Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1h99a1
CCCHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCCCCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC

>P1;d1h99a2
----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC---
PSA

>P1;d1h99a1
a9846774253b24751540075007303840849059--704640031004015226695-7180a71860187487116004401610482271703310004004201601686b

>P1;d1h99a2
----------986674054017302720482172909694951860241068005102596959667205802882670140055036304851918020410250030013027---


Translating the sequences
**********C***HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC-CCCC**HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC***
----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC*CCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC---

63520.tem
_________________________________
----------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCCCHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC---




Structural block scores
0	9	-	3.0	P	  6.2  75.0

11	31	H	4.7	H	  3.6  3.7

32	37	C	5.0	H	  5.8  5.5

38	39	-	3.0	P	  75.0  6.5

40	58	H	4.9	H	  2.7  3.3

59	60	C	5.0	H	  7.0  7.5

62	65	C	5.0	H	  4.0  6.5

66	74	H	4.6	H	  5.4  4.4

76	93	H	5.0	H	  3.1  3.2

94	98	C	5.0	H	  3.6  4.0

99	113	H	5.0	H	  1.5  1.4

115	117	-	3.0	P	  8.5  75.0

>>>>>>