Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ldfa- -------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCCCH-HH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHC---------------- >P1;d2f2ba- -----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------HHHHCCHHHCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CHH------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC------------------- >P1;d2o9ga1 --------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---------------CCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------------CCCCCHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCC---CCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHC-----CHHHH------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CC---------------- >P1;d3c02a- --------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-C----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHC-------------CCCCCCCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CHHHHCCCCHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCHHH--HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHC------------- >P1;d3cn5a- CC---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCC-----------CCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CH----------------HHHHHCCCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CEE---EEEECCCCCCEEECHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH----CCHHHHH------HCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC---------------- >P1;d3d9sa1 CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCC----------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------HHHHC--CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHC---CCC----CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH----CCCC--C------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHCCCCCC >P1;d6f7ha- ------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHC--CCCCCCCCCC-CHHHCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCCCC-CC-----HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---------------- PSA >P1;d1ldfa- -------849522610460013004400201014202a4-----------------a2955520232041105014604c608000000002024323a1478218302710350035003601762594047309759191238801800200000037---91829602610370025002521225-37a3aa529-96-----11430041106012740540600010010300021045180781012023b630230025002500360064046753872---------------- >P1;d2f2ba- -----a374871260035002300160003105112705b592668423101156877105700330061017015712b4060000000020151084034811830261036001500431066296----------------300540601002004---c173860081027003500221041310---97159------a62044004200900281023010000000020003004530947-138------4250035003500260054168637------------------- >P1;d2o9ga1 --------387335003700250036000221442b68---------------9814-8674006300500252145127407000000002005004214692186017102610360045048504a-------------8bb160677200000165026757484046203710280044003-240---8628a------b72154105101600540041020000000010004204-----82048------1260036002500350054056753-96---------------- >P1;d3c02a- --------79513600340022003400311041306a-8----------------98336300450050124003400930800001000301030a4189-4176027001400340034028726a4077-------------86056110007258---92858602620160004002210303-168238946264-----00540071115004560830500010000100040057109--702644a--60240025002500362035047523462889------------- >P1;d3cn5a- a7---66016501720350015003400222062253--98a-----------9516-75630052005104500761164000000000020033192096810520171016002500350375-27----------------a2057370000105b---b495a5027203810240042005-102---8873043190030626500510040048015205000000003000321----84b6038------005003500250046005301764645a---------------- >P1;d3d9sa1 86126488076026003400230036001310---7349----------------9608365104300611070286227407000000003002401600652063025102700330055049605----------------88029--50100715b---a06487016102700330033104-061---a43----a793c5316410610060036017405000000002000311----9644--9------014003500340025004401355654a5398324225716376 >P1;d6f7ha- ------8747722620350033103420111050202968----------------7058532243306021501430a30640001000010002194066921640371026004400530386259406a10a--7814067962-00300011029---7073b603810260014003510411-1a75a8269-86-----20540073037004720930500010010200041045280585028159--5044002500340067007515753768a---------------- Translating the sequences -------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC*-----------------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHH*CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********************H***CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*H-C***CCCC*-**-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH****CCC**HH********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C***C---------------- -----***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***----------------**H******CCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***C---CCCCC------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH****CCC-*HH------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*------------------- --------*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CC---------------***C-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-------------*****H***CCCCCCCCC***CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H*C---CCCCC------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH*-----C**HH------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C*-*C---------------- --------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-*----------------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCC*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-------------*****CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*H-C****CCCC***-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH****C--*******--***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*********------------- **---***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C--***-----------***C-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-**----------------**H***CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-***---****C*********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH----CC***HH------***HHHHHHHHHHHHHHHHHH**C***C---------------- ********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---*CC*----------------*C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**----------------***H*--CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-H*C---CCC----******HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH----CCC*--*------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C***C**************** ------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**----------------C**HHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**********--**********-****CCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*H-C***CCCCC-**-----HHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHHH****CCC**HH***--***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****C---------------- 81338.tem _________________________________ -----***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC**-------------***C**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****CCCCCHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******---------*****H***CCCCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*H*C***CCCCC-**---**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHH****CCC**HH***--***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*C***C---------------- Structural block scores 0 4 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 48.5 4.6 75.0 5 7 * 3.1 M 52.7 6.8 75.0 75.0 4.0 6.7 30.0 8 34 H 4.9 H 2.3 2.2 2.6 2.3 2.2 10.1 2.4 36 37 C 4.4 M 6.2 3.5 7.0 8.2 39.0 3.5 5.5 38 39 * 3.1 M 39.5 8.2 75.0 41.5 42.0 42.0 7.0 40 52 - 4.5 M 75.0 3.7 75.0 75.0 64.9 75.0 75.0 53 55 * 3.5 M 75.0 6.3 6.0 75.0 5.0 53.0 75.0 57 58 * 1.8 P 5.5 4.0 41.5 5.5 41.0 4.0 2.5 59 77 H 5.0 H 2.4 2.5 2.7 2.1 2.6 2.9 2.7 78 81 * 1.0 P 5.6 4.4 3.2 3.0 2.8 3.2 4.9 82 86 C 5.0 H 1.6 1.2 1.4 1.6 0.0 1.4 1.0 87 95 H 5.0 H 1.2 1.0 0.8 0.9 0.9 1.0 0.3 96 100 C 4.9 H 4.1 3.0 2.2 4.7 4.2 1.4 4.0 101 125 H 4.9 H 3.1 2.8 3.4 5.9 2.7 3.0 3.2 126 132 * 2.8 P 4.4 45.3 44.9 5.2 54.9 54.3 5.2 133 141 - 4.3 M 4.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 20.2 142 146 * 2.7 P 4.2 45.6 7.6 61.6 47.5 33.2 5.6 148 150 * 1.8 P 2.7 3.0 6.7 3.7 5.0 53.0 25.0 151 159 C 4.8 H 1.3 1.4 1.6 2.7 2.7 3.4 1.8 160 162 - 4.6 H 75.0 75.0 2.7 75.0 75.0 75.0 75.0 163 165 C 5.0 H 6.0 6.8 6.3 6.3 8.2 5.5 4.7 166 186 H 5.0 H 2.6 2.5 2.9 2.3 2.9 2.5 2.8 191 193 * 3.7 M 6.8 75.0 75.0 5.3 75.0 75.0 7.5 194 198 C 4.4 M 7.4 6.2 6.9 6.0 5.2 33.5 7.1 200 201 * 2.8 P 7.5 75.0 75.0 5.0 2.0 42.8 7.0 202 204 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 3.0 6.3 75.0 205 206 * 3.1 M 75.0 8.2 9.2 75.0 1.5 8.8 75.0 207 226 H 4.9 H 2.2 2.0 2.0 2.5 2.5 2.5 2.8 227 231 C 5.0 H 1.4 0.2 0.4 1.2 1.0 1.0 1.2 232 242 H 5.0 H 0.6 0.5 0.6 0.5 0.8 0.6 0.7 243 246 * 2.9 P 4.5 3.0 57.2 3.2 75.0 75.0 4.8 247 249 C 4.4 M 5.0 6.7 52.7 53.0 7.8 6.3 4.3 250 251 * 1.8 P 0.5 38.0 1.0 3.5 3.0 39.5 2.5 252 253 H 4.2 M 1.5 5.5 6.0 4.0 5.5 42.0 5.0 254 256 * 3.7 M 1.7 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 5.0 257 258 - 4.6 H 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 259 261 * 1.9 P 1.7 27.0 26.0 2.7 25.0 25.3 3.0 262 281 H 5.0 H 2.3 2.6 2.5 2.4 2.3 1.9 2.8 284 286 * 1.8 P 6.0 52.3 29.0 4.3 5.0 5.0 7.0 288 303 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 62.5 75.0 4.6 75.0 >>>>>>