Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d2zxea4 CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCC---HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCC-CHHH-HCCCHHHHCCCCCCCEECCCCCEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCC >P1;d3ar4a1 --------CCCHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCCC-CCCCCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHCCC---CCCC----CCCCCCCCCCHHH--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------- PSA >P1;d2zxea4 b478767b9a72882789632955b25578736b865862696647b5595399557a62357216830040035008204503853587892757603710650260066106423704548685247638649168a7a633004015401830273068208312740294-------915---77301411000000000000110003003311642377b58175005005a22300100000000000000000200240053300200214000100340024001000305217716849626488520029302500163005100700150032002--6310-5495-0751166033482560601657715186015101100000000000003100100000321186173-6084036018403740471043881498350160788016104631750254017006501766b181365020 >P1;d3ar4a1 --------1b649646a96338639268977379716752587587c65986aa467861353126631152147007206611775---a6969723432073055205641763277485686a5356288498b9aa9621045235730671276175156405553496795779a33864853235404000000000010680164004302752487a6917634500671241041011000001000300120033001651010010000020033000300200020457a61786772769-44125c206601-53007300600070021002408503644936056234---2674----735a95a628318--13300000000001000100100014440087322730770491186027204400669621530506306960153057205402930270054025747f-------- Translating the sequences ********CCC***CCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHH***CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCCHHHHHH**CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------CC*---HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCCHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHH*CCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCC*CCCCCHHHHHHH***HHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCC-CHHH-H**CHH***CCCC****CCCCCEECHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHC*-*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*HHHHCCCCCCCHHHHH**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC******** --------CCCHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHH****---CCCHHH***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******CCH***HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHH**CCCCCCHHHCCCCCCC-CCCCCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCC*C****HHHC**---CCCC----CCCCC**C**HHH--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC****CH*HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------- 81665.tem _________________________________ --------CCCHHHCCHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCH---HHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCC-CCCCCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCC-CHHH-HHHCHH---CCCC----CCCCCEECHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCH-HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------- Structural block scores 0 7 - 3.0 P 7.8 75.0 8 10 C 5.0 H 8.8 6.2 11 13 H 3.0 P 6.0 6.3 14 15 C 5.0 H 4.5 5.0 16 23 H 5.0 H 5.9 6.1 24 32 C 5.0 H 6.1 6.4 33 43 H 5.0 H 6.7 5.6 44 55 C 5.0 H 6.5 7.7 56 64 H 4.3 M 4.8 4.0 65 66 C 5.0 H 7.0 6.0 67 86 H 4.5 M 2.6 3.3 87 89 - 3.0 P 6.7 75.0 90 92 C 5.0 H 6.3 8.5 93 121 H 4.4 M 3.6 4.2 122 124 C 5.0 H 7.3 6.7 125 132 H 4.5 M 5.1 5.9 133 142 C 5.0 H 6.5 8.0 143 173 H 4.9 H 3.1 4.0 174 180 - 3.0 P 75.0 7.8 181 182 C 5.0 H 5.0 3.0 184 186 - 3.0 P 75.0 6.0 187 201 H 5.0 H 1.6 1.7 202 205 C 5.0 H 0.0 0.2 206 223 H 4.9 H 1.9 3.3 224 232 C 5.0 H 4.9 5.9 233 237 H 4.6 H 4.1 3.6 238 239 C 5.0 H 2.0 1.5 240 269 H 4.8 H 0.7 1.1 270 276 C 5.0 H 1.0 1.1 277 285 H 4.8 H 1.0 0.6 286 288 C 5.0 H 1.3 1.0 289 297 H 4.6 H 1.1 0.8 298 303 C 5.0 H 3.7 5.4 304 306 H 5.0 H 5.0 5.3 307 313 C 5.0 H 5.6 6.3 315 319 C 5.0 H 1.8 3.2 320 326 H 5.0 H 2.7 3.9 328 347 H 4.6 H 1.8 1.8 348 349 - 3.0 P 75.0 2.0 351 353 C 5.0 H 1.3 2.7 356 358 H 3.0 P 6.0 5.3 360 362 H 3.7 M 4.0 3.7 364 365 H 3.0 P 3.5 3.5 366 368 - 3.0 P 3.0 75.0 369 372 C 5.0 H 4.2 4.8 373 376 - 3.0 P 4.2 75.0 377 381 C 5.0 H 3.8 6.9 382 383 E 3.0 P 4.0 7.8 385 389 H 4.2 M 3.2 4.4 390 391 - 3.0 P 3.0 75.0 392 413 H 4.8 H 0.3 0.5 414 420 C 5.0 H 0.9 1.9 421 424 H 3.0 P 4.0 4.5 430 448 H 5.0 H 3.4 3.6 449 450 C 5.0 H 5.5 7.5 451 455 H 4.6 H 6.0 3.4 456 462 C 5.0 H 3.1 2.9 463 489 H 4.8 H 3.3 3.2 490 493 C 5.0 H 6.1 10.1 494 501 - 3.0 P 3.1 75.0 >>>>>>