Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1kf6c- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHC-HHHHHHHHHHH-HHHHHHHHCHHH-HHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---C-CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------- >P1;d1kf6d- -------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCC--------CCCCCCHH---HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHCC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-C------CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----------------------- >P1;d2bs2c- CCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHCHHHC------CCCHHHHHHHC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d2wu2c- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHCHH-HHHHHHHHHHC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------- >P1;d2wu2d- C---------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHCC------------------------------------------------------------------------------------------------------CC------CHHHHHHHHHC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------------------ PSA >P1;d1kf6c- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------b7a897898876a432575794554372581-88277356506-66077168869a-4478148437577157437717716625250615540794---7-5559a862137422873478467567686576778----------------------- >P1;d1kf6d- -------------------------------------------------------------------------------------------------------a978--------a6a97746---7178427704722672266275477534467619c83238866474445---980252323150222107007625529878-5------929-71396106506742761667264b----------------------- >P1;d2bs2c- 87a66464795a3248959175686346611313441163226315541103774a3027113450347549005153228615601711752281344521778755353355178485b12---422131161364137214521621-2440302------00102020014---470441247115110424004102102431574ba65a724671477177316601710460281027206708589461144046359 >P1;d2wu2c- -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------a9979777a6394532450765285048529706943-771692277598-17860583376---983274045023141036104616641778728--7767113610660385176418715980a------------------------- >P1;d2wu2d- a---------------------a8737632550473166177317815--781c------------------------------------------------------------------------------------------------------a4------68944481255---9702811150250424433074455026717-----669625741682465046607725751b4------------------------ Translating the sequences -----------------------------------------------------------------------------------------------------------********CCCCC*HH***HHHHHHHHHHH*-HHHHHHHHHHH-HHHHHH******-*HHHHHHHH*C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---C-CC**CC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*----------------------- -------------------------------------------------------------------------------------------------------****--------CCCCC*HH---HHHHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHH***HHH*C******CHHHHHHHH*C---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C-C------***-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*----------------------- **********************************************************************************************************************CC*HH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HH*HHHC------C**HHHHHHHC---***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC**C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************** -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------**CCCCC*HH****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHH******-*HHHHHHHHHC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------------------- *---------------------**************************--****------------------------------------------------------------------------------------------------------*C------CHHHHHHHHHC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC------------------------ 81343.tem _________________________________ -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------**CCCCC*HH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHC*****-CHHHHHHHHHC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*----------------------- Structural block scores 0 112 - 4.2 M 71.5 72.7 4.2 75.0 55.9 113 114 * 3.0 P 8.5 75.0 3.0 9.8 75.0 115 119 C 4.3 M 7.9 8.6 6.4 7.8 75.0 121 122 H 4.5 M 2.5 5.0 1.5 8.2 75.0 123 125 - 3.8 M 5.7 75.0 75.0 5.3 75.0 126 149 H 4.4 M 8.0 4.7 2.9 4.5 75.0 151 156 H 4.2 M 4.5 4.8 2.2 5.3 64.2 158 162 * 3.0 P 8.3 6.7 75.0 7.2 75.0 165 173 H 4.8 H 5.1 5.7 0.7 5.2 5.0 175 177 - 4.5 M 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 178 205 H 4.9 H 9.5 3.5 2.4 3.5 3.4 207 210 C 4.5 M 23.0 40.8 4.2 6.2 39.5 211 212 - 3.8 M 7.0 75.0 11.0 75.0 75.0 213 214 C 4.2 M 9.2 75.0 5.5 7.0 40.5 215 240 H 4.8 H 5.3 10.1 4.1 4.2 4.7 241 242 C 3.9 M 7.0 5.0 4.5 42.8 7.8 244 266 - 4.5 M 75.0 75.0 4.4 75.0 75.0 >>>>>>