Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1hwma- CCCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCEEC--CEECCCCCCCCCHHHCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCC---HHHHHHCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCC-------C-------------------CHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHHH--HHC----CCCCCCC----------HHHHHHHCCHHHHHHHHHHH--CCC------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHHHHHH-----CCCCCCCCCCC-------------------------------------------------------- >P1;d1rl0a- --CEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCCCCCCCCCCCCC--C-CCCCEEEEEEEEC-C-----EEEEEEEE-CCCCCEEEEEEECC-CCCEEEEECCC--CCCHHHHHHHCCCCC--HHH--EEECCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHCCCHHHHHHHHCCCCCC-----CCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHH--CCC------CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHCEE---------------------CCEEEEEEECCC----------------------------CEEEE----------HHHH---------CCCCCCCCCCCC--C---------------------------------------------------- >P1;d1wuca- --CCEEEEECCCHH--HHHHHHHHHHHHHCCC---CCCC--CCCCCCCC--CCHHHCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEEEC--CEEEEEEEEC---CCHHHHHHCCC------CCCCEEEEEEECCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCC-----CCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHHH-CCC------CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHHCC--C------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHH--HH-----HCCCCCCCC---------------------------------------------------------- >P1;d2g5xa- ----CCEEEC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CCCCC--CCCCCCCC--HHH--CEEEEEEECCCC----CCEEEEEEE-CCCCEEEEEEEECCCCCCEEEEECCC---CHHHHHHHHHHHCCCCC--EECCCCCCCCCHHHHHHHHCC-----CCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCC-----CCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHHH-CCC------CCCCCH----------HHHHHHHHCHHHHHHHHCCCC------------------------CCCCC------------------------------------CC----------CCCC--C------CCCCCCCC----------------------------------------------------------- >P1;d2vc3a- -CCCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCEEC--CEECCCCCCCCCHHHCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCCHHHHHHHCCCCC------CCCEEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--CCCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHHH--HHH----CCCCCCC----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHC--C--------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHH--CC-----CCCCCCCCCCCCCCC-------------------C-------------------------------C >P1;d2z4ua- --CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCEEC--CEECCCCC--CC-CCCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEEEC--CEEEEEECCC---CCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEECCCCCCCCHHHHHHHHCC----CCHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCC----CCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHH--CCC------CCCCCC----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHH--HH-----HCCCCCCCCCCCCCC---------------------------------------------------- >P1;d3bwha- ----CEEEEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHC-CE--EEEEC--CEEEECC--CCCHHHCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEECC------CEEEECCCCC---CCHHHHCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHCC-------C-----------------CCCHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHCC--C------CCCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHH--CCC------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------CCCHHHHC-----CCCCCCCHHHC-------------------------------------------------------- >P1;d3ktza- -CCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCC---CEEC--CEECCCC-CCCCCCCCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCC---HHHHHHCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHCC-CC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCC-----------------HHHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHCC--CC------CCCCCC----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHCC--CC-------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHH--HH-----HCCCCCCCCCCCC------------------------------------------------------ >P1;d3mena1 ---------------------------------------------------------------------------CEEECCHHHHHCCC-CCCCCC---------CC--CCCCCHHHHHHHHHHHHC-CC-CEECCC-CCCCHHHHCCCC--------CC---CC-CCCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCC-----CCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHCC-CCCCEEEEECCCCCCHHHHHHCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCC-CCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCC-CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC >P1;d3mvga- --CCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC---CEEC--CEECCCCCCC--CHHHEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCC------CCCCCC------C--CCEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCC--C-CC-----------------CHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHCCEECCCCCCEECCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHC--C--------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------HHHHHHCC-----CCCCCCCC----------------------------------------------------------- >P1;d4m1ua- ---CEEEEECC--CHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEEEEECCEEEEEECCCC----CCCEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEE-CCCCCEEEEEECCC----CEEEEC-------HHHCCCCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CCCCCEECHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCC------------------HHHHHHHHHHHHH---CHHHHHCHHHHHHHHHH--HCC---CCCCEECC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHCC------------------------CCCCEEEC-----------------------------CEEECC----------HHHHH--H-----HCCEECCCCCCCCCC-------------------CCCEEEECCEEEEHHHHHHHCCCCCHHHHHHCC >P1;d4za3a- ----CEEEEHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC--CCCCCC-CCCCCCC--CCCHHHCEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCC---CCHHHCCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHC-------C-----------------CCCHHHHHHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHHH--HHC----CCCCCCC----------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHH--HHH------------------CCEEEEEEEEECCC-----------------------CCEEEEEE----------CCCHHHHC-----CCCCCCCCCC--------------------------------------------------------- >P1;d4zura- ---------------------------------------------------------------------------CEEECCHHHHHCCCCCEEECC---------EEECCCCCCHHHHHHHHHHHHC-CCCEEECCC-CCCCCCHHHCCC--------HH---HHHHHHHHHHHHHHCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH--HHHHCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCCEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC >P1;d5z37a- ------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHC-C---EEEC--CEEECCCHHHCCHHHCEEEEEEEEE-C----CEEEEEEEE-CCCCCEEEEEEC------CEEEECCCCC---CCHHHHCCC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCC------C-----------------HHHHHHHHHHHHHH---HHHHHHCHHHHHHHHHHCC-------CCCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHHC-------------------------CCCC-CCCCCC---------------------------CCCCC----------CCHHHH-------HCCCCCCCCCC-------------------------------------------------------- PSA >P1;d1hwma- 3a034050604d0816504600570164015a--06501--7010015894066731002050103-a----822020000-003060100107------9400006707---930342015------b2-72451912271840073084-----5057040008102800440275-------8-------------------b11410000100---00000004201530250--065----7742504----------01010006105500310041--46a------------------66608740804567-----------------------76745053----------16304620-----30000113375-------------------------------------------------------- >P1;d1rl0a- --252230403a254a5037004500720348--7060161b1000255--4-a943001020537-6-----43000001-22205000000317-76533000049--106693058005407--892--0650617372720063070888753022110005004811750014-----825-----------------44300300000100---0000000420061027--313------751a04----------9302300700660070018308---------------------a45046425062----------------------------77145----------0860---------500003224538--d---------------------------------------------------- >P1;d1wuca- --183160404416--4047005500720221---9610--a1300469--175962001020306-4----833040000-00206000010548--a830000037---13910354008------c1952270a12261850172073-----5165140008301700320135-----927-----------------54300200000100---00000005201600365-008------921503----------6002100630470051007028--9------------------27708721703248-----------------------57825065----------0730--26-----100002259---------------------------------------------------------- >P1;d2g5xa- ----304030-53639703700750053007a--69331--a101017a--375--601102010176----633000001-00404000000338958521000045---129701d4257007505--421830302053920284092-----4146060008201910740225-----a16-----------------26400300000100---00000104300620284-008------841507----------861150061057006501665------------------------91859------------------------------------60----------6580--1------60100139----------------------------------------------------------- >P1;d2vc3a- -b134070503d07175007007502950178--93404--703002439c153960001030309-5----a14000000-003050200309------9100006196a81370163016------b0853541a230629400710a4-----605705002600260031035228--a809-----------------45500300000000---00000004300610360--057----9846203----------31002005104800420060--a--------------------a060a831504569-----------------------25641074----------0750--36-----201001243756898-------------------9-------------------------------d >P1;d2z4ua- --2731404009065a7036007401620316--94400--50200047--94-734001040305-8----762010002-02206000000718--8320101064---07a93364036100686a5146320903172820193081----940451400083026006500146----908-----------------66200200000100---0000000410062027--11a------631503----------310210062067006200508----------------------b2508851604448-----------------------67614065----------0840--46-----100003317bb1553---------------------------------------------------- >P1;d3bwha- ----4340308706494036008501830-32--5a514--9020025--8165771013010005-8----833010000-01206000001a------9301005912---a30482017------b1-72550503261940192084-----6034040002002700520261-------7-----------------58600300000100---00000004300430071--3------9842507----------60001006305500400120--6a4------------------c1605730503359-----------------------77644043----------18370057-----10200115960-------------------------------------------------------- >P1;d3ktza- -d146070507c05555017006501830617---a612--8041024-81b61860002020304-8----824030002-022020100205------8100006706---860274007------c0-613308010616403a2-70-----406612000500240043005005--8b17-----------------44300400000000---00000003300530393--06------642505----------52021005203300100230--aa-------------------91608720302558-----------------------37525052----------0950--47-----2010032169629------------------------------------------------------ >P1;d3mena1 ---------------------------------------------------------------------------22011151054050-305389---------55--350225006302600651-a1-406609-537583025005--------79---00-0064017407736a3b820208586-----b1739a03330040023310002630250012000000000--12037838000000000000024300011000000000032028-51840000000000000005003735300000000306a13057204772606b7079202001083a1728300820720051077080500000000002-80530307064a002500630162-23000000000327104500430092197 >P1;d3mvga- --16113040690449504600470054011a---5624--8031016659--6691101030104-6----543000002-114010200306------a410002708------746109------9--91240804071a30292074-----404704010610070033016061--9-79-----------------13500400000000---000000042016301620219398261531505----------31022107207500210140--8--------------------d3604840603448-----------------------87335022----------06303750-----10000235----------------------------------------------------------- >P1;d4m1ua- ---46140300--3381025106700850074195027da5001204817----823200010300347596125020000-03204000000356----610010-------350650808------c1-72250714162a10372072-----805606021920260052019088--6707------------------5600300010100---00000001200430360--03b---86340505----------790120050013002002405------------------------70810302-----------------------------804087----------49401--5-----10000030a61657b-------------------a631354b520101310775677669877658a >P1;d4za3a- ----42404098061a306600650164017a--065570-7010035--9062872023020106-6----a33000001-024040000306------8300005401---860371005------b0-92570804251820183292-----5166040018203300420241-------4-----------------8a500300000000---00000005300530060--066----684240a----------51020007105400400040--596------------------b0509750603488-----------------------66536051----------26374028-----1010023228--------------------------------------------------------- >P1;d4zura- ---------------------------------------------------------------------------1300018505507083045b9---------7438020104006301710491-817513708-816380044005--------55---009004502831783948a-00108923889479953a604420010011220000510050021000000200--32017958100000000000005330001000000000011002491940000000000010002002623300000000305412059304691606b806710002116650419601810650174088180500000000000360310105051610440063027293200000000042720050000004004f >P1;d5z37a- ------20507c063750470055018405-2---7404--9100022488163651014050104-b----933020000-002060000304------9402005512---b20474005------b0-72570304171a10273074-----40560500282035004104799------7-----------------45210300000100---0000000540173026007-------a750505----------32001005106500400020-------------------------9048-17039a---------------------------84053----------a28409-------10000210484-------------------------------------------------------- Translating the sequences *****EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C--C***CCC********CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC**---*HHHHH*CC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C-------C-------------------*HHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*--***----*CCCCCC----------HHHHHHH*CHHHHHHHHHH*--***------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH****-----*CCCCCCCCCC-------------------------------------------------------- --***EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C**C***CCC*--*-***CEEEEEEE*C-C-----*EEEEEEE-CCCCCEEEEEE***-****EEEECCC--****HHHHH*CC***--***--EEECCCCCCHHHHHHH*CC*****CHHH*CCCHHHHHHHH*****C-----*CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH--***------CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH***---------------------CC***EEEE**C----------------------------*EE**----------HHHH---------*CCCCCCCCCC*--*---------------------------------------------------- --***EEEEC****--HHHHHHHHHHHHH*CC---***C--C***CCC*--*****CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE***--***EEEE**C---***HHHHH*CC------CC**EEE****CCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHH**C-----*CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*-***------CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH***--*------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH--**-----*CCCCCCCC---------------------------------------------------------- ----**EEEC-*CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C--C***CCC*--***--CEEEEEEECC*C----CCEEEEEEE-CCCC*EEEEEE********EEEECCC---***HHHHH*********--*E***CCCCCCHHHHHHHHCC-----C***CCCCHHHHHHHHH****C-----*CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*-***------CCCCC*----------HHHHHHHHCHHHHHHHH****------------------------*****------------------------------------**----------****--*------*CCCCCCC----------------------------------------------------------- -****EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C--C***CCC********CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC******HHH***CC------CC*EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH****--**CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*--***----*CCCCCC----------HHHHHHHH*HHHHHHHHHH*--*--------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH--**-----*CCCCCCCCCC****-------------------*-------------------------------* --***EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C--C***CCC*--**-**CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE***--***EEEECCC---***HHHHH*********CC*EE**CCCCCCHHHHHHHHCC----*CHHHCCCCHHHHHHHHHHH**C*----*CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH--***------CCCCCC----------HHHHHHHH*HHHHHHHHHH**----------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH--**-----*CCCCCCCCCC****---------------------------------------------------- ----*EEEE***CCHHHHHHHHHHHHHH*-C*--****C--C****CC--******CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEE**------*EEEECCC**---**HHHH*CC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C-------C-----------------***HHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHH**--*------*CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH*--***------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------***H****-----*CCCCCC***C-------------------------------------------------------- -****EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHH**CC---***C--C***CCC-*******CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC**---*HHHHH*CC------CC-EEEECCCCCCHHHHH**-CC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C**--**CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHH**--**------CCCCCC----------HHHHHHHH*HHHHHHHHH**--**-------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH--**-----*CCCCCCCCCC**------------------------------------------------------ ---------------------------------------------------------------------------*EEE*******C**-******---------CC--*****HHHHH********-CC-*EE*CC-CCC*HHHH***C--------**---C*-****HHHHHH*C******CC*****-----********HHHHHH***********HHHHH*HHHHHHHHH*--************CC******************CHHHHHHHHH**-**********************CC***EEEEEE**C*************************EEEE************HHHH****************CCCC*-************************-***************************** --***EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC---***C--C***CCC***--****EEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC**------****CC------C--**EECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C**--*-CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHH************CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH*--*--------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH****-----*CCCCCCC----------------------------------------------------------- ---**EEEEC*--CHHHHHHHHHHHHHHH*********C*******CC**----**CEEEEEEECC*C****CC*EEEEEE-CCCCCEEEEEE***----*EEEEC-------*HH****CC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----C***C**CHHHHHHHHHHHH*C**--**CC------------------HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*--***---**CC**CC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH**------------------------****EEE*-----------------------------*EEE**----------HHHH*--*-----*CC**CCCCCC****-------------------********************************* ----*EEEE***CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C*-C***CCC--******CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC**---**HHH**CC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C-------C-----------------***HHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*--***----*CCCCCC----------HHHHHHHH*HHHHHHHHHH*--***------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------***H****-----*CCCCCCCCC--------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------*EEE*******C****EE***---------*********HHHHH********-CC*EEE*CC-CCC***HHH**C--------HH---*HHHHHHHHHHHH*C****-*CC******************HHHHH************HHHHH*HHHHHHHHH*--************CC******************CHHHHHHHHHH************************CC***EEEEEE**C*************************EEEE************HHHH**********C*****CCCC******************************************************** ------***C**CCHHHHHHHHHHHHHHH*-C---***C--C***CCC********CEEEEEEE**-C----C*EEEEEEE-CCCCCEEEEEE*------*EEEECCC**---**HHHH*CC------CC-EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C*------C-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH***-------*CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH*-------------------------****-****C*---------------------------*****----------**HH**-------*CCCCCCCCCC-------------------------------------------------------- 56371.tem _________________________________ --***EEEEC**CCHHHHHHHHHHHHHHH*CC--****C--C***CCC********CEEEEEEECC-C----CCEEEEEEE-CCCCCEEEEEE***----*EEEECCC**-***HHHHH*CC***---CC*EEEECCCCCCHHHHHHHHCC-----CHHHCCCCHHHHHHHHHHHH*C**--**CC-----------------*HHHHHHHHHHHHH---*HHHHHCHHHHHHHHH*-****----*CCCCCC----------HHHHHHHHCHHHHHHHHHH**-***------------------CC***EEEEEEC*C-----------------------**EEEE**----------HHHH****-----*CCCCCCCCCC****---------------------------------------------------- Structural block scores 0 1 - 4.6 H 6.8 75.0 75.0 75.0 43.2 75.0 75.0 44.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2 4 * 2.9 P 2.3 3.0 4.0 51.0 2.7 4.0 51.3 3.7 75.0 2.7 28.3 51.3 75.0 75.0 5 8 E 4.5 M 2.8 2.2 2.8 1.8 3.0 2.2 2.5 3.0 75.0 2.0 2.0 2.5 75.0 20.5 10 11 * 2.1 P 8.8 6.8 4.0 40.0 8.2 4.5 7.5 9.8 75.0 7.5 37.5 8.5 75.0 9.8 12 13 C 4.5 M 4.0 3.5 3.5 4.5 3.5 3.0 3.0 2.5 75.0 2.0 39.0 3.0 75.0 3.0 14 28 H 4.7 H 3.0 3.2 12.3 3.3 3.2 3.4 3.4 3.1 75.0 3.2 3.1 3.2 75.0 3.3 30 31 C 4.4 M 7.8 6.0 1.5 8.8 7.5 3.5 2.5 4.0 75.0 5.8 5.5 8.8 75.0 38.5 32 33 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 34 37 * 2.1 P 2.8 3.2 22.8 5.2 4.0 4.2 5.4 23.1 75.0 22.0 3.5 4.0 75.0 21.5 39 40 - 4.5 M 75.0 3.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.8 37.5 75.0 75.0 42 44 * 1.8 P 0.3 0.3 1.3 0.7 1.0 0.7 0.7 1.7 75.0 1.3 1.0 0.3 75.0 0.3 45 47 C 4.6 H 2.0 2.3 3.3 2.7 2.0 1.3 2.3 2.0 75.0 2.3 4.0 2.7 75.0 1.3 48 55 * 2.7 P 5.4 32.2 23.4 40.7 6.1 31.9 23.0 14.6 75.0 23.9 39.8 22.8 75.0 5.1 57 63 E 4.7 H 1.1 1.1 0.9 0.7 1.0 1.1 0.7 1.0 75.0 0.9 0.9 1.1 75.0 1.6 64 65 C 4.5 M 1.5 5.0 3.0 0.5 4.5 2.5 2.5 2.0 75.0 2.0 0.0 3.0 75.0 2.0 68 71 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.8 75.0 75.0 75.0 72 73 C 4.5 M 5.0 39.5 5.5 4.5 5.8 6.5 5.5 5.0 75.0 4.5 1.5 6.8 75.0 6.0 74 80 E 4.8 H 0.6 0.6 1.0 0.6 0.6 0.7 0.6 1.3 11.7 0.7 1.0 0.6 11.4 0.7 82 86 C 4.6 H 1.8 2.2 1.6 1.6 1.6 2.0 1.8 1.2 2.0 1.4 1.8 2.0 3.0 1.6 87 92 E 4.6 H 0.3 0.0 0.2 0.0 0.8 0.0 0.2 0.5 14.7 0.8 0.0 0.5 3.7 0.5 93 95 * 2.6 P 52.3 3.7 5.7 4.7 53.0 5.3 53.5 51.7 6.7 52.0 4.7 52.0 8.5 51.3 96 99 - 4.4 M 75.0 23.2 42.1 6.8 75.0 40.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 101 104 E 4.7 H 1.0 0.8 0.0 0.2 0.2 0.5 1.0 0.2 75.0 1.2 0.5 0.8 75.0 1.5 105 107 C 4.5 M 4.3 4.3 3.3 3.0 2.3 3.3 4.7 4.3 28.3 3.0 50.0 3.0 4.7 3.3 108 109 * 3.0 P 3.5 75.0 75.0 75.0 7.5 75.0 1.5 3.0 39.0 4.0 75.0 0.5 4.0 1.5 111 113 * 2.7 P 53.0 4.0 4.3 4.0 4.0 5.8 53.5 52.7 1.3 75.0 51.0 52.7 0.3 53.8 114 118 H 4.5 M 2.4 5.0 2.6 5.1 3.4 5.0 3.4 3.8 2.8 33.4 3.2 3.4 2.6 3.4 120 121 C 4.2 M 3.0 2.5 4.0 6.0 3.5 4.5 4.0 3.5 4.0 4.5 4.0 2.5 4.0 2.5 122 124 * 3.9 M 75.0 3.7 75.0 2.3 75.0 0.3 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 1.7 75.0 125 127 - 4.3 M 75.0 52.7 75.0 3.3 75.0 6.7 75.0 75.0 27.0 75.0 75.0 75.0 28.3 75.0 128 129 C 4.5 M 6.8 5.5 6.8 75.0 5.8 7.8 6.2 6.2 5.8 42.0 6.8 5.8 4.5 5.8 131 134 E 4.4 M 4.5 21.5 4.0 3.5 4.2 3.8 4.8 3.2 4.0 4.0 4.0 5.8 4.0 5.2 135 140 C 4.8 H 3.7 4.0 3.6 1.7 3.8 3.3 2.7 2.5 16.5 3.2 3.2 3.2 16.3 2.5 141 148 H 4.7 H 2.9 2.5 3.0 3.5 2.9 3.1 3.2 12.7 2.9 3.4 3.2 3.1 2.4 3.1 149 150 C 4.8 H 6.0 3.5 5.0 5.5 7.2 4.5 6.0 3.5 40.0 5.5 4.5 5.5 40.0 5.5 151 155 - 4.8 H 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 61.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 157 159 H 4.4 M 4.0 1.3 4.0 3.7 4.0 3.0 2.3 4.0 30.3 3.7 3.7 4.3 28.3 3.7 160 163 C 4.6 H 1.0 0.5 1.2 1.5 1.2 1.2 1.0 0.8 56.2 1.2 2.0 1.0 56.2 1.2 164 175 H 4.8 H 2.4 2.6 2.1 2.8 1.9 2.5 1.7 1.5 8.7 1.8 2.3 2.1 3.2 2.4 178 179 * 3.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 40.5 75.0 2.5 8.2 3.5 8.0 75.0 6.5 42.0 180 181 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 7.2 75.0 75.0 75.0 9.2 75.0 182 183 * 3.3 M 75.0 41.5 42.0 42.8 9.2 42.0 75.0 9.8 5.0 42.0 6.5 75.0 37.5 75.0 184 185 C 4.8 H 41.5 3.5 4.5 3.5 4.5 4.0 41.0 4.0 1.0 8.0 3.5 39.5 0.5 41.0 186 202 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 26.1 75.0 75.0 75.0 5.9 75.0 204 216 H 4.7 H 7.3 0.8 0.8 1.1 1.0 0.8 1.4 0.8 1.5 0.9 1.2 1.4 1.0 0.9 217 219 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.7 75.0 75.0 75.0 1.7 75.0 221 225 H 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 1.4 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 227 235 H 4.9 H 2.4 2.4 2.6 2.8 2.6 2.4 2.3 2.9 0.2 2.6 2.1 2.4 0.3 3.1 238 241 * 2.6 P 21.5 20.5 20.8 20.8 21.8 21.9 57.0 39.0 19.5 3.8 22.4 21.8 20.0 58.0 242 245 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.2 6.2 58.2 75.0 5.5 75.0 247 252 C 4.6 H 3.7 4.6 3.3 4.2 3.8 3.0 4.3 3.7 0.0 3.2 2.8 4.8 0.2 3.7 253 262 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 0.9 75.0 75.0 75.0 0.8 75.0 263 270 H 4.6 H 1.0 3.0 1.9 3.4 1.4 1.6 1.6 1.9 0.2 2.0 3.0 1.9 0.5 1.4 272 281 H 4.9 H 1.8 2.8 2.4 3.0 2.4 2.6 1.7 1.2 0.7 2.0 1.2 1.7 0.2 1.7 282 283 * 2.4 P 38.0 1.5 1.0 5.5 37.5 4.0 37.5 37.5 41.5 37.5 2.5 37.5 3.0 37.5 285 287 * 3.5 M 6.8 75.0 53.0 75.0 53.5 75.0 6.8 32.0 4.3 52.7 75.0 6.7 4.7 75.0 288 305 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 0.3 75.0 75.0 75.0 0.2 75.0 306 307 C 4.5 M 6.0 7.2 4.5 75.0 5.2 6.8 6.8 5.0 5.0 8.2 75.0 5.8 4.0 75.0 308 310 * 1.0 P 4.7 3.0 5.0 6.0 5.5 4.3 3.7 4.7 3.7 3.3 5.0 4.7 2.7 4.3 311 316 E 4.5 M 3.8 3.8 3.3 52.3 3.5 4.0 3.0 2.3 0.0 3.5 13.5 3.5 0.0 15.7 320 342 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 75.0 4.1 75.0 343 344 * 2.5 P 6.5 75.0 6.0 75.0 3.5 6.5 7.0 5.0 1.0 7.5 75.0 6.0 0.0 75.0 345 348 E 4.5 M 4.0 22.5 3.8 75.0 2.8 2.8 3.5 3.0 0.2 2.8 3.0 3.5 1.0 21.8 349 350 * 1.0 P 4.0 4.5 5.5 3.0 5.5 5.5 3.5 3.5 5.5 2.0 7.5 3.0 6.0 4.0 351 360 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.2 75.0 75.0 75.0 3.5 75.0 361 364 H 4.4 M 2.5 3.5 2.5 4.8 3.0 3.0 4.8 3.5 2.2 2.2 4.2 4.5 2.8 6.1 365 368 * 2.7 P 3.0 75.0 39.5 56.5 39.8 40.0 3.0 40.2 1.5 3.8 39.0 3.5 3.0 39.8 369 373 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.4 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 375 384 C 4.6 H 2.0 1.9 16.8 23.9 2.3 3.7 2.4 2.8 0.0 23.5 2.0 9.3 0.0 1.9 385 388 * 3.7 M 75.0 42.9 75.0 75.0 7.8 3.5 75.0 40.2 21.2 75.0 7.4 75.0 2.2 75.0 389 440 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 72.5 75.0 75.0 75.0 3.9 75.0 30.6 75.0 2.2 75.0 >>>>>>