Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ddba- CCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHCCC-------------- >P1;d1k3ka- ------CCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCC-----------------------------------CCCC----------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH----HHHHHHCCC------CCCCHHHHHHHHHCHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----CCHHHHHHHHCHHHHHHHHHCHHHHHHCCCCH-HHHHHHHHCCC-- >P1;d1ohua- ------CCC-CHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----------------------------CCCC-CCC----------CCCCCCCCCCHHHHHHHH----HHHHHHHHHHCC----CCCCHHHHHHHHCCCCC------CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--CCCCCCCCCC-CCCCCCCCCC--- >P1;d1q59a1 ------C-----CCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC-C----------------------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH----HCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCC---CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCHH--HHHHCCCCCC-CHHHHCCC-C--- >P1;d2vofa1 ---------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC----CCC--------------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCHHHHCCC---CCCHHHHHHHHHHC-CCCCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-------CCC-CCHHHHHHHC-C-CCCCCC-CCCCCCCHHHHHCC------ >P1;d3bl2a- ----------CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC-----CCCCCC--------------------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHCCCCCCC------HHHHHHHHHHHHHHHHCCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCC------------------ >P1;d4bd8a- ---CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC--------------------------------------------------CCCHHHHHHHHHHHHCC--CHHHHHHHH--------CCCCCCCCHHHHHHHHCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHCCCHH-HHHH--CCCCCCC >P1;d5vx1a1 -------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC------------------------------CCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHCCCHH-HHHC--------C >P1;d5wdda- ---C--CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----CCCCC----------------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCC-CCHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHHHCCCHH-HHHHHCC------ >P1;d6h1na1 -------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----C--------------------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHHHHHHHHHH--HCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HC--CCCC-CHHHHHHHHHHC-CCHHHHHHCCHHH-HHHHHHHHC---- >P1;d6udva- ----------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCCCCC-----------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-HCHHHHHHHHHHHCC--CCHH-HHHCHHHHHHHHCCCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCC-HHHHHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHHCCHHH-HHHHHHCCCCCCC >P1;d6v4ma- ---C--CCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHC----CCCCCCCC-----------------------------------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-CHHHHCHHHHHHCCCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHCC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCC-HHHHHHHHHHHHHHHCC-CHHHHHHHCCHHH-HHCCHHHHHHCCC PSA >P1;d1ddba- 9a79a9b5319051700460043006150579a1076008170680663889a8999a8aab8997ac988b988792b98423710530061066159c14557024101401bb308a353680006018402611---56707303100000000024001-838-513600010000001304300054417955a-------------- >P1;d1k3ka- ------aa99654352600251007303-----------------------------------d348----------8726407200340068229934----95056104b------6807338303b860503a819a7d340540130000001005406b----3670380058200630560049c219750708-903642695a7-- >P1;d1ohua- ------338-584050430000002221566a519----------------------------a22c-185----------831620634052116755----960561085027----68073820480086018------8418103001000000003a3b---826b21650041005005730--6043095275-9758926768--- >P1;d1q59a1 ------a-----94625200300044006200c-c----------------------------a31300480739a69a48286630640160046206----76490065119815a1769666029600330086---6924003000010010110763177c5365630272054026305805--9109917308-50068626-b--- >P1;d2vofa1 ---------ab96670450025003304779----599--------------------------------------------85401500461058307---24847970684---80848404700685-974165a---6260820030001000005105-------733-8005000620-9-403820-74860663027524------ >P1;d3bl2a- ----------675920440031002500719-----996a28--------------------------------------9706600740284065317-636776986146------9078059507850773077----616693010000101000353194461-59305401620171048370164061d------------------ >P1;d4bd8a- ---a589399468725751378027403a49a--------------------------------------------------92856751562046147--567037308--------80818491386018602769---8789634013100202043545757---637666556877675287654871784a679-5789--6989698 >P1;d5vx1a1 -------848601710540030001110543675aaa1470075047------------------------------52a8384610400340045856-53662287047308934065a6057104810561078----81636201000100000001021-65b-8200650060024004743006101749305-1039--------b >P1;d5wdda- ---a--1658600830230055007411752----9128b----------------------------------------d448702710351046219-764b317701852a088156a4038105620781078----9161a300000000010002015-594-5a028200410051047-3018004639004-104822b------ >P1;d6h1na1 -------527604520370040002301b6b----8--------------------------------------------b356500500170033208-756a70555047006--819a632630452048106ba---a0704400100000000041348-49--7731-700700070004-524a105856106-0016416a4---- >P1;d6udva- ----------611310320010003110397----63a78078-----------------------------------617206600600252058206-863a80694198170--6668-2078049415860186---90609300500021010042037-3a3-4a106500520040005-313b207846205-102661678babc >P1;d6v4ma- ---9--a485691920210010000210454----8371a21a-----------------------------------934067600610250041046-53971023046307c3919--1539002700552087----81511300000000010014006-693-59102400500330066-6024204748408-400306922994a Translating the sequences ***************HHHHHHHHHHHHH**C*****************************************************HHHHHHHHHHHHH********HHHHH********C*****HHHHHHHHHH****---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-**HHHHHHHHHHHHHH****HHHHH******-------------- ------**********HHHHHHHH****-----------------------------------****----------********HHHHHHHHHHHH**----HHHHHH***------C****HHHHHHHH*HH*******CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***----***HHHHHHH*HHHHHH****HHHHH*CC***-*H*********-- ------***-*****HHHHHHHHHHHHH**C****----------------------------****-***----------**********HHHHHH**----HHHHHHH*****----****HHHHHHHH****C------CCHHHHHHHHHHHHHHHH****---****HHHHHHHHHHHHHH***--*****CC***-**********--- ------*-----******HHHHHHHHHH**C**-*----------------------------*********************HHHHHHHHHHHHH**----H*HHHHH********C*****HHHHHHHHH**CC---*CCC*HHHHHHHHHHHHHHHH**********HHHHHHHHHHHHH****--HHHH*CC***-*H******-*--- ---------******HHHHHHHHHHHHH**C----***--------------------------------------------**HHHHHHHHHHHHH**---****HHHH***---**C****HHHHHH*-****CC*---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH**-------***-**HHHHHHH*-*-******-*CC*****H*****------ ----------*****HHHHHHHHHHHH***C-----******--------------------------------------****HHHHHHHHHHHHH**-***HH*******------*****HHHHHHHHHHH*CC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHH********-**HHHHHHHHHHHHHH****HHH***C------------------ ---************HHHHHHHHHHHHH**C*--------------------------------------------------***HHHHHHHHHHHH**--**HHHHHHH--------C*******HHHHHHHH*CC*---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH*****---**HHHHHHHHHHHHHH****HHHHH*CC***-*H**--******* -------********HHHHHHHHHHHHH*******************------------------------------*******HHHHHHHHHH*****-***HHHHHHH********C****HHHHHHHHHHH*CC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-***HHHHHHHHHHHHH****HHHHH*CC***-*H**--------* ---*--*********HHHHHHHHHHHHH***----*****----------------------------------------****HHHHHHHHHHHHH**-***HHH**HH********C****HHHHHHHHHHH*CC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-**HHHHHHHHHHHHHH*-**HHHHH*CC***-*H*****------ -------********HHHHHHHHHHHH***C----*--------------------------------------------****HHHHHHHHHHHHH**-***HHHHHHH*****--*C****HHHHHHHHHHH*CC*---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-**--****-*HHHHHHHHHH*-**HHHHH*CC***-*H*******---- ----------*****HHHHHHHHHHHHH**C----********-----------------------------------******HHHHHHHHHHHHH**-***HHHHHHH*****--*C**-*HH*HHHHHHHH*CC*---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-**HHHHHHHHHHHHHH*-**HHHHH*CC***-*H*********** ---*--*********HHHHHHHHHHHHH**C----********-----------------------------------******HHHHHHHHHHHHH**-***HH*HHHH********C--**HHHHHHHHHHH*CC----CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-**HHHHHHHHHHHHH**-**HHHHH*CC***-*H*********** 56854.tem _________________________________ ---*--*********HHHHHHHHHHHHH**C**-*********--------------------****----------*******HHHHHHHHHHHHH**-***HHHHHHH********C****HHHHHHHHHHH*CC*---CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH***-***-**HHHHHHHHHHHHHH****HHHHH*CC***-*H*********-* Structural block scores 0 2 - 4.8 H 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4 5 - 4.6 H 9.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6 14 * 1.9 P 4.7 6.9 12.3 44.9 30.6 36.6 6.3 12.2 4.1 11.8 34.7 6.1 15 27 H 4.8 H 2.2 2.2 1.1 1.5 2.0 1.5 4.0 1.2 2.2 1.5 0.8 0.5 28 29 * 1.5 P 2.5 75.0 5.5 4.0 7.0 4.0 7.2 4.5 6.0 8.8 6.0 4.5 31 32 * 3.9 M 9.8 75.0 7.8 6.2 75.0 75.0 42.8 6.5 75.0 75.0 75.0 75.0 34 42 * 3.5 M 3.2 75.0 67.7 68.1 52.6 29.9 75.0 5.6 36.8 67.6 13.8 13.1 43 62 - 4.8 H 7.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 60.8 75.0 75.0 75.0 75.0 63 66 * 4.0 M 8.9 7.1 6.8 4.4 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 67 76 - 4.5 M 9.0 75.0 53.9 4.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 77 83 * 2.4 P 5.6 4.9 44.6 6.8 55.4 35.3 55.1 5.8 36.4 35.8 13.9 14.9 84 96 H 4.8 H 2.8 3.5 3.3 2.9 2.8 3.5 4.3 2.7 2.9 2.0 2.8 1.9 97 98 * 1.0 P 7.0 3.5 5.0 3.0 3.5 4.0 5.5 5.5 5.0 4.0 3.0 5.0 100 102 * 2.7 P 3.3 75.0 75.0 75.0 50.7 5.0 28.7 4.7 5.7 6.0 5.7 5.7 103 109 H 4.5 M 2.7 3.7 3.9 4.6 5.6 6.3 4.0 4.1 4.4 4.6 5.5 2.4 110 117 * 2.6 P 4.0 58.2 30.9 5.1 31.4 57.5 75.0 4.2 5.3 21.9 22.6 5.2 119 122 * 1.4 P 5.4 4.5 5.2 7.0 4.0 3.8 4.2 5.4 5.1 7.1 22.8 39.0 123 133 H 4.7 H 3.0 4.3 3.5 3.2 11.4 5.1 4.2 3.5 3.7 3.2 4.7 3.0 135 136 C 4.5 M 3.5 9.2 41.5 7.0 5.5 7.0 6.5 7.5 7.5 8.8 4.5 7.5 138 140 - 4.7 H 75.0 8.8 75.0 52.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 141 143 C 4.9 H 6.0 6.8 29.0 5.0 4.7 4.3 7.7 5.0 5.3 5.8 5.0 4.7 144 160 H 5.0 H 1.2 1.4 1.0 1.2 1.2 1.7 2.5 0.8 1.0 0.8 1.6 0.6 161 163 * 1.2 P 0.3 5.8 8.3 3.7 26.7 4.3 5.3 1.0 2.0 5.0 3.3 2.0 165 167 * 2.6 P 6.3 75.0 52.7 6.8 75.0 3.7 52.3 7.5 6.0 29.3 5.5 6.0 169 170 * 1.2 P 3.0 6.5 8.8 5.5 41.0 7.0 4.5 5.0 7.8 7.0 7.2 7.0 171 184 H 4.8 H 1.0 2.9 2.1 2.8 12.6 2.4 5.9 1.9 1.9 7.1 1.6 1.7 185 188 * 1.8 P 1.8 2.5 21.2 22.0 22.0 4.5 6.5 3.5 21.2 21.5 21.0 21.8 189 193 H 4.5 M 2.6 6.7 17.6 18.8 17.6 3.4 5.4 1.6 2.6 4.1 4.7 2.4 195 196 C 4.7 H 8.0 2.5 7.0 4.0 6.0 44.2 7.2 6.5 6.0 5.5 5.0 6.0 197 199 * 1.5 P 6.8 5.0 4.7 3.7 4.0 75.0 7.3 2.7 1.3 2.3 2.3 4.0 203 211 * 2.8 P 75.0 5.8 14.0 21.1 35.6 75.0 22.8 59.7 36.4 20.3 6.4 4.4 >>>>>>