Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1mgpa1 ---------------------------CEEEEEEHHHCCC--CCC-CCCCEEEECCEEECCCCCEEECCC--CCCCCCHHHHHHHCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCC-----CCEEEEECC--------------CCHHHCHHHHHHHHCC-CCCC-CHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEECCCH--HHHHHCCCC------------CCEEEEEEEE-CCEEEEEEEEE--CHHHHHHHHHHHHHCCCC----------------------C-C---CEEEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHCCCC-E---E-EEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEEE-------------------------- >P1;d1oi2a- ---------CHHHHHHHHHHHHCC--CEEEEC---CCCEEEECCCCCCCCCEEEEEEEECCC------------CCCHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCC--CCEEEEEECCH--HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHHHCC-EEEEEEEEECC-------------------------CCEECCCCC--CCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCEEEE---EEE-ECCCCCCC-CEEEEEEEEEE-CHHHHHHHHCCEECCCCEECC---- >P1;d1pzxa- --------------------------CCCEEEEEHHHCCC--HHHHHHCCCEEECCEEEEC-CEEEECCC--CCCHHHHHHHHCCC-CCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHC-EEEEEECCCCH--HHHHHCCCC-------------CEEEEEEEE-CCEEEEEEEEE--CHHHHHHHHHHHHHHHCC-------------------------CHHH-CEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHHC----CCCEEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCC---------------------- >P1;d1un8a4 CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCEEEECCCCC-CCCEEEEEEEECCC------------CCCHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCC--CCEEEEEECCH--HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEECCCCCCCC---CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHC-EEEEEEEEECCCCCC----------CCCCCCCCCCCCEEECCCCC--CCCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------CCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCCC-HHH--EEE---EEEEECCCCCCC-CEEEEEEEEEC-CCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d2dt8a- ---------------------------CEEEEEEHHHCCC--HHHHCCCCCEEECCEEEEC-CEEEECCC--CCCHHHHHHHHHCCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHCCCC-CEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHCCCC-----CCEEEEECC--------------CCHHHCC--CHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHHHHHC-CEEEEECCCCH--HHHHHCCCHHHHHH--CCC-CCCCEEEEEEE-CCEEEEEEEEC--CHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------------------CC-CCEEEEEEECCC--CHHHHHHHHHHHHCC---CCEEEEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEEC-------------------------- >P1;d2g7za1 --------------------------CCEEEEEECCCCCC--HHHHHHHCCEEECCEECC--CCCEEHHH--CCCCCHHHHC-CCCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEECC--------------CCCCC-CHHHHHHHCC-CCCC-CHHHHHHHHHHHHHC-EEEEEECCCCH--HHHHHCHHHH---------EECCCCEEEEEE-CCEEEEEEEEC--CCHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------C-----CEEECEEEEECC--CHHHHHHHHHHCCCC-C---C-CCE---EEECCHHHHHHHCCCEEEE-EEEC-------------------------- >P1;d2iu4a1 --------CCCCHHHHHHHHHHCC--CEEEEC---CCCEEEECCCCC-CCCCEEEEEEECCC------------CCCHHHCCCCCCCEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHCCC--CCEEEEEECCH--HHHHHHHHHHHHHHHC--CCCEEEEEECCCCHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHH-EEEEEEEEECCEEC-----------CCEECCCCCCCEEEECCCC---CCCCCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHH---------CHHHC-------------CCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCEEEE---EEE-ECCCCCCC-CEEEEEEEEECCCCHHHHHHHCCCCCCCC-------- >P1;d3fdja- ----------------------------CCEEEEHHHCCCCCCC-----CEEEECCEEECC-CCEEECCC--CCCCCC-CHHHHCCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHC-----CCCEEEEEECCCC-CCHHHHC-CHHHHHHCCCCCCEEEEEECC--------------CCCCC-CHHHHHHHC-CCCCC-CHHHHHHHHHHC-CC-EEEEEEECCCH--HHHHCCCCCHHHHH--HHHC-CCEEEEEEECCCCCEEEEEEEE--CHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------CCC----CCEEEEECCC--HHHHHHHHC-CHHHH-C---CCCEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEECC-------------------------- >P1;d3fysa1 --------------------------CCEEEEEEHHHCCC--HHHHHHHCEEEECCEEECCC-CEEECCC--CCCHHHHHHHHHCCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHCC-CCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCC----CCEEEEEECC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHCCC-CEEEEECCCCH--HHHHHCCCHHHHHH--HC-CCCCCCEEEEEE-CCEEEEEEECC--CHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------C-C---CCEEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHH--C-CCE-EEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEEC-------------------------- >P1;d3jr7a- -------------------------CCCEEEEEECCCCCCCCCCC---CCEEEECCEEEEC-CEEEECCC--CCCHHHHHHHHHHCCCCCEEE---CCCCCCC-CCCCC----CCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECC--------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--CHHHHHHHHHHHHHH-CEEEEECCCCH--HHHHCCCCC-CCCC--C-CC-CCEEEEE-ECCCCCEEEEEEEE--C-CHHHHCC-HHHHHH-------------------------CCCHHH-CEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHHC-C---CCEEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEE----------------------------- >P1;d3nyia- ----------------------------CEEEEEHHHCCC--HHHHHHHCEEEECCEEECCCCCEEECCC--CCCHHHHHHCCCCCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHHCCC-CCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC--------------CCHHHHHHHHHHHHCC-CCCC-CCCCC-CCCCCC-CC-CEEEEECCCCC--CCC-CCCCHHHCCC--HHH-CCCCEEEEEC--CCCCEEEEEEC--CHHHHHHHHHHHHHHHHH----------------------H-HCHHH-EEEEEEECCC--HHHHHHCC-HHHHHH----CC-CCCHHHCEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEECHHHC---------------------- >P1;d3pl5a- ---------------------------CCEEEEEHHHCCC--HHHHHHHCEEEECCEEEEC-CEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHCC-CCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHH-EEEEEECCCCH--HHHHCCCCCC-----------CCEEEEEEECCCCCEEEEEEEE--CHHHHHHHHHHHHCCCCC-------------------------C----CEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHCCC----CCCEEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEECC-CCC---------------------- >P1;d4x9xa- ---------------------------CCEEEEECCCCCC--HHHHHHCCCEEECCEEEEC-CEEEECCC--CCCHHHHHHHHHC--CCEEEE---CCCHHHHHHHHHHHCCCC-CCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHCCCC-----CCEEEEECC--------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHCC-EEEEEECCCHH--HHHHHCCCC--------------CEEEEEEE-CCEEEEEEEEC--CHHHHHHHHHHHHHHHHC-------------------------CC-CEEEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHHH----CC-CCE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEEC-------------------------- >P1;d6alwa- --------------------------CCEEEEEEHHHCCC--HHHHHHHCCCEECCEEECCCCCEEECCC--CCCHHHHHHHHHCCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHCC----CCEEEEEECC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHCC-EEEEEECCCCH--HHHHCCCCCCCCCC--CC-CCCCCEEEEEEE-CCEEEEEEEEC--CHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------C-C---CCCEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHH--CCCCC-EEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEECCCCCC---------------------C >P1;d6cnga- --------------------------CCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEC-CEEEECCC--CCCHHHHHHHHHHCCCCCEEE---CCCHHHHHHHHC-----CCCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEECC--------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHC-EEEEEEECCCH--HHHHCCCCCHHHHH--HCCC-CCEEEEEEECCCCCEEEEEEEE--CHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------EEE----EEEEEEECCC--HHHHHHHHHHHHHHC-C---CCEEE---EEECCHHHHHHHCCCCEEEEEEEC-------------------------- >P1;d6noka1 --------------------------CCEEEEEECCCCCC--CCHHHCCCEEEECCCEEEC-CEEECCCC--CCCHHHHHHHHHHCCCCCEEC---CCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHCCC----CCEEECCCCC--------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHHHHHHHHHHHHHC-CEEEEECCCCH--HHHHCCCCC--HHH--CC---CCCCCEEEECCCCCEEEEECCC--CHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------C-C----CEEEEEEEECC--HHHHHHHHHHHHHHC-CHHH---EE---EEECCHHHHHHHCCCEEEEEEEECC------------------------- PSA >P1;d1mgpa1 ---------------------------8110000000000--380-a61403100030408686514040--45840801740462c420606---4063930351055048491720000000250140280036017508-----050402204--------------1120000000020140-79a4-607603770962967101101003638--106528428------------9621000106-90504324616--648500400041046407----------------------7-9---340100011033--7a3056004305830-6---0-353---320100020010003000000022-------------------------- >P1;d1oi2a- ---------681787148228638--804027---a23000137043973000000000006------------20011001400010001075260072710240044020a--50000000008--7028201500550284--904000000000002671860930000000000000000003642-706400720150022-00000003981-------------------------c01000001--30703582937526500220051027406171314202287150573913073067a130000001004056950670293044109-62606023---410-34101048-04000000040-57900700532040110736a---- >P1;d1pzxa- --------------------------56100000000004--3910773801101010319-c6735063--5051660061087b-340615---406684026203510557-21000000024016018202802760395369060400103--------------011000000011015107691-70a701720430062-01001004628--20343730c-------------b52000006-80404323537--825500610060026204-------------------------5076-0200000043--6a1055036104651----708502---1150300100100310000000361172---------------------- >P1;d1un8a4 382b296396003540584288055700332b279811001054264-a2000000001004------------10010000510000001040161062800130042003b--30000000028--7037304500650484--a270310301001027b---3954100000000000001002455-818203600530061-020010023103305----------94b99244279400000001--137017418236347005300740283049--------------------------845000000101306a930760271056060-681--032---101244000015-03000000000-5730470032a0201402804327b >P1;d2dt8a- ---------------------------6110000100001--8822571a04103020305-c5634035--4050850144286a4a10704---506472005205500780-610000000271140170055017407-----b40302312--------------0100000--011014006684-829402810541274-10011006404--00454830230680--2b6-19b44000006-80503217318--757601530281048109-------------------------b2-940100001078--59104303740380b---2404402---212000010011037010000102-------------------------- >P1;d2g7za1 --------------------------75130000000005--784397170300201004--a7734048--0477570184-6819821607---4063930071047048790630000000411150150044016609-----040312313--------------01000-1000230060-7894-729702850751363-03012002224--10452833a3---------146692110106-a7315134759--768101810451058419----------------------5-----700300000008--391054039405730-a---7-b04---0210200200101380020-0207-------------------------- >P1;d2iu4a1 --------99223a3057139638--303035---910002035194-83000000000103------------100000004000000000142500717100500540229--40000000128--6027204500750484--a05024020400000500a4a644100000000000000205570-617602710540052-03000002310527-----------9a7311a06b720000000---0940254364556860052007203720---------30565-------------a5340000000005056860580172015205-82a05041---210-24000035-02000000020558502600629070221-------- >P1;d3fdja- 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