Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure

The input structure based alignment from Comparer
_____________________________________________

>P1;d1dd5a-
-CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHCCCEEEECCEEEEHHHCEEEEECCCCEEEEEEC-CCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCEECCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC

>P1;d1ek8a-
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCEEEEHHHCEEEEEEECCEEEEEEC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEEECCEEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC-

>P1;d1wiha1
------------------------------------CCCCEEECCCCEEEHHHHCEEECCCCCEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCCEEECCEEEEECCCCC-------------------------------------------------------------------------------

>P1;d1wqga-
-CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHCCCEEEECCEEEEHHHCEEEEEEECCEEEEEEC-CHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCEECCCCEEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC
PSA

>P1;d1dd5a-
-937116206530761158054505100004034100361507189761104600908466940020506-349007403820683a1b0a04278610403077077931770195067104601640551364016406623978616694066028404700740184057215714540489

>P1;d1ek8a-
62981365037405820670484078171430166303b080737a762305600505345871040506-58712730271058395c090738c61040305817785275028506910670153046125503740662277770888517812640572066028505721780275078-

>P1;d1wiha1
------------------------------------06804090ba8532055009174639501106057348117201610581c2c1a0659c440402438b9-------------------------------------------------------------------------------

>P1;d1wqga-
-17a217504840471067068205000005034400361308279871302600607138442000506-58b119501520482a0b090845a730508055087821560064046107611650571258005404503858529996057027505710871154055117713920453


Translating the sequences
-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC****CCCEEEECCEEEEHHHCEEEEE**CCEEEEEEC-C**HHHHHHHHHHHCCCCCCCEE*CC*EEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***
***HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC****CCCEEEECCEEEEHHHCEEEEE**CCEEEEEEC-C**HHHHHHHHHHHCCCCCCCEE*CC*EEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH**-
------------------------------------*CCCEEE*CC*EEEHHH**EEE***CCEEEEE*C*C***HHHHHHHHH*CCCCCCCEE*CC*EEEECCCCC-------------------------------------------------------------------------------
-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC****CCCEEEECCEEEEHHHCEEEEE**CCEEEEEEC-C**HHHHHHHHHHHCCCCCCCEE*CC*EEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***

55194.tem
_________________________________
-**HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCCCC****CCCEEEECCEEEEHHHCEEEEE**CCEEEEEEC-C**HHHHHHHHHHHCCCCCCCEE*CC*EEEECCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH*CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH***




Structural block scores
1	2	*	2.3	P	  6.0  5.5  75.0  4.0

3	24	H	4.3	M	  3.5  4.0  75.0  4.0

26	32	C	4.3	M	  1.0  2.4  75.0  1.1

33	36	*	2.0	P	  1.2  3.8  56.2  2.0

37	39	C	5.0	H	  3.3  4.8  4.7  3.3

40	43	E	4.8	H	  3.2  4.5  3.2  3.2

44	45	C	5.0	H	  8.5  8.8  11.0  8.0

46	49	E	4.8	H	  3.8  4.5  4.5  4.8

50	52	H	5.0	H	  3.3  3.7  3.3  2.7

54	58	E	4.7	H	  4.2  2.6  4.2  2.8

59	60	*	1.0	P	  6.0  4.5  4.5  5.5

61	62	C	5.0	H	  6.5  7.5  7.0  4.0

63	68	E	4.9	H	  1.2  1.7  1.3  1.2

72	73	*	1.0	P	  6.5  7.5  6.0  9.8

74	84	H	4.9	H	  3.5  3.3  2.9  3.3

85	91	C	5.0	H	  5.2  5.5  5.6  4.7

92	93	E	5.0	H	  3.0  5.0  5.5  6.0

95	96	C	5.0	H	  7.0  9.2  8.2  8.8

98	101	E	5.0	H	  1.8  1.8  1.5  3.2

102	106	C	5.0	H	  4.2  4.2  7.1  3.6

107	144	H	4.3	M	  3.8  3.9  75.0  3.5

146	149	C	4.3	M	  5.2  5.5  75.0  6.0

150	182	H	4.3	M	  3.7  4.1  75.0  3.9

183	185	*	2.7	P	  7.0  30.0  75.0  4.0

>>>>>>