Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1hf8a1
------------CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCC

>P1;d1j2ha-
CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-------------------------

>P1;d1j2jb-
-------------------------------------------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHCCC---------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------

>P1;d1wrda1
-------------CCHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----C-------------------------
PSA

>P1;d1hf8a1
------------597b39138174860082038118602810638083a60689a3576058205602511330110020026406a08-----87216701510650282184057105105527185a613918524a64903944a

>P1;d1j2ha-
bb6987665657677677255-517801640681174046105614a--------8a568ba177506601550471355097118407---a499137606804740470062143357a695-------------------------

>P1;d1j2jb-
-------------------------------------------------------------------34a59855751570482a---------------76625750872474157738888--------------------------

>P1;d1wrda1
-------------b86b7148-3097068217603610791626-------------7077832840550174058117404611681b89a126404511650670073055037736----d-------------------------


Translating the sequences
------------***********HHHHHHHHHHHHHHHHH********************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******************************
*********************-*HHHHHHHHHHHHHHHHH*******--------*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CC---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------------------------
-------------------------------------------------------------------****HHHHHHHHHHH***---------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHH****--------------------------
-------------********-*HHHHHHHHHHHHHHHHH****-------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*----*-------------------------

89009.tem
_________________________________
------------*********-*HHHHHHHHHHHHHHHHH*******--------*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CC---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------------------------




Structural block scores
0	11	-	4.3	M	  75.0  7.3  75.0  75.0

12	20	*	2.4	P	  6.3  5.8  75.0  14.7

23	39	H	4.3	M	  3.8  3.8  75.0  4.2

40	46	*	2.8	P	  3.7  3.9  75.0  34.3

47	54	-	4.3	M	  6.6  75.0  75.0  75.0

55	59	*	2.8	P	  4.2  7.5  75.0  32.8

60	83	H	4.6	H	  2.4  4.5  25.6  3.8

84	86	*	1.9	P	  5.5  4.3  53.5  5.0

87	88	C	4.3	M	  4.0  3.5  75.0  6.2

89	91	-	4.3	M	  75.0  75.0  75.0  9.2

92	93	*	3.5	M	  75.0  7.2  75.0  1.5

94	118	H	4.8	H	  3.5  4.0  21.7  3.6

119	123	*	2.3	P	  3.2  7.5  21.4  62.7

124	148	-	4.3	M	  5.3  75.0  75.0  75.0

>>>>>>