Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d6m0rd1
CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC

>P1;d6m0rd2
-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----

>P1;d6oqri-
------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----
PSA

>P1;d6m0rd1
b79833b8648756672752387357516654773599189519866a638----9447426607653661556077359a248969

>P1;d6m0rd2
-----6996236147418644772586178349623750966478769459----5146526606351561465066279707----

>P1;d6oqri-
------a8857644750674377177927752973478286517646a43663466257538831681772476056148630----


Translating the sequences
*****CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCHHH**----***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC****
-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**C----
------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CHHHHH****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----

81333.tem
_________________________________
-----CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----




Structural block scores
0	4	-	4.0	M	  7.7  75.0  75.0

5	6	C	4.5	M	  7.2  7.5  42.8

7	42	H	4.9	H	  5.5  5.0  5.4

43	45	C	4.3	M	  7.7  7.3  5.7

46	50	H	4.6	H	  6.7  6.6  5.9

51	54	-	4.0	M	  75.0  75.0  4.8

55	79	H	4.9	H	  4.9  4.3  4.8

80	82	C	4.3	M	  5.5  4.7  3.0

83	86	-	4.0	M	  8.0  75.0  75.0

>>>>>>