Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1fftc2
---------------------------------------------------------------------------CCHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHCCCCCC--------CCCCCCCCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCCCCCHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIIIIIIIIC

>P1;d7cohc-
CCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC
PSA

>P1;d1fftc2
---------------------------------------------------------------------------958815780563474058235716851ac--------96aa646838-5830760241055044016802221068a16684038414505730690271068137525--78898888624452236006201720581074016018306840255a8053031013205100510740262014746

>P1;d7cohc-
5a55617599361574376067227404625668b4573155047326604825733425112569404931168436815751671575058218603820681689165501089081151773054017005501910540360038--6438401600740162055037107613960506694-----b30051014004304500650173045026104671074a4014010013004001610370160006404


Translating the sequences
---------------------------------------------------------------------------**HHHH**HHHH**HHHHHHHHH*****C--------CCCCCCCCCC-CCHHHHHHHHHHHHHH******HHH*C**CCHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCC**********HHHHHHHHH**HHHH**HHHHHHHHHHHHCCCCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH********C
***************************************************************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC********CCCCCCCCCC*CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC

81452.tem
_________________________________
---------------------------------------------------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------CCCCCCCCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC




Structural block scores
0	74	-	3.0	P	  75.0  4.6

75	102	H	4.2	M	  5.1  4.3

104	111	-	3.0	P	  75.0  5.1

112	121	C	5.0	H	  7.1  3.3

123	124	C	5.0	H	  6.5  7.0

125	148	H	4.4	M	  2.6  2.6

150	151	-	3.0	P	  9.2  75.0

152	153	C	5.0	H	  3.5  5.0

154	183	H	4.8	H	  4.0  3.3

184	185	-	3.0	P	  75.0  3.0

187	188	C	5.0	H	  8.0  6.5

189	193	-	3.0	P	  8.2  75.0

194	227	H	4.4	M	  3.2  2.7

228	235	C	5.0	H	  4.3  4.2

236	258	H	4.7	H	  2.2  1.7

259	264	C	3.3	M	  3.7  2.3

>>>>>>