Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1m62a1 -------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC------- >P1;d1t7sa- CCCEECC------------CCCEECHHHHC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >P1;d1ugoa1 --------------------------CCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHH---CCCCCCC--CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------- >P1;d3ldqb1 -------CCHHHHHHHHHHHH---HHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---- PSA >P1;d1m62a1 -------------------------------73862370373257067149607---90c0549--483166126204611770583----a29---------95a7058226602830680386057209------- >P1;d1t7sa- 96356ec------------96350193078-3771972656178566516644653754797978277-478169557837624661784674743965558738586358358858876677867636667768a66 >P1;d1ugoa1 --------------------------aa98e73603540660463066035405---9096a37--5a9057046203613840850----828---------945905721360274047028406a10-------- >P1;d3ldqb1 -------94960760195068---03840711850660375186258556------------885267213600640560254056117607----80904991--7059237802660672175059127139---- Translating the sequences -------------------------------CC**HHHHHHHHHHHHH*HHHHH---*CCCC**--***HHHHHHHHHHHHHHHHH*----CCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*------- *******------------**********C-CCHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHH****CCCC******-*HHHHHHHHHHHHHHHH******CC*********CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH******** --------------------------***C*CCHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHH---*CCCC**--***HHHHHHHHHHHHHHHHH*----CCC---------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*-------- -------**************---*****C***HHHHHHHHHHHHH****------------*******HHHHHHHHHHHHHHHHH*****C----*******C--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****---- 63491.tem _________________________________ -------------------**---*****C*CCHHHHHHHHHHHHHHH*HHHHH---*CCCC*******HHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCC--*******CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH****---- Structural block scores 0 18 - 4.3 M 75.0 50.3 75.0 30.6 19 20 * 3.5 M 75.0 7.5 75.0 7.0 21 23 - 4.3 M 75.0 2.7 75.0 75.0 24 28 * 2.8 P 75.0 4.0 36.0 3.0 31 32 C 4.3 M 5.0 5.0 5.0 4.5 33 47 H 4.8 H 4.4 5.4 3.7 4.5 49 53 H 4.3 M 5.2 5.2 3.4 61.2 54 56 - 4.3 M 75.0 5.0 75.0 75.0 58 61 C 4.3 M 4.4 6.8 6.4 75.0 62 68 * 1.9 P 25.4 16.4 26.4 5.4 69 85 H 5.0 H 3.7 5.5 3.6 3.1 86 90 * 3.0 P 60.6 5.2 60.0 3.0 91 93 C 4.3 M 7.2 6.0 6.0 52.3 94 95 - 4.3 M 75.0 3.5 75.0 75.0 96 102 * 3.5 M 75.0 6.4 75.0 5.6 103 104 C 4.7 H 7.0 5.5 6.5 38.0 105 129 H 4.9 H 4.2 6.2 3.7 7.0 130 133 * 3.2 M 58.5 6.5 75.0 5.0 134 137 - 4.3 M 75.0 7.6 75.0 75.0 >>>>>>