Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d7dkzl- --CCEEHHHCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------- >P1;d7lx0l- CCCCEEHHHCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCC--CCCCCCC-CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCCCC PSA >P1;d7dkzl- --a5733775496c56336953399367756331774395614700362057505610853077484484-a5106300850274057416625760883089a580708362a96773a2161311611651080058003500660465545------------- >P1;d7lx0l- c883642885694c560349522893567567414139b1514410232057505620653077065487a9501620163038505560762464176306-b71a--9411981-93a74312358316502701460018105601534356a8343477865b Translating the sequences --CCEEHHHCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*CCCC**CCCCCCC*CCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------- **CCEEHHHCCCCCCEECCCCCCHHHHHHH**C***CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHH**CCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCC--CCCCCCC-CCCCC***C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC************* 81568.tem _________________________________ --CCEEHHHCCCCCCEECCCCCCHHHHHHHHHCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCC--CCCCCCC-CCCCCHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------- Structural block scores 0 1 - 3.0 P 75.0 10.2 2 3 C 5.0 H 7.8 5.5 4 5 E 5.0 H 5.0 5.0 6 8 H 5.0 H 5.7 6.0 9 14 C 5.0 H 6.9 6.9 15 16 E 5.0 H 4.5 3.0 17 22 C 5.0 H 4.8 4.2 23 31 H 4.6 H 6.1 6.2 33 35 H 3.0 P 5.0 2.0 36 40 C 5.0 H 5.4 5.9 41 63 H 4.7 H 3.6 3.3 64 69 C 5.0 H 5.3 5.0 71 99 H 4.9 H 4.1 3.8 100 101 C 5.0 H 4.0 3.0 103 106 C 5.0 H 5.9 7.5 107 108 - 3.0 P 3.5 75.0 109 115 C 5.0 H 6.4 4.7 117 121 C 5.0 H 4.7 6.7 122 124 H 3.0 P 3.3 2.0 126 152 H 4.9 H 3.2 3.1 154 166 - 3.0 P 75.0 6.4 >>>>>>