Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1hyea2 -CCCHHHHHHHHHHHHHHHC---------CCHHH---EE-CCEEECC-------------------------CCCEEEC---HHH---CEEC--------------------C-------EEHHHC-----------HHHHHCC---HHHHHHHHHHHCCCCC-----------------------------CCHHHHHHHHHHHHHCCC------CEEEEEEEE---EE-------CCCCCC-EEEEEEEEEEEECCEEEEECC---CCCCHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHC--CC------------------------------------------ >P1;d1hyha2 --CCHHHHHHHHHHHHHHHC---------CCHHH---CC-CCEECCC-------------------------CCCCEEC---CCC---CEEC--------------------C-------EEHHH---------------------CCHHHHHHC-CHHHHHHHHHC--C-CC-------------------HHHHHHHHHHHHHHHCCC------CEEEEEEEE---CC-------C-C-----CCEEEEEEEEECCEEEEECC---CCCCCCCC--CCC-CHHHHHHHHHHHCCC-------------------------------------------- >P1;d1nrhx4 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3.9 M 75.0 75.0 5.0 75.0 3.5 5.0 75.0 6.0 75.0 75.0 4.5 8.8 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 3.5 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 217 218 * 1.1 P 5.0 4.0 40.0 4.0 3.5 5.0 4.0 3.0 3.5 4.0 3.0 3.0 4.0 1.5 5.5 2.0 3.5 2.5 4.0 1.5 5.0 3.5 4.0 3.0 5.5 1.0 3.0 219 224 E 4.7 H 1.8 1.8 2.5 2.5 2.2 2.7 2.2 2.7 2.3 2.8 2.2 14.0 1.8 1.8 3.0 2.3 1.7 1.3 1.5 1.8 1.7 1.7 1.5 2.2 1.7 1.8 2.7 226 227 - 4.6 H 75.0 75.0 41.5 75.0 75.0 41.0 75.0 40.5 75.0 75.0 40.0 40.5 75.0 75.0 75.0 39.5 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 228 229 * 2.5 P 2.5 5.2 75.0 4.0 4.0 75.0 3.5 75.0 4.0 3.5 75.0 75.0 2.0 75.0 2.5 75.0 37.5 2.0 41.0 1.5 5.0 4.0 3.0 4.5 3.0 2.5 4.0 230 236 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 34.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 55.3 45.1 55.2 75.0 75.0 75.0 75.0 65.6 2.7 45.4 75.0 45.9 75.0 75.0 75.0 237 241 * 2.6 P 5.8 46.4 3.4 18.9 75.0 3.0 18.2 3.2 19.1 17.6 33.3 3.8 61.4 75.0 61.8 4.4 21.0 5.0 18.8 5.0 32.2 75.0 18.3 75.0 19.3 5.6 17.9 243 246 * 1.7 P 21.2 39.8 22.8 22.5 3.5 4.2 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4.1 292 300 * 2.6 P 37.4 37.2 3.8 52.9 45.4 4.4 60.0 4.6 21.7 45.2 60.2 6.9 5.6 15.3 22.6 4.2 60.2 52.8 60.1 14.8 15.2 7.4 29.7 60.1 29.7 5.7 38.4 301 340 - 4.5 M 75.0 75.0 5.9 75.0 75.0 9.9 75.0 13.3 75.0 75.0 75.0 30.9 66.3 75.0 75.0 7.9 75.0 73.3 75.0 75.0 75.0 73.4 75.0 75.0 75.0 54.3 75.0 >>>>>>