Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1kqfc- -------------------CCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCHHHHHCCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCHHHHHC--CCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHH-CCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CHHHHHHCCEEEHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------------ >P1;d3cx5c2 ---CCHHHHCCCHHHHHHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCC >P1;d4ogqa- CCHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------------------------------------------- PSA >P1;d1kqfc- -------------------6959306016840151146148117211303105466-------a57912610a---6495164322534450282034136421850565951530474484056--631372060211202416214510620731250331215654057-36664067068525-604260261266467347337----824602570503191055202300673467486776678a------------ >P1;d3cx5c2 ---757445389437604363416103504550005401820171126034611630414186018112401761a8052211325004410260063236116812247841681371355127205513211501210230157027404652947a60a830682136b604330044027525-5115404623752561337441101767628882352556036224612760564055305852564858414650a >P1;d4ogqa- b78666528567376767668659739216870613941361164177137423740534475066015503761b706433541681464044115425611671412785267136036413800642851240121497025304951571495796077403660088907450065126313750175057317414624572931768--------------------------------------------------- Translating the sequences -------------------*CCCEEECCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------**HHHHH***---CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCC***HHHHH*HHHHH*--**HHHH**CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH****HHH*********-CCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C----C******C*EE***HHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHH*CC------------ ---**HHHH**CHHHHHHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC******C*EE***HHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHH*CC************ *****HHHH**CHHHHHHHHCCC***CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHH****HHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--------------------------------------------------- 81342.tem _________________________________ ---**HHHH**CHHHHHHHHCCCEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC******C*EE***HHHHH*HHHHHHHHHHHHHHHHH*CC------------ Structural block scores 0 2 - 4.0 M 75.0 75.0 8.8 3 4 * 2.7 P 75.0 6.0 6.0 5 8 H 4.0 M 75.0 5.0 5.2 9 10 * 2.7 P 75.0 5.5 5.5 12 19 H 4.0 M 66.4 4.1 6.0 20 22 C 5.0 H 7.7 2.7 6.3 23 25 E 4.0 M 3.0 2.3 6.3 26 29 C 4.8 H 3.8 3.0 4.5 30 53 H 5.0 H 2.7 2.6 4.0 54 62 C 4.2 M 59.7 3.7 4.3 63 72 H 4.5 M 5.2 2.5 3.3 73 76 C 4.2 M 57.8 6.4 6.4 77 104 H 5.0 H 3.6 2.6 3.6 105 112 C 4.5 M 4.5 3.6 3.8 113 134 H 4.6 H 10.4 3.4 3.6 135 139 C 4.4 M 1.2 0.8 1.6 140 155 H 4.8 H 2.8 3.6 4.4 156 159 C 4.0 M 2.0 6.9 6.8 160 168 H 4.3 M 3.3 4.3 3.7 169 174 C 4.3 M 16.0 5.1 5.3 175 186 H 5.0 H 4.6 2.9 3.0 188 207 H 5.0 H 3.9 3.7 3.8 208 213 C 4.3 M 52.5 2.3 5.7 214 219 * 2.7 P 3.2 6.2 75.0 222 223 E 4.0 M 2.5 4.0 75.0 224 226 * 2.7 P 4.3 4.0 75.0 227 231 H 4.0 M 2.6 3.4 75.0 233 249 H 4.0 M 4.8 3.9 75.0 251 252 C 4.0 M 9.2 3.5 75.0 253 264 - 4.0 M 75.0 5.1 75.0 >>>>>>