Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ciia1 ---------CHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCC---CCCCCCHHHHHHHHHHCHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHCCCCC-----CCCHHHHHHHHHHHHCCCCCH----HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHCCC-- >P1;d1cola- CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHCCC PSA >P1;d1ciia1 ---------b28721671166036727970270064028507---a37026176017006522930172607932880064038073970472086017016085817307500730060057260540043028005-----a33010000000000341a07----410000000000000336006401801-- >P1;d1cola- 488165003300710360052008427a604700340073048039580263960270055017286091889136300620481705510770194191062a713510540261013004686022006101402879350010000000000200380b17590002000000000000053600520274008 Translating the sequences ---------*HHHHHHHHHHHHHHHHC*HHHHHHHHHHH***---CCCCCCHHHHHHHHHH*HHHH**CCC*HHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC****HHHHHHHHHHHHH*CCCHHHHHHH*****-----***HHHHHHHHHHHH**CCCH----HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHH**C-- *********HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHH***CCCCCCHHHHHHHHHHHH**HHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHH*HHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH*****HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC*****HHHHHHHHHHHHHHHC*HHHHHHHHHC** 56837.tem _________________________________ ---------HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHHH---CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHCCCH----HHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHHHHHHC-- Structural block scores 0 8 - 3.0 P 75.0 3.9 9 25 H 4.9 H 4.5 2.4 27 41 H 4.5 M 3.8 3.2 42 44 - 3.0 P 75.0 3.7 45 50 C 5.0 H 4.8 5.0 51 67 H 4.4 M 3.4 3.6 68 70 C 5.0 H 2.7 6.0 71 82 H 4.8 H 4.2 3.5 83 85 C 5.0 H 5.0 5.3 86 100 H 4.9 H 3.7 3.3 101 104 C 5.0 H 4.8 6.4 105 122 H 4.4 M 3.3 2.3 123 125 C 5.0 H 2.7 4.7 126 137 H 4.2 M 2.6 2.2 138 142 - 3.0 P 75.0 4.8 143 159 H 4.4 M 1.4 0.8 160 162 C 5.0 H 3.8 4.2 164 167 - 3.0 P 75.0 3.5 168 182 H 5.0 H 0.3 0.1 184 193 H 4.4 M 2.8 2.9 195 196 - 3.0 P 75.0 4.0 >>>>>>