Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1i5pa3 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHH-HCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHC------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHCCCC-------- >P1;d1w99a1 -------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH--CCCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCCCCCCCC >P1;d2qkga1 ------------------------CHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----------------CCC-HHHHHHHHHHHHHC------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCC------ PSA >P1;d1i5pa3 6a6478a9886a896a876974575366373740476276227-4671150020000010004212859904200370150003a25163044004100610b------450699128504600720131034006406124-967898179204600770063036204202-39a231000000000000000001001310a70807----a922750553174115511620481179349a2b39----87636115400420014018007608-------- >P1;d1w99a1 -------------------------------------------------------------------------------------------b195230023072b5894276137138308731850563284068425304763a3793274036017602720260044006399210000110050012004002200302660--38a6a--6169317304712740471045115500550587ab2777623404530563026108608511056672ba >P1;d2qkga1 ------------------------6118-40280056018305a325368353016004400820039-----------------c53-1020004001400b------770589116502810660073065017004604765a167226503520440161077204103-4a9310000000000000000000001100960818----8832571173047117502810361173018617297a846732330460042002401700550315------ Translating the sequences *************************HHH**HHHHHHHHHHHHH-HCCCCC***HHHHHHHHHHHH*CC******************CC*HHHHHHHHHHHHHC------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCC****HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHH***C-------- -------------------------------------------------------------------------------------------***********C**********HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH--C****--*HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***CCC***HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCC****** ------------------------*HHH-*HHHHHHHHHHHHH*HCCCCC***HHHHHHHHHHHH*CC-----------------*CC-HHHHHHHHHHHHHC------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****CCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC***HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCC------ 56849.tem _________________________________ ------------------------*HHH-*HHHHHHHHHHHHH-HCCCCC***HHHHHHHHHHHH*CC-----------------*CC-HHHHHHHHHHHHHC------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC-CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC***HHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHCCC------ Structural block scores 0 23 - 4.0 M 7.5 75.0 75.0 25 27 H 4.0 M 5.0 75.0 3.3 30 42 H 4.0 M 4.4 75.0 2.9 45 49 C 4.0 M 4.0 75.0 4.8 50 52 * 2.7 P 0.7 75.0 3.7 53 64 H 4.0 M 0.7 75.0 2.1 66 67 C 4.0 M 6.5 75.0 6.0 68 84 - 4.0 M 3.1 75.0 75.0 86 87 C 4.0 M 3.0 75.0 4.0 89 101 H 4.0 M 1.8 14.3 0.9 103 108 - 4.0 M 75.0 6.6 75.0 109 112 C 4.0 M 3.8 4.0 4.8 113 141 H 5.0 H 3.0 4.0 3.3 143 146 C 5.0 H 7.5 5.6 5.6 147 171 H 4.8 H 3.4 3.3 3.0 174 181 C 4.5 M 3.6 3.0 3.4 182 201 H 5.0 H 0.2 1.1 0.1 203 206 H 4.0 M 4.4 3.5 3.8 207 209 C 4.3 M 5.0 51.0 5.7 210 213 - 4.0 M 75.0 8.8 75.0 214 244 H 4.9 H 4.1 8.0 3.6 245 250 C 4.3 M 18.5 5.9 5.3 251 253 * 2.7 P 75.0 6.8 7.5 254 267 H 5.0 H 3.4 3.9 2.9 269 278 H 4.7 H 2.7 3.7 2.4 279 281 C 4.3 M 52.7 2.0 3.0 282 287 - 4.0 M 75.0 7.2 75.0 >>>>>>