Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1elva2 ---CCCC-CCCCCCEEECCC----C-----CCCCCCEEEEEECCCCEEEC------CCCEEEECC-----CCCEE----CCCCCCCCCCEEEC------------ >P1;d1h03p1 --CCCCC-CCCCCCEEEECC---------CCCCCCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEEEEEE-C-CEEEEC---------CCCCEEEC------------- >P1;d1h03p2 --CCCCC-CCCCCCEEECCC----CC----CCCCCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEEEEEEC--CEEEEC---------CCCCEEEC------------- >P1;d1hcca- CCCCCCC-CCCCCCEEECCC--------CCCCCCCCEECEEECC-CCCEE------CCCCEEEE------CCEEE----------CCCEEC-------------- >P1;d1hfia- CCCCEEC-CCCCCCCEECCC-----CCCCCEECCCCEEEEECCC-CCCCC------CCCEEEEE------CCEEC----------CCCCCC-------------- >P1;d1ly2a1 ---CCCC-CCCCCCEEECCC----CC----CCCCCCEEEEEECC-CEEEE------CCCEEEEECCCC-CCCEEC---------CCCCEEEEC-----------C >P1;d1ly2a2 CCCEECC-C-CCCCEEEEEC----CC----CEECCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEEECC-----CCCEE--------CCCCCEEEC------------- >P1;d1ok3a1 ---CCCC-CCCCCCEEECC-----C--CCCCCCCCCEEEEEECC-CCEECCC----CCCEEEEEC-----CCEEC--------CCC-CCEEC------------- >P1;d1ok3a2 ---CCCC-CCCCCCEEECC-----CHHHCCCCCCCCEEEEEECC-CCEECCC----CCCEEECCC-----CCCCC--------CCC-CCEEC------------- >P1;d1ppqa1 --CCCCC-CCCCCCEEECCC---------CCCCCCCEEEEEECC-CCCCC------CCCEEECCCCC--CCCCCC---------CCCCCCCCCC----------- >P1;d1q3xa2 --CCCCC-CCCCCCEEEEEC----CCC--CCCCCCCCEEEEEC-CCEEEE------CCCCCEECC-----CCCEE----CC--CCCCCEEEECCCCCCC------ >P1;d1rida1 --CCCCC-CCCCCCCCCCCC----CCCCCCCCCCCCEECCCCCC-CCEECC----CCCCCEEEEC------CEEE---------CC-CCEEC------------- >P1;d1rida3 --CCCCCC-CCCCCCEECCC----CCCC----CCCCCCCEECCC-CCEEECC------CCCCC-C-----CCCCCCC----------CEEE-C------------ >P1;d1rida4 --CCCCC-CCCCC-CCCCC-----CCCCCCCC--CCCCCCCCCC-CCEEE------CCCCCEEECC-----CEEE---------CCCCEEEC------------- >P1;d1srza1 -CCCCCCCCCEECCEEEEEE----CCCC--CCCCCCEEEEEECC-CEEEC------CCCEEEEE------CCEEC---------CCCCCEEEC------------ >P1;d2mcza1 ---CCCC-CCCCCCCC----CCCCCCCC--CCCCCCEECCCCCC--------CCCCCCCCEECCC-----CCCCCCCCCCCCC---------------------- >P1;d2o39c1 ----CCC-CCCCCCEEECC-----C--CCCCCCCCCEEEEEECC-CCEECCC----CCCEEECCC-----CCCCC--------CCCCCCEEC------------- >P1;d2o39c2 --CCCCC-CCCCCCEEEECC----C----CCCCCCEEEEEEECC-CCEEC------CCCEEEEEEC-C-CCEEEC---------CCCCCEECC------------ >P1;d2ok5a4 -CCCCCCCCCCCCCCEEEEE----HH-H-------CEEEEECCC-CEEEECC------CEEECCC-----CCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEC------------ >P1;d2z3qb1 --CCCCC-CCCCCCEEECC-----C-----CCCCCCEEEEEECC-CEEECCC----CCCEEEEEECCCCCCEEEC--------CCC-CCEEECHHHHHHCCCCCC >P1;d3erba1 ---CCCC-CCCCCCCEEEEC----CC-C----CCCCEEEEECCC-CEEEEC-------CEEEECC-----CCCEECC---------CCEEEEC------------ >P1;d3erba2 ---CEEC-CCCCCCEEEEC-----C---CCEECCCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEECCC-----CCCCC---------CCCCEEECCC----------- >P1;d3erba3 --CCCCC-CCCCCCEEEEC-----C-----CCCCCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEECCC-----CCCCC---------CCCCEEECHHHHH--CCCCCC >P1;d3gova1 -CCEECC--CCCCCEEEECC----CC----CEECCCEEEEEECC-CEEEEECCEEECEEEEECCC-----CCCCC---------C-CCEEEEC------------ >P1;d3op8a1 ---CCCC-CCCCCEEEECCEEEEHHHHCCCCCCCCCEEEEEEEEC------CCCEEEEEEEEEE------CCEECCCC-CCCCCCC-----CCCCCCCHHHCCCC >P1;d5ubmb1 CCCEECC--CCCCCEEEECC----CC----CEECCCEEEEEECC-CEECC----CCCEEEEECCC-----CCCCC---------CCCCCCEEC------------ >P1;d6v06a1 -CCCEEC-CCCCCCEEEECC----CC----EECCCCEEEEEECC-CCEEC-----CCCEEEECCC-----CCCCC---------CCCCCEEC------------- >P1;d6v06a3 --CEECC-CCCCCCEEEEEC----CCCCCCCEECCCEEEEEECC-CCEEE------CCCEEECCC-----CCCCC----------CCCEEEC------------- >P1;d6v06a4 --CEECC-CCCCCCEEEECC----C---CCCEECCCEEEEEECC-CCEEC------CCCEEECCC-----CCCCC---------C-CCCEEC------------- PSA >P1;d1elva2 ---6078-0970a40613a1----a-----51787270502068772626------180605027-----96403----0a645583060266------------ >P1;d1h03p1 --84068-089093070536---------98365414050607b-b2716------8384050356-d-872412---------39308058------------- >P1;d1h03p2 --46068-0461a40606d3----4a----6035755040405a-b3804------9963050328b--970602---------68205069------------- >P1;d1hcca- b576098-068067070587--------6b7096957040608a-b3956------55340606------26803----------370509-------------- >P1;d1hfia- a665086-03a196071428-----886795075936140705c-a3816------ba650509------30807----------a11606-------------- >P1;d1ly2a1 ---50c8-038096081593----77----8084733060708c-81515------986304031879-880502---------390060576-----------c >P1;d1ly2a2 8914075-0-8081063451----97----7045951010305a-a3918------976205036-----76700--------65a206067------------- >P1;d1ok3a1 ---5096-04a05407172-----9--b586044725050904b-719548c----472204059-----c5702--------908-60066------------- >P1;d1ok3a2 ---2096-09729302036-----52574980438340205128-9283379----471404049-----75603--------a55-90048------------- >P1;d1ppqa1 --58085-199064081535---------86354817040506c-a2714------09630405518--c60304---------059510656b----------- >P1;d1q3xa2 --86048-089073052626----539--64145804050406-982615------61b005047-----66610----19--54920705639b76b9------ >P1;d1rida1 --70797-3a5a8007284a----866aa5185aa161607069-828438----7086505074------a617---------26-05057------------- >P1;d1rida3 --850640-4809706573a----7a61----93348080305b-b272637------a4060-6-----3292707----------2408-9------------ >P1;d1rida4 --67036-06056-06088-----c57a9179--900480606a-b1837------682809128a-----7517---------66105068------------- >P1;d1srza1 -b52046912a086060547----3578--73174070507069-62407------53180504------b4604---------67208088b------------ >P1;d2mcza1 ---70b2-08814108----07117955--61465460906039--------c184826201057-----a370360785079---------------------- >P1;d2o39c1 ----085-0491810415a-----9--4586063845030613a-a164468----552304048-----a4804--------914270057------------- >P1;d2o39c2 --75069-195094050332----4----92264a43030606b-93514------b943050446-c-a60502---------794060477------------ >P1;d2ok5a4 -bc7074a80707b172643----8b-3-------31020506b-8540203------651505b-----868016032a87752a4030577------------ >P1;d2z3qb1 --46058-09918408190-----9-----5561726060905b-22655ac----2612030315786780604--------907-06044156357886689a >P1;d3erba1 ---7057-a0906a191915----87-2----63905050705b-935132-------7215039-----5160645---------6040477------------ >P1;d3erba2 ---7070-2b809407175-----7---5a2064656040706b-b2917------026615047-----53615---------8780405597----------- >P1;d3erba3 --44077-0841a505173-----8-----71665440606039-81426------326514045-----81604---------7850405427259--769a6b >P1;d3gova1 -d64071--a5095050658----3a----6053734050206b-824033aa744742504048-----71602---------6-1180566------------ >P1;d3op8a1 ---6092-119512021a88425037507a108652501000256------a860044450506------9360921a-3164467-----a1966541061772 >P1;d5ubmb1 f664075--6b274060668----49----7033724040404b-83206----16831704047-----70712---------598270666------------ >P1;d6v06a1 -d73065-099275060854----48----60627340103049-b280a-----9862516039-----70815---------91608076------------- >P1;d6v06a3 --46064-093196052561----9243d940547340105048-91715------984403035-----83805----------a307056------------- >P1;d6v06a4 --56075-096094050824----b---485054524040306c-b3915------657503037-----83904---------4-305067------------- Translating the sequences ---CCCC-CCCCCCEEE*C*----C-----C*CCCCEEEEEECC*C*EE*------CCCEEE**C-----CC***----*****CCCC*EE**------------ --*CCCC-CCCCCCEEE*C*---------*C*CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE****-*-*****C---------CCCC*EE*------------- --*CCCC-CCCCCCEEE*C*----C*----C*CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE*****--*****C---------CCCC*EE*------------- ***CCCC-CCCCCCEEE*C*--------**C*CCCCEE*EEECC-C**E*------CCC*EE**------CC***----------CCC*E*-------------- ***C**C-CCCCCC*EE*C*-----*******CCCCEEEEE*CC-C****------CCCEEE**------CC**C----------CCC***-------------- ---CCCC-CCCCCCEEE*C*----C*----C*CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C***-*CC**C---------CCCC*EE**-----------* *****CC-C-CCCCEEE***----C*----C**CCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C-----CC***--------*CCCC*EE*------------- ---CCCC-CCCCCCEEE*C-----C--***C*CCCCEEEEEECC-C*EE***----CCCEEE**C-----CC**C--------*CC-C*EE*------------- ---CCCC-CCCCCCEEE*C-----C*****C*CCCCEEEEEECC-C*EE***----CCCEEE**C-----CC**C--------*CC-C*EE*------------- --*CCCC-CCCCCCEEE*C*---------*C*CCCCEEEEEECC-C****------CCCEEE**C**--*CC**C---------CCCC******----------- --*CCCC-CCCCCCEEE***----C**--*C*CCCC*EEEEEC-*C*EE*------CCC**E**C-----CC***----**--*CCCC*EE********------ --*CCCC-CCCCCC****C*----C*****C*CCCCEE****CC-C*EE**----*CCC*EE**C------C***---------CC-C*EE*------------- --*CCCC*-CCCCC*EE*C*----C***----CCCC***EE*CC-C*EE***------C****-C-----CC**C**----------C*EE-*------------ --*CCCC-CCCCC-****C-----C*****C*--CC******CC-C*EE*------CCC**E**C*-----C***---------CCCC*EE*------------- -**CCCC*CC**CCEEE***----C***--C*CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**------CC**C---------CCCC*EE**------------ ---CCCC-CCCCCC**----****C***--C*CCCCEE****CC--------****CCC*EE**C-----CC**C********---------------------- ----CCC-CCCCCCEEE*C-----C--***C*CCCCEEEEEECC-C*EE***----CCCEEE**C-----CC**C--------*CCCC*EE*------------- --*CCCC-CCCCCCEEE*C*----C----*C*CCC*EEEEEECC-C*EE*------CCCEEE****-*-*C***C---------CCCC*EE**------------ -**CCCC*CCCCCC*EE***----**-*-------CEEEEE*CC-C*EE***------CEEE**C-----CC**C*********CCCC*EE**------------ --*CCCC-CCCCCCEEE*C-----C-----C*CCCCEEEEEECC-C*EE***----CCCEEE********C***C--------*CC-C*EE************** ---CCCC-CCCCCC*EE***----C*-*----CCCCEEEEE*CC-C*EE**-------CEEE**C-----CC*****---------CC*EE**------------ ---C**C-CCCCCCEEE*C-----C---****CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C-----CC**C---------CCCC*EE***----------- --*CCCC-CCCCCCEEE*C-----C-----C*CCCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C-----CC**C---------CCCC*EE******--****** -****CC--CCCCCEEE*C*----C*----C**CCCEEEEEECC-C*EE*******C**EEE**C-----CC**C---------C-CC*EE**------------ ---CCCC-CCCCC*EEE*C***********C*CCCCEEEEEE***------********EEE**------CC**C***-*****CC-----************** *****CC--CCCCCEEE*C*----C*----C**CCCEEEEEECC-C*E**----**C**EEE**C-----CC**C---------CCCC**E**------------ -**C**C-CCCCCCEEE*C*----C*----**CCCCEEEEEECC-C*EE*-----*CC*EEE**C-----CC**C---------CCCC*EE*------------- --***CC-CCCCCCEEE***----C*****C**CCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C-----CC**C----------CCC*EE*------------- --***CC-CCCCCCEEE*C*----C---**C**CCCEEEEEECC-C*EE*------CCCEEE**C-----CC**C---------C-CC*EE*------------- 57535.tem _________________________________ --*CCCC-CCCCCCEEE*C*----C*****C*CCCCEEEEEECC-C*EE**-----CCCEEE**C-----CC**C--------*CCCC*EE**------------ Structural block scores 0 1 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 8.2 8.2 75.0 8.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 43.2 75.0 75.0 75.0 43.2 75.0 75.0 75.0 75.0 44.2 75.0 14.2 44.2 75.0 75.0 3 6 C 4.6 H 5.2 4.5 5.0 5.8 4.8 6.4 4.0 5.0 4.2 5.2 4.5 5.8 3.8 4.0 3.0 5.1 22.0 5.0 4.5 4.8 4.8 3.5 4.5 3.0 4.2 4.0 3.5 4.0 4.5 8 13 C 4.9 H 5.1 4.8 4.2 4.5 4.9 4.3 15.3 3.9 5.0 4.8 4.5 6.2 17.2 15.3 4.6 3.7 3.8 4.7 5.6 5.2 6.0 5.8 4.8 17.4 3.2 17.6 5.3 4.7 4.7 14 16 E 4.6 H 2.3 2.3 2.0 2.3 2.7 3.0 3.0 2.7 0.7 3.0 2.3 3.0 3.7 2.0 2.0 27.7 1.7 1.7 3.3 3.0 3.7 2.7 2.0 1.7 1.0 2.0 2.0 2.3 1.7 20 23 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.8 75.0 75.0 75.0 75.0 25 29 * 3.5 M 75.0 61.8 62.1 48.5 7.6 61.4 61.4 34.9 5.4 61.6 33.6 7.6 33.5 6.5 34.0 33.8 33.4 61.8 47.9 75.0 46.8 48.1 75.0 62.1 5.9 61.8 61.6 6.3 47.4 32 35 C 4.8 H 6.0 4.0 5.0 7.2 6.0 5.5 5.8 4.2 4.5 4.5 4.2 6.8 4.8 39.8 3.0 4.8 5.2 6.1 57.0 4.0 4.5 5.2 5.2 4.5 5.2 3.8 4.5 4.8 4.0 36 41 E 4.6 H 2.3 2.5 2.2 2.8 3.0 2.7 0.8 3.2 2.0 2.7 2.2 3.3 3.2 3.0 3.2 3.5 2.5 2.0 1.3 3.5 2.8 2.8 2.7 1.8 1.0 2.0 1.3 1.7 1.8 42 43 C 4.8 H 7.0 9.2 7.8 9.2 8.8 10.2 7.8 7.8 5.0 9.2 40.5 7.5 8.2 8.2 7.5 6.0 6.8 8.8 8.8 8.2 8.2 8.8 6.0 8.8 3.5 7.8 6.5 6.0 9.2 47 48 E 4.6 H 4.0 4.0 4.0 7.0 4.5 3.0 5.0 7.0 5.5 4.0 3.5 6.0 4.5 5.5 2.0 75.0 5.0 3.0 2.0 5.5 3.0 5.0 3.0 2.0 75.0 1.0 4.0 4.0 5.0 49 50 * 2.8 P 40.5 40.5 39.5 40.5 40.5 40.0 41.5 6.0 5.0 39.5 40.0 5.5 4.5 41.0 41.0 75.0 5.0 39.5 1.0 7.8 2.5 41.0 40.5 3.0 75.0 40.5 42.8 40.0 40.0 51 55 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 62.5 61.8 75.0 75.0 61.4 61.4 75.0 75.0 20.1 61.6 75.0 60.6 62.5 75.0 75.0 75.0 7.2 4.9 46.4 61.8 75.0 75.0 56 58 C 4.6 H 3.0 6.3 8.0 4.3 9.3 7.7 7.3 4.3 4.0 5.0 6.2 4.7 53.5 5.3 3.0 5.3 4.0 8.2 52.0 3.0 52.3 2.7 3.7 4.3 4.0 4.0 5.3 7.0 6.0 59 61 E 4.7 H 3.7 3.0 2.7 3.3 3.3 2.3 2.3 2.0 2.7 2.3 1.7 3.3 3.3 5.7 4.3 1.0 2.3 2.7 3.7 1.7 2.7 4.0 3.3 3.0 3.3 3.7 4.0 2.3 2.7 62 63 * 1.1 P 1.0 1.5 1.5 3.0 4.5 1.5 1.5 2.5 2.0 2.5 2.0 3.5 37.5 1.5 2.0 2.5 2.0 2.0 2.5 1.5 1.5 2.0 2.0 2.0 3.0 2.0 1.5 1.5 1.5 65 69 - 4.6 H 75.0 35.5 35.7 75.0 75.0 21.4 75.0 75.0 75.0 34.3 75.0 75.0 75.0 62.1 75.0 75.0 75.0 35.8 75.0 6.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 70 71 C 4.7 H 7.5 4.5 3.5 4.0 1.5 4.0 6.5 8.8 6.0 3.0 6.0 42.8 2.5 41.0 7.8 6.8 7.2 3.0 7.0 4.0 3.0 4.0 4.5 4.0 6.0 3.5 3.5 5.5 5.5 72 73 * 1.0 P 2.0 2.5 3.0 4.0 4.0 2.5 3.5 3.5 3.0 1.5 3.5 3.5 5.5 3.0 3.0 3.5 4.0 2.5 4.0 3.0 3.0 3.5 3.0 3.0 3.0 4.0 4.5 4.0 4.5 75 82 - 4.6 H 40.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 57.5 75.0 57.1 75.0 75.0 5.2 75.0 75.0 5.4 75.0 57.4 75.0 75.0 75.0 12.8 75.0 75.0 75.0 75.0 84 87 C 4.6 H 4.0 3.8 4.0 21.2 21.9 3.0 4.4 22.2 23.5 4.8 3.8 20.8 56.8 3.2 3.8 75.0 3.5 5.0 4.1 20.5 39.0 5.8 5.0 20.8 40.8 6.0 4.0 22.1 20.5 89 90 E 4.6 H 1.0 2.5 3.0 4.5 3.0 2.5 3.0 3.0 2.0 3.0 2.5 2.5 4.0 3.0 4.0 75.0 2.5 2.0 2.5 2.0 2.0 2.5 2.5 2.5 75.0 3.0 3.5 2.5 3.0 91 92 * 2.5 P 6.0 41.5 42.0 75.0 75.0 6.5 41.0 40.5 41.5 5.5 4.5 41.0 42.0 41.5 9.8 75.0 41.0 7.0 7.0 2.5 7.0 7.0 3.0 6.0 5.8 6.0 40.5 40.5 41.0 93 104 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 69.8 75.0 75.0 75.0 69.7 42.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.8 75.0 69.3 18.6 75.0 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 >>>>>>