Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1niga- ------CEEEECCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------CCCCCCCCCCCCCCCCC----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------ >P1;d1noga- ---------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC------ >P1;d1wvta- -------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----C-CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEECC----- >P1;d3ci3a1 CCCCCCCCCEECCCCCCEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC--CCCCCCHHHHC-CHHHHC-CCCCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCC >P1;d6d5xa- --------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC----- >P1;d6wgsa- C---CCCCEEECCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCCCC---- PSA >P1;d1niga- ------96550402856042a120040161064027306502628-----53382065027004301530450a--------244062a3492467758----------a577023201501700430163045027350794069105104300200050023------------------ >P1;d1noga- ---------------------95286028008401830460173062--95046007402610820140044609--583055920530361186058418a2887055451700400050270053016305704772--9058104200530040020000000521b382828------ >P1;d1wvta- -------------------949524702900850281055018306----702820670281085024004a----8-6d06894088037327614741883859055222600340050260053017106602988--3069001500530040031000000542a3935457----- >P1;d3ci3a1 7b777938954031966285a3301302720850183045027106a607700b00550271086025001002a36--92128308304-229807-407a24-6064431700400050251043027304-03865--90163024005200600300001004129370545980844 >P1;d6d5xa- --------------------7a5286038008502820480182187ab46127007602710960280062----94570859207404711840784069193b065204810520070260053026304302858--4026302500520060031001101354a4935288----- >P1;d6wgsa- b---c9b83320559651559231150251085008103400870a0--aa1481064028007102400231475a261066810630492087278b17b18380655036003200601610530161046019436a401430040052004003100030056-a153585d7---- Translating the sequences ------*************CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-----**HHHHHHHHHHHHHHHH**CCCC--------C**************CC----------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**CCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHH*------------------ ---------------------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC*--*CCCC*HHHHHHHHHHHHHH***CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC------ -------------------CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----C-CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC**CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC**CC----- *******************CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC**C--CCCC**HHHH*-*HHHH*-CCCCCC-CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-***CC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC***** --------------------C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----C*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC----- *---***************CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC**C*CCCC*HHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C**CCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-CCCCCCCC*---- 89028.tem _________________________________ ------*************CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*-C*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC----- Structural block scores 0 5 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 8.1 75.0 43.0 6 18 * 3.4 M 4.2 75.0 75.0 4.9 75.0 4.9 19 21 C 4.3 M 4.5 53.0 7.3 6.2 30.8 5.3 22 42 H 4.9 H 2.6 3.5 3.4 2.9 3.7 2.6 44 46 C 4.3 M 52.7 2.7 27.0 5.5 5.3 3.5 47 48 - 4.1 M 75.0 75.0 75.0 3.0 11.0 75.0 50 69 H 4.9 H 2.9 2.5 3.1 3.0 3.2 2.9 70 73 C 4.5 M 4.9 3.5 41.1 0.8 39.5 2.5 78 82 C 4.4 M 60.4 4.2 6.7 17.8 5.0 3.8 83 96 H 4.3 M 4.9 3.5 4.4 9.2 3.9 4.1 97 111 C 4.5 M 52.4 5.1 4.6 13.4 4.6 5.2 112 135 H 4.9 H 2.3 2.5 2.4 5.2 2.5 2.2 137 138 C 4.3 M 4.0 4.5 8.0 5.5 6.5 3.5 139 140 - 4.1 M 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 8.2 141 143 C 5.0 H 4.3 4.7 3.0 3.3 2.0 1.7 144 167 H 4.8 H 14.2 1.5 1.7 1.5 1.8 1.7 168 176 C 4.4 M 75.0 13.2 5.4 4.9 5.9 14.0 177 181 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 4.8 75.0 61.4 >>>>>>