Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1gzsb- CCCCHHHHHHHHHHHHHHHC--HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHCH-HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---------------- >P1;d2joka- CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCHHHHC-HHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCC PSA >P1;d1gzsb- d9366740352046108726--044308868731580242000200240277018406-759393650144004104808060949aa2040771981511630274068525-81087a92564057102700282063108a2b11419704550481177237909---------------- >P1;d2joka- 8760562026403800671084336507a649203700320000005303710481750785633650383027007709050888ab516076708a000150185059503781262-75146210200660073009105a932a104501840162037106606935878599b7889ae Translating the sequences CCCCHHHHHHHHHHHHHHH*--HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCC*HHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCEEEECCCCCCC*HHHHHHHHHHH*H-HHH*C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC******HHHHHHHHHHHHHHHH****---------------- CCCC**HHHHHHHHHHHHHH****HHHHHC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC*EEECCEEE*CCCCCCCHHHHHHHHHHHHH**HHHHC-HHH******HHHHHHHHHHH**CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**************** 81832.tem _________________________________ CCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEECCEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-HHHHC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------------- Structural block scores 0 3 C 5.0 H 7.9 5.2 4 19 H 4.6 H 3.8 3.1 20 21 - 3.0 P 75.0 6.0 22 28 H 4.4 M 3.9 4.9 30 57 H 4.7 H 3.0 2.6 60 63 C 5.0 H 6.5 5.5 64 77 H 4.9 H 2.9 3.6 78 81 C 5.0 H 3.5 3.5 82 85 E 4.5 M 5.5 6.0 86 87 C 5.0 H 10.5 11.0 88 91 E 4.5 M 1.5 3.0 92 98 C 5.0 H 5.4 5.5 99 112 H 4.6 H 3.6 3.0 114 117 H 4.5 M 4.2 4.2 120 141 H 4.3 M 3.2 2.7 143 168 H 4.2 M 4.6 3.7 169 184 - 3.0 P 75.0 8.2 >>>>>>