Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1l3pa-
---CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCHHHCHHHHHHHCC-CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----

>P1;d6trka-
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCC
PSA

>P1;d1l3pa-
---169c03107402700770184069177a523940372037105730a562-720660620271070-38508a278a431630373058405611752784----

>P1;d6trka-
da676219601660342058038509d268a4228403730463077127507750550265047036305720582578621820164022102612a587287799


Translating the sequences
---*******HHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-*CHHH*HHHHHHH**-*HHH**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----
***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HCHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C****

81736.tem
_________________________________
---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----




Structural block scores
0	2	-	3.0	P	  75.0  10.0

3	25	H	4.1	M	  3.7  4.0

26	28	C	5.0	H	  5.7  7.2

29	52	H	4.6	H	  4.2  4.2

56	68	H	4.5	M	  2.8  3.5

70	75	H	4.0	M	  5.8  4.5

76	77	C	5.0	H	  4.5  3.5

78	102	H	4.6	H	  4.3  3.7

104	107	-	3.0	P	  75.0  8.0

>>>>>>