Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1px5a2 --CCHHHCC----------HHHHHHHHHHH----CCCC-CCHHHHHHHHHHC-CHHHH-HCCCC----------------CCEEEEEEEEEEC--------------C------EE---EEEEEEEECCCCCCHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---CCCCEEEECC--------CCCEEEEECC---CCC--CEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHH---------------HCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHCC---------- >P1;d1vj7a2 -------------------------CHHHHHHHHHH--HHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HCC-----------CC----CCEEEECCCCHHHHHHHHHHH-----HHHCCC-CHHHCEEEEEEC-----------CHHHHHHHHHHHHHH-----CCCCCCCCEECCCCCCCCCCCCEEEEEECC---------CCEEEEEEEE---HHHHHHHHHCC----------------------------------------------CCCHHHHHH-HC------ >P1;d2bcqa3 -----------------------------------CEE---HHHHHHHHHHHHHHHHC-CCC----------------------CCEEEECHHHHCC--CC-----EE------CC---EEEEEECCCCCCC--------CCHHHHHHHHHH-----C----CCEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCC----CCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCEEECCCCCCCCCCCCEECCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHHCC >P1;d2fmpa3 -----------------------------------CEE---HHHHHHHHHHHHHHHHH-HCC----------------------CCEEEECHHHHCC--CC-----EE------CC---EEEEEECCCCCCC---CCCCCCHHHHHHHHHHH-----C----CCEEEEEEEC-----CCEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCEEECCCCEEECCC----CCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHCCC >P1;d2hhpa2 CHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHHCCCCHHHHHH--CCC--EEEEEH-HHHHCCCCC-----C-------CC---EEEEEEECC----CCC---HHHHHHHHHHHHHCCC---------CEEEEEEE--CCCCCCEEEEEEC-----------CEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCC-----------------------HHHH----HHHHHHHHHHHHHHHC--------- >P1;d2m2ua- -----------------------------------CEE---HHHHHHHHHHHHHC-----EE------EEEC-----CEEEEECCCCEEEECCCCCC--CC-----EE------CE---EEEEEEECC---------------HHHHHCCCC-----EEEECCCEEEEEEEC-----CCEEEEEEEEC-------CEEEEEEEEEEECCCHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCCEEEECCEEEEC--------CEEECCCCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHCC- >P1;d2nrka1 ----------------------------------CC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH--H-------------HH----EEEEEEE--CHHHCC---------------CCCCCCCEEEEEEEC-----------CCHHHHHHHHHHHHC----CCCCCCC-----------CCCCEEEEEECCC---------CCCEEEEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCH-HHHHHHH----HH----HHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d4xq7a1 --CCHHHCC----------HHHHHHHHHHH----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEECC----------------EECEEEEEEEH-HHHHCCCCC-----CC------CE---EEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH---C-CCCEEEEEE---CCCCCEEEEEEECC---CCC--CEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHC----------------------------CCCCHHHHHHHHHCC---------- >P1;d5deca- --------------------------------CHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHCC-------CCCC----CCEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCC--HHHHHH-CCCCEEEEEEEC-----------CHHHHHHHHHHHHHCC---CCEEE--EEEECCC-----CCCCEEEEEEEEEEECC-EEEEEEEEEEEEE---HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHH----HH----HHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHHHCC------ >P1;d6ewza- -------------------------CCCC-HHHHHH--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHHH-----HCCCC----EEEEEEEECCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHCCCCEEEEEEEC-----------CHHHHHHHHHHHHCCC---CCEEE--EEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCC-CEEEEEEEEEEEE---HHHHHHHHHHHHHHCCH-HHHHCCCH----HH----HHHHHH--------HHHHHHHHHHHHHHHCCC------- >P1;d6ipna3 ------------------------------------CC---HHHHHHHHHHHHHHHC--CCC----------------------CCEEEECHHHHCC--CC-----CC------CC---EEEEEECCCCCCC--------CHHHHHHHHHHH-----C----CCEEEEEEEC----CCEEEEEEEEEEECC---EEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHHHCCCCCEEECCEEECCC----------CCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCHHHCCC PSA >P1;d1px5a2 --7667503----------9835a615765----6645-a056316401730-50057-2017b----------------9070320230637--------------8------57---04000002509202003623b50072017105004743---9070606039--------7902010207---a3a--4314050200100079166b8a1-88724451671078---------------4727960----520001252475666---------- >P1;d1vj7a2 -------------------------99567503812--7636951682285017405640--375-----------70----716030281927403632783-----8a9054-210000010006-----------669304501920262-----17317c5452208845b9813003000503---------7330301000---4902540365b----------------------------------------------869868668-98------ >P1;d2bcqa3 -----------------------------------505---28005401620390037-239----------------------7040300112216--49-----50------54---0100001464418--------800660064039-----5----8003835607294b90640202040879----c27423000101349210001031011970175037305748110535200260818a954582762806607100620939247166034 >P1;d2fmpa3 -----------------------------------605---29105502720461066-137----------------------6060200220215--49-----40------63---0100000311349---45748600540061047-----3----9002634629-----9450302010719cb4a725513020100036134000031011950186036205835220314103429b----8792694281940530053082a236175053 >P1;d2hhpa2 86348a964b689b47a967786766475558785509b835650560171027003600--3300364a187b6076--040--101115-414267134-----c-------34---030000004----205---2910161016005739---------20570724--5a48201050405-----------703010000303355056a1808786137806-----------------------8404----3007601504653747--------- >P1;d2m2ua- -----------------------------------305---48405401750063-----02------013a-----a9647045740410421326--28-----50------a2---010000065---------------675181034-----40508c06144584b-----98503040517-------9671502010034513002104300073107605520584732139600249--------98555170861540066062914513764- >P1;d2nrka1 ----------------------------------a0--3714740585169109305810--7-------------a0----0450200--410005---------------900033102000105-----------619504723750472----7070657-----------b49601103128a---------8432101003563792023110114103838-a218700----53----047228627938a7128a227701740475368------ >P1;d4xq7a1 --475a704----------8964b506584----371688237202300510240058360728----------------70305300314-200276055-----82------53---04000002107418418841560051026205918704---6-050560403---83a31000010404---876--360200010022008869456b1-578148649809----------------------------a20101271085436---------- >P1;d5deca- --------------------------------ab71--6830710550063029305603--88358-------8500----025050701529404720866936--6a6157-042003040004-----------2350054026203829---40814--6564418-----631001000302073ba-9455020101000---4102810653862497395a048935----68----156504--------6147606843762789698------ >P1;d6ewza- -------------------------ba77-945650--7506700420085017206711--871485-----67240----054154510839503810775a29331a10375031001030002-----------237003201710273a---50733--435120683595112001000102071aa-5416010102000---41117007605815658-a8426635----77----046406--------724761676176266658------- >P1;d6ipna3 ------------------------------------16---4800540283058006--028----------------------9060300110218--49-----72------70---0100001558718--------900470085069-----5----a003525259----90220304040539c---743405000000247320001002022-51175036306749160623003328----------772a0940520074082a343166048 Translating the sequences --*******----------***********----****-**HHHHHHHHHH*-*HHHH-*****----------------******EEEE***--------------*------**---EEEEEEE***************HHHHHHHHHH******---**CCEEEE**--------C**EEEE***---***--**EEEEEEEE*************-CHHHHH***HH***---------------*******----*****HHHHHHHH**---------- 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*****************************************HHHHHHHHHHHHHHHHH**--****************--***--*EEEE*-HHH******-----*-------*C---EEEEEEEC*----***---***HHHHHHHHHH***---------CEEEE***--***CCC*EEEEE*-----------*EEEEEEEE**************CHHHH****-----------------------****----*****HHHHHHHH***--------- -----------------------------------***---HHHHHHHHHHHHH*-----**------****-----**********EEE*******--**-----**------**---EEEEEEEC*---------------HHHHH****-----*****CCEEEE****-----CC*EEEEE***-------***EEEEEEEE****HHHHHHHHH*CHHHHH***HH****************--------**********HHHHHHHH***********- ----------------------------------**--*****HHHHHHHHHHHHHHH**--*-------------**----****EEE--*HHH**---------------***C***EEEEEEEC-----------***HHHHHHHHHH**----*****CC-----------*CCC*EEEEE***---------***EEEEEE****HHHHHHHHH**HHHHH**-HH*****----**----*******************HHHHHHHH******------ --*******----------***********----*******HHHHHHHHHHHHHHHHH******----------------******EEEE*-HHH******-----**------**---EEEEEEEC**************HHHHHHHHH*******---*-CC*EEE***---**CCC*EEEEE***---***--**EEEEEEEE*************-CHHHHH***HH*----------------------------*****HHHHHHHH**---------- --------------------------------****--***HHHHHHHHHHHHHHHHH**--*****-------****----****EEEE**HHH***********--******-C***EEEEEEEC-----------***HHHHHHHHHH***---*****--EEEE***-----CCC*EEEEE********-****EEEEEEEE*---HHHHHHHHH**HHHHH**********----**----******--------*****HHHHHHHH******------ -------------------------****-******--***HHHHHHHHHHHHHHHHH**--******-----*****----****EEEE**HHH********************C***EEEEEEEC-----------***HHHHHHHHHH***---*****--EEEE********CCC*EEEEE********-****EEEEEEEE*---HHHHHHHHH**HHH***-*HH*****----**----******--------*****HHHHHHHH*****------- ------------------------------------**---HHHHHHHHHHHHHHH*--***----------------------**EEEE**HHH**--**-----**------*C---EEEEEE*C*****--------*HHHHHHHHHH*-----*----CCEEEE****----CC**EEEEE******---****EEEEEEE*****HHHHHHHHH*C-*HHH***HH*****************----------*******HHHHHHH************* 81301-2.tem _________________________________ -------------------------*****--*********HHHHHHHHHHHHHHHHH*******-----------**--******EEEE**HHH******-----**----***C***EEEEEEEC*****------***HHHHHHHHHH***---*****CCEEEE****-***CCC*EEEEE********-****EEEEEEEE****HHHHHHHHH*CHHHHH***HH**********************************HHHHHHHH***********- Structural block scores 0 24 - 4.5 M 39.0 75.0 75.0 75.0 7.3 75.0 75.0 39.2 75.0 75.0 75.0 25 29 * 3.7 M 4.8 7.2 75.0 75.0 5.4 75.0 75.0 4.6 75.0 22.2 75.0 30 31 - 4.2 M 75.0 2.5 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 32 40 * 2.9 P 28.5 20.0 51.1 51.2 6.3 50.9 35.7 20.6 21.9 19.8 59.1 41 57 H 4.9 H 7.5 4.4 2.9 3.3 3.2 16.0 4.4 2.5 3.1 3.2 7.5 58 64 * 3.0 P 24.5 24.1 44.9 44.4 22.3 53.9 44.0 14.4 24.6 24.0 44.3 65 75 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.2 49.0 75.0 75.0 50.1 37.0 75.0 76 77 * 3.4 M 75.0 3.5 75.0 75.0 6.5 42.8 5.2 75.0 0.0 2.0 75.0 78 79 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 80 85 * 2.6 P 3.5 27.3 51.2 51.0 25.8 4.5 26.5 3.0 26.2 26.7 51.5 86 89 E 4.8 H 1.2 3.2 1.8 2.0 0.8 2.2 19.2 1.0 3.0 3.8 2.2 90 91 * 1.8 P 4.5 5.0 0.5 1.0 40.0 2.0 39.5 39.5 3.0 4.0 0.5 92 94 H 4.6 H 52.3 4.3 1.7 1.3 3.0 2.0 0.3 0.7 5.0 5.7 1.0 95 100 * 2.4 P 75.0 3.5 28.3 28.2 3.8 28.0 50.8 4.2 3.5 3.2 28.7 101 105 - 4.4 M 75.0 47.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 6.7 75.0 106 107 * 2.8 P 41.5 75.0 2.5 2.0 43.8 2.5 75.0 5.0 75.0 3.0 4.5 108 111 - 4.2 M 75.0 6.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.9 3.1 75.0 112 114 * 3.3 M 51.7 28.0 51.7 52.0 51.0 53.5 3.0 51.7 29.0 5.0 52.3 116 118 * 3.9 M 75.0 0.3 75.0 75.0 75.0 75.0 2.3 75.0 2.0 1.3 75.0 119 125 E 4.9 H 0.6 0.1 0.3 0.1 0.4 0.1 0.4 0.6 1.0 0.6 0.3 127 131 * 3.4 M 3.2 75.0 4.6 3.6 60.8 61.0 75.0 2.6 75.0 75.0 5.8 132 137 - 4.2 M 2.2 75.0 75.0 40.2 38.7 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 138 140 * 2.1 P 6.5 7.0 52.7 6.0 4.0 75.0 5.3 4.0 3.3 4.0 53.0 141 150 H 4.8 H 2.3 2.6 2.5 2.0 2.0 18.1 3.7 2.1 2.2 1.6 3.0 151 153 * 2.5 P 1.3 27.7 53.0 52.3 6.3 51.3 28.0 6.0 6.3 6.8 53.0 154 156 - 4.5 M 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 157 161 * 3.2 M 46.8 17.4 61.0 60.6 75.0 3.4 4.0 61.2 3.4 3.6 61.0 162 163 C 4.5 M 3.5 9.8 4.0 4.5 38.5 6.2 6.0 2.5 75.0 75.0 5.2 164 167 E 4.6 H 3.0 4.0 3.5 2.8 3.0 3.8 75.0 2.8 5.2 3.2 2.5 168 171 * 2.0 P 40.5 4.5 4.5 5.2 22.0 7.1 75.0 20.5 22.0 4.0 5.2 173 175 * 3.6 M 75.0 8.5 8.2 75.0 6.5 75.0 53.8 28.7 75.0 6.3 75.0 176 178 C 4.7 H 52.3 4.0 5.0 29.3 3.3 30.7 6.3 4.8 3.3 1.3 3.7 180 184 E 5.0 H 0.6 0.6 0.8 1.0 1.8 1.4 1.2 0.2 0.2 0.2 1.4 185 192 * 2.8 P 30.9 47.9 31.6 5.8 66.2 48.5 49.4 31.0 4.6 4.0 22.9 194 197 * 2.6 P 39.2 58.0 6.4 4.8 58.0 24.2 58.2 39.8 5.8 4.0 4.5 198 205 E 4.8 H 1.5 1.2 0.9 0.9 0.5 1.1 1.4 0.4 0.5 0.5 0.6 206 209 * 2.0 P 0.2 56.2 4.5 2.5 2.2 3.2 4.2 1.0 56.2 56.2 4.0 210 218 H 4.2 M 6.7 3.7 0.7 1.2 4.5 1.4 2.8 6.5 3.0 3.0 0.6 221 225 H 4.6 H 5.0 75.0 4.8 4.6 5.0 3.6 3.2 5.6 5.6 5.0 17.8 226 228 * 1.8 P 4.0 75.0 2.7 3.0 4.7 3.7 28.7 6.3 5.7 31.2 2.7 229 230 H 4.4 M 4.0 75.0 5.0 4.0 75.0 3.5 6.2 4.0 5.2 6.0 4.5 231 264 * 3.1 M 43.6 75.0 4.2 12.7 56.1 21.1 21.3 62.4 37.9 37.7 25.0 265 272 H 4.8 H 4.0 24.4 2.0 2.0 3.0 2.8 3.5 3.5 4.5 4.5 2.2 273 283 * 2.9 P 62.5 44.3 4.5 4.5 56.2 4.4 37.1 62.2 38.4 43.7 4.3 >>>>>>