Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1chma2 -----------------------------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH---HHCCCCCCCCCE-EEEEEHHHHHCC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEEECEECCEECCEEEEEEEC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC--------------------CCHHHCCCCCCCCCCCEECCEECCCCCCCCC----CCCCCCCCCCEEEECCEEEECC---------C-----CCCCEEEECCEEEEEECCEEEECCC-CCCCHHHHEE-C--------- >P1;d1pv9a2 -------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---C-------EECCCCEEEEHHHHHCC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEECEEECCEECCEEEEEECC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC--------------------CCHHHCCCCCEEECCCCC----CEE-EEECC----CCCCCCCCCCEEEECCEEEECC------------------CEEEECCEEEEECCCCEEECCC-CCC------------------ >P1;d1qxya- ----------------------------------CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-HCCEEHHHHHHC--CCCCCEEEECC---EEECCCCCC---CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCCEECCCCCCEECC-CCCCEEEEEEEEECCCCCCEECCCC--------------------- >P1;d1qzya2 CCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCEEECCCCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCC-----HHHEEEEEEEEEEECC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCEEEEEEEEECCC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCC---EEEECCE------EEECEECC--CCC-EEEECC---CCCCCCC-EECCCC-CCCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCC-----------CCCEEEEEEEEEECCCCEEECCCCCCC------------------ >P1;d1wl6a2 --------------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCC---C-------EECCCCEEEEHHHHHCC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEECEEECCEECCEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCC----CCC-CCCCH----HHCCCCCCCCEEEECCEEEECC---------CCCCCHHHCCEEEECCEEEEEECCEEEECCCCCCCCHHHH---HHHHHHHHCC >P1;d1xgsa2 ----------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC-----------CCEECCCCEEEECC---CCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC----CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC---CCCCCCC-EECCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC----------------CCCEEECCEEEEECCCCEEECCC---------------------- >P1;d2ggca- ---------------------------------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEECCCCHHH--CCCCCEEEECC---EEECCCCCC--CCCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCCEEE-EECCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCEEECCCCCCEEEC-CCCCEEECCEEEEECCCEEEECCCCCCCC-CCCEEECC-------C >P1;d3tava1 --------------------------CCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCC--CCEECCCCHHH--CCCCEEEEECC---CCCCCCCCC--CCCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHH---CCCC----------CCCEECC--CCC-EEECCC----CCCEEE-EECCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCEEECCCCCCEEEC-CCCCEEECCEEEECCCCCCEECCCCC-------------------- >P1;d3tb5a- ---------------------------------CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC-CCEECCCCHHH--CCCCEEEEECC---EEECCCCCC---CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECCCCC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCCEEE-EECCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCEEECCCCCCEEEC-CCCCEEECCEEEECCCCCCEECCCCCCCC-CC-------------- PSA >P1;d1chma2 -----------------------------------34079a316104400400240060037109351104501640353047104---821ab1836301-010003610461-737258---3506512000000000083210000000003-606a6149106001500520183051835006005601620683--------------------9037212410000006006546339800045----9263405310000000002046---------b-----47011000000000058a1043008-13201a6022-a--------- >P1;d1pv9a2 -------------------------------------1798218205400500260063039207573405601750274056470---5-------61028000002610052-805037---2507661000000002277100000002112-928a4066025001500460193052812046004301700575--------------------912a40532000000672----619-07003----9266507622000010000269------------------50000000001047a4052006-0a1------------------ >P1;d1qxya- ----------------------------------1317568226205500400040064038307471205600520571087-29060004525a--05220100032---00140205a---350850000002000129820000020100791b483164006005400640174062736012005105700763---8---------------06005--611-000005----406391760203446939540661100000000017146058053820310a-5702000101000028852310063--------------------- >P1;d1qzya2 7a26b605120350378770341533a24a7577507733a40220010010012006203710628230360074026004600648-----c971010270200143---6019330bab394306650000020000040200000001022----62074016004400520084002823024006101720372---9060796------72604006--613-001064---4636282-501036-b4865507252000000000006032069-----------902000000000000310000021921------------------ >P1;d1wl6a2 --------------------------------------689425305300500030032004503252405503920360065190---7-------7202a000003620163-703706---5306763000000003176100000000003070691142005100600310173052700057039501510053028030189626802877--205600324001001671----619-89259----7444606362000010000053---------9290385031000000000004893042004703140650---172057138a >P1;d1xgsa2 ----------------------------------------74683044006004500550282064813026004502510573-----------70620150100134---522833077b094407640100010001160000000101106----49428004004300620184051613015004202720462---a---------------13026--a31-001054---66260a4-4000235591634065810000000005258----------------91200000200004795031008---------------------- >P1;d2ggca- ---------------------------------a17407970162045004100300220565064811004004202720576070600148489--04300100033---100312066--96508731000020003379000000100105768-1a035005002400030052042713045003302920472---a---------------12002--631-000006----714260-70202538a032606410000000000368440252b5a210206-44320001000000393001000208508-07561537-------c >P1;d3tava1 --------------------------a71198a2075179a207402600610040033048407572004600640383045--90600038489--04000000124---300402056--95507631000010002299100000100105a25-82070014003300430071053824002003302620490---262b----------4901005--a30-001007----504460-402049646620403400000010000153550643b58300004-5632000100000028a424200617-------------------- >P1;d3tb5a- ---------------------------------736403985155037006000200350493063812034005204710485-9070112837a--08200000134---001303037---7507621000020003189100000001204925-96065016001500130073043743121005203720493---a---------------02002--421-000017----604231-702035757795606510000010000163361731949200304-46410000000000289113100309934-60-------------- Translating the sequences -----------------------------------**CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH***---**********C*-*EEEE*****CC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEEE*EECCEE**EEEEEE*C-CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC--------------------******CCC****CCC******C******CC----CCCCCCCCCCEEEECCEEE*CC---------C-----**CC*EEECCEEEEE*CC*EEECCC-CCC*******-*--------- -------------------------------------CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH**C---*-------**CCC*EEEE*****CC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEE*EEECCEE**EEEEEECC-CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC--------------------******CCC*EEECCC**----C**-*EECC----CCCCCCCCCCEEEECCEEE*CC------------------C*EEECCEEEEECCCCEEECCC-CCC------------------ ----------------------------------***CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH-*C**********--*CCC*EEEECC---***CCCCCC---CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC*CC**HHHHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCC*HHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCC****EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC********C*****-*CCCEEE**EEEE*CCCC*EECCCC--------------------- *************************************CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH**C**-----**********EEEECC---CC*CCCCCC***CCCCCCC*EEEEEEEEECCEEEEEEEEE*CC----HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHH**C---*******------***CEECC--CCC-EEE*CC---*CCC***-EECCCC-CCCCCCCCCCCEEEE**EEECCCC*****-----------CCCEEE**EEEEECCCCEEECCCCCCC------------------ --------------------------------------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH**C---*-------**CCC*EEEE*****CC-CCCCCC---CCCCCCCEEEEEE*EEECCEE**EEEEEECC*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHH****C**************--**CC**CCC****CCC**----C**-***C*----**CCCCCCCCEEEECCEEE*CC---------C*******CC*EEECCEEEEE*CC*EEECCCCCCC*****---********** ----------------------------------------**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH*-----------****CCC*EEEECC---CC*CCCCCC***CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC----****HHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCC*HHHHHHHHHHHH*C---C---------------CEECC--CCC-EEECCC---*CCC***-EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC----------------CCCEEECCEEEEECCCCEEECCC---------------------- ---------------------------------****CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH**C**********--*CCC*EEEECC---***CCCCCC--*CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC*CC-***HHHHHHHHHHHHHHH**CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCC***-EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC********C*****-*CCCEEECCEEEEECCC*EEECCCCCCC*-********-------* --------------------------***********CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHH**--C**********--*CCC*EEEECC---CC*CCCCCC--*CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC*CC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHH*---C***----------**CEECC--CCC-EEECCC----CCC***-EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC********C*****-*CCCEEECCEEEE*CCCC*EECCCCC-------------------- ---------------------------------****CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH*-C**********--*CCC*EEEECC---***CCCCCC---CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC*CC-HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCC***-EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC********C*****-*CCCEEECCEEEE*CCCC*EECCCCCCC*-**-------------- 55920.tem _________________________________ ---------------------------------****CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH**C**********-**CCC*EEEECC---CC*CCCCCC--*CCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEECC*CC*HHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHC---C---------------CEECC--CCC-EEECCC----CCC****EECCCC*CCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCC********C*****-*CCCEEECCEEEEECCCCEEECCCCCCC*-**-------------- Structural block scores 0 32 - 4.6 H 75.0 75.0 75.0 4.7 75.0 75.0 75.0 60.5 75.0 33 36 * 3.0 P 39.2 75.0 20.0 4.8 75.0 75.0 5.6 3.5 5.0 37 38 C 4.6 H 3.5 4.0 6.0 5.0 40.5 75.0 3.5 4.0 1.5 39 62 H 5.0 H 2.7 3.1 2.8 1.9 2.5 6.2 2.6 3.1 3.1 63 68 C 5.0 H 3.2 4.3 3.5 3.5 2.7 3.7 3.3 3.5 3.3 69 82 H 5.0 H 3.0 3.4 3.3 2.7 3.1 2.6 2.4 3.1 2.7 83 84 * 2.5 P 0.5 5.5 38.5 0.0 5.0 39.0 3.0 75.0 40.0 86 95 * 2.9 P 26.7 68.0 3.2 41.5 68.2 68.2 4.0 3.8 4.0 97 98 * 2.1 P 4.5 3.5 37.5 0.5 4.5 4.0 37.5 37.5 37.5 99 101 C 4.5 M 25.3 3.3 3.0 3.0 4.2 2.0 2.3 1.3 3.3 103 106 E 5.0 H 0.2 0.0 0.2 0.8 0.0 0.5 0.2 0.2 0.2 107 108 C 4.0 M 4.5 4.0 2.5 3.5 4.5 3.5 3.0 3.0 3.5 109 111 - 4.0 M 1.7 0.3 75.0 75.0 1.0 75.0 75.0 75.0 75.0 112 113 C 4.0 M 3.5 3.5 0.0 3.0 4.5 3.5 0.5 1.5 0.0 115 120 C 5.0 H 5.3 3.8 3.6 6.2 3.8 4.7 3.0 2.8 2.7 121 122 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 7.2 75.0 5.8 75.0 75.0 75.0 124 130 C 5.0 H 3.1 3.9 3.0 3.4 4.3 3.6 4.3 3.9 4.0 131 140 E 4.9 H 0.0 0.4 0.5 0.2 0.4 0.4 0.8 0.5 0.6 141 142 C 5.0 H 5.5 7.0 8.5 2.0 6.5 3.0 8.0 9.0 8.5 143 152 E 4.8 H 0.3 0.4 0.5 0.3 0.1 0.3 0.2 0.3 0.4 153 154 C 4.8 H 1.5 1.5 3.5 2.0 1.5 3.0 2.5 2.5 2.0 156 157 C 4.5 M 3.0 5.5 6.2 75.0 3.5 75.0 7.0 3.5 3.5 159 177 H 4.8 H 3.1 3.1 2.9 2.6 2.2 2.9 2.0 2.2 2.6 179 184 C 5.0 H 3.7 3.0 4.0 2.5 2.3 2.7 2.8 3.7 3.5 185 198 H 4.9 H 2.9 2.6 2.4 2.4 2.9 2.4 2.8 2.2 2.6 200 202 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 3.3 75.0 75.0 75.0 75.0 204 218 - 4.4 M 75.0 75.0 75.0 32.9 9.5 75.0 75.0 52.2 75.0 220 221 E 4.0 M 4.5 5.0 3.0 2.0 1.0 1.5 1.0 0.5 1.0 222 223 C 4.4 M 5.0 6.2 2.5 3.0 5.5 4.0 1.0 2.5 1.0 224 225 - 4.0 M 1.5 2.0 75.0 75.0 0.0 75.0 75.0 75.0 75.0 226 228 C 5.0 H 2.3 3.3 2.7 3.3 3.0 4.8 3.3 4.5 2.3 230 232 E 4.4 M 0.0 0.0 0.0 0.3 0.3 0.3 0.0 0.3 0.0 233 235 C 4.9 H 2.0 2.0 1.7 3.3 2.3 3.0 2.0 2.3 2.7 236 239 - 4.2 M 2.8 39.8 75.0 57.2 39.5 57.8 75.0 75.0 75.0 240 242 C 4.5 M 4.3 52.0 3.3 5.0 52.0 4.7 4.0 3.0 3.3 243 246 * 2.0 P 5.0 21.2 5.0 21.8 23.2 22.4 20.8 21.2 20.2 247 248 E 4.4 M 0.0 3.5 3.0 2.5 5.5 2.0 3.5 2.0 3.5 249 252 C 4.6 H 39.8 38.2 2.2 2.5 41.0 1.2 2.2 3.8 2.5 254 264 C 4.9 H 9.8 10.9 4.5 5.0 10.6 4.4 3.7 2.6 4.6 265 268 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 269 270 C 4.7 H 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 271 273 E 5.0 H 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 274 277 C 4.6 H 21.2 23.0 3.2 1.5 20.8 5.0 5.2 3.5 3.2 278 285 * 3.4 M 75.0 75.0 4.4 30.6 75.0 75.0 5.0 5.3 5.0 287 291 * 3.2 M 75.0 75.0 2.9 75.0 4.4 75.0 1.8 0.8 1.4 294 296 C 4.6 H 0.7 26.7 3.0 3.7 1.3 4.0 3.0 3.7 3.7 297 299 E 5.0 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 300 301 C 4.4 M 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 302 306 E 4.8 H 0.0 0.2 0.2 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 0.0 307 310 C 4.6 H 6.1 6.4 5.8 1.0 6.0 6.2 3.8 6.1 5.0 311 313 E 4.7 H 2.3 2.3 2.0 0.0 2.0 1.3 0.3 2.7 1.7 314 320 C 4.7 H 12.7 13.2 33.4 2.1 2.1 44.0 2.1 23.4 3.4 323 324 * 3.6 M 8.2 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 3.5 75.0 3.0 325 338 - 4.5 M 54.6 75.0 75.0 75.0 19.2 75.0 40.3 75.0 75.0 >>>>>>