Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1jr8a-
------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHCCCCC------

>P1;d3gwla1
----------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC-----

>P1;d3tk0a1
CCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCC
PSA

>P1;d1jr8a-
------------b79755753882276003300614790689447806640661068162b7317402521673606063363003000502132177595b5591870293171b5------

>P1;d3gwla1
----------------3b762542266003300704890798417505530580086131772274046118747060841740060013021611736b575273740485279338-----

>P1;d3tk0a1
ba4b685887a8584766434771246005500703790778538714640542058162a84062146117648130741830040006021421845a59647074031413523885759


Translating the sequences
------------C***HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC***HHHH*CCCC------
----------------***HHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC-----
************C***HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC*****

69000.tem
_________________________________
------------C***HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHCCCCC-----




Structural block scores
0	11	-	4.0	M	  75.0  75.0  8.2

13	15	*	2.7	P	  7.7  75.0  6.3

16	32	H	4.8	H	  3.8  3.6  3.5

33	39	C	4.9	H	  4.7  5.0  4.7

40	56	H	5.0	H	  4.9  4.4  4.5

57	59	C	5.0	H	  3.0  1.7  3.0

60	72	H	5.0	H	  4.3  4.3  4.3

73	79	C	5.0	H	  3.4  4.1  3.9

80	97	H	5.0	H	  2.4  2.4  2.4

98	104	C	5.0	H	  7.1  6.2  6.6

105	112	H	4.5	M	  3.9  4.1  2.5

113	117	C	4.8	H	  19.9  6.0  4.2

118	122	-	4.0	M	  75.0  75.0  6.8

>>>>>>