Reading input alignment file to find conserved blocks of secondary structure The input structure based alignment from Comparer _____________________________________________ >P1;d1ab8a- -----------------------CCEEEEEEEEEEEEECCCHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHH-HHHHHHHCHHHCCEEEEEEECCEEEEEECCCC--CCCCCHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHCCC----------CC----------------CCCCEEEEEEEEEEEEEEC-CCCCEEEEEC------HHHHHHC-CCCCCC---CCCEEECHHHHHHHHHH-----CCC-CCCCC------------------------------------------ >P1;d1azsa- -----------------CCCCCCCEEEEEEEEEEEEEEEECHHHHHHH----CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HHC-CEEEEEECCEEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHH---C-------C----------------CCEEEEEEEEEEEEEEECC-CCCCCCEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCCEEECCCCCCCCC------CCCC-EEECC----HHHCCHHHHH--CCCCCEEEC----------------- >P1;d1fx2a- -----------------CHHHCCCC--CCCCEEEEEEEECCHHHHHHHC-----CCCHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HCC-CEEEEEECCEEEEEEC---------CHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCEEEEEEEECCEEEECCCCC--CEEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCCEEEEHHHHHCCCHHHHH--CCC-EEEEEEECCC--------CCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCC >P1;d1w25a3 CCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC----CCCCEEEEEEECCHHHHHHHCC----HHHHHHHHHHHHH-HHHHCCCC----CCEEEECCCCEEEEEEC-------CCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECHHH----------------------CCEE---------CCCEEEEEEECCC-----------------CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECCC---------------------------------------------------------------- >P1;d1wc1a- ------------------------CCCEEEEEEEEEEEECCHHHHHHH----CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HCC-CEEEEEECCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHHCCCCCCCCCC----------------CCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEC------HHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEHHHHCCCC------HH--HEEEEEEE--CCCCCC------CCEEEEEECCCC-------------- >P1;d1ybta- ----------------------------CCCCEEEEEEECCHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HCC-CEECCCCCCCCCEECC---------CHHHHHHHHHHHHHHHH----------CC--------------------------------CCCEEEEEEEECCEEEEC--CC--CEEEEC------HHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEHHHHHHCC---CC--CCC-CEEEEEECCC--------CCCCCEEEEECCC---------------C >P1;d2w01a- ------------------------CCCEEEEEEEEEEECCCHHHHHHH----CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HCC-CEEEEEECCEEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHCCCC------C----------------CCCCEEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCCEEEEHHHHHHHC------CCEE-EEEEEEE--CCCCCC------CCEEEEEEEEECCCCCEECCCCCC-- >P1;d2wz1a- ------------------------CCCCEEEEEEEEEEECCHHHHHHHCC--CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHCCCCCCCCEEECCCCCCEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHC----------CC----------EEC-CE----------------ECCEEEEEEEEEEEEEEEC-CCCCEEEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCCEEEEHHHHHHCCCCCCCCCCEE-EEEEEEEC--CCCCC------CCEEEEEEEECCC----------C-- >P1;d3mr7a1 ---------------------------CEEEEEEEEEECCCCC---CCCC----CHHHHHHHHHHHHHCHHHHHH--HCC-CEEEEEECC-EEEEEC---------CHHHHHHHHHHHHHCCCCCC-----------------------------------CCCHHHCCCCEEEEEEEEEEECC--------CCEEC------HHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEHHHHHHHCC--CC--CCC-CEEEEEEEEC--------CEEEEEEEEEECCCC-------------- >P1;d3r5ga- -------------------------CCEEEEEEEEEEEEECHHHHHCC----CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HHC-CEEEEEECCEEEEEECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HHHHHHHCCCCC-----C----------------CCEEEEEEEEEEEEEEEEEECCEEEEEEEC------HHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEHHHHHHHC------CCC-CEEEEEEE--CCCCCC------CCEEEEEECCCCCCCC---------- >P1;d4p2fa- ------------------CCCEEEEEEEEEEEEEEEEEECCCC--HHHHC--CCHHHHC-CCCC-CH-HHHHHHH--HHC-CEEECCCC-CEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHC----------CC----------CCCCCC----------------CCCEEEEEEEEEEEEEEEE---CCEEEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCCEEEEHHHHHHHC------CCEE-EEEEEEEE--C---C------CEEEEEEEEEEC-------------- >P1;d4wp9a1 ------------------------------CEEEEEEEECCHHHHHHHHC-----CCHHHHHHHHHH-HHHHHC---CCC-CEEEEECCCCEEEEEC---------CHHHHHHHHHHHHHHHCC-------------------------------------------CCCEEEEEEEECCCC---------CCCCCC------HHHHHHHHHHHHCC---CCCEEEEHHHHHHCCC------CCE-ECCCEEECCC--------CCCCCEEEEEEECC--------------- >P1;d6ao9a- ------------------------CCEEEEEEEEEEEEECCHHHHHHC----CCHHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--HHC-CEEEEEECCEEEEEECCCCCC--CCHHHHHHHHHHHHHHHHH----------HCCCCC---C-------C----------------CCCEEEEEEEEEEEEEEC-----CCEEEEC------HHHHHHHHHHHCCC---CCEEEECHHHHHHHC------CCEE-EEECC-------------------CCEEEEEEC-------------- PSA >P1;d1ab8a- -----------------------67557183000000101409933655ba1670540651286016-30450274860890620325c22000003085--998520230040052028306----------501773----------92----------------9040200000250600357-99a4741055------a119404-107805---35502029601610582-----82a-07a20------------------------------------------ >P1;d1azsa- -----------------a99a967527425600000020472a70276----08aa52771297007-5046008--716-0430236b2200000008983--a600210050043028103----------714772---8-------1----------------903010000045050216a-7894741033------b2150043004006---423000053028308------7629-14806----0472283078--590802103----------------- >P1;d1fx2a- -----------------64830035--687500000010022a404851-----5a40591160017-1057006--617-0120407c11000005---------5221003002300230173a0929300500262048328b69a0902007277850771030000000000460506447979--310039------90032001000001---00000005502530788217--708-1562a41808--------918850502102008809027136b0532 >P1;d1w25a3 20c04769505940782087017a----7630000001007087128648----8a20330053008-1046208b----70110325923000001-------7152760471055017601854050397----------------------7672---------9030000001049-----------------9b142950171065009502669333021264---------------------------------------------------------------- >P1;d1wc1a- ------------------------6925724000010201a2970383----17a801740284019-3015006--517-0310447c1100000004990645300610030013017207----------812790485110268705----------------40502000103605004376a983611054------80131032015307---242000044006305------89--30555462--90891b------941300104395-------------- >P1;d1ybta- ----------------------------9877200114027388337728----7a71671286059-2046007--42a-065054bb6101010a---------52530020034006305----------72--------------------------------a05020000046053565--b7--703035------60270054006405---432000013026408---b3--708-0835b44709--------b07952400101a---------------a >P1;d2w01a- ------------------------3c456160000003027198819a----268932760272019-2037008--708-0320442d1000000005846--b410010000002002106----------6029605a4a1------9----------------406000000145040157588995421076------93171025005208---073000046028407------a505-1774560--50bc28------752402203002862624199a9a-- >P1;d2wz1a- ------------------------9975268000000002a1b9138617--817842580185028-30471068962550420818a4200000003971--8200210030004016206----------60----------527-99----------------4160000001650502368-b994621058------60230043005405---6040000140253055750419604-06522619--08529------84040110614a7----------d-- >P1;d3mr7a1 ---------------------------884700001351a389---9a79----27a167346503741134017--92a-0630444da-310107---------70220060006004357406-----------------------------------a278963051200001380317a--------c3067------71170054003106---4200000360175058--60--a38-0743553609--------81a9324020041b8-------------- >P1;d3r5ga- -------------------------a3562300001000410870286----189842670275017-2036109--708-032053791300000006a66935700110000002015306----------503760886818-----3----------------80201000001503005368aa94841067------62080044005307---421000055024205------650-60763653--a08b08------662201303418907d---------- >P1;d4p2fa- ------------------79458473792b4000010204715--59438--4669718-1286-27-3047108--629-032061bc-200000002773--9500410030003017406----------84----------517875----------------7020200000250201400---35231034------70182055005605---473000145026304------8603-07338678--6---d------b44321204445-------------- >P1;d4wp9a1 ------------------------------810000040281a6128639-----951872268056-204710---428-0620445b20000107---------313200400130133067-------------------------------------------825020000257087---------c92267------62160032003206---0530000450364083------b05-04a0551708--------b1ba633001062a--------------- >P1;d6ao9a- ------------------------b2871a400001020482a72375----178831740184017-4047009--528-044031791401000002982--9500330010011017106----------905144---7-------5----------------606030000037020365-----9612066------80172046105605---353000155015404------7505-1652c-------------------421104445-------------- Translating the sequences -----------------------*****EEEEEEEEEE*CCHHHH**********HHHHHHHHHHHH-HHHHHHH**H*C**EEEEE*CC*EEEEEC***--*****HHHHHHHHHHHHHHHH----------******----------**----------------CCC*EEEEEEEEEEEEE**-*****EEEEC------HHHHHH*-****CC---CCCEEE*HHHHHH****-----C**-*****------------------------------------------ -----------------***********EEEEEEEEEEE*CHHHHHHH----**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHHH----------******---*-------*----------------CC*EEEEEEEEEEEEEE**-******EEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEE********C------*C**-EEE**----**********--C****EEE*----------------- -----------------********--****EEEEEEEECCHHHHHHH*-----***HHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC---------*HHHHHHHHHHHHHHHH********************************************CCCEEEEEEEE**EEEE*****--*EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHH**C*****--C**-EEE*EEE***--------***C*EEEEEE****************** ************************----****EEEEEEECCHHHHHHH**----HHHHHHHHHHHHH-HHHH****----*CEEEE**CC*EEEEEC-------***HHHHHHHHHHHHHHHH*********----------------------****---------CCCEEEEEEE***-----------------******HHHHHHHHHHH******CCCEEE***---------------------------------------------------------------- ------------------------****EEEEEEEEEEECCHHHHHHH----**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC**********HHHHHHHHHHHHHHHH----------******************----------------CCCEEEEEEEEEEEEEE********EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHH***C------**--*EEE*EEE--******------C*EEEEEE****-------------- ----------------------------****EEEEEEECCHHHHHHH**----HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEE****CC***EE*C---------*HHHHHHHHHHHHHHHH----------**--------------------------------CCCEEEEEEEE**EEEE*--**--*EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C---**--C**-*EE*EEE***--------***C*EEEEE***---------------* ------------------------****EEEEEEEEEE*CCHHHHHHH----**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHHH----------***********------*----------------CCC*EEEEEEEEEEEEE********EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C------*C**-EEE*EEE--******------C*EEEEEE****************-- ------------------------****EEEEEEEEEEECCHHHHHHH**--**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHH*****C*CEEE***CC*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHH*----------**----------***-**----------------*CCEEEEEEEEEEEEEE**-*****EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C*******C**-EEE*EEE*--*****------C*EEEEEE*****----------*-- ---------------------------*EEEEEEEEEE*CC**---****----*HHHHHHHHHHHH**HHHHHH--H*C-CEEEEE*CC-EEEEEC---------*HHHHHHHHHHHHH******-----------------------------------******CCC*EEEEEEEEEEE**--------**EEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C*--**--C**-*EE*EEE***--------*****EEEEEE****-------------- -------------------------***EEEEEEEEEEE*CHHHHH**----**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC**********HHHHHHHHHHHHHHHH----------************-----*----------------CC*EEEEEEEEEEEEEE********EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C------*C*-*EEE*EEE--******------C*EEEEEE********---------- ------------------**********EEEEEEEEEEECC**--HHH**--**HHHH*-****-*H-HHHHHHH--H*C-CEEE***C-*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHH*----------**----------******----------------CCCEEEEEEEEEEEEEE**---***EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C------*C**-EEE*EEE*--*---*------C*EEEEEE****-------------- ------------------------------*EEEEEEEECCHHHHHHH**-----**HHHHHHHHHH-HHHHH*---**C-CEEEEE*CC*EEEEEC---------*HHHHHHHHHHHHHHH**-------------------------------------------CCCEEEEEEEE****---------*****C------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C*------C**-E***EEE***--------***C*EEEEEE***--------------- ------------------------****EEEEEEEEEEECCHHHHHH*----**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHHH----------******---*-------*----------------CCCEEEEEEEEEEEEEE*-----**EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CC*EEE*HHHHHH*C------*C**-EEE**-------------------**EEE****-------------- 55073.tem _________________________________ -----------------------*****EEEEEEEEEEECCHHHHHHH**--**HHHHHHHHHHHHH-HHHHHHH--H*C-CEEEEE*CC*EEEEEC*****--***HHHHHHHHHHHHHHHH----------******---*------**----------------CCCEEEEEEEEEEEEEE**-*****EEEEC------HHHHHHHHHHH*CC---CCCEEEEHHHHHH*C*-----*C**-EEE*EEE*-******---*--C*EEEEEE****-------------- Structural block scores 0 22 - 4.6 H 75.0 57.8 56.3 4.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 60.1 75.0 75.0 23 27 * 2.9 P 6.0 5.0 32.8 62.1 19.4 75.0 19.9 21.0 61.6 33.7 6.0 75.0 20.7 28 38 E 4.7 H 1.2 1.4 1.9 1.5 1.5 3.5 1.5 1.5 2.6 1.1 1.9 14.8 1.7 39 40 C 4.8 H 2.5 5.5 1.0 3.5 5.8 4.5 4.5 6.2 6.8 2.5 5.5 5.0 6.0 41 47 H 4.5 M 5.0 4.9 4.8 4.6 4.6 5.6 6.6 5.6 37.4 4.4 24.9 4.9 5.2 48 49 * 3.0 P 8.2 75.0 38.0 6.0 75.0 5.0 75.0 4.0 8.0 75.0 5.5 6.0 75.0 50 51 - 4.8 H 5.8 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 52 53 * 2.9 P 6.5 4.0 75.0 75.0 4.0 75.0 4.0 4.5 75.0 4.5 5.0 75.0 4.0 54 66 H 4.8 H 3.4 5.2 3.8 3.3 4.2 5.3 4.3 4.5 4.7 4.5 15.9 10.3 4.0 68 74 H 4.8 H 3.0 3.3 2.7 3.0 2.1 2.7 2.9 3.0 2.4 3.0 3.3 12.7 3.4 75 76 - 4.5 M 6.0 75.0 75.0 43.2 75.0 75.0 75.0 8.5 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 82 86 E 4.7 H 2.6 2.4 1.4 1.4 2.4 4.0 2.6 3.0 3.4 2.6 2.4 3.2 2.4 88 89 C 4.9 H 7.2 6.8 6.8 5.5 6.8 8.8 7.2 7.2 12.0 5.0 43.8 6.8 5.0 91 95 E 4.9 H 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.4 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.2 0.2 97 101 * 3.0 P 32.6 5.6 75.0 75.0 4.4 75.0 4.6 4.0 75.0 5.7 3.8 75.0 4.2 102 103 - 4.4 M 9.0 75.0 75.0 75.0 5.0 75.0 75.0 75.0 75.0 6.0 75.0 75.0 75.0 104 106 * 2.1 P 5.0 5.5 51.7 4.3 2.7 51.7 5.5 3.3 52.3 4.0 4.7 51.0 4.7 107 122 H 4.9 H 2.2 1.8 1.2 3.2 1.9 2.1 0.8 1.6 2.2 1.2 1.8 1.7 1.5 123 132 - 4.5 M 75.0 75.0 4.3 11.6 75.0 75.0 75.0 75.0 53.5 75.0 75.0 68.2 75.0 133 138 * 2.9 P 3.8 4.7 2.5 75.0 4.5 51.5 3.8 51.0 75.0 3.5 52.0 75.0 3.8 139 141 - 4.1 M 75.0 75.0 4.0 75.0 5.7 75.0 6.5 75.0 75.0 7.3 75.0 75.0 75.0 143 148 - 4.2 M 75.0 75.0 7.8 75.0 4.0 75.0 62.7 39.8 75.0 51.5 28.5 75.0 75.0 149 150 * 3.2 M 5.5 38.0 4.5 75.0 2.5 75.0 42.0 9.0 75.0 39.0 6.0 75.0 40.0 151 166 - 4.7 H 75.0 75.0 3.5 57.6 75.0 75.0 75.0 75.0 49.5 75.0 75.0 75.0 75.0 167 169 C 4.8 H 4.3 4.0 0.0 4.0 3.0 5.2 3.3 3.7 2.7 3.3 3.0 5.0 4.0 170 183 E 4.7 H 1.3 1.3 1.8 22.4 1.5 2.2 1.4 1.6 2.6 1.1 1.1 12.9 1.7 184 185 * 2.5 P 6.0 8.2 5.5 75.0 5.0 40.0 6.0 7.0 75.0 4.5 0.0 75.0 40.0 187 191 * 2.7 P 7.9 7.0 33.8 75.0 7.3 35.1 7.0 7.9 75.0 8.4 32.0 62.5 48.0 192 195 E 4.5 M 2.5 2.0 1.0 75.0 1.8 1.5 2.5 2.0 5.4 2.8 1.8 4.8 2.2 197 202 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 6.1 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 203 213 H 4.9 H 10.2 2.8 1.4 3.1 2.2 2.7 3.0 2.1 2.5 2.6 3.0 2.1 3.1 215 216 C 4.8 H 2.5 3.0 0.5 1.0 3.5 2.5 4.0 2.5 3.0 3.5 2.5 3.0 2.5 217 219 - 4.8 H 75.0 75.0 75.0 7.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 220 222 C 4.9 H 4.3 3.0 0.0 3.0 2.7 3.0 3.3 3.3 2.0 2.3 4.7 2.7 3.7 223 226 E 4.8 H 1.0 0.0 0.0 1.2 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.2 0.0 0.2 227 232 H 4.5 M 3.8 3.5 3.3 51.7 2.8 2.7 4.0 2.5 3.7 3.0 3.3 3.7 3.3 236 240 - 4.4 M 60.4 75.0 18.6 75.0 75.0 47.9 75.0 3.4 46.2 75.0 75.0 75.0 75.0 243 244 * 2.0 P 6.2 5.5 4.0 75.0 75.0 4.0 2.5 2.0 5.5 37.5 1.5 2.5 2.5 246 248 E 4.3 M 5.8 4.3 4.0 75.0 3.3 3.7 5.0 3.7 3.7 4.3 3.3 4.8 4.0 250 252 E 4.3 M 50.0 52.0 5.2 75.0 4.0 6.5 3.7 3.0 4.3 4.7 7.0 3.7 54.2 255 260 * 3.6 M 75.0 3.8 63.8 75.0 6.4 64.0 6.5 16.5 64.0 6.3 53.2 63.8 75.0 261 263 - 4.8 H 75.0 3.3 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 75.0 265 266 - 4.1 M 75.0 75.0 4.5 75.0 75.0 3.5 75.0 75.0 5.8 75.0 75.0 6.2 75.0 269 274 E 4.5 M 75.0 1.8 1.3 75.0 0.8 1.2 1.7 1.0 1.3 1.3 2.0 1.2 13.8 275 278 * 2.4 P 75.0 57.0 2.5 75.0 5.2 40.4 1.2 5.4 6.1 4.0 4.2 23.4 4.2 279 292 - 4.5 M 75.0 75.0 4.1 75.0 75.0 70.4 16.2 65.8 75.0 55.7 75.0 75.0 75.0 >>>>>>