Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d3s8ga- ----CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCCCCCCCC--------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHCCCC------CEECHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEECCCCC >P1;d7coha- CHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCCCCCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHC-------------CCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHCCCCCCCCCCC-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----------------------------CCCCHHHCHHHCCCCCCCCCCCCC----CCCCCC PSA >P1;d3s8ga- ----71373200400140031004001600303011020103522067047374054040020013012120000000-0000000002208250--61b3035006203601530370046-240001200203430--------451004032400300310070013016413-8727c6202100000000000040003012401741012004775------a0013200200111010013100000000000000051060-3022214002000200110000000300308906682064004214603502610890063014300354718b88624301384000000100150184067034420228605602710121023102120000000000011001000012176922620250043015002210500240053803122200765a43790870084036006205500630382044017498555730559022082487a446730560070a5236304730870064019713983953706472 >P1;d7coha- 86a524705000000310171066023201713141040019-----37552696350111201120021001000101000000000000005101439201600320340082043038468000001003076035a506660012004002302502222040023005820190161570300000010004003600430450052-0221057a43405695a2623401320030000041000000000001001110327616726600500520081014020120031-b19894375017013505802540180053029-------------b0b267-100020021007014305712341041a60570251002102310122000200010020000100102404---68403401731460034016001400675031240406-----991374033016006323601621640372053464709-----------------------------91732a412006390406460079----739488 Translating the sequences ----*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHHCCC*****HHCCCCC***HHHHHHHHHHHHH*HHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCCCCCCCC--------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCC***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHH*CCC------*EECHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCC*CCCHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHH*************CCCCCC*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCC*HHHHHHHHH*CCHHHHHHHHH***HHHHHHCCCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCH*****************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC****ECCCCC ****HCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHH***HHHHHHHHH*CCCC**CHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHC*CCCCCCCCCCCCCCC********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCC******H**CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHH*-------------CCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHH**HHHHHHCCCCCCCC***-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC*-----------------------------****HHH*HHH***********CC----*CCCCC 81442.tem _________________________________ ----HCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----HHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCCCCCCCC--------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCC------HEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------CCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCH-----------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----ECCCCC Structural block scores 0 3 - 3.0 P 75.0 7.4 5 8 C 5.0 H 3.5 4.0 9 38 H 4.8 H 1.2 1.8 39 41 C 5.0 H 1.3 3.3 42 46 - 3.0 P 3.0 75.0 47 48 H 3.0 P 3.5 5.0 49 53 C 5.0 H 5.0 5.4 54 77 H 4.5 M 1.0 1.2 79 90 H 4.5 M 0.3 0.0 91 94 C 5.0 H 3.8 1.5 95 96 - 3.0 P 75.0 0.5 98 120 H 4.9 H 2.8 2.7 123 137 C 5.0 H 1.4 1.9 138 145 - 3.0 P 75.0 4.8 146 175 H 4.8 H 1.9 1.7 177 178 H 3.0 P 7.5 4.5 179 180 C 5.0 H 4.5 3.5 181 183 H 3.0 P 6.8 4.3 184 185 C 5.0 H 1.0 1.5 186 211 H 5.0 H 1.0 1.4 213 218 H 4.7 H 1.2 1.7 219 221 C 5.0 H 6.3 7.2 222 227 - 3.0 P 75.0 4.5 229 230 E 3.0 P 0.0 6.2 232 265 H 4.9 H 0.6 0.8 266 268 C 5.0 H 2.0 1.7 270 273 C 5.0 H 1.8 5.0 274 287 H 5.0 H 0.9 2.5 288 291 C 5.0 H 0.0 1.2 292 295 H 5.0 H 0.8 1.2 296 299 C 5.0 H 0.8 1.0 301 303 C 5.0 H 5.0 7.2 304 333 H 4.8 H 3.0 3.5 334 346 - 3.0 P 5.0 75.0 347 352 C 5.0 H 2.2 6.3 355 377 H 5.0 H 2.0 1.9 378 379 C 5.0 H 1.0 2.0 380 386 H 5.0 H 3.9 4.2 387 389 C 5.0 H 3.3 2.7 390 400 H 4.6 H 1.2 1.1 401 402 C 5.0 H 1.0 1.0 403 420 H 4.6 H 0.2 0.4 421 425 C 5.0 H 2.2 2.0 426 428 - 3.0 P 5.7 75.0 429 455 H 4.9 H 1.9 2.7 456 463 C 5.0 H 2.6 2.8 464 466 H 3.0 P 2.3 3.3 467 471 - 3.0 P 5.7 75.0 472 505 H 4.9 H 3.3 3.2 506 509 C 5.0 H 6.8 4.2 511 539 - 3.0 P 4.3 75.0 540 561 H 3.5 M 3.6 3.5 562 563 C 5.0 H 8.5 8.0 564 567 - 3.0 P 5.0 75.0 569 573 C 5.0 H 3.8 6.4 >>>>>>