Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d3s8gb1
------------------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHCCC---------------------------------------------------

>P1;d6pw1b1
CCCCCCCCCCCCCCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

>P1;d6wtib1
------------CCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC

>P1;d7cohb1
------CCCCCCCCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------C-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
PSA

>P1;d3s8gb1
------------------ba9676757967a66872664667-67776687883b---------------------------------------------------

>P1;d6pw1b1
b88574759c7aa55----328584354439247436926675767657677657635687547-9769-98878864766666467378526773761575277a

>P1;d6wtib1
------------bab4a83518a775455373556376253647546776789688643b819a19835a79829866677754465276726747872767268a

>P1;d7cohb1
------669a1a957----a0a68325333724742471676577668756656775------a-98698a6968744666766566376525623650682497c


Translating the sequences
------------------*CCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHH***---------------------------------------------------
************CCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********C-CCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC
------------CCC****CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********C*CCCC*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC
------******CCC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***------C-CCCC*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC

81464.tem
_________________________________
------******CCC---*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********C-CCCC*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CC




Structural block scores
0	5	-	4.3	M	  75.0  7.2  75.0  75.0

6	11	*	3.5	M	  75.0  8.5  75.0  7.2

12	14	C	4.3	M	  75.0  6.8  11.2  7.0

15	17	-	4.3	M	  75.0  75.0  7.5  75.0

19	22	C	5.0	H	  8.1  4.5  6.1  6.8

23	53	H	4.9	H	  8.7  5.5  5.5  5.1

54	62	*	3.0	P	  67.9  5.7  6.5  52.1

65	68	C	4.3	M	  75.0  7.8  6.2  8.0

70	73	C	4.3	M	  75.0  8.0  6.5  7.9

74	101	H	4.3	M	  75.0  5.7  5.9  5.1

102	103	*	2.3	P	  75.0  4.5  4.0  6.5

104	105	C	4.3	M	  75.0  8.8  9.2  9.8

>>>>>>