Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1btea- -CCCEEEEEE----CCHHHHCC--CCEEEEECCC--CEEEEEEEEE-CCEEEEEEEEEEC-----------CCCCCCEEECCCC----CCCEEEEECC-CCHHHCEEECCCC--C >P1;d1drsa- ---CEEECCCCC------------CCCCEEECC--CCCEEECCCCCC----CCCCCEECCCCCCC-----------------------CCCCCEEECC-CCCCC----------- >P1;d1f94a- ---CEEEEEE------------CCEEEEEEECCC-CCEEEEEEECC----CCCEEEEEECCCCCEEC---------------------CCEEEEEECC-CCCCC----------- >P1;d1fsca- ---CEEEECCCCC------------CCEEEECC--CCCEEEEEECC-C-CCCEEEEEECCCCCCC------------------------CEEEEEECCCCCCCC----------- >P1;d1jgka- ---CCEEECCCC----------CCCCCEEECCCCCCCEEEEEEEEC-CC-CEEEECCEECCCCCCCC---------------------CCEEEEEECC-CCCC------------ >P1;d1m9za- ---CEEECCEEEECCCCCCCEEECCCCCEEECCCCCCEEEEEEEEC-C-CCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEECEEECCC-CCEEEEEEECC-CCHHH-EEECCCCC-- >P1;d1ug4a- ---CEEECC-C-------C-----C--CEEECCCCCCEEEEEEECCCC-C-CCCEEEEECCCCCC----CC------------------CEEEEEECC-CCCC------------ >P1;d1v6pa- ---CEEECCCC-------C-----CCCCEEECCCCCCCEEEEEEEE-C-CEEEEEEEEC--CCCC----CC------------------CCEEEEECC-CCCCC----------- >P1;d2fd6u1 ---CEEEEEC-------CC-----CCEEEEECCCCCCEEEEEEEEEECC-EEEEEEEEECCCCCC------------EEEEEEECCEEEEEEEEEECC-CCCCC---------CC >P1;d2fd6u2 CCCCEEEEEEECCCCCCCC-----CCCEEEECCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECHHHCC-------CHHHHCCC---------CCEEEEECC-CCCCCC-----C---- >P1;d2fd6u3 -C-CEEEEEEC-CCCCCCCCCC-----EEEECCCCCCEEEEEEEEC-C--CCEEEEEECCC------------CCC--EEEEEEEC-CEEEEEEEECC-CCCCC-CCCCCHHHCC >P1;d2h62c- -CCEEEECCC----CCCC-CCC--C--CEEEEC---CEEEEEEEEC--CCEEE-EEEEEC--------CCCHHHHHH-CCCCCC----CCEEEEEECC-CCHHHHCCCCCCC--- >P1;d2h8ua- ---CEEEEEEC-------C-----CCEEEEECCCCCCEEEEEEECCCC-CCCCCEEEEECCCCCC----CC------------------CEEEEEECC-CCCCC----------- >P1;d2j8ba- --CCEEECCC-----CCCC-----CCCCEEECCCCCCEEEEEEEC------CEEEEEEECHHHCC----HHHHHHHHCCC---------CCEEEEECC-CCCCCH-----HHCCC >P1;d2jqpa- ---CEEEECCCC----------C--CCEEEECCCCCCEEEEEEECC-CCCCCEEEEEEECCCCCCCC----------------------CCEEEEECC-CCCCC----------- >P1;d4iyea1 ---CEEEEEEE-------C-----CEEEEEECCCCCCEEEEEEEEEEC-CEEEEEEEEECCCCCC----CC------------------CCEEEEECC-CCCCC----------- PSA >P1;d1btea- -805402230----44378484--855763508d--4201020428-a99372340014b-----------3b04580103737----1a40300055-4220491526075--8 >P1;d1drsa- ---44023360a------------77775491b--5410203352b4----d253000507591c-----------------------8693251496-522c8----------- >P1;d1f94a- ---2302415------------c6506355807b-37301233436----6b75601027a096276---------------------8413050259-62108----------- >P1;d1fsca- ---1303218696------------a5732709--a7101231355-7-7652311135539269------------------------736041167855108----------- >P1;d1jgka- ---640520387----------658337479206994202311544-b9-8371646236a34915c---------------------7446051177-9730------------ >P1;d1m9za- ---24013075581a12a674160a0a5238095851100000345-a-851200000111865239250851a366030653a19-c1402000035-74102-50211786-- >P1;d1ug4a- ---150124-8-------6-----6--654609ba4820022244946-8-634521025832a3----7a------------------925160378-6620------------ >P1;d1v6pa- ---14014066-------a-----694724609cb28301123365-a-9854040223--34a7----7c------------------a26161368-45209----------- >P1;d2fd6u1 ---1401507-------57-----974842808bb26101131233554-64334010074a377------------5665575b9331342160439-52206---------bb >P1;d2fd6u2 53b3401218456883025-----9407345069745200205123578a381120301377318-------90a62607---------807080448-423031-----e---- >P1;d2fd6u3 -8-22012020-9851025771-----8445073883100120529-b--34050203559------------906--9361665b-54043040278-63206-6913339849 >P1;d2h62c- -68040406a----524b-a18--9--710516---0100111427--89377-110109--------8a5099629-26892a----7433140169-7210482a09149--- >P1;d2h8ua- ---25003836-------a-----894625605ba3730112346d28-8786271202694484----8a------------------704050359-54205----------- >P1;d2j8ba- --61302307-----8359-----708623606b8460000010c------a5110101346305----5820164182b---------a05340168-631054-----821b4 >P1;d2jqpa- ---240140587----------b--387845088a37101052345-dbb6580a080268459168----------------------715141258-68309----------- >P1;d4iyea1 ---02002636-------9-----985644905bb3810132535567-9736250102694293----88------------------b08071269-65205----------- Translating the sequences -**CEEE***----********--C***EEECCC--CEEEEEEE**-C****EEEEEEEC-----------*************----*C*EEEEECC-CC***********--* ---CEEE*****------------C***EEECC--CC*EEE******----*****EE*C***CC-----------------------*C***EEECC-CCCC*----------- ---CEEE***------------******EEECCC-CCEEEEEEE**----***EEEEEEC***C***---------------------*C*EEEEECC-CCCC*----------- ---CEEE******------------***EEECC--CC*EEEEEE**-C-***EEEEEE*C***CC------------------------C*EEEEECC*CCCC*----------- ---C*EE*****----------**C***EE*CCC*CCEEEEEEE**-C*-**EEE**EEC***CC**---------------------*C*EEEEECC-CCCC------------ ---CEEE*****************C***EEECCC*CCEEEEEEE**-C-***EEEEEEEC***CC*********************-****EEEEECC-CC***-********-- ---CEEE**-*-------*-----C--*EEECCC*CCEEEEEEE***C-*-***EEEEEC***CC----**------------------C*EEEEECC-CCCC------------ ---CEEE****-------*-----C***EEECCC*CC*EEEEEE**-C-***EEEEEE*--**CC----**------------------C*EEEEECC-CCCC*----------- ---CEEE***-------**-----C***EEECCC*CCEEEEEEE***C*-**EEEEEEEC***CC------------**************EEEEECC-CCCC*---------** ***CEEE************-----C***EEECCC*CCEEEEEEE***C****EEEEEEEC***CC-------********---------C*EEEEECC-CCCC**-----*---- -*-CEEE****-**********-----*EEECCC*CCEEEEEEE**-C--**EEEEEE*C*------------***--********-****EEEEECC-CCCC*-********** -***EEE***----****-***--C--*EEE*C---CEEEEEEE**--****E-EEEEEC--------*********-******----*C*EEEEECC-CC***********--- ---CEEE****-------*-----C***EEECCC*CCEEEEEEE***C-*****EEEEEC***CC----**------------------C*EEEEECC-CCCC*----------- --*CEEE***-----****-----C***EEECCC*CCEEEEEEE*------*EEEEEEEC***CC----***********---------C*EEEEECC-CCCC**-----***** ---CEEE*****----------*--***EEECCC*CCEEEEEEE**-C****EEEEEEEC***CC**----------------------C*EEEEECC-CCCC*----------- ---CEEE****-------*-----C***EEECCC*CCEEEEEEE***C-***EEEEEEEC***CC----**------------------C*EEEEECC-CCCC*----------- 57302.tem _________________________________ ---CEEE*****--*****-----C***EEECCC*CCEEEEEEE***C****EEEEEEEC***CC----**-************----*C*EEEEECC-CCCC*------**--- Structural block scores 0 2 - 4.5 M 27.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 52.7 29.7 75.0 52.0 75.0 75.0 4 6 E 4.9 H 2.0 2.0 1.7 2.0 3.0 1.7 2.0 1.7 1.7 1.7 1.0 2.7 1.7 1.7 1.7 0.7 7 11 * 2.0 P 31.0 4.5 32.0 5.2 4.0 4.0 32.8 18.2 32.4 4.0 15.8 33.3 19.0 32.0 4.8 18.4 12 13 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 40.5 75.0 4.5 75.0 75.0 75.0 7.0 8.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 14 18 * 3.7 M 5.2 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 61.2 62.1 47.4 3.6 2.6 19.5 62.1 20.0 75.0 61.8 19 23 - 4.3 M 33.2 75.0 48.7 75.0 47.2 3.6 75.0 75.0 75.0 75.0 33.0 33.9 75.0 75.0 62.3 75.0 25 27 * 1.7 P 5.7 7.0 3.0 7.5 4.3 5.2 52.0 6.7 6.3 3.7 52.7 52.3 6.3 4.7 6.0 6.3 28 30 E 4.9 H 4.7 6.0 6.0 4.0 6.7 4.3 5.0 4.0 4.7 4.0 4.3 2.0 4.3 3.7 5.7 5.7 31 33 C 4.8 H 7.2 29.2 6.2 28.0 2.7 4.7 6.8 7.2 6.5 5.0 3.3 27.3 5.5 5.8 5.3 5.5 35 36 C 4.8 H 39.5 4.5 5.0 8.8 6.5 3.0 6.0 5.0 4.0 4.5 5.5 37.5 5.0 5.0 5.0 5.5 37 43 E 4.8 H 1.3 2.0 2.3 1.6 2.0 0.6 1.7 1.9 1.3 1.4 1.3 1.1 2.0 0.1 1.7 2.1 44 46 * 2.1 P 28.3 5.8 28.0 28.3 27.7 28.0 5.7 28.7 3.7 3.3 28.7 28.0 7.2 54.2 28.0 5.3 48 51 * 2.5 P 7.0 59.6 41.9 23.2 23.8 22.2 41.0 24.2 22.2 7.4 39.2 6.8 24.5 58.9 8.5 23.5 52 58 E 4.6 H 2.0 2.1 3.0 2.3 4.1 0.4 2.4 2.1 1.6 1.1 2.1 12.1 2.9 1.3 4.1 2.3 60 62 * 2.0 P 75.0 7.0 6.5 4.7 5.8 5.0 4.3 27.3 5.8 5.7 53.0 75.0 5.7 4.3 5.7 5.0 63 64 C 4.5 M 75.0 6.8 4.0 7.5 5.0 3.5 6.8 8.8 7.0 4.5 75.0 75.0 6.0 2.5 5.0 6.0 65 68 - 4.5 M 75.0 75.0 40.8 75.0 41.9 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 58.2 75.0 75.0 41.0 75.0 69 70 * 3.6 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 8.8 9.8 75.0 75.0 75.0 7.8 9.2 6.5 75.0 8.0 72 83 * 4.0 M 4.1 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 34.5 28.4 22.6 12.3 75.0 27.8 75.0 75.0 84 87 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 24.4 75.0 75.0 6.6 75.0 24.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 91 95 E 4.9 H 0.6 3.0 2.0 2.4 2.6 0.4 3.0 3.4 2.6 3.8 1.8 1.8 2.4 2.6 2.6 3.6 96 97 C 5.0 H 5.0 7.5 7.0 6.5 7.0 4.0 7.5 7.0 6.0 6.0 7.5 7.5 7.0 7.0 6.5 7.5 99 102 C 4.8 H 2.0 5.4 2.2 2.8 4.8 3.0 3.5 2.8 2.2 2.2 2.8 2.5 2.8 2.5 4.2 3.2 104 109 - 4.3 M 3.8 75.0 75.0 75.0 75.0 14.0 75.0 75.0 75.0 62.7 16.2 5.1 75.0 63.2 75.0 75.0 110 111 * 4.0 M 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.5 75.0 75.0 75.0 44.8 6.0 6.5 75.0 5.0 75.0 75.0 112 114 - 4.4 M 52.7 75.0 75.0 75.0 75.0 52.0 75.0 75.0 32.7 75.0 7.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 >>>>>>