Motif    Start   End  Length   Motif
Motif1    10     12     3      [GA][VR][V]
Motif2    29     31     3      [V][RN][VL]
Motif3    82     85     4      [RE][V][YS][GI]


Motif marked on the alignment

                   ***                ***                             
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                               ****                                   
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d1k28a  : QYPRRLGNDT
d2p5zx  : ----------