Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1gyxa- ----CEEEEEECCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEECCHHHH--HHHHHHCCCCCCC--------------------------------------------------------------CCCCCCCCCCCC------ >P1;d1hfoa- ----CEEEEEECCC-HHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEEC------------ >P1;d1otga- ----CEEEEEEEHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHHCCC------CCCHHHCEEEEEEE--CCCCCCCCC---------CCEEEEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCEEEEEEEEEECCCCCCCCC---CHHHHHCC------ >P1;d1u9da1 ----CEEEECCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC----------CCHHHCEEEECCC---CCCCC---------C----CCCCCEEEECC--C-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC---CCCCCCEEEECC---------------HHHCEECCEEC >P1;d2aala1 ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCCCCCCEEEEEECCCCCCCC-----CCCCCCCCCCCCEEEEEEECCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCCCCCCCCHHHH---CCCC-- >P1;d2os5a- ----CEEEEEECCC-HHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEEHHHH-------CC >P1;d2x4ka1 --CCCEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECHHHCEEC----------------------------------------------------------------------------CEECCC---------- >P1;d2xcza- ----CEEEEEECCC-CCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEECC----------- >P1;d3abfa- ---CEEEEEEEECCCCHH-HHHHHHC-CCC-CCCCCC------CCHHHEEEEEEEECHHHCEEC----------------------------------------------------------------------------CEEHHHHCCC------ >P1;d3b64a- -----CEEEEECCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHCCC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEECCCCC-CCCHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEECCC--CCEE-CCEEC------------ >P1;d3ej9a- ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECHHHCEEC----------------------------------------------------------------------------CEECCCCCC------- >P1;d3ej9b- ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECHHHCCCC----------------------------------------------------------------------------CCCC---CC------- >P1;d3gada- ----CEEEEEECCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEECC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEECC----------- >P1;d3kana- ----CEEEEEECCC-HHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEEECHHHCEE-CCEEHHHC--------- >P1;d3t5sa1 ---CCEEEEEECCCC-------CHHHHHHHHHCCCCC------CCHHHCEEEEEEC---CCCCC-----------CCCCCCEEEEEE-----------CCCCHHHHHHHC--C-CCCHHH---EEEEEC--------------------------- >P1;d4dh4a- ----CEEEEEECCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEECC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEEECCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEEECHHHCEE-CCEEC------------ >P1;d4fdxa- ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECCCCCEEC----------------------------------------------------------------------------CEEHHHHC-------- >P1;d4grpa- CCCCEEEEEEECCC-HHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHEEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEECC----------- >P1;d4jj9a1 ----CEEEEEEEHHHHHCCC-CHHHHHHHHCC-CCCCCCCCCCCCHHHCEEEEEEE--CCCCCCCCCHHHHHCCCCCCCEEEEEEEE-CCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEECCCCCCCCCCC---CCCHHHC------- >P1;d4lhpa- ----CEEEEEEECCCC---CHHHHHHHHHHHHC-CCC------CCCCCCCEEEEEECHHHCCCC-----CCCCCCCCCCCCEEEEEEEECC--CCCCHHHHHHHHHHHHCCC--CCCHHH---EEEEEEEECHHHCCCCCCCCHHHH---CCCCCC >P1;d4lkba1 ----CEEEEEEEHHHHHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCCCCCEEEEEEECHHHCCCC-----C-----CCCCCCEEEEEECCCC--CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEECCCCHHHCEE-CCEECCC---------- >P1;d6cuqa1 ---CCEEEEEECCCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC-------CCC-CEEEEEE-C--CCCCC-----------C-CCCCEEEEEEE-CCC---CCHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCCC-CCCC------------- >P1;d6lr3a- ----CEEEEEECCC-HHH-CCCCHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEECCC--CCCCC-----------CCCCCCEEEEEEECCCC-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-CCCHHH---EEEEEEECCHHHCEE-CCEEC--C-------CC >P1;d6vvna1 ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECHHHCEEC----------------------------------------------------------------------------CEECHHHC-------- >P1;d6vvna2 ----CEEEEEEECCCCHH-HHHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEEEECCCCCEEC----------------------------------------------------------------------------CEECCCCC-C------ PSA >P1;d1gyxa- ----3623222526279a-64874479316514666b------178940714153164861--4810675124639--------------------------------------------------------------72a961c5737a------ >P1;d1hfoa- ----0502030016-676-13b606830372019008------36794070614154--b162b-----------a4885005020303820-58843a70384016104720-8045a1---080713629297265-8c754------------ >P1;d1otga- ----02020400330496060750284025301829------30450105041723--892636647---------68102040103061a2-778327711740372048006a14872604060514325697397a---2a458759------ >P1;d1u9da1 ----13030310648207603560275008309----------375b406152186---a395a---------b----92500201024--4-8772355036102610383389---926080604738---------------676357b9844 >P1;d2aala1 ----020403015b18b9-617402400180027009------168b23405162278a40828-----2aa6a4b179400204030251--79942640474026105751-805440---02070733756514188a631156---855a-- >P1;d2os5a- ----0403000114-885-03b60474015201700b------26595070704064--8134d-----------94685002030303820-7a922740583016101600-805791---040415627466167-ab643266-------6c >P1;d2x4ka1 --67162526344a3797-727634672156237759------084930506153263562189----------------------------------------------------------------------------c75538---------- >P1;d2xcza- ----0103050118-82b-73a70185015500a209------26473080507063--91637-----------a6773004030302620-9c734940492017004820-904491---070615505376265-9c8433----------- >P1;d3abfa- ---6232523225a6477-5357447-418-11885a------166a5060615206565437c----------------------------------------------------------------------------b54336568b------ >P1;d3b64a- -----1400400270697-245301630340056109------56383081514363--92739-----------94775002030313b31-5a623950574028105700-8066a1---060415339--8436-9b876------------ >P1;d3ej9a- ----38133512732678-52683375326531874a------355970704152560772388----------------------------------------------------------------------------975378294------- >P1;d3ej9b- ----363324227a4889-526434651367147768------175970805032365782487----------------------------------------------------------------------------a776---a8------- >P1;d3gada- ----020302002616a9-618601640271028109------35685050604457--92638-----------84584001030202931-69923740474027102830-906671---060316627498448-8b8637----------- >P1;d3kana- ----0404020105-7a6-13b70694027201910a------26586060514254--a1408-----------a4783002010103a30568752761386027202720-908991---050615527474164-8c433474--------- >P1;d3t5sa1 ---911020201129-------a72760296014036------a788607050653---a253b-----------b58830040225-----------e98497028105--3-007581---070334--------------------------- >P1;d4dh4a- ----04030302270789-43750273027201600a------2669508030452c--a153a-----------84675004050102871-7aa22960384013004620-9046a1---070704536585246-ca755------------ >P1;d4fdxa- ----363726225b4678-62894467328613856a------266840606163243684479----------------------------------------------------------------------------a5202637-------- >P1;d4grpa- 43310302040106-7a5-13b806830362017209------04583080603164--a142b-----------a4774005020200430-78852770493028003530-705491---070714538258165-8b8419----------- >P1;d4jj9a1 ----2502061020058228-75127303813-70518968201642514062635--793a17590671576a4806104030204-b6b3-7a70484035304721983066058917052416264193a86599---ab58784------- >P1;d4lhpa- ----030503005609---33750041008103-109------068912405251362970818-----2aa7a4a05720030303015b--2991286046303840662--707640---0504153433651527ab331065---864a44 >P1;d4lkba1 ----12020200374055-23a501720050036118------256963405142386a70915-----b-----8273300302023595--57802660382036204640-906490---050515333566284-9c54146---------- >P1;d6cuqa1 ---5120503000b1877-217402620340025217-------95a-0507065-3--9422c-----------c-84400503040-890---d55a80363027006610-6085b1---070614438487287-8a65------------- >P1;d6lr3a- ----0301020114-895-02a604830172038308------17782070505063--9243b-----------85664004010301a40-69a33880266016103720-905380---060602726278465-9c853--a-------6c >P1;d6vvna1 ----363325126b57a7-625345893277137768------26695080502333886056c----------------------------------------------------------------------------b8635711-------- >P1;d6vvna2 ----352515214a47a9-62953567316721876a------17594060606435346363c----------------------------------------------------------------------------b750663a-6------ Translating the sequences ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C****--*************--------------------------------------------------------------**C*********------ ----CEEEEEE*CC-*HH-****HHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C***------------ ----CEEEEEE*****HH**HHHHHHHHHHHHH***------*CCHHHCEEEEE**--**CCCC***---------****************-**********************************************---********------ ----CEEEE***C***HH**HHHHHHHHHHHH*----------CCHHHCEEEE***---*CCCC---------*----***********--*-**********************---************---------------*********** ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CC***C*EEEE**C***CCCC-----**********************--********************-******---*****************C******---****-- ----CEEEEEE*CC-*HH-****HHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C******-------** --**CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C*****---------- ----CEEEEEE*CC-***-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C****----------- ---**EEEEEE*CC**HH-*HHHHH*-***-*****C------CCHHH*EEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C*********------ -----*EEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHH**C------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---*********--****-*C***------------ ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C********------- ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***CCCC----------------------------------------------------------------------------C***---**------- ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C****----------- ----CEEEEEE*CC-*HH-****HHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------**************************************-******---***************-*C******--------- ---*CEEEEEE*CC*-------*HHHHHHHHH****C------CCHHHCEEEEE**---*CCCC-----------************-----------************--*-******---******--------------------------- ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C***------------ ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C*******-------- *****EEEEEE*CC-*HH-****HHHHHHHHHHHHHC------CCHHH*EEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C****----------- ----CEEEEEE*****H***-*HHHHHHHH**-***C******CCHHHCEEEEE**--**CCCC***********************-****-**********************************************---*******------- ----CEEEEEE*CC**---*HHHHHHHHHHHH*-**C------CC***C*EEEE**C***CCCC-----**********************--*******************--******---*****************C******---****** ----CEEEEEE*****HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CC***CEEEEE**C***CCCC-----*-----****************--********************-******---***************-*C*****---------- ---*CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC-------C**-CEEEEE*-C--*CCCC-----------*-***********-***---******************-******---***************-*C**------------- ----CEEEEEE*CC-*HH-****HHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C--*CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C***--*-------** ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C*******-------- ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***C**C----------------------------------------------------------------------------C*******-*------ 55331.tem _________________________________ ----CEEEEEE*CC**HH-*HHHHHHHHHHHHHHHHC------CCHHHCEEEEE**C***CCCC-----------*****************-********************-******---***************-*C*******-------- Structural block scores 0 3 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 40.8 75.0 57.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 58.5 75.0 75.0 2.8 75.0 75.0 75.0 57.5 75.0 75.0 75.0 5 10 E 4.9 H 2.8 1.7 1.3 1.7 1.5 1.2 4.0 1.5 2.8 1.5 3.5 3.3 1.2 1.7 0.8 1.7 4.3 1.5 2.3 1.8 1.0 1.7 1.0 3.3 3.3 12 13 C 4.7 H 4.0 3.5 3.0 5.0 8.2 2.5 7.2 4.5 7.8 4.5 5.0 8.8 4.0 2.5 1.5 4.5 8.2 3.0 1.0 5.5 5.0 5.8 2.5 8.8 7.2 14 15 * 1.7 P 4.5 40.5 2.0 5.0 4.5 41.5 5.0 41.5 5.0 3.0 4.0 6.0 3.5 41.0 42.0 3.5 5.0 41.0 2.5 4.5 2.0 4.5 41.5 6.0 5.5 16 17 H 4.7 H 9.8 6.5 7.5 3.5 10.2 6.5 8.0 6.8 7.0 8.0 7.5 8.5 9.8 8.2 75.0 8.5 7.5 7.8 5.0 75.0 5.0 7.0 7.0 8.8 9.8 20 35 H 4.6 H 5.1 3.7 3.5 17.1 2.2 3.2 4.6 3.6 13.5 2.6 4.6 4.5 2.9 3.9 13.0 2.8 5.1 3.8 12.6 6.8 2.8 2.4 3.6 4.9 4.9 37 42 - 4.9 H 75.0 75.0 63.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 43 44 C 5.0 H 4.0 4.5 2.0 5.0 3.5 4.0 4.0 4.0 3.5 5.5 4.0 4.0 4.0 4.0 8.8 4.0 4.0 2.0 3.5 3.0 3.5 42.0 4.0 4.0 4.0 45 47 H 4.6 H 7.0 6.7 2.0 6.8 7.2 6.3 5.3 4.7 7.2 4.7 7.0 7.0 6.3 6.3 7.3 6.7 6.0 5.3 3.7 6.0 7.0 30.2 5.7 6.7 6.0 49 53 E 4.9 H 3.6 3.6 3.4 3.0 3.2 3.6 3.4 4.0 3.6 3.8 3.4 3.2 3.0 3.2 3.6 3.0 3.8 3.4 3.6 3.2 2.8 3.6 3.4 3.0 3.6 54 55 * 1.1 P 2.0 3.0 2.5 7.0 2.0 3.0 2.5 3.0 1.0 4.5 3.5 2.5 4.5 3.5 4.0 3.5 2.5 3.5 4.0 2.0 2.5 40.0 3.0 3.0 3.5 57 59 * 2.6 P 6.0 53.8 30.7 53.5 7.5 52.7 4.7 53.0 5.3 53.0 4.7 6.7 53.0 53.5 53.5 53.5 5.7 53.5 30.3 6.0 7.8 53.0 53.0 7.3 4.3 60 63 C 4.6 H 38.8 5.1 4.2 6.9 4.5 5.4 5.0 4.2 6.6 5.2 5.2 5.2 4.8 3.2 5.4 4.9 6.0 4.6 5.4 4.2 3.8 5.1 5.1 5.9 6.1 64 74 - 4.6 H 3.9 75.0 56.1 69.2 38.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 5.5 38.1 69.2 75.0 75.0 75.0 75.0 75 91 * 2.8 P 71.1 3.4 7.0 23.8 7.3 3.1 75.0 3.1 75.0 3.5 75.0 75.0 2.9 3.1 24.9 3.4 75.0 2.9 7.9 7.4 7.5 12.2 3.1 75.0 75.0 93 112 * 2.7 P 75.0 4.1 3.9 3.6 4.2 3.6 75.0 4.3 75.0 4.0 75.0 75.0 3.9 4.0 29.8 3.9 75.0 4.0 4.3 7.7 3.6 11.3 4.1 75.0 75.0 114 119 * 2.7 P 75.0 4.8 5.4 40.8 3.5 5.0 75.0 4.5 75.0 5.2 75.0 75.0 4.8 6.0 3.5 5.1 75.0 4.3 4.8 4.0 4.7 5.2 4.2 75.0 75.0 120 122 - 4.7 H 75.0 75.0 3.3 4.7 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 4.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 123 137 * 2.8 P 75.0 4.5 4.5 41.9 3.4 3.9 75.0 3.9 75.0 13.5 75.0 75.0 4.5 3.8 46.1 4.1 75.0 4.1 5.1 3.1 3.7 4.6 4.1 75.0 75.0 141 147 * 2.5 P 6.2 45.1 15.9 45.6 13.9 14.6 25.4 34.7 4.6 45.9 5.9 36.5 35.6 14.3 75.0 45.3 3.6 35.3 17.9 13.3 24.3 55.1 35.9 4.4 5.4 148 155 - 4.6 H 58.4 75.0 58.0 6.4 41.1 58.6 75.0 75.0 58.7 75.0 66.1 66.6 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 66.1 23.3 75.0 75.0 58.6 75.0 66.4 >>>>>>