Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1exta2 CCCCCCHHHCCEEEECCCCCCCCEEE-CCC---CCEEEEEE-CCEEEEE--------- >P1;d1sg1x2 CCCCCCC--CEEEEECCCCCCCCEEE-ECC---CCEECCCC-C---CEE--------- >P1;d1sg1x3 CCCCCCC--CEEEEECCCCCCCCEEEECCC---CCCCCC-C-CCCCCCC--------- >P1;d1xu1r- CC-CCCHHHCEEEEC---CCCEEEE---HHHHCC------------CCCHHHHHHHC- >P1;d1xu2r- ----CC--CCEEEEC---CCCEEEE---HHHCCC----------CCCCCHHHHHHHHC >P1;d3wvta2 ---CCCHHHCEEEEECCCCCCCCEEE-ECC---CEEEEEEECCEEEEEE-------EC >P1;d4i9xc2 CCCCCCC--CEEEEECCCCCCCCEEE-ECC---CCCCCCCC-C---CCC--------- >P1;d4i9xc3 CCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCC--------------------------------- PSA >P1;d1exta2 b56906682803552615b9560510-079---a3745457-aa31204--------- >P1;d1sg1x2 b56818c--425514617b9850607-03b---947539a6-5---605--------- >P1;d1sg1x3 b364076--81013741798470425905b---b36077-4-3474506--------- >P1;d1xu1r- b8-706558050428---9677225---06733a------------a24a5047408- >P1;d1xu2r- ----28--a520518---9686314---07732b----------6b8129804a409b >P1;d3wvta2 ---b05784205456747a95a1002-15a---b2523568c8305305-------69 >P1;d4i9xc2 955808b--416544616b8760506-05b---b4732888-8---616--------- >P1;d4i9xc3 35b608ac---85787438854018--------------------------------- Translating the sequences CC*CCC***C*EEE*CCCCCCCCEE*-***---C*******-*******--------- CC*CCC*--CEEEE*CCCCCCCCEE*-***---C*******-*---***--------- CC*CCC*--CEEEE*CCCCCCCCEE*****---C*****-*-*******--------- CC-CCC***CEEEE*---CCC**EE---*****C------------***********- ----CC--*CEEEE*---CCC**EE---*****C----------************** ---CCC***CEEEE*CCCCCCCCEE*-***---C***************-------** CC*CCC*--CEEEE*CCCCCCCCEE*-***---C*******-*---***--------- CC*CCC**---****CCCCCCCC**--------------------------------- 57586-1.tem _________________________________ CC*CCC***CEEEE*CCCCCCCCEE*-***---C*******-*******-------*- Structural block scores 0 1 C 4.5 M 8.2 8.2 7.2 9.8 75.0 75.0 7.0 4.0 3 5 C 4.9 H 5.0 5.7 3.7 4.3 28.3 5.5 5.3 4.7 6 8 * 2.8 P 5.3 54.2 52.0 6.0 53.5 6.3 53.8 32.7 10 13 E 4.6 H 3.2 3.2 1.2 2.8 2.0 3.5 4.0 23.8 15 22 C 4.6 H 5.4 5.9 5.0 32.0 32.1 6.8 5.7 4.9 23 24 E 4.7 H 3.0 3.0 3.0 3.5 2.5 0.0 2.5 4.5 27 29 * 2.1 P 5.3 4.8 5.5 27.0 27.3 5.5 5.5 75.0 30 32 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 4.3 4.0 75.0 75.0 75.0 34 40 * 3.0 P 5.0 6.4 14.6 75.0 75.0 4.4 5.7 75.0 42 48 * 2.7 P 4.4 34.4 4.1 45.2 25.5 3.4 35.1 75.0 49 55 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 4.4 5.1 75.0 75.0 75.0 >>>>>>