Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1r0ka1
CCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC---

>P1;d2egha1
-CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d1r0ka1
b78679899545965575504660786540333027005520470377961978412600560067151a6196884477038404730472178---

>P1;d2egha1
-9aa78999474a764444055508854700410180045104703769508881116005200640a185086984377127802630470086448


Translating the sequences
*CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC**HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*---
-CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***

69055.tem
_________________________________
-CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---




Structural block scores
1	14	C	5.0	H	  6.9  7.9

15	26	H	5.0	H	  4.9  4.3

28	46	H	4.8	H	  2.9  2.7

47	53	C	5.0	H	  6.7  6.3

54	65	H	5.0	H	  3.1  2.2

66	73	C	5.0	H	  4.9  4.8

74	94	H	4.9	H	  4.6  4.4

95	97	-	3.0	P	  75.0  5.3

>>>>>>