Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1nkta2 CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCC--------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >P1;d1tf5a2 CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCC-CCCCCCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >P1;d3dina2 ---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-------CHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CC PSA >P1;d1nkta2 89878778767757776865576568741460147026505633630675670493036104310473079339-9885a9362a6018406810--505263953--------62483016005600670275049464b7101610170029004321760476087158809a355b8362262046404820770275134400340053a3 >P1;d1tf5a2 6a968777667568669667766666751631346146506763761462b7009502810440073203640289486a451847018500520-06883168240a64-73a511630074038115512a6----7089502710170025015420760574067037407750a9a58318304520752267044201520043003396 >P1;d3dina2 ---989866a477766777787464453047114804760654267057667328610551063114305790406-------4941345278139386635896787761777521752383137627825756------9a157411811270043017525850662171096149b68743330764068019503351322003613--97 Translating the sequences CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCCC*HHHHHHHHHHC--CCCCCCCCC--------**HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC**HHHHHH**C-CCCCCCCCCCCCCC-C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----*CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC ---*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCC-------CHHHHHHHHHHC*CCCCCCCCCCCCCC*C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**--CC 81886.tem _________________________________ CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCCCCCCC-C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---*CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC Structural block scores 1 47 H 4.9 H 5.3 5.6 8.3 48 52 C 4.8 H 5.0 5.3 5.8 53 70 H 4.8 H 3.6 3.0 3.2 71 83 C 4.3 M 11.6 5.3 42.2 84 93 H 4.6 H 4.5 3.2 4.4 96 109 C 4.6 H 29.5 4.8 6.4 113 133 H 4.9 H 6.8 3.8 4.6 135 137 - 4.0 M 5.7 75.0 75.0 139 141 C 4.0 M 7.5 5.7 53.0 142 175 H 4.9 H 3.7 3.3 3.7 176 182 C 4.9 H 5.9 6.9 6.6 183 211 H 4.9 H 3.0 2.8 3.1 213 215 C 4.7 H 5.5 6.0 30.3 >>>>>>