Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1a0pa2 ----------------CCCCHHHHHHHHHCCCC-C---CHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHCCCCHHHEEC-----CC--CEEEEEC--CCCCEEEEECC---HHH----HHHHHHHHHHCHH--HHHCCCCCCCCCCCC------CCC---CCCHHHHHHHHHHHHHHCC--CC-----HHHCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCCCCCCCHHHHHH-H-------HHHHHHHHHHC------------------------------------------------------------- >P1;d1a41a- ---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-CHHHHHHHHHHHCC----------------CCCCCCCCC----CCCCC-CCCCCCCCCCC----------CC---------CCCCHHHHCCC----------CCCCCCCC--------------CCC--CCCHHHC--CC--------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC--------CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC--CHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCC----- >P1;d1ae9a- ---------------CCCCCHHHHHHHHHHHHH-------CCCHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHHHCCHHHEE------CC--EEEEECC--CCCCEEEEECCCEECCCCEE-CCHHHHHHHHCC-----------CCCCCCC---------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCC------CCCCCCHHHHHHHHHCCC--------------CCHHHHHCC-----------CCCCCCCCEECC------------C-------------------------------------------- >P1;d1f44a2 -C----------CCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCC---CHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHHHCCHHHEEEC---HHH--CEEEEEC-----CCEEEECC---HHH----HHHHHHHHHHHCH--HH---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC---------CCCHHHHHHHHCCC-------CHHHHHHHCCCCCCC------------CCHHHHHHCCC---------------------------------C >P1;d1k4ta2 CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCCHHHEEEEEEEC-CEEEEEEEEEECHHHCEEEEEEE---------CCHHHHHHHHHHCC-----CCCCCCCCCC--------------CCCHHHHHHHHHHHCC--------------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCHHHHHHCHHHHHCCCCCCCC >P1;d1p4ea2 -CCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHHCCCHHHCEEE-EECCCEEEEEEEECCCCCCCCEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHCCCCCEECCCCC----------CCCCCCCCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHCCCCHHHHCC---CCCCCCHHHHHHHHHHHHC----------CCHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCEEECCCCCCEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHCHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCC >P1;d5c6ka- ---------------CCCCCHHHHHHHHHHCC----------HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHHCCCHHHEE------CC--EEEECCC--CCCCCEEEECC----------HHHHHHHCCCCC-----------CCCCC------------------CCCHHHHHHHHHHHCCCCC------CCHHHCHHHHHHHHHHHH---------CCCCHHHHHHHHCCC-------CHHHHHHHHHHCCCC------------CCHHHHHCCCCCC------------------------------CC PSA >P1;d1a0pa2 ----------------77065520450171075-9---52310000000000110006------------15301602370031-----95--2003056--aa984640003---a80----2610630287014--7009c6a28000035------816---506785027202500650a--07-----198036810121003000553a3085068706b17175007-3-------03810462377------------------------------------------------------------- >P1;d1a41a- ---------7863252024015116703810571274964-70010000004033----------------502360002----58940-028496a4407----------b7---------412205500aa----------56a65004--------------508--1137a19--06--------------701730111110041014003739----------------921738800730273026529--------750685237003700440188--b019602807096004400930a----- >P1;d1ae9a- ---------------436043820550380079-------135003000000000002------------1700070528326------a7--2020507--83642000119060750a02-070174057502-----------1100028---------77560848204530350176092a0c------840405100500131031--------------801760005-----------654aa6512408------------9-------------------------------------------- >P1;d1f44a2 -a----------87104001691055026504a38---61310100000000120005------------132005031520742---a87--3020416-----80651506---660----0810440184060--49---56600000606a968062329730747503400460175059667b4b8832103040010000122126---------93747701930909-------56a704810353469------------3477757869b---------------------------------9 >P1;d1k4ta2 7568772572463042024037208703740572064a62522020000000041004127749bb66871010020214106137737-94730010305268446134303---------04550050056017-----9175755005--------------5040b50481057109--------------80407101101003102520864046a------------4846202510360043006302155966a61428501360000000000452a0326500776136107102941758180 >P1;d1p4ea2 -dc4738812830278b37116002500620395087-63320100000000000001------------140000020420714-80720100010307307676201000010467--01005100400320702806738----------b9c889b516200061a037503720482211600628---9011140014004410573----------807702420014979b3860343000000300503795770644a4b44037225705698c565028206405c10557003100411547 >P1;d5c6ka- ---------------25205882166028408----------9104300200130001------------0600160416206------94--6040772--a8044110707----------991193038488-----------65004------------------9133650362038217905------7b3034000101002204---------854628602820016-------638305602724397------------975a666585719------------------------------a8 Translating the sequences ----------------CCC*HHHHHHHHH****-C---****HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHH**CCHHHEE*-----*C--*EEEE*C--***C*EEEECC---***----*HHHHHHH*****--********CCCCC**------***---CCC**HHHHHHHHHHH***--**-----***CC**HHHHHHHHHHHH****************HHHHH*-*-------*HHHHHHH***------------------------------------------------------------- ---------***********HHHHHHHHHH****C*****-*HHHHHHHHHHH**----------------*****CC**----*****-C********C*----------CC---------****HHHH***----------***CCCCC--------------CCC--***HHH*--**--------------C****HHHHHHHHHHHH*******----------------C********HHHHHHH*****--------***********HH********--***********************----- ---------------*CCC*HHHHHHHHHH***-------***HHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHH*CCHHHEE------*C--*EEEE*C--***C*EEEECC*********-**HHHHHH***C-----------CCCCC**---------***CCC**HHHHHHHHHHH*******------*CCC*CHHHHHHHHH***--------------**HHHHH*C-----------***********C------------*-------------------------------------------- -*----------****CCC*HHHHHHHHHH****C---****HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHH*CCHHHEE**---***--*EEEE*C-----C*EEEECC---***----*HHHHHHH***C*--**---***CCCCC**************CCC**HHHHHHHHHHH**************CCC*CHHHHHHHHHHHH*---------******HHHHH*CC-------*HHHHHHH******C------------*****HH****---------------------------------* ********************H**HHHHHHH****C*******HHHHHHHHHHHH*CCC***************HH*CCHHHEE******-C***EEEE*******C*EEEE**---------**HHHHHHH***C*-----*****CCCCC--------------CCC**HHHHHHHHH**--------------CCC*CHHHHHHHHHHHH**********------------CC********HHHHHHH******C*****************HH************************************** -***************CCC*HHHHHHHHHH****C**-****HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHH*CCHHH*E**-****C***EEEE*C*****C*EEEE*C*****--****HHHHHHH***C********----------************CCC**HHHHHHHHHHH**********---*CCC*CHHHHHHHHHHHH*----------*****HHHHH*CC********HHHHHHH******C*****************HH************************************** ---------------*CCC*HHHHHHHHHH**----------HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHH*CCHHHEE------*C--*EEE**C--***C*EEEECC----------*HHHHHH****C-----------CCCCC------------------***HHHHHHHHH*******------*C***CHHHHHHHHHHHH---------*******HHHHH*CC-------*HHHHHHH******C------------*****HH******------------------------------** 56349.tem _________________________________ -*-------*******CCC*HHHHHHHHHH****C**-****HHHHHHHHHHHHHCCC------------HHHHH*CCHHHEE**-****C***EEEE*C*-***C*EEEECC---***---**HHHHHHH***C*--**-*****CCCCC**------******CCC**HHHHHHHHHHH*******------*CCC*CHHHHHHHHHHHH*******--*******HHHHH*CC********HHHHHHH******C------***********HH********--***********************---** Structural block scores 2 8 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 6.2 75.0 9 15 * 3.2 M 75.0 4.7 64.9 34.4 3.0 4.3 64.6 16 18 C 4.2 M 4.7 2.0 3.0 1.3 2.0 7.2 2.3 20 29 H 4.9 H 3.0 3.3 3.4 3.9 4.1 2.2 4.5 30 33 * 1.7 P 21.8 3.2 22.8 4.4 3.5 4.2 39.5 35 36 * 3.7 M 75.0 5.5 75.0 75.0 5.0 7.5 75.0 38 41 * 2.3 P 2.8 23.0 38.5 2.8 3.8 3.5 75.0 42 54 H 4.9 H 0.2 0.8 0.6 0.3 0.7 0.1 1.8 55 57 C 4.6 H 2.0 75.0 0.7 1.7 1.3 0.3 0.3 58 69 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 6.7 75.0 75.0 70 74 H 4.3 M 2.0 17.0 1.6 1.2 0.4 1.0 1.4 76 77 C 5.0 H 1.0 0.0 2.5 1.5 1.0 1.0 2.0 78 80 H 4.6 H 3.3 25.7 4.3 2.7 2.0 2.0 3.0 81 82 E 4.4 M 1.5 75.0 4.0 3.5 3.0 3.5 3.0 83 84 * 3.1 M 38.0 40.0 75.0 3.0 2.0 2.5 75.0 86 89 * 3.2 M 58.5 22.0 58.9 42.1 23.0 4.2 58.5 91 93 * 2.8 P 50.7 4.7 50.7 51.0 4.7 0.3 52.0 94 97 E 4.5 M 0.8 7.4 1.8 1.5 0.2 1.0 2.8 102 104 * 2.5 P 10.0 75.0 5.7 75.0 6.0 6.7 6.2 107 110 E 4.6 H 2.5 75.0 0.2 4.2 2.8 0.2 2.2 111 112 C 4.4 M 1.5 9.2 5.0 3.0 1.5 0.0 3.5 113 115 - 4.2 M 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 1.7 75.0 116 118 * 3.3 M 6.2 75.0 4.0 4.0 75.0 29.3 75.0 119 121 - 4.3 M 75.0 75.0 4.2 75.0 75.0 25.3 75.0 122 123 * 2.4 P 38.5 2.5 37.5 37.5 2.0 0.0 42.0 124 130 H 4.7 H 2.6 2.0 3.4 2.6 2.1 1.4 3.7 131 133 * 1.3 P 5.0 32.0 4.0 4.0 3.7 1.7 6.7 136 137 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 138 139 * 3.7 M 3.5 75.0 75.0 6.5 75.0 3.0 75.0 141 145 * 3.3 M 8.0 34.3 75.0 33.4 5.8 47.2 75.0 146 150 C 4.6 H 1.6 3.0 0.4 0.0 3.0 75.0 3.0 151 152 * 3.7 M 4.0 75.0 5.0 3.0 75.0 75.0 75.0 153 158 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 6.6 75.0 9.7 75.0 159 164 * 3.7 M 40.0 75.0 40.7 4.8 75.0 4.2 75.0 165 167 C 4.6 H 3.7 4.3 4.7 3.3 3.0 2.0 75.0 168 169 * 2.1 P 7.5 75.0 6.0 5.5 5.8 5.8 42.0 170 180 H 4.6 H 2.6 17.1 2.7 2.7 3.6 3.5 2.9 181 187 * 2.7 P 24.6 75.0 5.7 5.4 75.0 1.7 4.6 188 193 - 4.3 M 62.7 75.0 75.0 7.7 75.0 40.2 75.0 195 197 C 4.3 M 3.7 2.7 2.7 1.3 4.0 0.7 4.8 200 211 H 4.9 H 1.1 0.9 1.2 0.8 0.8 2.2 0.8 212 218 * 3.5 M 4.9 3.7 75.0 65.1 3.6 64.7 75.0 219 220 - 4.2 M 3.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 221 227 * 3.1 M 5.8 75.0 54.7 16.0 65.8 24.6 5.6 228 232 H 4.4 M 2.6 75.0 2.8 2.6 75.0 1.6 2.4 234 235 C 4.3 M 39.0 42.0 40.0 4.5 6.0 6.5 3.5 236 243 * 3.5 M 65.6 3.6 75.0 66.2 2.5 5.9 66.4 244 250 H 4.6 H 3.4 3.1 26.6 5.2 2.3 1.0 3.6 251 256 * 1.5 P 40.3 16.5 3.0 3.5 2.0 1.3 4.5 258 263 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 7.1 5.8 75.0 264 274 * 3.1 M 75.0 3.9 69.0 43.5 2.7 5.3 44.3 275 276 H 4.4 M 75.0 5.0 75.0 6.0 0.0 2.0 6.0 277 284 * 2.9 P 75.0 3.1 75.0 41.8 1.1 6.6 23.1 285 286 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 6.2 5.5 75.0 287 309 * 3.7 M 75.0 3.9 75.0 75.0 3.4 3.1 75.0 310 312 - 4.2 M 75.0 75.0 75.0 75.0 4.7 2.3 75.0 313 314 * 3.4 M 75.0 75.0 75.0 42.0 4.0 5.5 9.2 >>>>>>