E T T E G Y - - - - - E G F Y H L A S K G T - - - - - - - - V D R A E - H Y I I R D F D R K Q F E A R K R K - - E I A K K V G K G L P - - D C Y I E L V I E D S Y Y - - - - - - - -
Q G I F T L E F S F K N D D T K G D Y V L D K F K A G I A T N V T P Q V T R A T I S G P D L E A V K L A Y E S F L A D K E L D G S F E I N D E S A D I V L I - G Q G A H A S A - - P Q V G K N S A T F L A L F L D Q Y A F A G R D K N F L H F L A E V E H E D F Y G K K L G I F H H D D L M G D L A S S P S M F D Y E H A G - - - - - - K A S L L N N V R Y P Q G T D P D T M I K Q V L D K F S G - - - - - - - - - - I L D V T Y N - - - - - - - G F E E P
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A Y N W Q K V T V H G V G A H A G T T P W R L R K D A L L M S S - - - - - - - - - - - - - K M I V A A S E I A Q - - - - - - R H N - - - - - - - - - - G L F T C G I I D A K P Y S V N I I P G E V S F T L D F R H P S D D V L A T M L K E A A A E F D R L I K I N D G G A L S Y E S E T L Q V S P - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G S L S G N L T V - G K Q G H I A Y - - P H L A I N P V H T F A - - - - - - - - - - - - - P A L L E L T Q - E V W D E G N E - - - - - - - - - Y F P P T S F Q I S N I N G G T G A T N V I P G E L N V K F N F R F S T E S T E A G L K Q R V H A I L D K H - - G V - - - - - Q Y D L Q W S C S G Q - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S V D R F E I V I K G K N - - - - - - - - - - S I D P I A A A G - - - - - - - - - - - - - Q I I S G L Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N A V V S I T R V Q A G - T S W N V I P D - Q A E E G T V R T F Q K E A R Q A V P E H R - R V A E G I A A G Y - - - G A Q A E F K W F P Y L P - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V G Q R R Y T V T L N G E S N H A G T T P M G Y R R D T V Y A F S - - - - - - - - - - - - - R I C H Q S V E K A K - - - - - - R M G - - - D - - - - - P L V L T F G K V E P R P N T V N V V P G K T T F T I D C R H T D A A V L R D F T Q Q L E N D M R A I C D E M - - - D I G I D I D L W M D E E P - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A G A G V F E A V - I T G K T - - - - - - - - - I D P V V A A S - - - - - - - - - - - - - S I V L S L Q Q - L V S - - R E T - - - - - - - - D P L D S K V V T V S K V N P - - - - - - - - - D S I T I G G T L R A F - - T G F T Q L Q Q R V K E V I T K Q A A V H - - - - - R C N A S V N - L T P N G R E P M P P

 

 

 

 

 

Member Chain UniProtKB GO term
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Contact: Prof. R. Sowdhamini - mini@ncbs.res.in