Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1lbaa- -----------------------------------CCCCCC-CCEEEEEECCCCC-CCCCCHHHHHHHHHH-C-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------CCHHHEEEEEECCCCCC---CCCCCCCCCH--HHHHHHHHHHHHHHHHCC---CC-----EEEEHHHCCC--CCCCC--C---CHHHHHHH-CCCC--CCCCC >P1;d1ohta- --------------CCCCCCCHHHCCCCCC---C-CCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCC--CCC-CHHHHH-------CCCCCCCCCCEEECCC-------C-CEECCCCCCCCCCCC--------CCCCCEEEEEECC-CCCC-------CCCC--C-CCHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHCC--CCCCC-C---HHHHHHHCCCCCCCCHHHCCCC >P1;d1yb0a1 ---------------CCEEECC----CCHHHHHHHCC-CCCCCCEEEEEECCCC-----CCHHHHHHHHHHC------------CCC-CCCCEEECCC--------CEEECCCCCCCCCCCCCCCC----HHHHHEEEEEECC--CC---CCH-----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH------EEEHHHHHC--CCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHCC-------- >P1;d2f2la2 -----------------CCCHHHHCCCCCC---CCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCC-CCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCCCH------HHHCCCEEEEECC-CCCC-------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHHC-CCCHHHCC---HHHHHCCCCCCCCC-------- >P1;d2rkqa1 --------------CCCEECCHHHCCCCCC---CCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCH--------HHCCCEEEEEECC-CCCC-------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHCC--CCCCC-C---HHHHHHHCCCCCCCCCC----- >P1;d2wkxa2 C--------------CCEEECCCCEEECCCCCC----CCCCCCCEEEEEECCCC-------HHHHHHHHCCC---------------CCCCCEEECCCCCEECCEECCEECCCCCCCCCCCCCCEECCEECHHHHEEEEEECCCCEEEECCEEEECCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHH------EEEHHHHCCCCCCCCCCCC---CHHHHHHCCCCCC------- >P1;d2xz4a- ----------------CEECCCCCCCCCCC----CCCCC-CCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCCC-------C--CCCEEEEECC-CCCC-------CCCC--CCCC-CHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHHC--CCCCC-C---C-CHHHHCCCCCCC-------- >P1;d2y28a- CEECCEECCCEECCCCCEEECHHH----------------CCCCEEEEEEECCCC-CC-CCCCHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCEEECCCCCCEECCEECHHHHEEEEEEECCCC---------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHHC-------CCHHHHCCCCCCCCCCCC---CHHHHHHHCCC--------- >P1;d3ep1a- --------------CCCCCCHHHHCCCCCC----CCCCCC-CEEEEEEEECCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHH--------CCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC---------CCCCEEEEEECC-CCC--------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEECC-------HHHH-C---HHHHHHHHCCCCC--------- >P1;d3hmaa- ---------------CCEEECC----CCCCC--CCCCCCCCCCCEEEEEECCCC--CCCCCHHHHHHHHCCC------------CCC-CCCCEEECCC--------CEEECCCCCCCCCCCCCCCC----HHHHCEEEEEECC--CC---CC-------CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHH------EEEHHHHHC--CCCCCCCHH--HHHHHHHCCC---------- >P1;d3mu9a- ---------CCCCCCCCEECHHHHCCCCCC----CCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-------CCCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCHH-------HHHHHEEEEEECC-CCCC-------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHCC--CCCCC-C---HHHHHHHCCCCCCCC------- >P1;d5xz3a1 -----------CCCCCCCCCHHHHCCCCCC----CCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCCCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------CCCCCEEEEEECC-CCCC-------CCCC--HHHHHHHHHHHHHHHHC-----CCEEEEEEEEEHHHCC--CCCCC-C---HHHHHHHCCCCCCCCCC----- >P1;d6srta1 ---------------CCEECC-------CCCCCCCCCCCCC-CCEEEEEECCCC----CCCHHHHHHHHHH-C-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------CCHHHEEEEEECC-CCC---CC----CCCH--HHHHHHHHHHHHHHHHHC---CC-----EEEEHHHCCC--CCCCCCCC---CHHHHHHHCCCC-------- >P1;d6su5a- ----------------CEECCH----HHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCC---CCCHHHHHHHHHCCC-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------CCHHHEEEEEECC-CCC---C---CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC---CC-----EEEEHHHHCC--CCCCC-CC---CHHHHHHHHCC--------- PSA >P1;d1lbaa- -----------------------------------c97086-0600000006045-a48101840373257-6-----------95930010100218-------06337018332402009--------b3261000000000238---7674402029--50092038107702751a---c0-----6120103129--52200--0---20740357-8523--42485 >P1;d1ohta- --------------a173362a50904915---6-4760984042000001758206656606--147-046105-------7583402020020012-------1-002112121302005--------9125400000010-3049-------8303--7-504004600850395-----8303780500022105--b3710-0---6401610380740355a7899c >P1;d1yb0a1 ---------------3904633----067922a3001-4809051000000753-----2404710470172------------977-7000000008--------30000020620011082b64----5003300001000--04---60a-----850360062014004401952b04281------031045128--7610120153a22a702740588-------- >P1;d2f2la2 -----------------3052950903835---9b1670a24071000000338708759502520261047006-------548-200010000020-------1300100216410200747------8303700000000-5069-------8705--96026206600650375-----92027a0400001602-6a498040---91017106b1a414-------- >P1;d2rkqa1 --------------8092252a60906827---8b0680a24052000001599708669502530272056007-------7473200000000021-------04003005163302008--------9517400000000-4129-------8305--87014005400610265-----71039b0500011003--b3600-0---53016303708422966----- >P1;d2wkxa2 9--------------a31584bb655665998b----87839160000000547-------2950385055a---------------932000000460366ba725134015196406009a0626b578025300001011504657a964610706--750060005105601851806631------001025005a445001640---2255007590056------- >P1;d2xz4a- ----------------84062950607736----93580-13052000000549407758301710460056018-------5381200000000010-------010020021524020761-------b--5600000000-403a-------7604--a602-007500840365-----9303790502002320--93610-0---5-039304a17415-------- >P1;d2y28a- 815a1102a0542607135804aa----------------370300000010014-66-2836302200137064a238506b128373000000128-------04100000053202009a0528a478021000000000338---------5804--8400630060032019507603a2-------10036005a438100810---53940783156--------- >P1;d3ep1a- --------------ba93142a60706925----75680c-50610003102617ace58302810362054017--------671100210000159-------1400300026120401d---------526700000003-405--------9405--75017004501760286-----7302ab070305-------3910-0---6103500653813--------- >P1;d3hmaa- ---------------2924643----058a2--800135909062000000456--7871304210760358------------908-6010000027--------20100011910030092c67----4003200001000--06---50-------62860161014005301963b07483------011046127--77104401b--71a701870b---------- >P1;d3mu9a- ---------b987b3692152a70804927----07860a5404200000056840656a503610351046126-------6483400010000000-------040030021613020039-------8213500000000-6029-------4401--74016104700700363-----7003880200012103--93700-0---340153048093166------- >P1;d5xz3a1 -----------96709611719400b5905----74760a3403100000064a408659602720381046007-------6384300010000011-------03003000153202009--------b128400000000-603a-------5506--a6017002400300246-----9104a70400002101--b2810-0---53014103907112682----- >P1;d6srta1 ---------------280370-------c0a1569065b09-160000000674----a150650152037-6-----------a4000010000237-------03022002180201004--------b127400000000-202---83----8038--60181025004300752a---09-----403312214b--38100730---208501850a1a-------- >P1;d6su5a- ----------------934412----571078aa21950b850520000005373---935166024601874-----------83600010000036-------14012000260202009--------9325500000000-404---a---531058a0600610160167049526---90-----521113613b--2a101-40---41a2068103c--------- Translating the sequences -----------------------------------CCCCCC-**EEEEEECCCCC-CC***HHHHHHHHHH-*-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------*****EEEEEECC*CCC---*****CCCC*--HHHHHHHHHHHHHHH***---CC-----EEEEHHH*C*--CCCC*--*---*HHHH***-CCC*--***** --------------*CC**********CCC---*-CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC*****--***-*H****-------**CCCCCCCCEEECCC-------C-*EECCCCCCCCCCCC--------*****EEEEEECC-CCC*-------CCCC--*-**HHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C--*CCCC-C---***HHHH***CCCC******** ---------------CC*****----*C*******CC-CCCC**EEEEEECCCC-----**HHHHHHHHHH*------------CCC-CCCCEEECCC--------CEEECCCCCCCCCCCC****----*****EEEEEECC--CC---***-----****HHHHHHHHHHHHHHH********------EEEHHH***--CCCC********HHHH*****CC-------- -----------------**********CCC---**CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**C-CCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC**------******EEEEECC-CCC*-------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C-**C****C---***HH*****CCCC-------- --------------*CC**********CCC---**CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCC*--------*****EEEEEECC-CCC*-------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C--*CCCC-C---***HHHH***CCCC***----- *--------------CC**********CCC***----CCCCC**EEEEEECCCC-------HHHHHHHH***---------------CCCCCEEECCC********C*EECCCCCCCCCCCC*************EEEEEECC*C**********CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH********------EEEHHH*C***CCCC*C**---*HHHH***CCCC*------- ----------------C**********CCC----*CCCC-CC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC*-------*--***EEEEECC-CCC*-------CCCC--****-*HHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C--*CCCC-C---*-*HHHH***CCCC-------- ***************CC*******----------------CC**EEEEEE*CCCC-CC-****HHHHHH***************CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCC***CCCC*************EEEEEE*C*CC---------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*******C-------**HHH*C***CCCC*C**---*HHHH***CCC--------- --------------*CC**********CCC----*CCCCC-C**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****--------*CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC---------****EEEEEECC-CCC--------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEE**-------****-C---***HHHH***CCC--------- ---------------CC*****----*CCC*--**CCCCCCC**EEEEEECCCC--CC***HHHHHHHH***------------CCC-CCCCEEECCC--------CEEECCCCCCCCCCCC****----*****EEEEEECC--CC---**-------***HHHHHHHHHHHHHHH********------EEEHHH***--CCCC*C***--*HHHH***CC---------- ---------******CC**********CCC----*CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCC**-------*****EEEEEECC-CCC*-------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C--*CCCC-C---***HHHH***CCCC*------- -----------****CC**********CCC----*CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------*****EEEEEECC-CCC*-------CCCC--*HHHHHHHHHHHHHHH*-----CC*****EEEEHHH*C--*CCCC-C---***HHHH***CCCC***----- ---------------CC****-------CC*****CCCCCC-**EEEEEECCCC----***HHHHHHHHHH-*-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------*****EEEEEECC-CCC---**----CCC*--HHHHHHHHHHHHHHH***---CC-----EEEEHHH*C*--CCCC*C**---*HHHH***CCCC-------- ----------------C*****----***C*****CCCCCCC**EEEEEECCCCC---***HHHHHHHHH***-----------CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC--------*****EEEEEECC-CCC---*---*CCCC****HHHHHHHHHHHHHH***---CC-----EEEEHHH*C*--CCCC*-**---*HHHH****CC--------- 55846.tem _________________________________ --------------*CC**********CCC*--**CCCCCCC**EEEEEECCCCC*CC***HHHHHHHHHH****-------**CCCCCCCCEEECCC-------CCEEECCCCCCCCCCCC**------*****EEEEEECC-CCC*--**---CCCC*-*HHHHHHHHHHHHHHH***---CC*****EEEEHHH*C*-*CCCC*C**-***HHHH***CCCC*------- Structural block scores 0 13 - 4.7 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 70.3 75.0 4.0 75.0 75.0 51.6 60.5 75.0 75.0 15 16 C 4.6 H 75.0 4.0 6.0 75.0 4.5 6.8 41.5 4.0 9.8 5.5 7.5 7.5 5.0 42.0 17 26 * 2.1 P 75.0 4.2 31.6 3.6 4.2 6.3 3.9 26.6 4.0 31.9 4.0 4.0 46.0 31.9 27 29 C 4.4 M 75.0 5.0 7.3 5.3 5.7 6.7 5.3 75.0 5.3 7.8 6.0 4.7 29.2 2.7 31 32 - 4.2 M 75.0 75.0 6.2 75.0 75.0 9.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 3.0 9.2 33 34 * 3.0 P 75.0 40.5 1.5 10.2 9.8 75.0 42.0 75.0 41.0 4.0 37.5 41.0 7.5 6.2 35 41 C 4.7 H 16.8 5.4 13.9 4.4 4.4 26.4 13.6 55.0 15.9 3.9 5.8 4.9 15.2 5.6 42 43 * 1.0 P 3.0 2.0 2.5 3.5 2.5 3.5 2.5 1.5 3.0 3.0 2.0 1.5 3.5 2.5 44 49 E 5.0 H 0.0 0.3 0.2 0.2 0.3 0.0 0.3 0.0 0.8 0.3 0.3 0.2 0.0 0.3 50 54 C 4.9 H 3.0 4.6 18.0 4.2 6.2 18.2 4.4 1.2 3.2 18.0 4.6 4.9 18.4 3.6 56 57 C 4.5 M 7.2 6.0 75.0 7.5 7.0 75.0 7.0 6.0 13.5 7.5 5.5 7.0 75.0 75.0 58 60 * 1.6 P 3.0 5.7 27.0 6.3 6.7 75.0 5.3 28.3 5.3 3.7 7.2 6.7 5.5 5.7 61 70 H 4.6 H 4.0 24.7 3.1 2.2 2.6 4.2 2.4 2.0 2.7 2.8 2.3 2.7 2.9 3.4 71 74 * 2.5 P 57.8 3.0 56.8 3.2 3.2 58.9 3.8 4.2 3.0 58.2 3.8 3.2 57.8 40.2 75 81 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.9 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 82 83 * 3.2 M 75.0 6.0 75.0 4.5 5.5 75.0 4.0 6.2 40.5 75.0 5.0 4.5 75.0 75.0 84 91 C 4.9 H 3.4 2.4 13.1 10.8 1.5 29.9 1.4 2.9 1.5 12.4 2.0 2.0 1.9 2.2 92 94 E 5.0 H 0.3 0.7 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 95 97 C 5.0 H 3.7 1.0 2.7 0.7 1.0 3.3 0.3 3.7 5.0 3.0 0.0 0.7 4.0 3.0 98 104 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 105 106 C 4.7 H 3.0 38.0 39.0 2.0 2.0 3.5 0.5 2.0 2.5 38.5 2.0 1.5 1.5 2.5 107 109 E 4.9 H 4.3 0.7 0.0 0.3 1.0 2.7 0.7 0.3 1.0 0.3 1.0 1.0 1.3 1.0 110 121 C 4.9 H 2.7 1.5 1.7 1.9 2.3 3.4 2.4 1.8 2.5 2.0 1.5 1.8 1.5 1.8 122 123 * 3.6 M 75.0 75.0 6.8 5.5 75.0 5.2 38.0 5.2 75.0 7.2 42.0 75.0 75.0 75.0 124 129 - 4.5 M 75.0 75.0 51.7 75.0 75.0 6.2 75.0 6.1 75.0 52.2 75.0 75.0 75.0 75.0 130 134 * 1.2 P 4.7 4.2 2.2 4.2 5.2 3.6 34.5 2.2 19.0 1.8 3.8 5.3 5.1 4.8 135 140 E 4.9 H 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0 0.0 141 142 C 4.9 H 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 1.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 144 146 C 4.7 H 4.3 2.3 26.3 3.7 2.3 3.3 2.3 28.7 3.0 27.0 2.7 3.0 1.3 2.7 148 149 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 8.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 150 151 * 3.8 M 6.5 75.0 3.0 75.0 75.0 7.5 75.0 75.0 75.0 2.5 75.0 75.0 5.5 42.8 152 154 - 4.5 M 5.0 75.0 53.5 75.0 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 51.7 155 158 C 4.6 H 1.0 3.5 58.2 5.0 4.0 3.2 4.2 4.2 4.5 75.0 2.2 4.0 21.5 2.2 162 176 H 4.9 H 3.4 7.9 2.5 3.3 2.4 2.5 7.7 2.3 3.1 2.5 2.6 1.9 2.5 3.1 177 179 * 2.6 P 5.5 51.7 6.2 51.7 51.7 4.7 51.7 4.0 52.0 6.8 51.0 52.0 5.8 4.3 180 182 - 4.2 M 75.0 75.0 2.0 75.0 75.0 4.0 75.0 3.0 75.0 3.7 75.0 75.0 75.0 75.0 183 184 C 4.3 M 6.2 5.5 4.5 5.5 4.0 2.0 6.0 6.2 5.0 5.5 3.5 5.0 4.5 4.5 185 189 * 3.4 M 75.0 3.6 75.0 3.9 4.7 75.0 3.8 75.0 4.8 75.0 3.8 4.3 75.0 75.0 190 193 E 4.7 H 2.2 1.2 19.8 1.0 1.2 19.0 1.8 37.8 2.5 19.2 0.5 1.0 2.5 2.2 194 196 H 4.8 H 1.3 1.7 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