Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ahla- CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEC---CCCCCCC------------CCCCCCCCCCCCCEEECC---- >P1;d1b8wa- --CCCCCCCCCHHH----CCEEEECCCCCCCCCC-CCCCCCC---------------CEEEEC-C--- >P1;d1bdsa- ------------------CCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCCCCC----CCCCEEEECCEEEECCC--- >P1;d1bnba- ------CCCCCCC----CCCEEEE-----CCCCC------------CCEEEEEECCCCEEEEECC--- >P1;d1e4ta- -----CCCCCHHHH----CCEEEC------CCCC------------CCEEEEECC-CCCEEEEC-C-- >P1;d1fd3a- C---CCCHHHHHH----CCCEEEC-----CCCCC------------CCEEEECCCCCCCEEEECC--- >P1;d1kj6a- CCCCCCCCCHHHH----CCCEEEC-----CCCCC------------CEEEEECCCCCCCEEEEECC-- >P1;d1sh1a- -CEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEE-----CCCCC------------CEEEEEEEEECCEEEEEECC-- >P1;d2nlsa- ------CHHHHHH----HCCEEEC-----CCCCC------------CCCEEEEECCCCEEEEC----- >P1;d3d4ub1 --------CHHHHC----CCEEECHHHCC-----HHHEEC--CCCCC-----------CEEEC-HHHC >P1;d3d4ub2 --------CCCHHH----CCEEEECCC---CCC----CCHHHHHHHC---------CCEEEEC-CC-- >P1;d4gv5a- -------CHHHHHC----CEEEEECCC---CCCCHHHCCC--CCCCC---------CCEEEEE-CCCC PSA >P1;d1ahla- 1a2220393677a9c386402116---698012b------------a168127754aa160038---- >P1;d1b8wa- --bab956500873----b012575a3ab18317-705067a---------------922005-5--- >P1;d1bdsa- ------------------5282709b489402518758902cc6----a0a52135854000054--- >P1;d1bnba- ------9996038----9035124-----a606a------------345434407b662100547--- >P1;d1e4ta- -----a58921860----917138------807c------------82750692c-97460047-b-- >P1;d1fd3a- d---265595069----5904126-----76138------------8274445058891300457--- >P1;d1kj6a- cc5b726853075----706530a-----98247------------707310433a895300485b-- >P1;d1sh1a- -96070873693477556004227-----9809a------------91750177469800001548-- >P1;d2nlsa- ------7498077----5907027-----97069------------a38538504a6703005----- >P1;d3d4ub1 --------450685----93422469606-----88023a--3a40b-----------42001-4953 >P1;d3d4ub2 --------a40975----a063056a5---b08----338811b509---------a741002-59-- >P1;d4gv5a- -------5850865----806125694---8067791228--52406---------8731005-6c01 Translating the sequences ******************CCEEE*---***CCCC------------C*********CC*EEE**---- --************----CCEEE*******CCCC-*******---------------C*EEE*-*--- ------------------CC**********C*************----********CC*EEE***--- ------*******----*CCEEE*-----*CCCC------------C*********CC*EEE***--- -----*********----CCEEE*------CCCC------------C********-CC*EEE**-*-- *---*********----*CCEEE*-----*CCCC------------C*********CC*EEE***--- *************----*CCEEE*-----*CCCC------------C*********CC*EEE****-- -*******************EEE*-----*CCCC------------C*********CC*EEE****-- ------*******----*CCEEE*-----*CCCC------------C*********CC*EEE*----- --------******----CCEEE******-----******--****C-----------*EEE*-**** --------******----CCEEE****---CCC----*********C---------CC*EEE*-**-- -------*******----C*EEE****---CCCC******--****C---------CC*EEE*-**** 57392.tem _________________________________ --************---*CCEEE*******CCCC-*****--**--C*********CC*EEE****-- Structural block scores 0 1 - 4.3 M 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 44.2 12.5 42.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2 13 * 2.6 P 5.0 6.4 75.0 34.9 22.9 22.7 11.2 5.0 34.8 39.8 40.5 34.3 14 16 - 4.6 H 7.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.7 75.0 75.0 75.0 75.0 18 19 C 4.7 H 2.0 5.8 3.5 1.5 5.0 4.5 3.0 0.0 4.5 6.0 5.2 4.0 20 22 E 4.8 H 1.3 2.7 5.7 2.7 3.7 2.3 2.7 2.7 3.0 2.7 3.0 3.0 23 29 * 3.3 M 36.3 6.9 6.5 55.6 65.4 55.4 56.4 55.9 55.9 15.1 35.9 35.6 30 33 C 4.6 H 3.6 4.8 2.0 5.6 6.9 4.5 5.2 6.9 5.5 75.0 23.6 5.2 35 39 * 3.8 M 75.0 3.6 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.7 32.8 4.4 40 41 - 4.3 M 75.0 8.8 7.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 42 43 * 4.0 M 75.0 75.0 9.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.8 6.2 3.5 44 45 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.0 2.5 2.0 47 55 * 2.8 P 4.6 75.0 12.4 4.7 13.2 4.3 3.5 4.2 5.2 75.0 75.0 75.0 56 57 C 4.7 H 10.5 42.0 6.5 6.0 8.0 8.5 8.5 8.5 6.5 75.0 8.8 7.5 59 61 E 5.0 H 2.0 0.7 0.0 0.3 2.0 1.0 1.0 0.0 1.0 0.7 0.3 0.3 62 65 * 2.4 P 40.2 40.0 21.0 22.8 24.4 22.8 7.1 4.5 57.5 22.2 22.8 24.6 66 67 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 0.5 >>>>>>