Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1inpa- --------------------CCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHH--CCCCCCCCCCCCCCCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHH---EEECCC--CEEECCCCCEEECCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHH-EEEEEEEEECHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHCEEEEEEEECCCC-CEEEEEEEEEEEEECCCC----------CCEEEEEE-----EEEECCCEEECCCCCCCC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC---CEEEECCCCCC----------CCCCCC---CCCC--EEEECCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEECC------CCCC-HHHHHHHHHHHHCCCCEEEE---HHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCC------CCCCCCCCCCCCCEEEEC-CHHHHHHHCCCCCC------CCCCCCCCC--------------------- >P1;d1jp4a- --------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCEEEEECCEEEC----HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEECCCCC----CCCCC---CCCHHHHCCCCCHHHC--------------------------------CCCC-C-EEEEEEEEECHHHHHCC-------------CHHHCEEEEEEEECC----CCEEEEEECCCC-CC-----CCCCCCCCEEEEEECC---CEEECC---------------------------CCCCCCC-----C---CEEEEECC----CCC--CHHHHHHCC-----CCC--EEEEECCHHHHHHHHHC--CCCCEEEECC------CCCC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------C-CCC------CCCCCCCCC------CC---------CCEEEECC---CHHHHHHHCCCHHHHCCC----------------------------- >P1;d1ka1a- --------------------C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----HCCCEEECC-CCCEEE----HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-CEEECCCCCC-CCHHHHH---HHHHHHHH--HHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCCC-EEEEEEEEECHHHHHCC-------------C--CCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCCC-HHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECC---CCEEEEE-------------------CCCCCCCEECCCCCCCCC-C---CEEEECCCCC--CCCHHHHHHHHHHC-----CCC--EEEECCC-CHHHHHHHH--CCCCEEEECCC--CCCCCCC-HHHCHHHHHHHHHCCCEEEC--------CCCCC------CCCCCCCCC------CCC--------CCEEEECCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC------------------------------- >P1;d1lbva- --------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-HHHH--C----CEEEECCCCCEEE----HHHHHHHHHHHHHHCCC----------CE-EEEECCC--EEEC----------------------------------------------------------CCC--EEEEEEEEECHHHHHCCC--------------CCCEEEEEEECCCCHHHEEEEEEEE------CCC----------CCEEEEE-C---CEEEECCEEECCCCCC---------------------------CCC---CEEEEEC-CCC----------C--------CCCC--EEECCCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEECCC----CCCCC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC---CCCC---------CCCCCCCCC-----------------CCCCCEEEEC--CCCHHHHHHHH-C------------------------------------ >P1;d1nuwa- CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCCCCCCCCEEEEECCCCCEEE----HHHHHHHHHHHHHHH---------HCCCEEEEEECC----CCC-----CEECCHHH-------------------------------------------EEE----EEEEEEEEECHHHCCCC---------------CCEEEEEEEEECCCC--C----------CCCHHHHC-CCHHHCCEEEEEEECC---CEEEEEEEC---------C---EEEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEC-C-HHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEECCCCCHHHHHHHHHH--H-CCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEC---CC----------CCHHHCCCC----------------CCCCCCCEEEEC--HHHHHHHHHHHHHC----------------------------------- >P1;d1vdwa- ---------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCHHH--H----CEEEC-----CEE----HHHHHHHHHHHHHHHHC----------CC-EEEECCC--EEECC---------------------------------------------------------CCC--EEEEEEEEECHHHHHCCC--------------CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEE------HHH----------CEEEEEECC---CEEEECCEEECCCCCC---------------------------C-C---CEEEEEC--CC----------CCHHHH---HCCC--EEECCCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEEEE------EEEC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC---CCCC---------CC-CCCCCC-----------------CCCEEEEEEC-CHHHHHHHHHCCCC------------------------------------ >P1;d2bjia- --------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--------CCCEEECCCCCCEEE----HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEEHHHHHC-------------------------------------------------------CCCCCCCC-C-CEEEEEEEECHHHHHHC-------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CEEEECC--------------------------EECCCCCCCCHHH---CEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH--CCCCC--EEECCCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEEE--------CCC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------C-CCC------CCCCC--------------------CCEEEEEC-CHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC---------------------------- >P1;d2pcrb- --------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEECC--------------------------------------------------------------------CC-CEEEEEEEECHHHHHHC-------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CEEEECC--------------------------EECCCCCCCCHHH---CCCCCCCCC-CCCCCHHHHHHHHHHHH--H-HCC--C-CCCCCHHHHHC-CCC--CCCCCCCC-----------C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEE--------E-E----------CCCC-------------------CEEEEEEC--HHHHHHHHHHHCCCCCC-------------------------------- >P1;d3biga- ---------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-----------------------CCHHHHHHHHHHHHC-CHHH---------CCCEEEEEECCCCC-------------------------------------------------CCCCCCCCCEECCCCCCEEEEEEEEEECHHHHHCCC--------------CCCEEEEEEEEC-----------------------CCCCCCCCCEEEEEEECHHHCCCCCCC---CCHHHHHHHHHHHHC-----------------CCHHH---CEEEEECC--------HHHHHHHHHHCC-----CCEEEEECCCCHHHHHHCCCCCCCCCEEEEEEE----------HHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEHHHHCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCC--------------CCEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEC >P1;d3lv0a- -----------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HCCEEEEE-CCEEEE----HHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEECCC-----------------------------------------------------------CCCCCCCCC-EEEEEEEEECHHHHHCC-------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CEEEECC--------------------------EECCCCCCCCHHH---CEEEECCCCCC---CHHHHHHHHHHHH--C-CCC--EEECCCCCHHHHHHHHC--CCCCEEEEC--------CCC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------C-CCC-------CCCC--------------------CCCEEEEC--HHHHHHHHHHCCCC----------------------------------- >P1;d3t0ja- ------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC---------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEECCC----------------------------------------------------------CCC-CCCCCC-EEEEEEEEECHHHHHHH-------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CCEEECC--------------------------EECCCCCCCCCCC---CEEECCHHHHHCC----CHHHHHHHHH--H-HCC--EEECCCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEEE--------EEC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------C-CCC------CCCCC-------------C------CEEEEEEC--HHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC--------------------- >P1;d3uksa- --CCCHHHHHHHCCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------HCC-----------------CC-----HHHHHHHHHHHHHH-------CHHHCCEEEEEECC----CCC-----CEECCC---------------------------------------------CCC----EEEEEEEEECCCCHHHC---------------CCEEEEEEEEECCCCCCC----------CCHHHCCCCCCHHHCCEEEEEEECC---CEEEEEEECCCHHHCCCCC---CCEEEEEC-CCCCEEEEE-CCCCCCCCCEEEECC-HHHHHHC-HHHHHHHHHHHHC-----CCEECCCCCHHHHHHHHHH--HCCCEEEECCCCCC-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEC---CC----------CCCCCCCCC----------------CCCCCCCEEEEC--HHHHHHHHHHHHHCC--C------------------------------- >P1;d5eq7a- ---------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC-------------------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEECCC----------------------------------------------------------EEECCCCCCC-EEEEEEEEECHHHHHC--------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CCCEECC--------------------------EECCCCCCCCHHH---CEEEECCCCCCCC----HHHHHHHHHH--C-CCC--EEEE-CCCCHHHHHHHC--CCCCEEEEE--------EEC-HHHCCCHHHHHHCCCCEEEC--------C-CCC------CCCCCCCCC------CCCC------CEEEEEEC-CHHHHHHHHHHHCC------------------------------------ >P1;d5iz3a- CCCCCHHHHHHHHCC----CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------CCEECCCCEEEEEC---CEEEE-----HHHHHHHHHHHHHH---------HHCCEEEEEECC----EEE-----EEECC----------------------------------------------CCC----EEEEEEEEECHHHHHHC---------------CCEEEEEEEEEC--------------------CCCCCCCHHHCCEEEEEEECC---CEEEEEEECC-------CC---CEEEEEEC-CCCCEEEEE-EECCCEEEEEEEEEC-HHHHHCC-HHHHHHHHHHHHC-----CCEECCCCCHHHHHHHHHH--HCEEEEEECCCCCC-CCCCCCCCCHHHHHHHHHHCCCEEEC---CC----------CCHHHCCCC----------------CCCCCCCEEEEC--HHHHHHHHHHHHCCC--HHHHHHCCCCC--------------------- >P1;d5zhha- --------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---------------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--------CC-EEEECCC-----------------------------------------------------------EEECCCCCC-EEEEEEEEECHHHHHHC-------------C-CCCEEEEEEEECCE---EEEEEEEECCC----------------CEEEEEECC---CEEEECC--------------------------EECCCCCCCCHHH---CCEEECCCCCCC-CCCCCCHHHHHHHH--H-HCC--CEECCCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEEC--------CCC-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------C-CCC------CCCHH--------------------HCCEEEEC--CCCHHHHHHHHHCCC-CHHHC---------------------------- PSA >P1;d1inpa- --------------------760-00020020010005001001449306--838188616a56c75330----8001000000000021405851770081---040217--42030557450406056b3a50242016007765700520060038718446505a6152805382-00000000021600240229392964023200100000000013770-400000000000415796----------77060200-----000029a45308140253---273e31669b06824156b95993---010001471a4----------730168---1145--42050002000000000--1102000027------4602-01100000000301800002---0451662b17896691104026048------666953321042000002-4672135015279c------8496344ac--------------------- >P1;d1jp4a- --------------------610040000021005300600260276-------7916465395844010----3002301400330055206--------60-502020b19----22326---832770173811a616--------------------------------a016-7-02000000011200037-------------414100000000280----000000000045-28-----479b193010010036---240570---------------------------937616b-----c---32000041----517--306800730-----817--73242110010001001--0602000000------4613-00100000000201904000--------0-235------716072644------02---------00000003---808302740390495085----------------------------- >P1;d1ka1a- --------------------9-295124000000000000033016603-----57a23362c-794100----1000000000000000014--------a1-400020609b-0779105---80293055--01730666272aa07143b7040952820260043093805597-30000000131400235-------------6--1000000003705---030000000204-0661a2a146274000001002a---6103000-------------------014068166060343a82-8---0200033289--5012a105401860-----a09--7124000-000000001--02000001014--84a5503-00100001000610503000--------01724------805005323------062--------200000006890045007104710784------------------------------- >P1;d1lbva- --------------------1438402600560095046306816-5950--4----554a659a89413----20244008201820582----------a0-0000432--8426----------------------------------------------------------a2a--110001001118000435--------------6100000000542305401000010------014----------1210101-7---6301357861803925---------------------------737---0200016-264----------a--------0303--53433601000002000--15110000029----c4601-00100000100430904001---3817---------803813017-----------------3630000001--86005502720-9------------------------------------ >P1;d1nuwa- c86310441056478989749201500420160034007114------5059392383298411083602----400540063017103---------606000000000----378-----02308684-------------------------------------------223----00000000114910667---------------42000000005164a--6----------90437002-020450200000101b---401000018---------a---00100414885540203566150574072000-4-3a479103700630062047178a795195623300010011003--6-000001030673860500000000000000220704000---06----------530051709----------------600130000000--16005202602863----------------------------------- >P1;d1vdwa- ---------------------839703710420274048402512a4880--4----72467-----522----20243017200620584----------70-1000363--65272---------------------------------------------------------a16--200001101038001454--------------43000000005767---32000000------024----------92100002b---6101266861813a18---------------------------7-5---0000001--73----------707606---8406--42551700000001002--0300000002------7701-00100000000320803013---4838---------70-904130-----------------8541100000-4490052017022b------------------------------------ >P1;d2bjia- --------------------573380172037005600530362168--------a17435282722100----7104700830183058526--------90-4000103247-------------------------------------------------------97805066-5-10000000011610175-------------6-52000000002658---11000000023----------------84101007a---5103169--------------------------9617047355045---030002644356772372154028405--71606--11611400000003002--150100010--------303-00100000000310703010--------0-446------91400--------------------01200000-1860074008205308193147---------------------------- >P1;d2pcrb- --------------------b627510600160043005103722964a-------------------------8036101450462037506--------90-50319--------------------------------------------------------------------57-22000100014910584-------------5-22000000005984---21000000054----------------741010049---3002157--------------------------860814b2a4376---02103113a-90627562064036217--9-403--4-64160101100-002--06300211-----------5-02200000000510905231--------1-8----------8417-------------------50000000--82005111800452a3b-------------------------------- >P1;d3biga- ---------------------92781163005001300110374256-----------------------855a40382007203-2048---------05030401002877-------------------------------------------------a17302260600358754000002001114000525--------------630000000037-----------------------900040090101000014904930306---561240055008329-----------------26276---00000043--------8108a1176062-----704043171500100000018b27010010103----------01300000000200701000202030604797156406403650983a17065005155004363000000001627005108--------------c9404000000106265532626275 >P1;d3lv0a- -----------------------6821820150035004003612a62a------90937536-716300----5005400610462027236--------61-0010106-----------------------------------------------------------a35809376-32000000011600176-------------5-43000000012886---12000000025----------------70101035a---6303359--------------------------871811a576164---0300003268a---95a5173016106--7-505--21422300000001000--140000014--------804-32100000000410a05010--------1-719-------8803--------------------44100000--65014402710897----------------------------------- >P1;d3t0ja- ------------------------a1272049005500740473176a8---------------------93068006400520372038536--------b1-3010318----------------------------------------------------------239-919168-10000000014810375-------------6-55000000004728---31000001025----------------62011025a---6703579--------------------------861971b637077---0300047812749----6007005502--9-107--42415800010001002--580200000--------505-01100000000510503010--------0-045------80706-------------5------42000000--530073037106445a405822664179--------------------- >P1;d3uksa- --9470370036160----65400600330032004006118------94b-----------------78-----15530162017105-------49807401000016----418-----053028---------------------------------------------b04----0000000011a90395b---------------520000000001541907----------2668600371202200000001029---60000000027ba080752---10000115-a40805049-404065708000002-6800741-4003500430576-----9146634300000012003--64200001040a81-61811000100000000100104003---29----------520041306----------------713131100000--340063026218757--c------------------------------- >P1;d5eq7a- ---------------------6895017003600740071037206649-------------------b663144034401630063039215--------80-0000664----------------------------------------------------------413076b807-1000000011492048--------------2-34000000004705---01000000033----------------72201018b---5402269--------------------------9616049194065---040202249609b----8057004403--6-504--5233-602010002000--070000001--------624-00100001000540703013--------0-517------70306044a------2816------32200000-27700640170063------------------------------------ >P1;d5iz3a- 75602066008501a----58702500300050034006215------8082999502253c---b5613-----02500040014104---------607103300013----447-----23407----------------------------------------------197----00000000132a3055a---------------520000000058--------------------660381205602000000028---601000003c-------37---00010203-c84303022-304605436000001-5701a42-9504700640774-----8065533410010011004--42400001040782-92712000000000000210503001---05----------510042507----------------717330100000--540013003104980--51678366859--------------------- >P1;d5zhha- --------------------a924600610060033007303a416---------------------------a7037300730171055415--------90-0010763-----------------------------------------------------------674882925-21000100115710477-------------6-31000000011886---12000000045----------------71001002b---3702246--------------------------680812a266176---030000119527-82952042134104--7-406--20633200000002000--140000001--------503-21100000000410805002--------0-537------7171a--------------------61300000--250084006004603-64a54---------------------------- Translating the sequences --------------------***-HHHHHHHHHHHHHHHHHH********--******************----HHHHHHHHHHHHHHHH************---EEECC*--************************************************************CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*C*****************CEEEEEEEECC**-***EEEEEE*********----------C*EEEEE*-----EEEEC*************---*******************CC***---CEEEE*C****----------******---**CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE**------***C-HHHHHHHHHHHH*CCCEEE*---*****************CCCC****------**********C**EEEEC-*HHHHHHH******------*********--------------------- --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-------****************----HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEECC***----*****---****************--------------------------------CCC*-*-EEEEEEEEECHHHHH*C-------------****CEEEEEEEECC----**EEEEEE****-**-----*******CEEEEEECC---CEEE*C---------------------------*******-----*---CEEEE*C*----***--*HHHHHH**-----*CC--EEE**CCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE**------***C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------*-***------*CCCC****------**---------**EEEEC*---*HHHHHHH**********----------------------------- --------------------*-*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-----*********-******----HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-*EEECC****-*******---********--**************************************CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*C-------------*--CCEEEEEEEECC*---**EEEEEE****-**************CEEEEEECC---C*EEE**-------------------***************CC*-*---CEEEE*C***--******HHHHHHH*-----*CC--EEE*CCC-*HHHHHHH*--CCCCEEEE***--******C-HHH*HHHHHHHHHCCCEEEC--------*****------*CCCC****------***--------**EEEEC**HHHHHHHHHH********------------------------------- --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH***-****--*----*************----HHHHHHHHHHHHHH***----------C*-EEEECC*--****----------------------------------------------------------C**--EEEEEEEEECHHHHH*C*--------------CCCEEEEEEE*CC******EEEEEE------***----------C*EEEEE-C---CEEEEC**********---------------------------***---CEEEE*C-***----------*--------**CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE***----****C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC---****---------****CCCC*-----------------**C**EEEEC--***HHHHHHH*-*------------------------------------ ***********************HHHHHHHHHHHHHHHHHHH------**********************----HHHHHHHHHHHHHHH---------***C**EEEECC----***-----********-------------------------------------------***----EEEEEEEEECHHH***C---------------CC*EEEEEEEECC**--*----------********-********EEEEEECC---CEEEE****---------*---*******************CC******CEEE*-C-**********HHHHHHHH******CC**EE**CCCHHHHHHHHH*--*-CCEEEE***********C****HHHHHHHHHHCCCEEEC---**----------*****CCCC----------------****C**EEEEC--HHHHHHHHHH****----------------------------------- ---------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHH*H********--*----*****-----***----HHHHHHHHHHHHHHHH*----------C*-EEEECC*--*****---------------------------------------------------------C**--EEEEEEEEECHHHHH*C*--------------CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE------***----------CEEEEEECC---CEEEEC**********---------------------------*-*---CEEEE*C--**----------**HHH*---**CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE**------***C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC---****---------**-*CCCC*-----------------**C**EEEEC-*HHHHHHHHH****------------------------------------ --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****--------***************----HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEE******-------------------------------------------------------****CCC*-*-*EEEEEEEECHHHHH*C-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---CEEEEC*--------------------------********CC***---CEEE**C***********HHHHHHHH*--***CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE*--------**C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------*-***------*CCCC--------------------C**EEEEC-*HHHHHHHHHH***********---------------------------- --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-------------------------HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEE*C--------------------------------------------------------------------**-*EEEEEEEECHHHHH*C-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---CEEEEC*--------------------------********CC***---C*****C**-********HHHHHHHH*--*-*CC--*-**CCCHHHHH*-**C--CCCC****-----------C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEE*--------*-*----------CCC*-------------------C**EEEEC--HHHHHHHHHH*******-------------------------------- ---------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*****-----------------------****HHHHHHHHHH*-*HHH---------**C**EEEECC***-------------------------------------------------***********CCC****EEEEEEEEECHHHHH*C*--------------CCCEEEEEEEEC-----------------------**********EEEEEEC****C****C---***************-----------------CC***---CEEEE*C*--------**HHHHHHHH**-----C**EEE*CCC*HHHHHH**C**CCCCEEEE***----------HHHHHHHHHHHHH*CCEEE*********************************************C**EEEE************--------------************************** -----------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHHH*******------********-******----HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEECC*-----------------------------------------------------------***CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*C-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---CEEEEC*--------------------------********CC***---CEEEE*C****---****HHHHHHHH*--*-*CC--EEE*CCC*HHHHHHHHC--CCCCEEEE*--------**C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------*-***-------CCCC--------------------C**EEEEC--HHHHHHHHHH****----------------------------------- ------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHHH*******---------------------****HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEECC*----------------------------------------------------------***-CCC***-EEEEEEEEECHHHHH**-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---C*EEEC*--------------------------********CC***---CEEE*********----*HHHHHHHH*--*-*CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE*--------**C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------*-***------*CCCC-------------*------C**EEEEC--HHHHHHH*********************--------------------- --*************----****HHHHHHHHHHHHHHHHHHH------***-----------------**-----HHHHHHHHHHHHHH-------*****C**EEEECC----***-----******---------------------------------------------CCC----EEEEEEEEEC***HH*C---------------CC*EEEEEEEECC*****----------*****************EEEEEECC---CEEEE**************---********-*********-CC******CEEEE*C-*******-**HHHHHHHH***-----**EE**CCCHHHHHHHHH*--*CCCEEEE******-****C****HHHHHHHHHHCCCEEEC---**----------*****CCCC----------------****C**EEEEC--HHHHHHHHHH*****--*------------------------------- ---------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*******-------------------******HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEECC*----------------------------------------------------------****CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*--------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---C**EEC*--------------------------********CC***---CEEEE*C******----*HHHHHHHH*--*-*CC--EEE*-CC**HHHHHHHC--CCCCEEEE*--------**C-HHH***HHHHHH*CCCEEEC--------*-***------*CCCC****------****------C**EEEEC-*HHHHHHHHHH***------------------------------------ ***************----****HHHHHHHHHHHHHHHHHHH------**************---*****-----HHHHHHHHHHHHHH---------***C**EEEECC----***-----*****----------------------------------------------CCC----EEEEEEEEECHHHHH*C---------------CC*EEEEEEEEC--------------------*************EEEEEECC---CEEEE*****-------**---********-*********-*********EEEE*C-*******-**HHHHHHHH***-----**EE**CCCHHHHHHHHH*--*C**EEEE******-****C****HHHHHHHHHHCCCEEEC---**----------*****CCCC----------------****C**EEEEC--HHHHHHHHHH*****--***********--------------------- --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH****---------------------------*HHHHHHHHHHHHHHHH***--------C*-EEEECC*-----------------------------------------------------------***CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*C-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE***----------------CEEEEEECC---CEEEEC*--------------------------********CC***---C*EEE*C*****-******HHHHHHH*--*-*CC--*EE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE*--------**C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC--------*-***------*CC**--------------------***EEEEC--***HHHHHHH*****-*****---------------------------- 56655.tem _________________________________ --------------------***HHHHHHHHHHHHHHHHHHH********--*-****************----HHHHHHHHHHHHHHHH***------**C*-EEEECC*--****--------***-----------------------------------------****CCC***-EEEEEEEEECHHHHH*C-------------*-CCCEEEEEEEECC*---**EEEEEE****-****-*-*******CEEEEEECC---CEEEEC**********--*---**--****-**********CC***---CEEEE*C***********HHHHHHHH*--***CC--EEE*CCCHHHHHHHHHC--CCCCEEEE***----****C-HHHHHHHHHHHHHCCCEEEC---**---*-***--*****CCCC****------**----****C**EEEEC-*HHHHHHHHHH***********---------------------------- Structural block scores 0 19 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 5.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 25.1 75.0 18.1 75.0 20 22 * 2.2 P 4.3 2.3 28.7 2.7 3.7 28.7 5.0 6.5 28.7 75.0 75.0 3.0 29.7 5.0 7.2 23 41 H 5.0 H 4.5 1.2 1.3 3.4 2.1 3.4 2.8 2.2 2.1 2.5 7.1 1.9 2.8 1.9 2.2 42 49 * 2.6 P 3.4 30.8 11.8 13.6 56.9 4.8 31.0 14.4 31.1 14.1 14.7 57.9 13.6 57.2 40.2 50 51 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 43.2 75.0 5.0 75.0 54 69 * 3.2 M 5.6 4.5 9.2 19.1 3.8 39.7 8.1 75.0 75.0 13.1 75.0 66.6 66.7 18.1 75.0 70 73 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.1 75.0 4.5 75.0 3.5 75.0 58.9 74 89 H 4.9 H 0.8 1.8 0.1 2.9 6.8 2.6 3.4 3.1 7.4 2.6 3.0 11.7 2.9 10.7 3.1 90 92 * 2.8 P 3.0 2.7 1.7 50.7 75.0 51.3 4.3 3.7 75.0 3.7 4.7 75.0 2.7 75.0 3.3 93 98 - 4.6 H 4.7 75.0 75.0 75.0 63.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 41.0 75.0 63.5 75.0 99 100 * 4.0 M 4.0 75.0 75.0 75.0 3.0 75.0 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 3.5 75.0 3.5 75.0 104 107 E 4.9 H 19.8 1.8 1.0 0.0 0.0 0.2 1.0 2.2 1.2 0.2 1.0 0.0 0.0 0.8 0.2 108 109 C 4.8 H 1.5 1.0 1.0 3.5 0.0 4.5 0.5 42.0 1.0 0.5 2.0 3.5 6.0 2.0 6.5 111 112 - 4.2 M 75.0 5.0 4.5 75.0 75.0 75.0 3.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 113 116 * 3.7 M 2.2 75.0 23.4 5.0 23.2 5.0 58.0 75.0 75.0 75.0 75.0 22.0 75.0 22.5 75.0 117 124 - 4.3 M 3.8 30.0 30.9 75.0 47.5 65.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 47.9 75.0 48.0 75.0 125 127 * 3.9 M 2.0 4.3 3.3 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.3 75.0 27.3 75.0 128 168 - 4.5 M 4.0 52.6 7.5 75.0 71.6 75.0 75.0 75.0 62.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 169 172 * 3.5 M 3.5 75.0 3.8 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 3.0 23.4 22.2 75.0 2.0 75.0 23.0 173 175 C 4.5 M 4.3 3.8 4.3 53.5 2.3 53.5 3.7 75.0 2.7 5.7 6.3 5.2 8.2 5.7 6.0 176 178 * 2.6 P 4.3 29.3 7.0 29.2 75.0 27.3 28.7 29.0 6.7 5.3 5.0 75.0 5.0 75.0 5.3 180 188 E 5.0 H 0.0 0.2 0.4 0.4 0.1 0.6 0.1 0.6 0.3 0.6 0.1 0.1 0.2 0.1 0.6 190 194 H 4.8 H 1.8 0.6 1.4 1.8 4.0 2.4 1.8 3.8 1.0 1.6 3.2 6.3 3.8 4.1 3.4 197 209 - 4.8 H 4.1 75.0 75.0 69.6 75.0 69.5 75.0 75.0 69.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 212 214 C 4.5 M 0.3 1.7 25.3 2.3 2.0 2.3 2.3 1.3 3.0 2.3 3.3 2.3 2.3 2.3 1.3 215 222 E 5.0 H 0.1 0.2 0.4 0.6 0.6 0.6 0.2 0.6 0.4 0.4 0.5 0.0 0.5 0.6 0.2 223 224 C 4.8 H 5.0 4.0 3.5 3.0 3.5 6.5 5.5 8.5 41.0 8.0 4.5 3.0 3.5 41.5 8.0 226 228 - 4.4 M 26.3 75.0 75.0 3.0 53.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.3 75.0 75.0 75.0 229 230 * 2.0 P 0.0 0.0 1.5 0.5 40.5 2.5 1.0 1.5 75.0 1.5 2.0 41.0 0.5 75.0 1.5 231 236 E 4.5 M 0.0 0.0 0.0 0.2 75.0 0.0 0.0 0.0 75.0 0.0 0.2 75.0 0.0 75.0 0.0 237 240 * 3.2 M 1.0 2.2 1.5 75.0 58.5 75.0 20.0 21.0 75.0 20.5 20.5 56.8 20.2 75.0 21.0 242 245 * 3.6 M 6.8 40.0 3.2 20.0 3.5 20.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 40.5 75.0 249 255 * 3.8 M 75.0 6.4 3.4 75.0 1.9 75.0 75.0 75.0 1.9 75.0 75.0 1.0 75.0 2.3 75.0 257 262 E 4.9 H 2.5 0.3 0.2 0.8 0.2 0.5 1.0 1.0 0.2 0.8 1.0 0.2 1.0 0.0 0.3 263 264 C 4.7 H 37.5 4.5 6.2 41.0 6.2 6.8 8.8 6.5 2.5 7.8 7.8 5.5 9.8 5.0 6.8 265 267 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 269 272 E 4.6 H 0.0 4.0 1.0 1.8 0.2 1.0 1.2 0.8 1.5 2.2 3.8 0.0 2.0 0.2 2.8 274 283 * 3.7 M 4.5 75.0 67.5 4.9 53.4 5.2 68.4 68.2 24.3 68.4 68.4 3.9 68.4 46.5 68.1 284 285 - 4.3 M 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 6.0 75.0 39.0 75.0 287 289 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 290 291 * 4.0 M 4.5 75.0 75.0 75.0 0.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 0.5 75.0 0.0 75.0 292 293 - 4.2 M 8.8 75.0 75.0 75.0 0.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 0.0 75.0 0.5 75.0 294 297 * 4.0 M 4.0 75.0 1.2 75.0 2.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 1.8 75.0 1.2 75.0 299 308 * 2.6 P 5.5 26.9 3.7 75.0 3.8 75.0 18.7 19.1 75.0 19.1 19.9 11.6 18.6 10.9 18.8 309 310 C 4.4 M 7.0 75.0 9.2 75.0 3.5 75.0 5.0 7.2 4.0 6.5 5.0 2.0 6.5 1.5 6.0 311 313 * 1.5 P 7.0 54.2 28.3 5.7 3.3 29.0 3.0 5.3 5.0 3.7 4.7 3.3 3.7 3.3 4.7 314 316 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 4.0 75.0 318 321 E 4.6 H 0.2 0.5 0.5 0.5 0.5 0.0 0.8 1.5 0.0 0.8 0.8 0.0 1.5 0.0 0.8 324 334 * 2.8 P 49.8 42.5 17.1 55.6 10.9 62.3 4.5 11.4 55.6 25.5 30.6 16.4 31.6 17.6 11.4 335 342 H 4.5 M 30.2 3.0 3.0 66.9 2.1 30.6 3.0 2.8 4.2 2.4 2.1 1.9 2.5 2.6 1.9 344 345 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 38.5 75.0 75.0 6.5 75.0 5.5 75.0 346 348 * 3.2 M 25.7 52.7 53.5 26.0 8.5 29.0 4.7 29.3 75.0 29.0 28.3 75.0 28.7 75.0 28.7 349 350 C 4.7 H 4.5 4.0 4.5 1.5 8.0 3.0 3.0 1.5 41.0 2.5 3.5 75.0 2.0 75.0 3.0 351 352 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 3.0 75.0 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 5.0 75.0 4.0 75.0 353 355 E 4.5 M 2.0 4.0 3.3 4.0 6.7 3.7 2.7 28.3 2.3 2.3 3.3 5.3 3.3 5.3 2.7 357 359 C 4.9 H 0.0 1.3 0.0 3.0 2.0 2.7 1.7 2.3 4.3 1.7 4.3 2.3 27.0 2.7 1.7 360 368 H 4.7 H 0.2 0.2 8.3 0.3 0.3 0.1 0.3 8.7 0.1 0.1 0.2 0.3 0.6 0.3 0.2 370 371 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 9.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 372 375 C 4.7 H 1.0 2.0 0.5 2.0 20.2 0.8 1.8 2.2 2.5 1.2 3.8 3.0 1.8 2.5 1.2 376 379 E 4.8 H 0.0 0.0 0.2 0.0 0.2 0.0 0.2 1.0 0.2 0.2 0.0 0.2 0.0 0.2 0.0 380 382 * 2.7 P 28.0 25.0 1.7 3.7 1.0 25.7 50.0 75.0 1.3 51.3 50.0 1.3 50.3 1.3 50.3 383 386 - 4.4 M 75.0 75.0 40.5 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 23.6 75.0 23.0 75.0 387 390 * 2.7 P 21.2 21.5 5.1 5.6 2.8 22.2 38.2 75.0 75.0 39.5 38.8 4.0 39.5 4.8 38.8 393 405 H 4.8 H 0.4 0.2 0.7 0.7 0.3 0.5 0.4 0.8 0.5 0.8 0.6 0.2 0.8 0.2 0.7 406 408 C 4.9 H 3.0 3.3 1.7 3.0 2.3 2.7 2.3 3.0 2.3 3.5 1.7 0.3 2.3 1.7 2.7 409 411 E 5.0 H 0.0 1.3 1.0 1.3 1.3 1.3 1.3 3.3 0.3 2.0 1.3 1.3 1.3 1.0 1.7 413 415 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 1.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 416 417 * 3.5 M 2.0 75.0 75.0 5.5 3.0 6.0 75.0 75.0 1.5 75.0 75.0 5.5 75.0 2.5 75.0 418 420 - 4.3 M 4.0 75.0 75.0 27.7 75.0 28.7 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 423 425 * 2.9 P 6.5 3.3 4.3 75.0 75.0 75.0 4.7 52.7 5.7 5.7 3.0 75.0 4.3 75.0 5.0 426 427 - 4.6 H 8.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 428 432 * 3.3 M 4.6 61.4 61.6 18.8 2.6 33.2 61.8 75.0 2.8 75.0 61.6 2.2 61.4 2.0 61.4 433 436 C 4.7 H 1.5 3.5 1.2 1.2 4.2 2.0 1.2 22.0 3.5 4.8 3.2 2.5 2.2 3.5 4.9 437 440 * 3.8 M 4.5 4.0 3.2 58.0 75.0 56.2 75.0 58.0 7.6 75.0 75.0 75.0 4.6 75.0 75.0 441 446 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 447 448 * 4.0 M 6.0 1.0 3.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 449 452 - 4.4 M 5.8 75.0 56.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.8 75.0 57.5 75.0 39.2 75.0 75.0 453 456 * 3.8 M 1.5 75.0 75.0 39.8 1.8 40.8 75.0 75.0 3.2 75.0 75.0 3.0 75.0 4.5 75.0 458 459 * 1.0 P 1.0 0.0 1.0 0.0 0.0 1.0 1.5 0.0 0.0 2.5 1.0 1.0 2.0 0.5 2.0 460 463 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 467 476 H 4.5 M 3.2 18.2 3.4 3.5 2.2 2.8 3.5 2.6 10.4 3.0 2.9 2.6 3.2 1.7 2.5 477 487 * 3.1 M 44.6 10.7 23.3 62.2 49.5 56.0 3.7 30.5 75.0 49.9 4.4 37.8 55.4 17.3 10.7 488 515 - 4.7 H 58.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.5 75.0 57.5 75.0 75.0 57.9 75.0 >>>>>>