Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1byra- --------------------------CCEEEEEEECC------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHCC--CEEEEEECCCCC---------HHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEEEECCCCCC--------HHHHHH--HHHHHHC-------------CCCEEEECCCC----------CCCCCEEEEC---C-----------------CEEEEECCCCCHHHHH--C---------CCEEEEEEEC---------------------------CHH--HHHH-HHHHHHHHHH---CCEECCC-------------------------------- >P1;d1v0wa1 CCCHHHHHHHHHHHHHCHHHCCCCCCCCCCCEECCCCCCHHHHEEEECCCCCCC-------------CCCCC--------H--HHHHHHHHHHHHHHCCC--CEEEEEEECCCCC----HHHHHHHHHHHHHHHHC-----------------CCCEEEEEEEECCCC--------CCCHHHHH--HHHHH------HHHHHHHHHEEEEEEEEC-----CCCCCCCCCCCCEEEECC--------------------CEEEEECCCCCHHHHC--CCCC-----CCCEEEEEEEC-------------------------HHHHH--HHHH-HHHHHHHHHHCCC-------CCCCEEEEECCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCCC >P1;d1v0wa2 --------------------------CCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----HHHH--HHCHHHHHHHHHHHCCC--CEEEEEECCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEEECCHHHCCCCCCCCCHHHHHHH--HHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEC---C-----------------CEEEEECCCCC---CC--C---------CCCEEEEEEC-------------------------HHHHH--HHHHHCHHHHHHHHH---HHCCEEHHH----------CEECC--------------- >P1;d1xdpa3 ---------------------------------------C-CCCCCCHHHHCCCCCCHHHHHHHCCEEEEEC--------C--CCCHHHHHHHHHHHHCCCEEEEEEEECCCCC--------CCHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEEECCCCC--------------CC--CCCCC------CCCHHHHHCCCEEEECCC----------CCCCCCEEEEEEEEEC-----------C--EEEEEEEEECCCCCC------CHHH-----CCCEEEEEECC----------------------------HH--HHHH-HHHHHHHHH-CCC-------CCC--CCC------------------------ >P1;d2f5tx2 -------------------------------------------------------------------CEEEE--------C--CHHHHHHHHHHHHHCCC--CEEEEEEC---------HHHHHHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEEECCCCC-------------CHH--HC----------------CCCEEEEEEC------------CCCCCEEEEECC--------------------CEEEEEC--CCCCCCC-------------CCCEEEECC----------------------------HH--HHHH-HHHHHHHHHH-------------CCEEEEEEEC------------------- >P1;d2o8ra3 ---------------------------------------CCCCCCCCHHHH--CCCCC-CHHHHCCCCEEEC--------C--CCCCHHHHHC-CHHHCCCEEEEEEEECCCCC--------CCHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEEECCCCC--------------CC------H------HHHHC-CCCCCEEEEC-C----------CCCCCCCEEEEEECCC-----------CCCCCCEEEEEECCCCCC------CCCC-----CCCEEEE-CCC----------------------------HH--HHHH-HHHHHHHHC-CCC-------CCC--CCC------------------------ >P1;d2o8ra4 ------------------------------------------------------------------CCEECC-----CCCH--HHHHHHHHHHHHHHC-C--CCCCCEECCCCC---------HHHHHHHHHHHHC-----------------C--CCEEEECCC-----CCCCCCC-------------------------CCCCCEEEEECCCC-----------CCCCCEEEEC---HHH--------------CCEEEEECCCC-CHHHH--C---------CCCEEEECCC----------------------------HH--HHHH-HHHHHHHHHHCCCCCEEECCCCCEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCC >P1;d3sq7a1 --------------------------------------------------------------CCEEEEECCCCCCCC---CEECHHHHHCCC--------CEEEEEEECCCEE---------HHHHHCCCC--------------CCC--C------EEEEEEEC-----------------CCEECCCHHHCCHHHHHHH---CC-EEEEEE-----CCC-C--CCCCCCCEEEEEEC----------------CCEEEEEEECCCCCHHHHHC-----------CCCEEEECC-------CEEEC-------CCCCCCCCCCHH--HHHHCCCCHHHHHHCHHHHHCEECHHHCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHC--- >P1;d3sq7a2 -------------------------------------------------------------------------------------------CCCCCCC-CCEEEEEEECCCCC--CCCCCCCCCHHHHCHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCEEEEEECCCCHHHCCCC---CHHHHHHHCCCCCHHH-HHHHHHHHHCCCC-EEECCC-----CCCCCCCCCCCCCEEEEEEEE------------CCCCCEECEEEEECCCCCHHHHCCC----CCCC-CCCCCEEEEEHHHCCCCCCEEEEEHHHCC-CCEEECCCCCCEECCCC----------------CCCCCCCC----------------------------- >P1;d4gena1 ------------------------------------------------------------------------------------CHHHHHHHHHHHHCCC--CEEEEECCCCCC---------HHHHHHHHHHHHC-----------------C--CEEEEECCCCCC------------------------------CCCCCCCCCCCEECCCCCCC-----------CCEEEEEC---CHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCC-----------------CCCCCEEECC--------------------------------CHHH-HHCCCCCC-------------------------------------------- >P1;d6w7ja1 -------------------------------------------------------------CCCCEEECCCCCCCHHHCCCCCCHHHHCCHHHC------CEEEEEEECCCCC---------HHHHHHHCC--------------HHHCCC------CEEEEECCCH-----------------------HHHHHHHHHHCCC-CC-EEEEEC-----CCCCC--CCCCCCCEEEEEEC----------------C-EEEEEEECCCCCHHHHCC-----------CCCEEEECC-------CCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHH--HHHHCCCCHHHH-HHHHHHHCCCCCCC------------------------------ >P1;d6w7ja2 --------------------------------------------------------------CCEEEEECCEEEEHHHHHCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEECCCCC---CCCCCCCCCCCCCHHHHHHCCCCC-------------CCCCCEEEECCCHHHHHCCC---CCHHHHHHCCCC-----HHHHCCCHHHHHH-EECCCC-----HHHC-CCCCCCCCEEEEEECC------------C--CCEEEEEEEECCCCCHHHHCEEECCCCEEEECCCEEEEEECHHHHCCC-CEEECCCCCCC-CEECCCCCCCCCCCC-C----------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC------------- PSA >P1;d1byra- --------------------------85747306047------------------------------------------------560380024006308--820100023010---------6300710050384-----------------9--0603000037407b--------860460--0540083-------------a0202103639----------4063000002---7-----------------2000225020154005--7---------7915020225---------------------------357--3056-2273055218---3084363-------------------------------- >P1;d1v0wa1 6a45a6487287449735c536531231a3255205ba7782340300018c4a-------------80771--------7--11720270126000705--3000000127005----54007001500440085-----------------928040000002628--------73760470--26605------850a91282040000000-----348a78520730000000--------------------5100556011237501--8199-----05725130220-------------------------13002--2013-015204300734a-------6671011003bc2a01330086105a805647 >P1;d1v0wa2 --------------------------c46374120406a55a236929471b22a1a50345ab16010052-----1400--00050052007005609--7401000000007057202000100320061027-----------------6--0301000021614c50107505400400--25101742b76a504820161000011244774569867203063100001---2-----------------21106350101---00--1---------6515051261-------------------------58306--712683073016202---620300253----------92391--------------- >P1;d1xdpa3 ---------------------------------------a-a7174381054b6094102004574050402--------6--2103000300620052840530100002008--------70500510160065-----------------9--060000002307--------------95--48605------711740591905013078----------a74165000001151c-----------9--833100030612012------7106-----76415030003----------------------------79--4062-043306513-639-------892--939------------------------ >P1;d2f5tx2 -------------------------------------------------------------------92371--------7--51a50052036009607--94020000---------15107401610060053-----------------9--020000007218-------------094--09----------------8333020241------------811330000015--------------------8200004--6016539-------------403021054----------------------------79--2187-1654056056-------------6074344252------------------- >P1;d2o8ra3 ---------------------------------------a88a47529603--80550-4015555151402--------7--2225113400-40193870310000145138--------72701720150064-----------------a--180000001599--------------55------9------90253-4607050261-9----------a861841000002616-----------9c6716000030624024------54b8-----5662414-016----------------------------76--4011-021302311-a49-------148--845------------------------ >P1;d2o8ra4 ------------------------------------------------------------------851216-----76a8--204710330041265-9--550100013050---------9800620240052-----------------6--050000036-----8050606-------------------------76073060020619-----------6156110001---135--------------92400605020-77116--5---------5515051155----------------------------69--6252-11320500160034015025786645256ba597140022287346857789 >P1;d3sq7a1 --------------------------------------------------------------b1572404085547b---b20308600147--------5042000003303---------031004103--------------860--6------30000027-----------------a105806a8426a805703---82-053031-----815-8--a2307310000016----------------75203003050101483004-----------580500001-------40647-------a2ba80500102--50050154840444017205703074069420417061a280598346725685--- >P1;d3sq7a2 -------------------------------------------------------------------------------------------6bc69a4-a4320000000206--6102a61000000000023170285914718503630874605000000067105604---855631c7060404a6-5700410045060-002116-----911488303025210000024------------8820370210250603024603023----8794-84b29265320581a8b44030405145b-22010200030460638----------------71300086----------------------------- >P1;d4gena1 ------------------------------------------------------------------------------------3a72175025204703--100001021030---------7700400340274-----------------a--030001013089------------------------------b0308046a05053396427-----------b3010000---0860234058664a79170000106135b-----------------580a062437--------------------------------7078-2050381a-------------------------------------------- >P1;d6w7ja1 -------------------------------------------------------------77846250424a4796628a0100550024922------4052000005504---------071007001--------------6603a4------6000000338-----------------------a637804730962-a2-070130-----528a8--a6407300000208----------------5-001004060203661046-----------571203004-------4054189b4a58020876204601--750681919405-80042055020481------------------------------ >P1;d6w7ja2 --------------------------------------------------------------8326000336616ca6245300120340043419529a2600000000205---506754750015100500110269-------------c4b14020000025202408---600500570303-----3710660820192-002040-----700a-5254007400000004------------8--064000004060202340001247c56001074816130200523a3b-20702862679-711301030607609-a----------------926001433516945046873273------------- Translating the sequences --------------------------***********------------------------------------------------*HHHHHHH******C--*EEEEE*CCCC*---------*HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE**C*****--------******--*******-------------***EEE*****----------CCCC*EEEE*---*-----------------*EEEEECCCCC*****--*---------CC*EEEE***---------------------------*HH--HHHH-***HHHH***---*******-------------------------------- ******************************************************-------------*****--------*--***HHHHHHH******C--*EEEEE**CCC**----*****HHHHHHHHHHHC-----------------C***EEEEE**C***--------********--*****------***********EEEE***-----******CCCCC*EEEE**--------------------*EEEEECCCCC*****--****-----*CC*EEEE***-------------------------***HH--HHHH-***HHHH******-------******************************** --------------------------**********************************************-----****--***HHHHHHH******C--*EEEEE*CCCC***********HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC*******************--**********************EEEE**************CCCCC*EEEE*---*-----------------*EEEEECCCCC---**--*---------CC*EEEE***-------------------------***HH--HHHH****HHHH***---*********----------*****--------------- ---------------------------------------*-*******************************--------*--***HHHHHHH******C***EEEEE*CCCC*--------**HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC***--------------**--*****------***********EEEE***----------*CCCCC*EEEE*****-----------*--****EEEEECCCCC*------****-----*CC*EEEE***----------------------------HH--HHHH-***HHHH**-***-------***--***------------------------ -------------------------------------------------------------------*****--------*--***HHHHHHH******C--*EEEEE*C---------*****HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC***-------------***--**----------------****EEEE**------------CCCCC*EEEE**--------------------*EEEEEC--CC*****-------------C**EEE***----------------------------HH--HHHH-***HHHH***-------------**********------------------- ---------------------------------------************--*****-*************--------*--****HHHHH*-*****C***EEEEE*CCCC*--------**HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC***--------------**------*------*****-*****EEEE*-*----------*CCCCC*EEEE*****-----------*******EEEEECCCCC*------****-----*CC*EEE-***----------------------------HH--HHHH-***HHHH**-***-------***--***------------------------ ------------------------------------------------------------------******-----****--***HHHHHHH*****-C--*****E*CCCC*---------*HHHHHHHHHHHC-----------------C--**EEEE*CC-----*******-------------------------******EEEE****-----------CCCC*EEEE*---***--------------**EEEEECCCC-*****--*---------CC*EEEE***----------------------------HH--HHHH-***HHHH********************************************* --------------------------------------------------------------***************---******HHH***--------***EEEEE*CC**---------**HHH****--------------***--*------EEEEE**C-----------------*******************---**-*EEEE*-----***-*--*CCCCC*EEEE***----------------****EEEEECCCCC******-----------CC*EEEE**-------*****-------**********HH--HHHH****HHHH******************************************--- -------------------------------------------------------------------------------------------*******-C***EEEEE*CCCC--*********HHHH*HHHHH*C*********************EEEEE*CC********---****************-*************-*EE***-----********CCCCC*EEEE***------------********EEEEECCCCC*******----****-*CC**EEE*********************-*****************----------------********----------------------------- ------------------------------------------------------------------------------------**HHHHHHH******C--*EEEEE*CCCC*---------*HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC***------------------------------***********EE*******-----------CC*EEEE*---*******************EEEEECCCCC-----------------CC***EE***--------------------------------*HHH-********-------------------------------------------- -------------------------------------------------------------*************************HH**HHH*------***EEEEE*CCCC---------**HHHHH**--------------******------*EEEE*CC**-----------------------*************-**-*EEEE*-----*****--*CCCCC*EEEE***----------------*-**EEEEECCCCC******-----------CC*EEEE**-------**********************HH--HHHH****HHHH-**************------------------------------ --------------------------------------------------------------************************HHHHHHH******C****EEEE*CCCC---*************HHHHHHC****-------------C****EEEE*CC********---************-----*************-*E****-----****-***CCCCC*EEEE***------------*--*****EEEEECCCCC*****************CC*EEEE*********-***********-***************-*----------------************************------------- 56024.tem _________________________________ ---------------------------------------*-**********--*-------***********-----****--***HHHHHHH******C***EEEEE*CCCC*-----*****HHHHHHHHHHHC-----------------C--*EEEEE*CC********---********--**********************EEEE****--********CCCCC*EEEE***-*-----------*-*****EEEEECCCCC******-****-----*CC*EEEE***-------****--------*********HH--HHHH-***HHHH********************************------------- Structural block scores 0 38 - 4.6 H 55.2 5.5 51.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 41 50 * 4.0 M 75.0 2.1 5.3 4.7 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 51 52 - 4.3 M 75.0 8.2 6.8 7.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 54 60 - 4.3 M 75.0 75.0 4.9 2.3 75.0 12.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 61 71 * 2.9 P 75.0 43.0 3.8 2.8 42.9 3.1 36.2 10.7 75.0 75.0 4.5 9.6 72 76 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.5 75.0 75.0 7.3 7.2 77 80 * 3.6 M 75.0 58.0 1.2 57.8 58.0 58.0 7.9 59.1 75.0 75.0 6.6 4.2 81 82 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 1.0 75.0 75.0 0.5 1.5 83 85 * 1.9 P 51.7 3.0 0.0 1.0 5.5 2.0 2.0 3.7 75.0 29.5 1.7 1.0 86 92 H 4.6 H 2.7 2.0 1.7 0.9 2.1 2.0 2.0 13.3 56.1 3.4 3.1 2.0 93 98 * 2.0 P 2.2 2.2 3.0 2.5 3.5 15.3 15.5 75.0 19.5 3.0 62.8 5.0 100 102 * 2.6 P 52.7 51.0 52.3 3.0 53.0 3.3 51.7 3.0 3.0 50.3 3.0 2.7 103 107 E 4.8 H 0.6 0.0 1.0 0.8 1.2 0.2 1.2 0.4 0.0 0.2 0.4 0.0 109 112 C 4.7 H 1.5 2.5 0.0 0.5 56.2 3.2 2.2 2.2 2.0 1.5 3.5 1.8 114 118 - 4.4 M 75.0 61.0 4.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 16.8 75.0 75.0 32.2 119 123 * 2.9 P 61.2 3.2 0.4 46.4 2.8 46.8 61.8 45.6 3.5 61.4 46.4 5.6 124 134 H 4.6 H 2.5 2.0 1.4 2.2 2.1 2.6 2.5 28.1 0.5 2.5 28.1 1.2 136 152 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 58.5 4.1 75.0 50.3 58.4 154 155 - 4.3 M 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 7.8 157 161 E 4.9 H 1.8 0.8 0.8 1.2 0.4 1.6 1.0 0.6 1.0 0.8 1.2 1.2 163 164 C 4.7 H 1.5 1.0 1.0 1.0 3.5 0.5 4.5 4.5 0.0 2.0 1.5 0.0 165 172 * 3.3 M 31.8 48.9 3.8 48.1 48.2 49.8 48.5 75.0 3.6 49.0 57.6 2.9 173 175 - 4.6 H 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 176 183 * 3.4 M 21.8 4.2 1.6 58.0 48.5 57.5 66.4 57.7 5.9 75.0 75.0 2.9 184 185 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 2.5 3.0 75.0 75.0 1.5 186 207 * 2.8 P 45.7 23.6 3.8 23.5 55.7 39.5 55.6 17.6 9.4 42.9 24.0 22.6 208 211 E 4.6 H 1.2 0.0 0.2 2.2 1.0 3.2 2.0 2.8 1.0 3.2 2.8 1.5 212 215 * 2.8 P 3.0 18.8 2.8 22.5 38.8 40.0 4.0 56.5 57.8 5.5 56.2 56.2 216 217 - 4.4 M 42.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 218 225 * 3.6 M 75.0 23.8 5.9 66.9 75.0 66.9 75.0 32.2 4.2 75.0 24.2 13.1 226 230 C 4.8 H 17.6 3.4 2.4 4.6 3.2 5.4 18.6 3.0 2.4 47.9 4.0 3.0 232 235 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 236 238 * 2.4 P 50.7 25.0 50.3 2.3 27.0 2.7 50.3 2.3 2.0 50.0 3.3 1.3 241 251 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 62.1 75.0 68.9 4.4 75.0 68.9 254 258 * 2.8 P 60.4 61.0 60.4 18.0 61.6 4.0 47.2 17.8 2.4 4.8 31.0 2.0 259 263 E 5.0 H 0.8 2.2 2.2 0.6 0.4 0.6 2.0 1.2 1.6 0.2 1.0 0.8 264 268 C 4.9 H 1.6 2.0 1.4 2.0 32.0 2.8 16.4 1.4 2.2 5.3 2.2 2.0 269 274 * 2.6 P 14.8 15.2 50.0 62.8 16.5 63.2 16.2 3.2 2.5 75.0 3.8 1.3 276 279 * 3.8 M 58.0 6.8 56.5 3.5 75.0 7.1 57.5 75.0 75.0 75.0 75.0 7.1 280 284 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 20.6 75.0 75.0 1.4 286 287 C 4.9 H 8.0 6.0 5.5 5.0 39.5 6.0 5.0 6.5 7.8 6.5 6.0 6.0 289 292 E 4.7 H 1.8 2.2 2.8 2.0 1.5 21.0 2.8 1.2 5.5 4.6 1.2 2.5 293 295 * 1.3 P 3.0 1.3 3.0 1.0 3.0 2.3 3.7 25.3 1.7 4.7 26.3 0.7 296 302 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 64.9 6.9 75.0 64.9 15.7 303 306 * 4.0 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.2 1.8 75.0 2.5 2.2 307 314 - 4.3 M 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 66.9 13.2 75.0 7.0 14.4 315 323 * 3.8 M 67.0 50.4 51.8 75.0 75.0 75.0 75.0 4.2 0.8 75.0 3.9 1.8 324 325 H 4.4 M 6.0 1.0 3.0 8.0 8.0 6.5 7.5 1.0 1.5 75.0 0.5 3.0 326 327 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 6.5 328 331 H 4.5 M 3.5 1.5 4.0 3.0 4.5 1.5 3.8 2.5 4.2 5.5 4.5 23.6 333 335 * 1.9 P 3.7 2.0 3.3 2.3 4.0 1.0 1.7 3.3 75.0 2.3 3.7 75.0 336 339 H 4.4 M 3.2 2.2 2.5 3.5 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