Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1jyoa- ------------CHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCC-------CCCEEEEEECC-CEEEEEEEEC-CEEEEEEEEEECCC-------CCCHHHHHHHHHHHH---HHHHCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---- >P1;d1k3sa- ----------------CCHHHHHHHHCCCC--------------CCCCEEEC--CEEECCEECC--CEEECEECCCCC----------CHHHHHHHHHHHH---HCC----CEEEECCCCCCEEEECCEE-CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------- >P1;d1k6za1 --------------CHHHHHHHHHHHHCCC--CCC----CCC--CEEEEEEC--CEEEEEEECCCCEEE-EECCCCC--CCC------C---HHHHHHCCCCCCC---CCCCEEEEECCCCEEEEECCEEHHHC-CCCHHHHHHC-CHHHHHHCCC---------CEE >P1;d1ry9a- ----------CCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHEE----ECCCCCCEEEEEC-CEEEEEEEEEC-CEEEEEEEEECC-CHHH------HHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEEECC--CEEEEEEEECHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HC- >P1;d1s28a1 ------------CHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCC----CCCCCCCEEEEEHHH--CEEEEECCCCEEEEEEEEEEC-C-CC------HHHHHHHHHCCCCCCCCC---CCCEEEECCC-CEEEEEEEEECCCC-CCCC-CHHHHHHHHHHHHHHH---------HHC >P1;d1xkpb1 -------------CCCHHHHHHHHHHCCCC--CCC----CCC--CEEEEEECC-CEEEEEEEEC-CEEEEEEEEECC--HHH------HHHHHC-CCCCCCCCCC---CCCCEEEEEC-CCEEEEEEEEEHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------------ >P1;d1xkpc1 -----------------CCCCCHHHHCCCCCCCCCCCEEEECCCEEEEEEEC-------------CEEEEEEECCC---HHHEECCEECHHHHHHHHHHHH---HHCCCCCCEEEECC-CCCEEEEEEEEHHHC-CHHHHHHHHC-CHHHHHHHHHHHCC-------- >P1;d2fm8a1 ----------CCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHCC----CCCCCCCEEECCC-CCCCEEEEEEC-CEEEEEEECCCC-HHHH------HHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHCCEEEEEC--CEEEEEEECCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HCC >P1;d2plga1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCEEEEEEECC-EEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEECCCC-----CHHHHHHHHHHHCC---CCCC--CCEEEEEC--CEEEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----- >P1;d3epua- -----------CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC-------CCCEEEEEECC-CEEEEEECCCCCEEEEEEEEECCCC-----------CCHHHHHHHHH---HHHHCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC >P1;d4gf3a- -------------CCHHHHHHHHHHHHCCC--CCC-----CCCCCCEEEEECC-CEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEC--C--------CHHHHHHHHHCCCCCCC---CCCCEEEECC-CCEEEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC---------CCC PSA >P1;d1jyoa- ------------688136205500734949-0706-------b8431724398-7050203069-a3020405004043-------91998237407712a---70779931604158a54101031307609--7275016217502720550185067214b---- >P1;d1k3sa- ----------------56016301622a4b--------------8a142637--a050307469--91010010911a----------6884463087139---728----150732a887200025616-1a1-748603510680074067046645--------- >P1;d1k6za1 --------------606810440073091a--44a----907--85050507--7170311265a5301-3040916--ba2------7---786277228a4b7---9130405549a574120303142961-7881046003-0050044043---------918 >P1;d1ry9a- ----------b318b01610450074383539307----397572303071b-a022020134b-a40102030a11-7984------28806950750174708103564031467b--840202000487307608400400520440055049---------21- >P1;d1s28a1 ------------492065017703861b24--72b----656950340220772--402000166740202040861-9-b4------ab7259718643693979---23140644a8-82010204041ab1-6364-2600450282198059---------61b >P1;d1xkpb1 -------------46026204600643847--2a7----806--741416288-142030315c-820003022606--964------199057-078517ab3a---a161507179-923010103042970-627302601540170067008------------ >P1;d1xkpc1 -----------------2a10500864a791925a6215173924010339b-------------82010203090---5703acba45781264077229---805a735060343b-854000206153870-7274045106-01500660363049-------- >P1;d2fm8a1 ----------48b260061044019429467881b----b18888304282b-7123020238b-540202030888-0382------2894696065107730a004c740516469--820003020427107608500600630482036017---------108 >P1;d2plga1 b797976a596b8653262045105810691265b92a5873b6332005254-050301036766926020201005080a-----73840373078118---7506--50505468--930002033402c0-66b4045004100410272076049504----- >P1;d3epua- -----------9763036005600654a4790706-------a834071428b-504020107696302020202412b-----------a1895178138---50894b1080444aa5700001250606a0-507603730440060044026408759390698 >P1;d4gf3a- -------------2818500820091295b--708-----16a8251315199-72304012369630103050972--6--------77913660778579288---7031205239-652030303041780-101301600750172077049---------468 Translating the sequences ------------****HHHHHHHHHH*CCC-*CCC-------CCC*EEEEEC*-*EEEEEEE*C-CEEEEEEE***C**-------***HHHHHHHHH***---*****CCCEEEE*C**CEEEEEEEE****--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH********---- ----------------**HHHHHHHH*CCC--------------C***EEEC--*EEE**EE*C--*EEE*EE***C*----------*HHHHHHHHH***---***----CEEEE*C**C*EEEE**EE-**C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***--------- --------------**HHHHHHHHHH*CCC--CCC----***--C*EEEEEC--*EEEEEEE*C*CEEE-EE****C--***------*---HHHHHH*******---*CCCEEEE*C**CEEEEE**EE***C-C**HHHHHH*-*HHHHHH***---------*** ----------******HHHHHHHHHH*CCC*****----***CCC*EEEEEC-**EEEEEEE*C-CEEEEEEE***C-****------*HHHHHHHHH***********CCCEEEE*C--CEEEEEEEE****C*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------**- ------------****HHHHHHHHHH*CCC--CCC----***CCC*EEEEE***--*EEEEE*C*CEEEEEEE***C-*-**------*HHHHHHHH*********---CCCEEEE*C*-CEEEEEEEEE***C-C***-*HHHHHHHHHHHHHHH---------*** -------------***HHHHHHHHHH*CCC--CCC----***--C*EEEEEC*-*EEEEEEE*C-CEEEEEEE***C--***------*HHHH*-**********---*CCCEEEE*C-*CEEEEEEEEE***C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------------ -----------------*****HHHH*CCC**CCC*******CC**EEEEEC-------------CEEEEEEE***---**********HHHHHHHHH***---*****CCCEEEE*C-*C*EEEEEEEE***C-CHHHHHHHH*-*HHHHHHHHH****-------- ----------******HHHHHHHHHH*CCC***CC----***CCC*EEE**C-****EEEEE*C-CEEEEEEE***C-****------*HHHHHHHHH************CCEEEE*C--CEEEEEEE*****C*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------*** *******************HHHHHHH******CCC*******CC**EEEEEC*-*EEEEEE**C*C**EEEEE*********-----**HHHHHHHHH***---****--CCEEEE*C--CEEEEEEEEE***C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******----- -----------*****HHHHHHHHHH*CCC**CCC-------CCC*EEEEEC*-*EEEEEE**C*CEEEEEEE***C**-----------**HHHHHH***---*****CCCEEEE*C**CEEEEEEEEE***C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH************ -------------***HHHHHHHHHH*CCC--CCC-----**CCC*EEEEEC*-*EEEEEEE*C*CEEEEEEE***C--*--------*HHHHHHHHH*******---*CCCEEEE*C-*CEEEEEEEEE***C-CHHHHHHHHHHHHHHHHH***---------*** 69635.tem _________________________________ -----------*****HHHHHHHHHH*CCC**CCC----***CCC*EEEEEC*-*EEEEEEE*C*CEEEEEEE***C*****------*HHHHHHHHH***********CCCEEEE*C**CEEEEEEEEE***C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****-----*** Structural block scores 0 10 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 69.2 75.0 75.0 75.0 68.5 7.9 75.0 75.0 11 15 * 2.7 P 19.6 75.0 46.2 4.7 18.0 32.0 75.0 5.5 6.7 5.0 32.2 16 25 H 4.7 H 3.1 3.0 3.3 2.8 4.3 3.0 10.8 2.9 3.3 3.1 3.3 27 29 C 4.8 H 7.3 8.7 6.8 5.3 5.8 6.3 8.8 6.3 5.0 7.2 8.5 30 31 * 3.4 M 37.5 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 5.0 7.5 1.5 4.5 75.0 32 34 C 4.5 M 4.3 75.0 6.2 3.3 6.8 6.5 5.8 6.8 7.5 4.3 5.0 35 38 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 6.6 75.0 75.0 39 41 * 2.5 P 75.0 75.0 5.3 6.3 5.7 4.7 3.7 6.8 6.0 75.0 27.3 42 44 C 4.5 M 7.8 52.7 52.7 4.7 4.7 52.3 5.0 8.0 6.8 7.2 6.8 46 50 E 4.8 H 3.4 3.2 2.0 2.2 1.6 2.8 3.2 3.2 1.8 2.8 2.2 55 61 E 4.5 M 1.4 2.7 2.1 1.4 11.6 1.9 75.0 1.7 1.7 1.0 1.7 66 72 E 4.8 H 2.0 1.7 12.3 1.4 1.7 1.0 1.1 1.6 3.0 1.3 1.7 73 75 * 1.0 P 1.3 3.3 3.3 3.8 4.7 2.7 3.0 5.3 0.3 2.0 5.3 77 81 * 3.1 M 46.4 62.1 34.8 20.6 34.9 33.8 32.4 17.6 4.7 47.7 61.2 82 87 - 4.6 H 51.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.7 75.0 63.7 75.0 75.0 89 97 H 4.7 H 5.2 5.3 29.1 5.3 6.3 13.3 4.7 5.9 4.4 13.8 5.1 98 108 * 2.2 P 24.4 36.8 25.4 3.3 25.0 25.8 24.4 4.1 29.8 23.9 25.4 109 111 C 4.7 H 4.3 50.3 1.3 3.3 2.0 2.7 2.7 3.7 26.7 4.2 1.3 112 115 E 5.0 H 2.8 3.8 3.5 3.5 3.5 3.2 3.2 4.0 3.5 4.0 2.2 118 119 * 3.2 M 7.8 8.0 7.8 75.0 41.5 42.0 41.5 75.0 75.0 7.8 40.5 121 129 E 4.7 H 1.8 2.4 2.0 1.3 1.4 1.3 2.0 1.2 1.7 1.6 1.7 130 132 * 1.2 P 5.0 28.8 5.7 6.0 7.7 6.0 6.0 3.3 4.8 5.5 5.3 136 155 H 4.8 H 3.3 3.8 6.2 2.7 7.5 3.0 6.5 3.0 2.9 2.8 3.0 156 159 * 3.7 M 4.5 22.5 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 4.8 4.8 75.0 160 164 - 4.4 M 18.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 31.8 5.2 75.0 165 167 * 3.3 M 75.0 75.0 6.0 26.0 6.2 75.0 75.0 3.0 75.0 7.7 6.0 >>>>>>