Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1rl6a1 -------------CEECCC---CCEEEEECCEEEEEECC---EEEEEEC-CCCCEEEEEC---CEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC----------------- >P1;d1rl6a2 ----------CEEEEEEECC--CCEEEEECCEEEEEC--CCCCCEEECCC-CCEEEEEEEC--CEEEEEEC-----CHHHHHHHHHHHHCCCCCCC----CCCCEEEECCCCCCC >P1;d1vq8e1 -----CE-----EEEECCC---CCEEEEECCEEEEEECC---EEEEEECCCCCCEEEEEC---CEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC----------------- >P1;d1vq8e2 ----------CEEEEEEECCCCCCEEEEECCEEEEECHHHCCCCEEEECC-CCCEEEEEC---CEEEEECC-----CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEEEE---CC >P1;d2cqla1 CCCCCCC-----EEEECCC---CCEEEEECCEEEEEECC---EEEEEECCCCCEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------------- >P1;d2qamg1 ------CHHHH-CCCCCCC---CCCCCCCCCEECCCCCCC--CCCCEECC--CEEEECC---CCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC----------------- PSA >P1;d1rl6a1 -------------61813b---a06071ac430205055---9555550-465060526c---a2030724577961572157046305800650174----------------- >P1;d1rl6a2 ----------654103041b--9050637c6401040--65984352608-ba06040477--5402033a-----65940771056025224036----970300135b28293 >P1;d1vq8e1 -----34-----251904b---50908189440205095---94544606378080517c---9200040b577a90581095036304800650282----------------- >P1;d1vq8e2 ----------5511060636846060726d92000430104a93351605-8a07082ab---67040227-----6491026005203620708744697460005146---72 >P1;d2cqla1 b787552-----730403a---8070616c320206046---7557540973b05055337743304010546c770561087017504a01650075----------------- >P1;d2qamg1 ------59706-180505a---a011467d4402041842--84353706--1040548---8720504348c4b80493006116503701660585----------------- Translating the sequences -------------*EECCC---CCEEEEECCEEEEE*CC---**EEEEC-*CC*EEEEEC---CEEEEE*CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHH**CC----------------- ----------**EEEE**C*--CCEEEEECCEEEEE*--*****EEE*CC-CC*EEEEE**--CEEEEE*C-----*HHHHHHHHHHHH******C----*************** -----**-----EEEECCC---CCEEEEECCEEEEE*CC---**EEEECC*CC*EEEEEC---CEEEEE*CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----------------- ----------**EEEE**C***CCEEEEECCEEEEE********EEEECC-CC*EEEEEC---CEEEEE*C-----*HHHHHHHHHHHHH*****CCC************---** *******-----EEEECCC---CCEEEEECCEEEEE*CC---**EEEECC*CC*EEEEEC***CEEEEE*CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHH***C----------------- ------*****-****CCC---CC*****CCEE****CC*--****EECC--C*EEE**---*C**EEE*CCCC****HHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----------------- 56053.tem _________________________________ ------*---*-EEEECCC---CCEEEEECCEEEEE*CC*--**EEEECC*CC*EEEEEC---CEEEEE*CCCC***HHHHHHHHHHHHHHHHH*CCC----------------- Structural block scores 0 5 - 4.4 M 75.0 75.0 63.0 75.0 7.2 75.0 7 9 - 4.5 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.3 12 15 E 4.3 M 22.5 2.0 4.2 2.0 3.5 3.5 16 18 C 4.4 M 5.2 1.7 5.2 3.0 4.5 5.2 19 21 - 4.4 M 75.0 53.8 75.0 6.0 75.0 75.0 22 23 C 5.0 H 5.2 4.5 2.5 3.0 4.0 5.2 24 28 E 4.5 M 4.9 4.2 5.2 4.2 4.0 3.8 29 30 C 5.0 H 8.2 9.2 6.5 11.2 7.8 8.8 31 35 E 4.7 H 2.0 1.8 2.2 1.2 2.0 2.0 37 38 C 4.2 M 5.0 75.0 7.0 0.5 5.0 6.0 40 41 - 4.1 M 75.0 7.0 75.0 7.2 75.0 75.0 42 43 * 1.0 P 7.0 6.0 6.5 6.0 6.0 6.0 44 47 E 4.6 H 5.0 4.0 4.8 3.8 5.2 4.5 48 49 C 4.8 H 37.5 4.0 3.0 2.5 4.5 3.0 51 52 C 4.8 H 5.5 11.0 7.5 9.2 7.2 38.0 54 58 E 4.8 H 3.8 2.8 4.2 5.5 3.6 4.2 60 62 - 4.2 M 75.0 52.3 75.0 75.0 6.0 52.7 64 68 E 4.8 H 2.4 1.8 1.2 2.6 1.6 2.2 70 73 C 4.5 M 5.8 58.9 7.6 58.0 6.9 7.1 74 76 * 2.1 P 5.3 52.0 6.5 52.0 4.7 6.5 77 93 H 4.7 H 3.8 3.5 3.7 2.8 3.9 3.4 95 97 C 4.3 M 4.0 52.0 4.0 5.0 4.0 6.0 98 114 - 4.2 M 75.0 12.6 75.0 16.6 75.0 75.0 >>>>>>