Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1oeda-
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

>P1;d1oedc-
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d1oeda-
b8a547835413770473053005303942a248614621750467065366723943877866a5346365532630361167028106609840661056065634656662862755247776a

>P1;d1oedc-
a99764745524560462053005104624b44940563174056717635662474188584877647354632672565176055204748a636623682772565666637826445874478


Translating the sequences
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC

90112.tem
_________________________________
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC




Structural block scores
0	1	C	5.0	H	  9.8  9.8

2	27	H	5.0	H	  4.1  3.8

29	59	H	4.8	H	  4.7  4.8

60	64	C	5.0	H	  7.5  6.4

65	90	H	5.0	H	  3.8  4.4

91	93	C	5.0	H	  5.7  7.5

94	125	H	4.9	H	  4.7  5.2

>>>>>>