Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1exta1 CCCC----CCEEECCCCCC--CEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCEEEE---CCCCCCCCCCCCCCCCC----- >P1;d1exta3 CCCCCC---CEEEEECCCCCCCCEEEECCCEEEE-----CC---EEEEHHHCCC----CCC-CHHHHCCCCCC >P1;d2heyr1 CCCCCCHHHCEEEEECCCCCCCCEEEECCCEEECCC---CCCCCCEEE---CCCCCCCCCC-CC-CCC----- >P1;d2heyr3 CCCC----CCEEEEC---C--EEEECCCCCEEEEECC-CCCCCCEEEE---CCCCCCCCCCCCC-CCC----- >P1;d3wvta1 CCCC----CCEEEEC---C--EEEECCCCCEEEEECC-CCCCCCEEEE---CCCCEECCCCCCCCCCEECC-- PSA >P1;d1exta1 6a06----a8404149577--1207207582106710517c6906148---07bb2608851455906----- >P1;d1exta3 b50807---605465815a956050705a93043-----93---7034197079----949-079516977ac >P1;d2heyr1 b43905893008556726a97301030768031669---964015037---049c470407-16-708----- >P1;d2heyr3 3809----b611533---a--4308208483005550-2896914287---07ac660672218-706----- >P1;d3wvta1 a509----974153c---a--4204106474305641-7a96804236---0798250594104990573a-- Translating the sequences CCCC----CCEEE*CCCCC--CEEECCCCCEEEEECC*CCCCCCEEEE---CCCCCCCCCCCCC*CCC----- CCCC**---CEEEE*CCCC**C*EE**CCCEEEE-----CC---EEEE***CCC----CCC-C****C***** CCCC*****CEEEE*CCCC**C*EE**CCCEEE**C---CCCCC*EEE---CCCCCCCCCC-CC-CCC----- CCCC----CCEEEEC---C--*EEECCCCCEEEEECC-CCCCCCEEEE---CCCCCCCCCCCCC-CCC----- CCCC----CCEEEEC---C--*EEECCCCCEEEEECC-CCCCCCEEEE---CCCC**CCCCCCC*CC****-- 57586-2.tem _________________________________ CCCC----CCEEEECCCCC--CEEECCCCCEEEEECC-CCCCCCEEEE---CCCCCCCCCCCCC*CCC----- Structural block scores 0 3 C 5.0 H 5.6 6.1 6.9 5.0 6.1 4 7 - 4.2 M 75.0 39.2 5.5 75.0 75.0 8 9 C 4.5 M 9.2 40.5 1.5 8.8 8.0 10 13 E 4.9 H 2.2 3.8 4.5 2.5 3.2 14 18 C 4.3 M 6.4 5.9 6.3 47.7 49.6 19 20 - 3.8 M 75.0 7.0 8.0 75.0 75.0 22 24 E 4.6 H 3.0 1.7 0.3 3.7 2.0 25 29 C 4.5 M 4.4 6.3 4.8 4.4 3.6 30 34 E 4.7 H 3.2 17.0 3.2 2.6 3.6 35 36 C 4.3 M 0.5 75.0 42.0 2.5 2.5 38 43 C 4.6 H 5.9 52.0 15.8 5.8 6.8 44 47 E 4.9 H 4.8 3.5 3.8 5.2 3.8 48 50 - 4.5 M 75.0 5.7 75.0 75.0 75.0 51 63 C 4.7 H 5.3 32.3 10.0 5.2 4.2 65 67 C 4.5 M 5.0 4.0 5.0 4.3 4.7 68 72 - 4.1 M 75.0 9.2 75.0 75.0 34.1 >>>>>>