Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ek9a- -----------------------------------------CCCCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCC---------CCCCCEEEEEEEEEEEE-EEE--ECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCCCEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEECCEEECCCCCCCCC---CCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCC-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHCEEEEEECCCC >P1;d1yc9a- ----------------------------CCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCC----CEEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHCCCCC--CC----CCCCCC-------HHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEE------------CHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------- >P1;d3pika- CCCCCCCCCCCCCCCCCCC--------CCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEECCC------CCCC----CCEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-C---CCCCCCCCCCH--HHCCCCCCCCCCCHHHHH-HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEC------------CCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC--------------------- >P1;d5azpa- CCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCCEECCCCCCCHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEEEECC--CEEEE----EEEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCCCCCCC----CCCCEE--CCCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEC------------CHHHCCCHHHEEEEEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----------------- >P1;d5azsa- CCCCCCCCCCCCCCCCCCC------------CCHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEECCC-CCCCCCC----EEEEEEEEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-CCHHHHCCCCCCCC---CCCCCCCCC--CCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEC------------CHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------- PSA >P1;d1ek9a- -----------------------------------------43060064048506806712642782585167246406566a685866566489---------b6922215464335636-304--625372514114340723403154451500250031006001103406301412520661074057347597175612640583167047617702770571057048208-------44164002024771819617618501830465017032143425205041441507562324352352756152769606ca1b---872468867978867673288688-17661771588269137835723770384054027604700740673574286057716-6482187975705400620470161225104110500113040320103064921671274057545063c >P1;d1yc9a- ----------------------------4075500530609202700520198075136157628a25961982475566859754656534468a784a913a----7634303316527-333264320612240050322015152341217000500510040230140281057005505711630471477a6176a10650462187157507804740662155007301487b108708408--05----36a2a8-------d40c40151402743140032416206133524132623624405------------2495165b93731774686841891566068528814634760476279238503630760572486178515714551881666165146506967180750271065117232511415243041104204001005-------------------- >P1;d3pika- a3312a2951b11069309--------528058075006193026006401840780571447058137427712663657675766166847a------9a87----7584514336544-453273050503031240612123042613316000500210040010240170043116604712540471268a50797017206911680581176169417802860192024-7---c910853a187--910640905731605101-70130330324021110600114043438333543652417------------4695075a823985565656428845872677155146727713640374067017403602852751475056267526616751781266138a538065006005411703241351424212100400100100--------------------- >P1;d5azpa- 721148185293a407198066a2044951244004109181035005302730671561657068257736920853635477465396845538c--83996----4955620525337-322152020403141140414013051223203000500210040000032281057016505813710361367a61567006204812850575168057505912540070011757606180665b007----0a5400--01601500720020301124000110500211022434244631723317------------74931568807377666668524b719405561791678188257706631740364067007506724762671474068046608804860683927067006104411701232050314203000500300000146c----------------- >P1;d5azsa- 75323b2941a3218b80c------------8725600428503500420083168048247715713562582666474867656737767354a-71b9795----44616364653246213152020303071041313024130423422000500310060000122181047117703832760584687470677136214900650572264045427712760392031-a50580028a0969---500458193--7507700640030211015030211200104034424202425633419------------77863a6cb2747756456743693b77176733605753781277036305602730470284166157537724650671586278037414676390750051155118221410301150130004014010----------------------- Translating the sequences -----------------------------------------****HHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCC---------****CEEEEEEEEEEEE-EE*--*C*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCCC*****C****CCCCCCC****HHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCEEEEEEEEEEE*C************---*CCCCCC*EEEEEEEEECCCCCCC-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-**HHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC******************** ----------------------------CCCCCHHHH*CCHHHHHHHHHHHH*CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCCC***CCCCC----CEEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CC***H***CCCCC--CC----CCCCCC-------HHH**CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEE*------------CHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------- CCCCCCCCCCCCCCCCC**--------*CCCCCHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCEEEEEEEEEEE*CC------CCCC----C*EEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-*---*CCCCCCCCC*--**CCCCCCC**CCHHHHH-HCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEC------------C***CCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC--------------------- CCCCCCCCCCCCCCCCC***********CCCCCHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEE***C*--C****----*EEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC***H**CCCCCCCCCC----CCCC**--*CCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEC------------CHHHCCC***EEEEEEEEEECC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC***----------------- CCCCCCCCCCCCCCCCC**------------CCHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC**EEEEEEEEEE*CCC-**CCCCC----*EEEEEEEEEEEE*EE*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-**H***CCCCCCCC---**CCCCCCC--CCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCEEEEEEEEEEEEC------------CHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------------- 56954.tem _________________________________ CCCCCCCCCCCCCCCCC**---------CCCCCHHHH*CCHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEECCCC---CCCCC----CEEEEEEEEEEEE-EECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-**H**CCCCCCCCCC--**CCCCCCC-*CCHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEC------------CHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-------------------- Structural block scores 0 16 C 4.2 M 75.0 75.0 4.6 4.3 5.4 17 18 * 3.0 P 75.0 75.0 4.5 8.5 6.2 19 27 - 4.4 M 75.0 75.0 67.2 4.6 75.0 28 32 C 4.3 M 75.0 4.2 4.6 3.2 48.0 33 36 H 4.5 M 75.0 2.0 3.0 1.2 3.2 38 39 C 4.5 M 75.0 3.0 3.5 5.0 3.0 40 52 H 4.8 H 8.8 3.5 3.3 2.8 2.9 54 77 H 5.0 H 4.5 5.2 4.4 4.8 4.7 78 79 C 5.0 H 5.5 6.0 5.5 4.5 5.5 80 91 E 4.9 H 6.5 5.6 5.8 5.7 6.2 92 95 C 4.2 M 24.0 7.1 41.9 5.2 5.6 96 98 - 3.8 M 75.0 6.3 75.0 54.2 27.7 99 103 C 4.1 M 75.0 6.8 21.9 7.0 8.3 104 107 - 4.5 M 7.1 75.0 75.0 75.0 75.0 109 120 E 5.0 H 4.0 3.6 4.3 4.3 4.2 122 123 E 5.0 H 1.5 3.0 4.5 2.5 1.5 124 128 C 4.5 M 32.4 3.6 3.0 2.0 2.2 129 195 H 5.0 H 2.7 2.5 2.3 2.2 2.6 196 200 C 4.9 H 5.8 6.3 6.1 5.9 4.8 201 236 H 5.0 H 3.9 3.9 4.1 3.6 3.8 237 238 C 4.8 H 41.5 2.5 3.0 1.0 2.0 240 241 * 2.5 P 75.0 9.2 41.0 6.0 7.8 243 244 * 2.5 P 75.0 4.0 43.8 3.0 6.5 245 254 C 4.5 M 2.3 18.2 5.2 4.5 11.9 255 256 - 4.5 M 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 257 258 * 3.0 P 4.0 75.0 5.0 75.0 2.5 259 265 C 4.7 H 5.4 16.4 3.4 13.5 4.3 268 269 C 4.1 M 2.5 75.0 3.5 3.5 6.0 270 276 H 4.7 H 3.9 26.3 12.7 2.1 3.4 278 299 H 5.0 H 2.6 2.6 1.6 1.1 1.2 300 303 C 4.4 M 5.0 3.2 3.5 2.8 3.2 304 315 E 5.0 H 3.9 3.1 3.9 3.3 3.0 317 328 - 4.5 M 6.4 75.0 75.0 75.0 75.0 330 332 H 4.0 M 52.7 6.0 6.7 5.3 7.0 333 338 C 4.8 H 5.8 5.9 5.4 4.7 7.6 339 348 E 5.0 H 7.1 5.7 5.8 6.2 5.8 349 355 C 4.6 H 6.1 4.9 5.6 5.6 6.2 356 422 H 4.9 H 6.6 4.5 4.2 4.4 4.3 423 427 C 4.8 H 7.0 6.2 6.9 5.8 6.2 428 463 H 5.0 H 2.0 2.5 2.1 2.0 2.0 464 467 C 4.5 M 2.2 1.5 19.0 0.2 56.2 468 487 - 4.4 M 4.5 75.0 75.0 64.9 75.0 >>>>>>